HsaINT0186054 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000132950 | ZMYM5
Description
zinc finger, MYM-type 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:13029]
Coordinates
chr13:20411593-20425588:-
Coord C1 exon
chr13:20425495-20425588
Coord A exon
chr13:20411962-20425494
Coord C2 exon
chr13:20411593-20411961
Length
13533 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
GTCTATCCCTTCTGTTTCAGAGA
3' ss Score
10.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGATGCATCTACAAAGAAGGCTAATGTCATTCTTCCAGTAGAATCAAGCAAATCCTTCCAAGAATTTTATAGTACATCTTGTTTGTCTCCCTGTGAAAACAACTGGAATCTTAAAAAAGGAGTTTTTAATAAGTCAAGATGTACAATTTGTAGTAAATTAGCAGAGGTCTGGATTTTTATACCTAAGTTGTTGTTTAGGCTAACAGTGATAATTTTAACTTTTAAGTGCTATTATGTACTCTTTCATCTACATAATGCACGTGTTCTGGATGTATAACATGAAGCTGAAAGGAAGAATAAGGATATGTTAGAACTATCTTATGGGATATTTTATAAATAAAATTCCATTTGCATAGCATGGAAAGTACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000132950-ZMYM5:NM_001039649:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.766 A=NA C2=0.037
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)