BtaINT0164810 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021948 | ZMYM6
Description
zinc finger, MYM-type 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13050]
Coordinates
chr3:111246953-111252145:+
Coord C1 exon
chr3:111246953-111247144
Coord A exon
chr3:111247145-111251994
Coord C2 exon
chr3:111251995-111252145
Length
4850 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACGA
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
ATGTTATTTTATTTTAATAGAAT
3' ss Score
7.37
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCGATTTGAAGTTAAATATCAAAATGTGGTACATGGTCTTTGTAGCGATGCCTGTTTTTCAAAATTTCATTCTACCAACAACCTCACCATGAACTGTTGTGAGAACTGTGGGAGCTACTGCTACAGTAGCTCTGGTCCCTGCCAGTCCCAGAAGGTCTTTAGTTCCACAAGTATCATGGCGTATAAGCAG
Seq A exon
GTACGAACGGCAGGCTCCTGTGCCCTGTCAGGCGCGCCCCTTTCCAGGTGGCGGCACAGGGACAAAGCGCAGAATAGAGGGAGCTCTGCCCATCAGTTGATCTTGTGTGCGATTTCCCCTCCAGAAAAATGGGATAGATTGTGAAACTTTAAGGGTTGATTTTGATAGGAAGATAAGATAGATGAACTAGATCATTCTTCAGGGTTTCCTTCATGGCCACGAATTCACAAACATAATTTCATGAGTGTGAAATATTTTGTGCTCTATTGATAGTGAAGAAAACCCCATATTATTGTGGATAAACTATGACCAAGAGTTAAAAAATGATACAATCAGCAAATATAAAACATATCTTTTTCATTTTAGAAAGTATGTATTTTAAATGTGTTTTGGAATTAATTATCATTATTTTGGCAACATTGCTTTATTAGGATGCTTTAGGTATTTTTTTTTTTTGGATTTTTCTGTTTTCCAACTGCCTTTTTTTTAACTTTAGCTAATTTTTATTTATTAGTTTTGTTACTAAATGTATTAATTTGTGTCAATTTAATCATTGCTGAATATTTAAGAAATAAACTGAAAATTTATTTTTATTTATTTATGTTTTGGCTGTACCATGTGACATGTGGGATCTTAGTTCCCTGACCAAGGATTGAACCTGTGCCCCCTGCATTGGAAGCACAGAGTCTTACTCACTGGACTACCAGGGAAGTCCTAAAAAAAAGAAGTTATTATTTTCAAAAAACGTGTAAATGATAATTAAATTTTTTTTTCAGTTAGGGAGTTTGGTTTAATTCCTCTGAGCAGTTAGTAATGGACATTCATCTTTATAAAGTATCCTTTTTCTAGGAACTTAGCCACTTTTGGCAGTCTGCTTACTATTTTCGCAAGAATAGAATCCATGTTATATGTGTATGGATGTGTGTGTGTGTGTGTATAGTCCTCAGATCAGTTCCATTCCTGATTTTGTTACTGGTATTGTATTCTGTCCACTTCGTAAGTGGTGTTCCTCTTTTACCCAGAGGATTATGTAAAGAAACTTTGCAATTTATGTTTTCCTACCTTTTACTTCCCTGTGTAACTTATTAGTGAAAGATTTTACAGTGTGCCAGTGACAGTATAGGCTAGTGGCTAGGAGCCTGGACTTTGGATCCAGATGAAGTAAGTTCAGTCTCCTACTTTTCTGTTTTTTGGTTTTTTTTGGTTAAGTTAATTAAAGTTACAGTTTATTAATATAATTTTTTAAAGTATCTCACTATGTTATTGGAAGGATTTTACGGTACAGTGTACATAAAATTGCTTAGTATGGGGCCTGGCTCATGATGAGCACTCAGTAAGTAATAATATTTTTAATTTATATAAATGGTGGCCAGTATTATTGTGTTTCTTAAAACGTGAATAAACTTATAGGCAAATTTTATTGTGAAACTCAGCTTGAAAAACAGGTAGTTCTGCAGAATCTCCTCATATACATTAAACATCTTTTTTGTCTCCTGCTAAAGAGTTTTACTAGTTAAGTGACCTTCAAGGTGGTAGACTATCTCTTAGACTGATGTCCAAGTCTCTCCTGGGGGTGGTCCTTAGGTTTGTGGATTACTTGGTCTCTGATTATTTGTGATGAGAAAAGTATGTTATGACTAATTAATTCATTATTTTTAATGTATTTTGTTGCTAATATATTTGAATAGTTATTAATTTTTTTCAGTTTTTATTTTACAGACATACTTCAGGAATATTGTGAGTTTGGTTCTAGACTGCAATAAAGGAAGATTATATTAGCAATTCTTATATACATATATACACAAATATAATGTATATATATATATACACACATATATGTCATTTATATATATTTGGTTTAAAGAGGTATGTTTCAGGTCTCAGTGGGTCCTTTCAAAAAGTGAACAACTTATCCTTAAATAATTCCAAAATGTTATTTATAGAGTTTTCATCAGTTAAGAGTTTTAGAGGTATAATTGAGTTAATCCAGTTTCTGTAGCTAGGAAAGCAGCTTACTAGATAACTTAACTTATTCAGAATGTGTCTTTTCCTCACCTTTAGAAAGAGAGTGTTTATAGGCATACCTCAGAGATATTACGTGTTCAGTTCCAGACCACCACAGTAAAGCAAATGTTGCAATAAAGTGACGCATGAATTTTTGATTTCCCAGTGCATATAAAAGTTTATTTACACTATACTGTGTAAATACTATGCCGTGTGCAGTGGAATTATGTCTTAAAAAATAATGTGCATACCTTAATTTAAACATACGCTATTGCTTAAAAATGCTAACCGTTCATTTGAGCCTTCGGAGAGTCATAATCTCTTTGCTAGAAGAAGGTCTTGCCTCGATGTTAATGGCTGCTGACTGCTCAGCATGGTGATTACTAAAGGTTGGGGTGGCTATGGCAGTTTCTTAAAATAAGACAGCAATGAAGTCTGCTGCATGGATTGACTCTTCCTTTCATAAACAGTTTCTCTCTAGCCATACAATGCTGTTTGATAGCGTTTGACCCACAGTAGAACTTCTTTCAAAATGGGGGTCAATCCTATCAAACCCTGTCACTGCTTTATTAACTAAACTTACTTAATATTCTAAATCCTTTGTTGACATTTCAACAATCTTTGCAGCATCTTTACAGGAGTAGATTTCATCTCAAGGAATCACTTTTTTGTGTGCATTAAAGTTTTATGATGAGATAGCAGAAATTGAGTCACATCGTTGGGCTCTACTTCTAATTCTGGTTCTCTTGCTATTTCTACCAGTCTGCAGGGGCTTCTGCTCTGGCTCAGCGGTAAAGAATCGCCTGCAGTACAGGAGCCTCAGGAGACATGGGTTCGATCCCTGGGTCGGGAAGATCCCCTGGAGGAGGGCATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCATGCACCGTGGAGCCTGGTGGGCTACAGCCCATGGGGTTGCAAAGAGTCGGACATGACTGAAGCGACTTCACATGCACAGTTACTTTATTCACGGAAGTCTTAAATCTCTCAAAGTCATCCTTGAAAGTTAGAGTCAACTTCTTCTAGACTCCTGTTAATGTAGATATTTTGACCTTTTCCCATGAATCACTATCTAGAATGGTGAATCCTTTCCAGAAGGCTTTTCATTTACTTTGTCCAGATCTATGAGAAGAATCACTATCTATGGCAACAATAGCCTTATAAAATGTATTTCTTAAATAATGAAACTTGAAAGTCAGAATTACTCTTTGATCCATGGGCTGCAGAATGGATGATTTGTTAGCAGGCTTGTTTTCAGACAACATTAATTTCATTGTACATCTCTGTCAGAGCTCTTGTGTGACCGGTTGCATTGTCATTGAACAGTTGTATTTTGAAAGGAATCTTTTTTTCTGAGGAGTTGGTCTAAACAGTGGGCTTCGAATATTCAGTAAACTGCATTGTCAACAGATACACTGTCATTTAGGCTCTGTTGTTCCATTTACAGAGCACAGGCAGAGTAGAATTAGCCTTATTTTTAAGGGCCTTAGGATTTTTAGAATAATAAGTGAACATTGGCTTCCATTTCAAGTTACCAGCTGCATTAGCCCCTAACAAGAGAGTCAGCCTTTCCTTGAAGCTTTGAAACCACACATTGGCTTCTTTGTAGGATGAAAGTCCTAGATGGAATCTTCTTCCAATGGAAGGCTGTTTCATCTGTGTTGAAAATCTGTTGTTTAATGTAGCCATCTTTGTTAATGATCTTAGCTGGATCTTCTGAATAGCTCATAGTTTCTGCATCAGCACGTGGTGCTTTGCATTGTACTTTGATGTTATAGAGATGATGTCTTTCCTTAAAACTCATGAACCAACCTCTGCCCGCATCAAACTTTTCTTTTGAAGTTTTCTCACCTGTCTTGGACTTCATCGAATTGAAGAGTGGTAGGGCCTTGCTTTGGGTTAGGCTTTGATTTAAGGGAACATTGTGGTTGCTTTGATCTTTTTAGACACTAAAACTTCCTCCATATCAGCAGTAAGACATTTTTGCTTTCTTAACATCTGTGTGTTCACTGGAGCAGCATGTTTAATTTCCTTCAGGAACTTCTTCTTTGCATTCAGAACTTGGCTAACTGGCACAAGAGGCCTCACTTTGGGCCTGCCTCAGCTTTTTATGTCTTCCTCTCTAAGTTTAATCATTTCTAGCTTTTGATTTGAAGTGAAAGATATGTGACTCTTCCTTTCACTTGACTCTCTGAAGACCATTGTAGGGTATTAATTAGCCTAATTGCAGTATTGTTGTGTCTCAGGGAACAGGGAGGCTTGAGGAGAGGGAGAGTGACCGGAAACGAGCAGTCAGTGTAGCAGTCAGAGCACACACAACATTTACCAGTTAAGCTTGTCTTAAATGGCTGTGGCTCATGGCAGCCCCAAAGTAGGTACAATGGTAACATTAAAGATCACTGATTACAGACAACCATAACAAAATAATGAAAAAGTTTGCAATATTGCGAGATTTACCAAAAATGTGTCACAGTGAGCAAAGGCTGTTGGGAAAATGGCACTGATAGACTTGCTTGACGCAGGATTGCCACAGAATCTTCAGTTTGTGAAAAATGCAGTATCCGCAAAGCATAATAAAGTGAAGCACAATGAAATGAAGTGTGCCTGTGTTAGTAGATGAAAGAACTTATTTTTCCCACATCCCAGTTTTAGGAAAATCTATACTTGGTGTAGCTGCTATCATTGTCAAATATCATGCTCAGATACTTTAGCCAGAGGCTTTGGTTGTAGGTAGCTTTTCCTTTTTTCTTTCCTTACAGCATATGTATATATGTGTGCTTGTACTTGGTATTTAAATGTTATTTTATTTTAATAG
Seq C2 exon
AATTCAGCCCAAACTCCTCCATATGCCTTGGGAAAATCATTGAGGCCCTCAGCTGAGATGATTGAGACTACGAATGACTCAGGAAAAACAGAGCTTTTCTGCTCTATTAATTGCTTATCTGCTTACAGAGTTAAGACAGTTACTTCTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021948:ENSBTAT00000029263:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.059
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=WD(100=62.7),PF064679=zf-FCS=PU(5.0=3.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]