Special

HsaINT0186054 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
zinc finger MYM-type containing 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13029]
Coordinates
chr13:19837453-19851448:-
Coord C1 exon
chr13:19851355-19851448
Coord A exon
chr13:19837822-19851354
Coord C2 exon
chr13:19837453-19837821
Length
13533 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
GTCTATCCCTTCTGTTTCAGAGA
3' ss Score
10.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGATGCATCTACAAAGAAGGCTAATGTCATTCTTCCAGTAGAATCAAGCAAATCCTTCCAAGAATTTTATAGTACATCTTGTTTGTCTCCCTGTGAAAACAACTGGAATCTTAAAAAAGGAGTTTTTAATAAGTCAAGATGTACAATTTGTAGTAAATTAGCAGAGGTCTGGATTTTTATACCTAAGTTGTTGTTTAGGCTAACAGTGATAATTTTAACTTTTAAGTGCTATTATGTACTCTTTCATCTACATAATGCACGTGTTCTGGATGTATAACATGAAGCTGAAAGGAAGAATAAGGATATGTTAGAACTATCTTATGGGATATTTTATAAATAAAATTCCATTTGCATAGCATGGAAAGTACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000132950:ENST00000382907:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.828 A=NA C2=0.046
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:


Other Skipping Isoforms:
NA
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains