RnoINT0169186 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000029220 | Zmym5
Description
zinc finger MYM-type containing 5 [Source:RGD Symbol;Acc:1306353]
Coordinates
chr15:37049846-37056314:-
Coord C1 exon
chr15:37056224-37056314
Coord A exon
chr15:37050132-37056223
Coord C2 exon
chr15:37049846-37050131
Length
6092 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
TTATTCATTTTGTTTTTAAGATT
3' ss Score
9.6
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCAAGACTGCCGTAGGACCTTTTAATCCGGGTAGGATTGATATTACAGATGAATTTCACAATGGAAGATTTGCAGTTCATCCCAATCCTG
Seq A exon
GTAAGCAATAAATGGTATTGTTTGCCTTGTATTCAGGTAAATTTAGCTTTCTCTGTGAATCTGTACTCATGTACCAAGAGGCCAAAGCTTCCTATCTTGGTGTCTATCTTACTTTTGAAACTTTTTTTTTAACTGACCCTGGAGCTCAGCAGTTCAGCTAGATTGGTTAGCTGGCAAACACTAGAGAACCCTTTGTCTTCTTTCTGTCTGTCTGTTTTTCTTTCTTTTGTTTTAAAGATTTATTATTTATTTCTTGTATGTGAGTACACTGTCACTGTCTTCAGACACACCAGAAGGGGACATCAAATTCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTAGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAACAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTCTTTCCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTACGCTTGCTAGGCAAGCACTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCACCCCCTCTTTCTTTCTTAACCTTAAAAAAAAAAATGTCTTTTAAAGGTCTCACCATGTACTCATGGTTGCTCTGAAACTCACTATTTAGATCAGGCTGACCTCAGACTCTCAGAGATCTTCCTGCCTCTCTTCTGATTTGGGGGACTAAACGTATGAGATGCTATTTTTGGCTTAACTTTAAAAAAATTCCAGATTGCATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCCGTGTACATGCAAATGCACGTGCTACAGCTCATGCAGAAGTTAGGACAGCTTGTAAGGACCAGTTCTCTCTACCATATAGGATCTAAGGATCGTGCTTAGGTTGTCAAGTTGGCTTCAGGTGATTTTATCCAGTAAGGTATCTCACTGGCCTGCTTTTTGTTTGTTTTGTTCTGTTTGCTATATTTCGTTCAGTTTCACTTGGGTACTGAGGATCAAACTCAGGTCTTCATGCTTGCACTTTCGTGGGAAGGCCTTTTACTAGCTATGCCTTCTCCTCAACTCCCATAGGTGTTCTTTTTAGAACTCATATCTGGTATATTCTGTATAAAATAAGTTACTGGTTTTCATATTAAGATAGAATGTTTTACTCAATATAATTGTGAAATATAATTATTTTGTATCTGTAATTTGGAGAGGGTAATTTTTATTTTTTAAGAATTACTTATTTTACATATATACAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAAAGGACATTAGATCTCATTATAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGGGCAGTCAGTGCTCTTAACAGCTGAGACATCTCTCCAGCCCCAGGTAGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAATCTACAGTTACTCACATCTTAACTGTTTTAAGGGCTGGAGTAATGTCTCCTAGGGCTTTTCTAAAACTACTCTGTGAGGTTTTAGGGACTGAGAGGAGACTAATTTGGGAGTTTGAGTTTTAGTGTTTTTTTTAGGGTGTTGACTTTTAAGAACTAAAAAGGGGATGGGTATTTAGCTCAGTGGTAGGAGTGCTTGCTGCAAAGTCCTGGGTTTGGTCCGCAGCTCTGGAAAAAAAAAAAAACAAAAAAGAACTAAAAAGTAAATGACCTAATAACACAAAATGAGGTTAATGGTGCCTACCTGTAATTCTAGCACTGAGGAAGTGGCAGTAAGAGGGTCCTAGTTAATGTGAGACTTTATGTCAGAAAAACTGAAGCAAAGGTCCAGGTGTGTTTTCATAGACCTTCATCCTATCACTGAGGAGACACAAGTCAGTGGATTTCTATTTAGCCAGGCCAGCCAGAGCTACACAGTGGGCCTTGTCCCCTCCCAAAGAAAGAACCTATAGAAATTGGTCTTATCATCCTTGTGTTTTGTTTTTATTTTGCTTTAGTAACCTTTCTAGGTGTGAAAATCATTCTATGATACTGATTCAAGGAATTGTCCTTTAGTGACTAGGTAATTTCTGTTTCCACTGAGGATATTTAGGACAACATAAAAACTGATAACATATCCAGTTGGGAAGATGGTTCACAGGTGAAATTCTTGCTCTCTGAACATGAGAGCCAGAGTTCAGATCCCTAGACTCCCGCATTAAAAGCTGGGTAGGTTTTCAGCCTTCCTAAAATCCCAGGCACATGGCGATGAGTCCATGTAATCTCTGGAGCAAACTCACGGCCGGTAGCCAAACTAAATGAAATTAAGTTGCAGGGCGAAACGAACACAAACGTTGACAGTGATTGTAGTACTTCCTAAACTGTTGGTGAATTTCTAACCTCTAATTCTTAATTCCCGTGTGTGTGTGTGTTGTGTGTGTGTGTGGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCCTTGTGTCTGGTGTGTGTTATAGAGAGