BtaINT0165749 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000000801 | ZNF583
Description
zinc finger protein 583 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26427]
Coordinates
chr18:63903404-63910559:-
Coord C1 exon
chr18:63910464-63910559
Coord A exon
chr18:63905765-63910463
Coord C2 exon
chr18:63903404-63905764
Length
4699 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
GTTTTCTTGATATCTTGTAGGTT
3' ss Score
9.61
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGTTTCGGTTTCTAAGCCGGATGTGATCTCATTACTGGAGCAAGGAAAGGAGCCCTGGATGGTGAAGGAGGAGGGGCCGAGGGGAGCATGCCCTG
Seq A exon
GTGAGTGAGCAAGACCCAGGGCTGGAGAGACCCCTGCCAGGAAAAGCTCAGCTAGTCTGAAAAGTCCAGCTCCTAACTGATGCTTCCTGGGTAGCGTCAAAGGGCTCCAGGCCTGGGAAGAGACAGAGGTGTCTCTGGCCTGAGCTCCCCAACTAAACTCTCCTCGGATTCACTCTCTCACACAGTACTGTCCTCTCAAATAACCTCTTCCTGTTCTCTGGATCCAAATGTCACAGCGTCTCCTTGTCTTTGCTTTTCAGTTTTACACAAGTTGCTCCAATCCTGTGTTTAAACATCTAGATGCAGTAATGCATTTTTTTTTCCTTTTCACTCATTCATTCCTTTTAGACTGAAGGACTGATTCATTTATTTATTCACTTAATCTCTTACCAAGATTCAGGTTTCTACTTTGAGAAAATCATTCTATTAAATTTTTAGGATTATTCTGACGTTTATAAACCATAAAAGGAAAAATACTTCTGGTAGTATTTTCTTCAAGTCTGGGTAACTGGAAGGTGATAGCATTTAACAGAAACAAGTCAAAAGGAAGAACAGGTTTGTAGAAGAAAAGATGAATTTGACTTAGGACAGTAAGAGAATTATCTGATGGGAAGATTTCCTAGTGAAGAAGTGCAGCATACCACTGGAGGGAAGTGGAGGCTAGGAAAACAGTCTGATTAGATGTTAGTGTGAAGGAATGAGGTCAGCAGTCTTAAAGTTTGGAAGAAAAACTCTTTACCAGGGCCTCTGTAGGGAAGTAGACCTTTGGTAGCTTTCTCAGTGTCCTCTGGTAAGTGGCCTCCTGATATCTTCCTCCTTGGGTTAAATTATATAAATTTAATTTTTCTAGATAGTTATCAGGTTTATTTCCATGAACCTGAGCATAATAATTGCTTACAATTCTGTTTGTTTTGTATTGTAGTATGAAATATCCTATTTTAATTTCTTATTTTATATAGCTAATTTTTTTAGTTGTTAGGTTGCTACTCATGAATCAGTTTTGCTTATTTTTAAATTCCAGCTTTTGGCTATATCTGTTAATATAAAATATAGCTTCATCATTCTCCCTTTTTCTAATTCTCTATTTTCTGTTTTTCTTTTTACTAATTCCTTAGACTTACTTTGTTTCCATTTGTTGGAAAATGCGAAAAAACTGAAAAAAGCTTAAACTGTTATTTCATTGTCTCTTAATTCACTAATGAAATTATTAGAGGTTTTAATTTCTTAATATAGTTTCAGCTGTATTTGATATTTAGTGGTTTTATTTCCATTTCCTAGACAACTTTTCTTTTAATTCCCATTTACATAAGTTTGTTTAACAGAAAGTTTTCTGATTTTACTGTATTTTGATCAAATTGTTCTATCATATTTGATCAGGATAGCAGTTACTACTAATTCTATTTTCTAACGAGTTGAGGATTTTATATGACCTAATATATAGCTTTTTTTTTTTTTAACTATTCTATAGGTTCCAAGTTAGAGTATTTTCAGTGTAAATGCTTGTTACATGACTTTTACTTTATGTCACTAAAGTCTGTCTTTACTTAGTCTTTGTTTCCATCCATAATTTTTCTTAACTTTATAAGACAGTAAATTGCATTTATGTAAATTACAGTGATGAGTTCTGGCAGCTGTCTACATCCATGAAACCATCACTGTAATGAAGACACAAAATGTTTCCATCACCCCAGAAGCTAGCTTGTGCCTTTTTGCAGTCCATTCTTCTCCACTCTGGCTCCAAACGAACCTTTGTTGTTTTAGATTAGTTTGCATTTAAACTAAATGGAATCATACTATTCGGTTTACTTCACCATCAAAATTTATTTTGAAAATCACACTGTTGCACGTGTGAGTGACTTACCCTTTTTGTTGCTGAGTGTCAGTCTAGCGTGCAGACGGTCCACACCTCTGTTTTGCCACTCACCTACTGATGCACCTTTGGGTTGTTTGCAGTGTGGGCAATATGAAGTGGTCACGTACAGGACTTTGTGGGGACATACATTTTCATTTCTCTTAGGTAAATATCTAAAAGTGGAGAAACGGGTGGGGGTTGTGGGAGGAAGGCTCAAGAGGGAGGGGATACATGCACACATGTAGTCACACTTTGCTGTACAGCAGAAGCTAACACAACACAGGAAAGGGATTAAAAAATTTTTTTAATACCAGCTTAAAAAAAAAGTAGAAAAACTGAGTCATATGACAGGAATATGTATCACTTTAGTTCTCCAAGGAGATGGTATTTTCATTCCCTTCAGCATTTGTAGTAGAGTTCGTGTGCTCCATATCCTCACCATATCTTCTCAAGTTATTTTTTATTTAAAATGATTTTATTGAAGTACAGCTGATTACAGTGCTGTGTTGATCTCTGCTGTACAGCAGAGCGGCTCAGGGGTCCGCAAGTGTCGCTCCCTGTGCTCCACAGGGGGCCCGGTTTGCCATCCTGTATGACAGTCTGCAGCCCTAGTCCCAAACTCCAGATCCTCCCCTCCCCAGCCCTCCTCCCCCTCGGCAACCACAGTGTGTTCTCTGTAGGAGTCTGTGGCTGTTTTTCAGATACACAGTTGCTCCAGTACCCTTTTTTAAAAGACTTTCCCTTCCCCATTATATTGTCTTTTTGGTATCTTTGTTGAAAATCAGTTGACCATGTATGTGTGGGTTAAGTTCTGAACTCTGTTCTTTTCCATTGATCTATGTATGTCTGTCCTTTCACCAGTACCAGACTGTCCTGGTTACTAGAGCTTTATAGTAAATTCTGACACCAGTTGAATTTGTAAAATCACTTTGACTATTTTAATAGATCATCTGCATTTCCATATAAATTCTAGAATGAAGTTGAGCATTTCTACCTAAAAATCCTGCTGGGGTTTTGTTTGGGATTGTGTTGAATCTATGTATCAATTTAGAGGGAACTAATATCATTGTTTTATCATTGACATCCTAATATCATTGTTTTCCAATTCCTGAAATTTAGCCATTTTTTACAGTCTTAGTTCTATTAGCAGTATTTTGTCATATCCAGTGTAGTGGCTTCTTATAATTATTATATTTATATATCTATATAGAAAGAGATACAGTTTTATGGATATAAGATACGTAATTTTTTAGATATAAGTTTTTTCCAGTAATGTGTGCATGTGTGATCAGTCGTCTCTGACTCTTTGCGACCCTATGGACTATACAGTCCATGGAATTCTCCAGGCCAGAATACTGGAGTGGAGAGCTGTTCACTTCTCCAGGGGATCTTCCCAACCCAGGGATTGAATCCAGGTCTCCTGCATTGCAGGCAGATTCTTTACCAGCTGAGCAACCAGGGAAACCATGAAAAGTAATGTTATCTGCAGATACAACTTTATTTCTTATTGAAATAAATAGCTAGGATTTCTTGTACTGTTGAATAGCATTGGTTAAGAGCAAATTTACTTGCACTGTTCTCAATCTTAAGGGGAAATGTATTCACTCTTTCACCATTAAGTTGTTACAGATATTTCTTAGATGCCCTTTATCAGCTTGAGGAAGTTCCTTTCTATTCCTACTTTGCTGAGAATTTTTATAATAAACATGTTAAATTTAGTGAAATACTTCTATACTGATTGGAACAACCATATGATTTCTATCTTTAATCTGTTAATGTGGTGAATTATACTGATTTTCATATATGAAACCAACCTTGCATTTGTGGGATGAACTCCACTTGGTCAGGATTATGCTTTCATATTTTCCTGGATTTTATTTGCTATAATTTTATATCATTTTACATTTATGTTTCTGTGCTACATTGCTTTTGTAAATCATAATAGGAAGTCTGGTTTTACTACAGATAAGGTGAGAAACCACTGGAAAGTCTTGAACAGAGTAATAGGTGATTTGATTTAGGAGTGGAAAAGATAAGGCAAATAAAGGCCTATGGCAGATTAATAAAACCAACAATTTGAAACAAACTTATTTCAATATGAAGGCATCTTGGCTTGAGTATCAGCTGAAAATTTACACTTGGGTGGAACATATCACACAGAAAATGATAACTCAGGAAGACTATTTTCAGACTGCTAAAGTTTAACCATAGAGTTTTATATATAGCCTGTGGCAATTAATAGGGTTCCCTGGTGGCTCAAGACAGTAAAGAACCCGCCTGCAACGTAGGAGACGCAGGTTCAGTCCCGGGGTCGGGAAGATCACCTGGAAAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCTCATGGACAGAGGAGCCTAGCGGCCTACAGTCCATGGGGTAGCAAAGAGTTAGACACAACTGAGTGACTAACACTTTCATGGCAATTAATGACACCTGGTGTGTTTTGGGATGTGGGGATCTAATAGATTTTTTTTTTAGCCACATTGACATGAAGTTTTCTTTTTTAAAGCTAACAAACTTACCTTGAATGCAGGCTAACCTGAGGCAAGAGAGGAAGGGTGTTTGCAGACTTATATTAATATATATATATAATGATTGTGATTTTCTGATGGGTTACCTTAATAGTTATGCATGAGGTATGTTCTTAATAAATTTTCCTACATTTTCATTCTTTATAATCTCATTGTTAGACTGCATTTAACAGCTATTACATTCTTGAACTTATGTATGTAGTTCATTTACCAGTTTGTGTTTTAGAAGTTCTTTTCTAATGCATAAATACAAAAGATGTTTGTTTTCTTGATATCTTGTAG
Seq C2 exon
GTTGGGAGTATACATTTAAAAATAAGGAATTTCCATCAAAGCAAGTTATTTATGAAGAATCATCCAAAGTAATGATGATGGGAAGAAGCCATCTTAGTTATAACCTCAACTGCTCCAGTTGGAGAGGAGACTCTAAAAGTAAGGACTGGTTTAAGAACCAGTTGGGAACTCAGGAGGTACATGCTAGTCAGCTGATCGTCACTCATAGAGAAATCCTAAATGAGGATCACAGTAATGAATATACTAAGTCCTGGCAAACTTTCCATCAGGATACAATCTTTGATATAAAGCAGAAACGTAATAAGCATGAGCCACAAAAGAGAAGTTACCGGAAGAAACCTATCGAAATGAAACATAAGAAAGTCTATGTAGAAAAGAAACTCTTGAAGTGTAATGAATGTGAGAAGGTGTTCAACCAGAGCTCATCTCTCACTCTTCATCAGAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCCTATGCATGTGTCGAATGTGGGAAAACTTTCAGTCAGAGTGCAAACCTAGCTCAACATAAAAGAATCCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGGAATGCAGGAAAGCCTTCAGCCAGAATGCCCACCTTGCTCAACACCAGAGAGTTCACACTGGAGAGAAACCTTATCAGTGTAAAGAGTGTAAAAAGGCCTTCAGCCAGATTGCACACCTGACTCAACACCAGAGAGTTCATACTGGAGAGAGACCTTTTGAATGTATCGAGTGTGGAAAGGCCTTTAGTAATGGTTCATTTCTTGCTCAGCATCAGAGAATTCACACCGGAGAGAAACCTTATGTATGTCACGTGTGTGCGAAAGCCTTTAGCCATCGTGGATACCTAATTGTACATCAGAGGATTCATACAGGAGAGAGACCCTATGAATGTAAGGAATGTAGGAAAACCTTCAGCCAGTATGCACACCTTGCTCAACACCAGAGGGTTCATACTGGAGAGAAACCTTATGAATGTAAAGTATGTAGGAAAGCCTTCAGCCAGATCGCATACCTTGATCAACATCAGAGGGTTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTATTGAATGTGGGAAGGCCTTTAGCAACAGTTCGTCACTTGCACAACATCAGAGAAGTCATACTGGAGAGAAACCTTACATGTGTAAGGAATGTAGGAAAACGTTTAGCCAGAATGCAGGCCTTGCTCAGCATCAGCGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTATGAATGTAACATTTGTGGGAAAGCCTTTAGCTACAGTGGGTCTCTAACTCTACATCAGAGAATTCATACTGGAGAGAGACCCTATGAGTGTAAGGACTGCAGGAAATCTTTCAGGCAGCGAGCACACCTCGCTCATCATGAGAGAATCCACACTATGGAGTCATTCTTGACTCTTTCCTCCCCCTCAGCCTCTATGTCCAGTCAGCTGCCAAGACCTGTAGGTTTTATCTCCTAAATATGCCTTGAATCTGACTCCATTAATCCATTTCCATTCTATTAATGTTTGTCCAATACACAATAATCTATTTGACACAGACGATGGGAAGGGCTTTCTAACCCACCCCCCTGTATTTACCATTTCCTGTTAGTAATCCATATTGCAGTCAAACTTGTATTTCAAGAGTCTGACCATATCACTTCTTCATTAAAACCCTTCACTGGCATCCCATAGGGCTTAGGGCAAGGTGCACATTGCTCAAAATAGTCTAAAAGACCCCTGCCCCCAGTACCTTGTCCCACTTTACCTTTCAGAGTCCCATTTCATGTGACCATCTCATTCCTGGGCTACTTATCAAAATTCAGAATTCATATTGCAGCAACAACTAGATCAGGGTTCCAGTTCTTACTGTTCCATTTTCTAGCCCTCTAGTTGTGGAGAAACATTTTGTCCCTTGTAAGCATCTTGTCTTTTTATTTCTATTACAGAAATAATAATGGTACTACCTCAAAAGTTAATGGGAGGATTAAATGAGATAATGCATGTAAATTGCTCAGCACAGTGCCTAGCATAATCAATAAACATTAATGTAAAATAAAAAGATAACTGTATACAAAGAAGACCTGATCATCTTAGCAGTGATTATCGATGAAATAACAAAACAGCTCAAGACCCAGGAGACTAAAGACTTTTGAGTAGAAAGAGCAGCCCTTGTTCTGAAGCTGAGTGGAAAGGGCATCCAACACAGTAGAGTTAATGCTGGAGTTCATGATGATAGAGTTAAGATGGTTGCTTCTGTTTCAGTACAAACATGGAAATATGATTTTGTTGATTAAAATTAAAAATTAACTTCATTATATATTCAACACTTTTAAGAAACCAGGTGTTAAACATCAATAAGTAAAATTTACTGAGATGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000000801:ENSBTAT00000053429:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.091 A=NA C2=0.088
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development