BtaINT0164928 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000040072 | ZNF140
Description
zinc finger protein 140 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12925]
Coordinates
chr17:45107483-45116312:+
Coord C1 exon
chr17:45107483-45107581
Coord A exon
chr17:45107582-45115170
Coord C2 exon
chr17:45115171-45116312
Length
7589 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TATTTGCTTTGTTTTTTCAGCTT
3' ss Score
8.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGTCTTAACATGTCTAAGCCAGATGTGGTTTCCTTATTGGAACAAGGGAAAGAGCCCTGGCTGGGGAATGGAGATGTAAGCAGAGAGCTGTTTCCAG
Seq A exon
GTGAGTGAGTGAGAAGCTGGTAATGAAGTTTTTTAAAATAACAACCCAACCAGTCAGTGAGAAAGCAGTACTTTTTTTATATGTTGGATAGAAAGTTTTCCTTGAAAGGTACCAGAGATACGGGAGGGAACTGTGAGGTCTTGCCCATGCAAGGGGATCACTTCACACCTACCTACCTGTCTGCCTTCAGTTCTCTTCTCATCCTTTTTCTCACTTTATTTCTCTTCTCTTTCTTTCAAAAATTGACATATGTGCTTTTATTGTCTTAAGTTAAAAGGTGTATATTTTTTCCTTTATATTGCTGTTCTAACCCTCTTAAGTGATTCATTAGGCTTTGGTTAATTAATGGGTTTATTCCTTCACTAATATATTAACAATATTTATTTTTTAATCTCATTAAGACTTTCTTTTAGGTAGTATGCCTCAGAGAGTAGAAGGCATGGCATAGTGAGATAGTGGGTCTGTAAATAACTTGGTTAGAGGTCCTCAAGTTGGCAGTTCAACAATGAGAAGAAAGGAATTTCCAGTTGGTGTTAAAAACCTGGGTAATTGAAATAGGGATAGTAATAACAGAAATAGAAAAGACAGAAAAAGGGTCAGTTTTTGAGAAAATGTGGTGAATTAGTTTGAGATATGCATGGTGTGAGTAGAGGACGGTATTTCCAAGTAGAGAGGTGCAACAGACTACTGGAATATGTCTTAGAAAAGAATTCAAATTAGGAATGTAAAAGTGGGAATCTTGTATTAAGAAGGAAAAAATAGAAGCAATGAGATTGATTGAGAAGGGCTTTGAAAGCCTTCTTCATGTTAGGTTGAAATAAAATTGCTGGTGAAGCTCTTTAAAAATCAATATGGCCATGCTCCGCCATTTAAGATTCTGACATAGACGACCTTTGGAGCCTAAATTGTATGTATTTATGACAATTTGCATAGGTTCTGTAGTTGATTCTGAAGCCAACCTCTGTTGGAAATATACTGGCCTTTAGAGAGTGGTCCTCTGGAGATAACAGGTGAACATTTACATTTAAAGAGAAGAAGCTAATGGAAGGACTAGTGACAGGACAGAAGATGCCTTGAAAACAGAGTTCTGACTTTGAGAGCAAGACTTTCAGGAATAAGGACATGGAAAGAGAGTCCCGTATGGCTGAAAGTCACAAGGTGGGACAAGTGCCCAGAAACTTCCTCATCAAAGAATGAGTTGAATAAAAAGCCTCGAATACCACTACTTTAATATAGCTCTTGAAATTTTTGTGTGCTCCTTCCAGTACCCCCTTTTTTTGGCGAGTTAAATTTTATTTGGGGCAAAATGAGCACTGCAGCCCGGGAGACAGCACCTCAGATAGTTCTGAGGAACTGTTCCCCCATAACTTTTTTGAAAGGTGAAATAGCTCACAGAAATAAGGCATAAAACATAAACATGCAGCTTAAATTATTATAAGACACCCATGTAACTACCACTCAGGTCAGTAAACACAGAAGTCCTGAGTCCCTAAGAGCTCTTTGGGTGCTCATCCCAGTCACCCCCCACTGCACCCCCTGCAAAGGTAATTAATTTTCTTTAATGATAGTAACTTCCTTGGTTTTCTTTATAGTTTTTTCAACTGTTTGTGTCTCTAGTCACTTGTTTACATCTGTATGTTTGTGAACTTTTTATACAGATAATCATAATATGTATGTTCTAATTTACTTCTCTCAAAATTATTATAGTATTCAGGTATTTTGCATATTGATCTACGAGTTTGTTTCATTGTACAAGTAGATACAACCCAGTTTATCCATTCTGTTATTGACAGGTTCTTGGGTTATTTGCAGTTTAGGGCTGTTGTAAGTAACATTGCTGTTGTCCTTGGGTCCTGGCACATCCTGGCACAGGGTTCCTATGGTTTATATCTAGAACTGGGATTGCTGAGCCAGAGGATGATGTGCCTCTTTCACATCATTAGATGATGCCAAAATGTTTTCCAAAGTGTTTTTACTGACTTTGCACTCCACAGACACCATAAGTGAGTTCCTCTTGCTCCCCATGTTTACCAAAACCATGTACTATTAGATATCATAATCTTCACACCTGTCAGGAGATAGCACACCTGTCAGGAGTGTGTGCAGTGGGAGCTTAATATAGTTTAAATGTGCATTCTACAATTACTGATGAAGTTGAGCACCTTTTCATATGTTTATTGAGGATTTTTATAAATTTATAAAATAAATATAAAGTTATAAAATAATTTATAAATTAAAATTTTTATAAATTTACCCTCATTTATGAAGTGCCTCTTAGTTTTTGCTGAGTGTGTGCAGTGGGAGCTTAGTGTGTGCAGTGGGAGCTTAATATAGTTTAAATGTGCATTCTACAATTACTGATGAAGTTGAGCACCTTTTCATATGTTTATTGAGTATTTTTATAAATTTATAAAATAAGTATAAAATTATAAAATAATTTATAAATTAAAATTTTTATAAATTTACCCTCATTTATGAAGTGCCTCTTAGTTTTTGCTCATTTATTGTATTCCTTTCTTGTTTTGTAGGAGTTACAAATTTTGGATACAAATCCTTTGCAATTCTGTTCACTTCAAATATCTTCTCTTACATGTGACTTACTTTTCCCCTTAAAACCTCTTTTAATGAACAGAAATCTTAATTCTAGTGTGGTCAGATTCATCAGTCTTTCCCTTTATGAGGTTTTTTTTTTTTTTGGATGTGTTTAAGAAATATTTCCCTACCATGAGGTCATGATGATGTTTTCCTAGATTTTCTTTTTTAAAAGCCTAGTCGTTTTGCCATTCACATTTAGATCCATGGTTCACTTTGGATTTATTTTTGTGTATCACATGACTTAGTGGTCAATTTTGGTGTCTTCTTTGTTGTCTTCCATTTCTCAAGGTACCATTTACTGATATGTCTGTCCTTTCCTTCACTGGTTACTCATAAATTAAGTTTTTGTGTCCTGGGTAGGAAGAATCAATATTGTGAAAATGACTATACTACCAAATGCAATCTGCAGATTTGATGCAATCCCTATCAAATTACCAATGGCATTTTTCACAGAACTAGAACAAAAAATTTCACAATTCATATGGAAACACAAAAGACCCCGAATAGCCAAAACAGTCTTCAGAAAGTTAAGTTTTTGTGTATGTTTCTGGGTTCCCTATTTTTTTCTATTTTTCTATCTTTGCATAAATCAATACAGTCAGTTATGGATTTAATACTGGATAACATTTGATTGTATTTGCCTCACCTCATTCCTTTTTTTGCTGAATAATGTCATTTACAGACATCTTGACACTTCACTATATAGTACTTCATTATCATGTATAAAGTATAGGGATATTTTCTATACAATTGGAATATTTTCACATCAGAATAACAGTTTTCCCTAATTTTGTTTTAATGCACTATCCATATATAAATGACTCATAAATGTGTTTATAACTGGATTATCTTTTCCTTGTGGGATGATGAAATATTCCTGTATGTCCTGTAACTCTGAGTTGTAACTTTTTTTTAAATATTAAGACTTTTGGTCTTATTTAAATCCTGTTGAGATATTAACTTTATTTAAGCAGGCTGTCAATATGGATAAGTTCTAACCTGTTTTCTCTGTACATGGTTCCAACGACAGTCTGGTTTTCAAAGCCTTTGCAGGTCTATTTTATTTGTCCCCATAAGCACCTCTTAGTGGCCTTTCTGGAACTTAGACAGTGGGTTCAGCTTTAGGTGTGCTATTTAGGGTCAGATCCATGCATGCACAGTTCAAGGATGAGCCCAGAATTTCATACACAACTTTATGCAATCACTTTCTTGAGCTCCTTTTTTCACAATCTCCCCTTTCCTTTTTGGCTCGCAGGGCCCCCTCTTTCAGGTCTTCTGGATAGAAAGGTAGACCTTTAGGTTCCTCTTTGCACTTCTGTAACTTTGTCTGCCTCTGTAGCCATGCAACAAGGGGACGGAGAGAAAAAACAGGGTGAGGGGTATTACCCCTGTACTCTTAGGACCATAGGTTTTTCTGCTGAGGGAGGAAATGTTACCCTGCCTTGGAGTGTTAATTGCCTATATGGCCATCCCTGCTGCAGCGTGCTTTGAGTTTGAGCAGAAGAGAATGGGAAATGAACAAACAAGATTTCTCTGTATGGACCCCTTTCCCATTTATAAGACAGAAATAGAGGCTTCTCTTGGAGCTCTTTACCTATTGCCCAGTTCTTGCTTTCAGATTGCATTTAACTTTAGGCCTGGAGAGAGTGGAGATGGGAAAAAATACAAGAAACTCACCACCAGTTGTGTTACTTTGTGTTCTGACTTCCTTCTGCAGTCAGCTTGCTACCATTTACCTTTTTAGAGTGCTCAGCTAGCTCCTTTATGCACTGTTCATGGTTTTCACTTGTACTTAGTGGGAGAGCAGCCAGAGTGTACTTACTCCATCTGTACACGCTGGGAGCCATTCATATTTTATAAGTGAAGGGAAAAAAAAAACCTCAGAGTTACAGCATGCATAAAGATCATGCTAATAAAGTGAGAGGATGAGGTTCAGTTTAGACTGAGCAAAAGTATAAAGTGTAGGAGGAAAATGGTGAGAATTAAGGATGGTTCTGGAAAGCACTGACTGGTCAGATCATACAGGTATTTTACAGGCCGTATTAATGAACTTAGAGTTCATCCCTAGGCTAATAGGAAGTCATCCAAAGATGTTAGGCTGGCGAGCACTTTAGTGACATCCTTCTGGCTGAAGTTTGGGAAACAGATTTATTGGAAGCAAGCCTAGGAAACAGGATAGCCATTTATGAGTTATTTCCATAAGGTAATCTAGATGTAATCATCACCTGAACCATGGAGGTGTCCAGGGAATGGAAGAAGGTATACAAATGGCAACAAAGTAAGGACGTGAACTCAGAAAGACCTGGTGATTGACTAGATAAATGACATGACGATGACTGAGGAATTGTGATTGACATCACTTTTTTTGCTGGTGGTATTATTTCTTGGAAGAAAAAAAGGATGAG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Seq C2 exon
CTTCAAAGTCAAATGGTGAGATCAAAGAGTTTTCTCCAAAAAATGTCATATTTGAAGATGATTCATCCCAGTATTTGATAATGGAAAGATTTCTAAGCCAAGGCTCTGAGTATTCCAGTTTTAAAGAAGGCTGGAAATGTGAGGGTGATACTGAGATGCTGCAGGGAAATCAGGGATGCATCAGGCAAGTGACAGCTTCACATCAAGAAGCCCTGTCTCAGCATGTGAATGTCAGTGCTGTGGAGAGACCCTATGGATGCCATGAATGTGGAAAAACTTTCAGTCGGCGCTTTTCCCTTGTGTTACATCAGAGAACTCATACTGGAGAGAAACCATATGTATGTAAGGAATGTGGGAAAACCTTTAGCCAGATCTCAAACCTCGTAAAACATCAGATGATACATACAGGAAAGAAACCCCATGAGTGTAAAGACTGTAATAAAACATTCAGTTACCTTTCTTTCCTCATTGAACACCAGAGAACACATACTGGGGAGAAACCCTATGAGTGTACTGAATGTGGAAAGGCCTTTAGTCGTGCCTCAAACCTCACTCGACATCAGAGAATTCACATAGGAAAGAAACAGTATGTATGCAGGAAATGTGGGAAGGCCTTTAGCAGTGGCTCTGAACTCATTCGTCACCAGATTACACACACTGGAGAGAAACCTTATGAATGCATTGAGTGTGGAAAGGCATTTCGCCGTTCTTCACATCTTACCCGACATCAGAGTGTCCATACCTCCAAAACCCCCTATGAATGTAATGAATGCAGTAAAGCCTTCCGTTGCCACTCCTTCCTTATCAAACATCAGAGAATTCATGCTGGAGAAAAGCTATATGAATGTGATGAATGTGGTAAAGTTTTCACATGGCATGCATCCCTTGCACAACATATGAAAATTCATACTGGAGAAAAACCCTACGCATGTACTGAATGTGACAAAACCTTTAGTAGGAGCTTTTCCCTCATTCTACATCAGATAACTCATACTGGGGAGAAGCCCTATGTATGTAAGGTATGCAATAAATCCTTCAGCTGGAGCTCAAACCTTGCTAAACATGAGAGAACACACACTCTAGAGAACCCCTATGAATATGAAAATTCATTTAATTACCACTCATTCCTTACTGAACACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000040072:ENSBTAT00000052977:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.029 A=NA C2=0.003
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development