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTGTTTTTCCAGAGCTGGGGCCGAAACCCAGGGCCTTGCGCTTGCTAGGCAAGGGATCTACCACTGAGCCAAATCCCCAACCTCTTGTTTGGTTTTTTGAGATAGGGTCTCACTATGTGGCTCTGGCTGTCCCTGAACTCACTATGTGTGGATGCCTCAAACTCAGCGAAAATCTCATCATGGTTCGCTAGCCTACGTCATGTGGCTGCGGATTAAAGGACTGTACCGCGCCATACACGCTTACCCCCCTTTCTTGTATCATGATTAGTATATTGAGATATAATATGTGTGAATGTTGCATAAGACTTCGGTATATATAATTATTCTATACGCTCGCTGCTATTTGCCCAAAATCATACGTAGGCTAGCCTAGGGACTCAAGTTACTAAGGGATATAAAGTTTAAGACAGAGGGACTGTGTGAGGGCTCCAGCACCATGCCTTTGCTACTTTCTGTCATAATTATGGACTAACTCAATCCTCTGAAACTTGTAAAGGCAAGTCCTAATTAGACCCTTTCTCTGTATAGAGCATGGCCTTGTTAGATAGGAAGTGTGTATCATCATTCGCACAGCAATAGAATAGTGTACTAAATAACTGACGCTGTCTGGTCTGTAAAAGATGTATCTTTAAGGAGTGGAATGTATGGGAATTTTTGGCTAAAGACTTCAATTTAGTAGGAAACACTAAATAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAATGAAGCAAAGGTCCAGGTGTGTTTTCATAGACCTTCATCCTATCACTGAGGAGACAAGTCAGTGGATTTCTATTTAGCCAGGCCAGCCAGAGTACACAGTGGGCCTTGTCCCCTCCCAAAGAAAGAACCTATAGAAGTTCGGTCTTATCATCCTTGTGTTTTGTTTTATTTTGCTTTGAACCTTCTAGGTGTGAAAACATTTCTATGATATCTGATTCAAGGAATTGTCCTTTAGTGACTAGGTAATTTCTGTTTCCACTGAGGATATTAGGACAACATAAAAACTGATAACATATCCAGTTGGGAAGATGGTTCACAGGTGAAATTCTTGCCTCCTGAATGAGAGCCAGAGTTCAGATCCCTAGACCCCGCATAAAAGCTGGGTAGGTTTTCAGCCTTCCTAAAATCCGCACAATGGCGATGAGTCATGTAATCTCTGGAGCAAACTGTAGCCACTAAATGAAATTAAGTTGCAGGGCGAAACGAACACAAACTTGACAGTGATTTGTACTACTCCTAAACTTTGGGTGATTTTCTACCTCTATTCTTAATTTCGTGTGTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCCTTGTGTCTGTGTGTGTTTATAGAGAGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTCCAGAGCTGGGGGCCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTGCTAGGCAAGGGATCTACCACTGAGCCAAATCCCCAACCTCTTGTTTGTTTTTTTGAGATAGGGTCTCACTATGTGGCTCTGGCTGTCCCTGAACTCACTATGTGGGATGCCTCAAACTCACAGAAGTCCTCATGCCTCTGCCTCTCATGTGCTGGGATTAAAGGACTGTACCCTCATACCTACTTTTTCTTGTATATATTATATATTATATGGAAAGGTCTCGGGCTAAATAATATAGGCCTCAAGATCTTACTGCCTGCTGATCAGAGTATAAAGTTTACAGCTGCTGCTCCAGCACCATGCCTTTCTACTTTCTGTCATAATTATGGACTAACTAATCCTCTGAAACTGTAAGCAAGTTCCTAATTAGACCCTTTCTTTTATAAGACTTGCCTTGTTGTGATATCTCTTCACAGCAATAGAATAGTGACTAAAACTGACGCTTCTGGTCTTAAAATGTATCTTGAAGATGGGATATGGGAATTTTTGGCTAAGACTTCAATTTGAGTAGAAACACTAATATCTACCTCACCCAGTCGGCAAGTTAATTAACTTATTTAAAGACAGGATAGCTATAGTTGAAGCTGGCCTATAACTCAGCTAGTCATCTTGCCTAGGAGCACTTAGGATTACAAGTGTGCAGTAACATACCCAACTGAAAGCTTTTATTTAAGAATTTAAATAATTTAAGTAGTTTCATTGTAAAAATGGACATACTTGTTTTATTTTTGTGCCAAACCGGAAGTGATTTTTTTTTTCCAAGATAAATACCATTGTAAGAGCTAAGAATGTTGGTTTATGCCTTACCTTTAATGTTCACACGCAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTTTGAGTTTGAGGACAGCCAGGGCTATTACACAGAGAACCCTGTCTCAGAAACAAAACAAAACAAATTACCATTTTAAGCAATGTAATACTGGTATCTTACTTTACTAATTCTTTACAAATATATTTCTATAAGTAAGTCTATAAAACAAAA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Seq C2 exon
ATTCTTGTATCTCCCAGTCAGCATCATTTCCCCGTAACCAGAAACAACAAGGGGCGGATTCTTTATCACCAGTGGCCTCACTTCCTAAACAGAATTTCCAGCCCTCAAACCAACATCTTACTAAACCTGCTAATAAAATTATTTGTGCAAACTGCAAAAATCCTTTACAGAAGGGGCAGACAGCTTATCAACGAAAAGGATCAGCTCACCTCTTTTGTTCAACCACCTGCCTTTCTTCTTTCTCTCATAAGCGCACTCGAAAGACACGCAGTGCAATGTGTAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000029220:ENSRNOT00000047731:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.839 A=NA C2=0.490
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=WD(100=42.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]