RnoINT0000402 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000051384 | AABR07002337.1
Description
NA
Coordinates
chr1:71206130-71223665:-
Coord C1 exon
chr1:71223047-71223665
Coord A exon
chr1:71207973-71223046
Coord C2 exon
chr1:71206130-71207972
Length
15074 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TGGCTTCTCTCCTTTTTCAGCAT
3' ss Score
10.95
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCCCAATTCTCCCACCCAAAGCAAACACTGGAATACCCAAACACACCAGAAAAGCAAGAGTCTGATTTATTAAATCAATTTGATTCACTGCGGCGATGGTATGGAGGACTTCAAGAAAGACATAGAAGGACTCGCTTACGAGAAAACGCAAGGAAAACAATTAAACAAGTAGAACGGCCTATAGAGAGAAATCACCAAAATTCCTGAAAGGAATTCCAGTGAAAACACAAACAGGTGAGGAATTAAAAATGGAAATAGAAGCAATAAAAGAAGCACAAAGGGCGGACAACACCTGATAAGAAAACCAAGGAACGAGACAAGGGACGGAGCCATAGGACAACAAGCATCACCAACAGAGAATACAAGAGGAATAGAAGAGAGAATCTCAGGAGCAGAAGATTCCATAGAAACACATCGACACAACTGTCAAAGATAATGTAAACACAGAAAAGGGCTTACTCGGTCCAAAAGCATAGCAGGAAAATCCAGGACTCAATGAGAAGATCAAACCTTAAGGATCATAAGGTTATATGAAGACGAGATGAGGACTCCCGAGTCATGGTGAACAGGACCAGTAAACTTATCTTTCAAACAACAAATCAATAGCAAGAAAACATCTCCCTAACCGTAAAGAAGAGGATGCCTCATAAACATACAAGACAGCTACAGAACTCCAAGATGGATTGGACCAGACAAAGAAAATGCCTCCCGGTCACATAATAGTCAACAACACTCAAAGACGCACAAAACAAAGAAAGAACTATTAAACAAACAGTTAAGGGAAAAATTGTCAAGTAACTCTATAAGACAGACCTATCAGAATATGCACCAGATTCTCACCCAGAGACTATGGGAAAGCCATGAAGACCGCTGAACAGATGTCATACAGACCCTAAGAGAACACAGATGCCAGCCCAGGTTACCTGATTATACACCAAAAACGCTCAATAACATAGAGATGGAGAAAACAAGGATAATTCCATGACAAAACCAAGAATTACACAAAGTATCTTTCTACAACATCGCAGGGCACTACAAAGCGGTAATTAAATGGTTAAAGCCCCAGACATAAGGGGAAGGCAAGCTACACCCTCAGACAAAAAAGGCAAGAACACTAATCCGGTCTGGCCAACAAACAAAGAGAAGAAAAAGCACACAAACATAACCTTCGCATCAAACCATATGAATATAACAGGAAGCAATAAATCACTATTCCTTAATTATCCTGTCAACATCAATGATCCAGACCCCCCCGAATAAAAAGACATAGACTTAACAAACTGGATACCCAAATTACTGGACCCTGCATTCTGCATGACCTTACCCAGGAACACAGCACACTCAGAGACAAAGACAGACACATACCTCAGACGTGACAAGGCTGGGAAACAACATTTCCCGAGCAAATTGGTCTGAACGAAGCGGCAAGCTGGAGGTAGCCGCAGTTTGTTAATCTATAGTCTTTTTAATTGGGGGGGTTTGAAGATCATTGATGTTGTGACCAGCATATTTACAGGAAATTAGGTTGATAAATAGTGATTATTGCTTCCTGTATACTTATTTCAATATTTGGGTGCGAGTATGTTTGTGTGCTTTTTCTTCTTCTTATGGGGTTGGTTGGCCCAAAAGACGATTAGATTTCTTGCTTATTTCTGGGGTGTAGCTTGGCTCCTTATGTTGGACCTGTACCATTTATTACCCTTTGTAGGGCTGGAATTTGGGTAGGAGAAAGATATTGTGTAAATTCGGTTTTGTCATGGCAATATTCCTGGTCTCCATCTTAGTTAATGAGCGTTTTGGGTGTATACAGTAACCTTGGGGCTGGGCATCTTGTGTTTCTTAGTTCTGGTCAATGACATCTGTTCAGGGTCTTCTGGCCTTTCATGGATCTCTGGTGATGAAGTCTTGGATGCATTCTTGAATAGGTCTGTCTTTAATAGGTTACTTGGAATTTTCCTTACTGTTTTTTAATATTTCTTTATTTGTTTGTGCGTTTGATGTTTTGACTATTATGTGGAGGGGAGGATTATTCTTTTCTGGTCCAATTCCTTTGGAGTTCTGTAAGGCTTCTTGTTGTTTATGGGCATCTCTTTCTTTAGGTTAGGGAAGTTTTCTTCTATGTTTGTTGAAGATATTACTGTTCCGGTTTCACAGAATGGGAGTCCTCACTCTTTTGATACTATGATCCTTAGGTTTTGATCTTCCTCATGATTCCTGGATTTCCTGTAATAGTTTTTGGACCAGTAGCCTTTTCTGGTTTTACATTATCTTTGACAGTTGTGTCGATGGTTTCTATGGAATCTTCTGCTCCTGAGATTCTCTCTTCTATCTCTTGTATTCTGTTGGTGATGCTTGTGTCTATGGCTCCTTGTCTCTTCCTTTGGTTTTCTATATCCAGGGTTGTCGCCCTTTGTGCTTTCTTTATTGCTTCTATTTCCATTTTTAATTCCTTCACCTGTTTGTGTTTTCCTGGAATTCTTTCAGGAATTTTTGTGATTTCTCTCTATAGGCTTCTACTTGTTTATGTTTTCCTGCGTTTCTCTAAGGGAGTTCTTTATGTCTTTCTTGAAGTCCTCCATCATCATGATCAAATGTGATTTAAAATCAAGATCTTGCTTTTCTGGTGTGTTTGGGTATTCAGTGTTTGCTTTGGTGGGAGAATTGGGCTCCAATGTTGCCAAGTAGTCTTGGTTTCTGTTGCTTGGGTTCCTGTGTTTGGCTCTCGCCATCAGGTTGTCTTTGTTCTGCTATTTCTGGCAGTGGCTAGACCTTTCTATAGGCCTGTGTGTCAGGAGTGCTGTAGACCTGTTTTTCTGTTTTCTTTCAGCCAGTTATGGGAACAGAGTGTTCTGCTTTCAGGCATGTAGTCTTTCCTGTCTACTGGTCTTCAGTTGTTCCTGTGGGCATGTGTCCTGAGTCCACCAGACAGGTCACTTGGAGCAGAAAAGGTGGTCTTACCTCTGGTCCCGGGGCTGAAGTTGCTCCTGGGGGGCTGTGTTTGAGCTCTCCATGAGGGTGGCAACCAGAAGGGCCTGCCCTGCCTTTTCCCGGGGCCTTGGTTGGCGTTAGGTGTTTTCCTCTGGAGTCAGAAATGTGGGCAGAGTGTAGTCTCTTCTGGCTTCCTAGGTGTGTCTGCCCCTCTGAAGGTTTAGCTCTCCCTCCCACCGGATTTGGGTGCAGGGTTCTGTTGATTGGGTCCCTTCAGATCCGGGTGGTGTCTGCACGGCAGGGGACCTGCAGCTTGAGTGCCCCTATCTTCCTGTTCCCAGAGGCCCTATACAGTTTCCTCTTTGGCCAGGGATGTGGGCAGGGGTGGGCAATATCGGTGGTCTCTCCTGCTCTGCAGTCTCAGGAGTGCCCACCTGGCCGGGTGGTGAGCTCTCTCTCCCACAGGGTTTGGGAGCAGGGAGCTGTGGCCCAGGTCACATGCTTTTAAATGCAGACACAGGACAAGGACCCAGCCCCTCACCCCTCCATCACTTTCTTTTCCCTTTTGGTTAACTGAGATAGAGTTTCTCTGTGTAACCCTGTCTGTCCTTGAACTCGCTCTGTAGCTCAGGCTGGCTTTGAACTCACAGAAATCTGTCCGCCTCTGCCTCTCTGCCTCTTTGCCTCTCTGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCTCCACCTCTGCCTGGAGTGCTAGGACTAAAGGTGTGTGTCACTACCACCTGGCTTCCATCACTTTTTAAATTTTTGGTTAAATATACATAACCAAAGTACCATGTTAACTGCTATTTAAAGCACACAGTTCAGCAATATTAAGATCATTCACATTGTGTGATTCCACCCACATTCCATCACCTGATCTTCAGAGCATCTGGCAAAATCCTTATGATTTTTGTAGATGCGTTTCTACTAGAGTATAATTTACATGCTGGATATTGGCAAGTTCGTGCACCTGTGTTGCCACAGTCAAGATTTGTACCCTGCTCTGCACAACCCCTGAAGCCCCAGCCCAGGAAGCCTGCCATTTACAGAAGTTACTCTTGATTATATTTCTGTCCTTATGCTGCGACCCTTTAACATGCTTCCTCATGTTGTGGTGACCCCAGTCATAACATTATTTTCCTTGCCACTTCCTAACTGTAATGTTGCTGTTAGGAACCGTAATGTAAACATGTGTTTTCCTATGGGGGTGAACTCTGTGAAAGGGCCATTTGATCCCAGAGAGGTCTTGTCCCACAGGTTGAGAATTGCTGATATAGGCTCTACTGGTGTTTTTCTAAGCATGGTTCAGAGTTACACTGTTTTAGAACTAGTATAACACTCTGTCTTTATCCACTTTTCATTTCTAGTGCTGCCTTCCCCTCCATTCTGTTTGTCTAATTTCAAATTGCTTAGCCATTTTCAAGGGTGTATAGATGTCAAGCCTTAATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGTGCGCATGTGCGCATGTGTACACACATATGTGTGTATATATATACATATATATATCTTCCATATATATGTGTGTGCATACACACACACACATACACACACACACACAAAATCTCATCAGGCAAGGATATATTAGAAAGATAATTAATCACAGTGAATAAAAGACGAACCAGGAAATGATGGTAATTGTAGGCACTGGGCCTATAACACAAGTTAGAGTGTAGTAAACATCAGCATGCTTCCAAGGGTAATCTTGGCAATGTCTTGGTCGCCTACAAACAAACATTTGGCTCTCCATGCTCCCCAACAGATTGCTTGGCTAGAGTGTGGGAAAGAAGATCTTCCCCCATGGAGTCACACAACAGAGCCACTGCCTTTCCAGCTGTCACCATGGGATACTTGTGTGTGACCCACATACACCATGCCGGGAACCCTGACAAGAATGCTGAGCAGTGACTAGGAAGGGGGCAAGCAGAGGCGTACATTTCTTGCTGGTGACCCTCCTGAGTGCCTTCCAG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Seq C2 exon
CATTGGAGTCTGGATGTGGTACCAAGATAACGCCCTCCAAGCAACGCACTCATGAGGAGGACTCCCCACAGTGGGCGACAACAGAAAGCCTTCCAAGCTGCAGTCTTGAGAGCGCAAGTCTCTGAAATGACTGGGAAGGCAAAGGCCTATTTGATAGACAAGCAGGCAATCCAGCCAGAAACGCCGGGCCAGTGTTAATCTGTCACCAAGAAATGCCCGCATTAAACCAGCACATGTCTCTTACTTTTTACCAGACAAAGTCCCGTAGGTATAAAAAACACAGAAGAGACTTCTGTAAAGAGCAGTTCCTTATTAACCAAGAACTTGGTTACGAATGAGAAACCCTACAAGTGTAGGCAGTGTGGGAAGGCTTTTAAATACGGCTTGTGACTAATCCAGCATGAGAACATTCATTCGGGCAAGAAGCCTTATGAGTGTTAAGAGTGTGGGAAGGCCTTCAATTCTGGTTCTAATTTCATAGAACACCAGAGAGTTGATACAGGCGAGAAACCTTATGCGTGTAAAGACTGTGCTAAAGCCTTCAGTCGAAGGTCTTAGCTCATTGAGCATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAAACCCTATCAATGTAAGGAGTGTGGCAAGGCCTTCAATCGTATCTTACATCTCAAAGTACATCACAGAATCCATAGTGGGGAAAGCCCTATGTGTGTAAAGAGTGTGGGAAGACCTTTAGTCACAGGTCTCAGTTGACTCAACATCACACTGTTCATACTGGCAAGAAACTCTTTGAGTGCAAAGAGTGCGGGAAGGCTTTTAATCAAGGGTCCATTCTAATCTAACACCAGAGAATTCATACGGGAGAGAAACTACAAGTGTAAGGCATGTGGCAAGGTGTTTAGAGTGAACTCACAGCTTAAGCAACATCACAGAATTCACACTGGAGAGAAGTCGTACCAGTGTAAGGTTTGCAAAAGGGCCTTCAAGCGGGTCTCACATCTCACAGTACATTATAGAATTCATATGGCTGAGAAGCCGTTCGAATGTGAGGAATGGGAAAACGCCTTTAGTCACTGCTCACAACTGACTCAACGTCCGATGATCCATTCCGAGGAAAAGCCCTACAAGCATAAGGGATGCCGGGAGAGCATAAATCATGATCCAACATCCGAGCCCCGAGGCTGCGTGATAGAGGAACACATGTGAACATAGTAAATGTAGAAAAGCCAGCCCTTGGCACTTACCCACTACTAATCATCGGGGAATTGGTTGGCAAGCAACCACGTGAGTGGAAGTAATGCAAAGAGCCCATTAGCTTAGGGTAATCACAGGTTGTGCATCTTCAAGGAAGGGTAGATAAGCACGCTGCACATGAGACACCACTATCCCATTTATTCTAAATGAAAAAATGTGTATGTTGTCTCCCAACACAATCCTAGTCGTGGGATTTTTGCGTTGTTTAAGGTTTGTTGTTTGTTTGTTTTGAGGCAAGGTCTGTCTCTGCAGCCCTAGCTGGCCTGGAGTTTGCTATGTAAACCAGGCTGACCTGAAACTCAGAGAGATCTGCCTGCCTCTCCCTTCAGGGTATATTAGATGTGTGTGCCACAACACCCAGTTTTAGCAACAAGGAAAAGAAAGCCAAATCATTCTTCATTTAGTATTTTTTCAAACTCCATGAACTGCAAGAAAAAGAATGGCTTGATACTTTTACATGCTAAGAAAGGTAAGATGAAGCTATAACTAGGGTGTGGTGGCCCACACCTTGAATCCTTGGCACTTGGAAGGCAGAAGCAGAAGGTTCTCTGAGTTCTAGCCCAGCTGGCTACACAGTGAGACCCTGTCTCCAAACAATAACAACAACTCCATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000051384:ENSRNOT00000080825:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]