RnoINT0168412 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000034184 | Zfp583
Description
zinc finger protein 583 [Source:RGD Symbol;Acc:1562044]
Coordinates
chr1:71253340-71262129:+
Coord C1 exon
chr1:71253340-71253435
Coord A exon
chr1:71253436-71260654
Coord C2 exon
chr1:71260655-71262129
Length
7219 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
ATTTTCTTGGTATCTTTCAGATT
3' ss Score
10.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATTCCTATTTACAAACCAGTCGTGATCTCATTACTGGAACAAGGAAAAGACCCCTGGATGGTGCAGAAGAAGGGGGCCAGAGACACATGCCCTG
Seq A exon
GTGAGTGGGGATGAGCCAGGGAGGTGGGTGCCTTTGCAGTAGGTTTTGTTAAAGCATCTGGTCCATTTAGATCAGTGGTTCTCAACCTTCCCAATGCTGCAGTCCTCAAGTTGTAGTTACTCCAAACATAAAATTATTTTTGTTGCTACTCCATAACTGTGATTTTGCTACTATTATGAATCTTAAGGTAAATATCTGTGTTTTCCAACAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTCCAGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCACTTGCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCTCCAACCTCGTTTTCCAACAGTCTTAAGCCCCTGTGGAAAGTAGGAGTTGGACCCCCCCCCAGGTTGAGAACCACTGGTGTAGCTGGTACTCTGTTGTACTGAGTTTCTGGTTTAGAGTGAGTGAGTTATTAGGTACGCAGCCTGGGGCAGTAAAAGAAGAAAACAGCAATCTTCAGAAAGACATTGGAGCATCAGGTCAGAAGCCAAAATCAGCGGGACCTCCTGATTGACATGGAGGGTCCAAGCAGAGCGCCTCCTGCATGGAGAGTTCTGGTCGGCCGCTCCCACCACAAGCAGTTTTATAACATAGGGTAGACAGTAGCTGCTTTGGGAAGGTGCTTGGGAGTGTTTACCTCCTAGCTGTGTTCAAGGACACAGTGCTTTCTCTCTAGCAGTTCTCTCTCCTTCTCTTCTCATGGTGTTCTTTTATAGGATTTAGTTTTATTTTGTGTGGATGAGTGTTTTGTCTGCATAGTATGTAAGTACACCATGCAATACGTGCAGAGGCCAGAAGAGGGAGCCATGCCTGGATCTGGATTTACTGCCAGTTAAAAATCACTTTCTGGGTGTTGGTACTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGCAAGCGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCGAAAAATAGAAAAAAAAATCACTTTCTGGGTGCTGGGAACTGAACCTAGGGCCTTTGCAAGAGCTGAAAGCACAGTCACCTGTGGAGCCATCTCTCCAGCACCGTGAATATGGTGTTTCTCTTGGAGGCTATTCAGGTTTAAATTGGACAGCCTAGCCTATCCCCAGCCAAGGGGTCTTAGGGGATACTCTTAAGTCATGCGTGCTTAAGTCTGGAATTAGCTTCTTGGTGGGTTTACACAGCATGTGACAAGTTTCTAAAAAATTCATTCATTCTTATTATTATGTGTGTGTGGGTATTTTGCCTGAATGAATGTCTGTGTAACACATGTGTGCACTGCCCACAGAAGGCATCAAAACTAGTTACACCTGGTTGTTACGTACCTCATAGTTGCTTGAGGTCAAACTCAGTCCTCTGGAACAACAGCAAGTGCTGTTAACTACTACGCCATGTCAATTTAAAGACTGAATGTAGGATACATTGTAACATCAAGGCCTGGGAAGAGATGCTGAGCATAAGCCCCTGAGCTACTCTCTCGCTCCCCTATCTCAAAAGATCCTGACAACCCATTTCCCTCTTTCCTGCATCCATTGTCACAACCGGAATCCTTTGGGTTCTTCCCAAGCTTATAAACCATCGGAGACAGCCAAGGCTACACAGAGAAACCCTGACTCGAAATACCAAAGAAATAAGTATAAACCATCACAGAAAAAAAGACAGCACTCTCCAGGTTTGGGTGATGACATGAAATAGAGATAGTCAGAAGAACCTGGGTTGGTAGGAGGAGAGATGAGCTGGGCTAGAGGTATGAAGACCCCCAGAGCGTGTAGCTCAATCTGTACAGTGATTGCCCCGCTTGGTGAAATCCTGGGTCGATCACCAGCACTGCCTAAGCCTGCCATGGTGGTGCACACCTGTAGTCCCAGCATTGGGAAGACAGAGACAGGGGGATCAGGAGTTAGAGTTCACCCTCAGATACATAGTGAGCTCCAGACCAGCCTGGCTCTAGGAGATTCTGTCTTAGACAAGGAGAGAGGCGAAGAAGGGACAGATGAGAGAGAGAGATTATGGGTACAGAAAGCAGACTGCAGCTGAGCTGAAAGGCAGACTTAGAAAGTCGGATTTAGAGACACTAACTGAATGGTACATCTATCCTTAGGGGCTGAGAGGTAACCTCCAATATTGAGGCTTTGTGGGGAAGCAGATGTCTGAGAATTTTCTCGGCATCCTCTTTAGTAAATAGTCTCTTTTCATATAAGTCATCAGGTTTGTGTCCATGAACCTGAGCAAAATAATCTCATAACTTTTTTATATCGATGATAGTTTGTGGTTTTAATTTTTTGTTGGATATACTTAACATTTAGAAATGATGTATTAGGTGGCTAATTCATAAATTCGTTTTATTTTTCGAGATCCAGCACATGGTTTATTTTGTGTTTCTATTCTCTCTTTCAGTTTAGCGTGCTGAGCTCACGCTCTCTTGTTTGGTGATGAAATTGTCCAGGCCTGTGAGATTTCCTCTGTCTCATCAGCTGTCTCCTGTAGGCTCTGTAGATCGTGGATTTTGTTACTATTCTTTCCTATAGTTTTAAGTTTCTCTTTCACTTGAGTTGTTTGTTTTTGTTCTTTCAATTTGGGGTTTCCTCTGTGTAGCCCTGGCTGCCCTAGGGCTATGTAGACGGAGCTGTCCTAGAACTCACAGATATCTCCCTGCCTCTTCTTCCTGGGCGCCACCACTGCCCAGCTCACTCGAGTTGTTTAAAAGATAATGTTAGGGTTCAAGAATCCCTGAAGGAAGACCCCAAACTCAAATAGTATGCAAAGGTGAAGAGTGTTTATTCTGCAGAAATGACCAGCATGCATGGGTCAACCATTTTGCAATATAGTGACCAAGGAGTGTGATCTACTGTGTCAATTTAAAGCCTGTTAGGGGAGGAGTGGGTGACTTTTACCCTTCTTTCCCTTGATTGGTTGGCTCTATCTCCAGGGCCATCGGTGCCTTTATGATTGGTTAGGGCTCTGGGCACTTTCCAGGGTGGCAAAGCATTCTCGGATCGGCTGCCCACAGCTGTGGTTGGCTGACCACAGGTTCCTGGATCTGGGTTCTCACTTCTAGGAAACAGAAACTTAGAGGCCTCGTCTCCCAAACTGCCAGTTTACAACCTGGCATCAACTGGGTTCTGGCTAACTCAGTCCTCTCAATAATTTTCTTGTTTCATTACATTTTGGTCAGATTATTTTATTGTATTTGATCAGATGGTGCTAACATTGTAGACAGTAAACCGCATTCATATAACTCATACAGTCTGAGGCGTTTTGACACCGGTTACGTTATACTAAGTTTAGACATCATGTAGTACCATTTGTAAAATTGCTTCGATTATTTCAGAACATTTGCATTTCATATAAATTTTAGAATGAAAATGAGAATATTTACTCAAAGAGCTTTGTTTGGGACTATGTTTATATATCAGTTGAGAAAGAAATGACATTTAGCCCTGTTAAATTCCAACAACATGTTTTAATTTTCTCTAGTTGGTCATAGGAATATTTTATAATGCCCAGAATAATAGTCCGTTCTTCCTTCTTTCCTGCCTTCCTTCTTTCCCTCCTTTTTTCCTTCCTTTCTTTTTCTTACTATCTTTTTTTCTTTTTTGAGATAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGGTCTCAAACTCAGAGAAATGCTTGCCTTTGCCTGCGCCCCCACCTTCTCTCCCCTCCCACCTCACCTCTGCCTCCTGAGCACTGGGATGAAAGGTGTGCCTCACCACCATGCGGCCTCAGTGTGGTGTTCTTACTGCCTTTTGCACTTTTTTCCTGAAGCACTGAGGACTTTCTATGTAGTCATGCCATCTGCGGACATGGGCTGTTTTATTCTCCCTTTCTGCACTTCACCTTGTGTTTCCTGCTATCTTGCAATTGCTCTATAATGTTGAATGGAGGTGGTAAAAGCATATGTCGTTACAGGGCTCCAGTCTAATGAGGATATGTATTCTGTATTCTGTTTTTCACTGTTAAGTGGATTCCAACTGTGGGACTTTTGTCAAGCTATTTAGAAACAGATCCCTTGCTTTGCTAAAAAATTTAACAGTTCAAATACTCATTCTACATTTGTTGAGATGATCATATTTTTTTTTGGCTTGTTTTTTTGGTTTTTTAACTGTTAACATAAAACATAGTGAATGATTTTCCAATGTTAAATCAACCTTCCATTCTTGGATTAATTTTTTTGGATAAAAATTATGCTTCCCGTGTTTCGTTGAGTTTACTTTGCTATGTTTTGTTAAACAGTTTGCATTTATGTTTAGGCACTGCGTTGGTCTCTGGGCTCACTCGTGATCTCTTCGTCTGGCTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTGGGGGGGGGGCTTTGGGGGGGGCTGGGGACCGAACCCAGGACTTGCGCTTCCTAGACAAGCGCTCTACCACTGAGCCAAATCCCCAACCCCCTTCGTCTGGCTTTCTTATAACGATAATGCTGGGCTTGTGAAAACAATTCAGAGTCCTATCATCTTCTCCTTCAGAAAAAGCTTCATGCTATTATATTCTTTCCCCCTTAAATCTTTGGTGGAATCCACTAATGAAAACATATGTAGGAAGCAGAGTCAATGACTATAGGATTATTTTTTGATCCAATTTTTCTTGCTTCAGCTTTGGTAAGGGTTTTTCTTCCAAGAGATTGTGCATTTCAGTATGAGTTATCTACTTTATCAACTTATGTTTATAAAATTATCTTCTTAGTTTTATAGATTATAATTAACTTATTTCGCTCTTATGTTGCCAATTTTTCTCTCTTTTTTTAGATTTTATTTATGTTATTCATATGAGTACACTGTTGCTATCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGAGACCTCTGGAAGGGTAATCAGTGCTCTTAACCACTGAGCTATTTCTCCAGCCCAATTTTTCTCTTTTTTAATATAATGTTTTTTTAACATTTTATTTACTTCATGGGCATGTGTGTAGGCACACACATGATACAGAATGTGTATGGAGGCCAAAGACAAATCTCAGGAGTTGGTTCTTTCCTTTTACAGTGTGGGTTCTGGAGATCAGCTTTGGGTCATCAGGTTTAATGGCAATCCCTTTATGCCCTGAGCCATCTTACAAACCCTCCTGTTTTCATAATTAGTGGTCTTTATTAACTAATTTTGGCTTTACTGTCTCTGTTCATTGTGGCTACTTTGTTATTTCCTCACTTAGTGTGGTGGTTTTAATCTCTTTGGTCCAGGGCGTGGCACTATAAGGAGGTGTGCCCTTGCTGGAGTAGGTGTGGTCTTGTTGAAGTAGGTGTGGCCTTATTGGAGGAAGTCTGTCATTGTGGGCATGGGCTTTAAGACCCTCCTCCTAGTTGCCTGGAGATCAGTCTGCTCCTGGCTTCCTTGGGATGAAGATATAGAAGTCTCAGCTTCAGCAATGTGCCTCCTGCCTGGATGCTGTCATGTTCCTGCCTTGATAATGGACTGAACCTCTAAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCCTTATAAGAGTTGCCTTGGTCATGATGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCCTAACTAAGACACTTTTCTACTACGTCTATTAAGATGCTTCTCTACTTCCTGTGGGCTTATGTTGGCCTTTTCTTCTGAGGTAGCCCCTCAAGGATTTTGTGTTTGGTTGTTCTTGTTGTTGTTCTTGTTGTTGTTGTTGTTAATTGTAAGCATTTAAATTACAACTGGTCTTAATACTCTGATAGTTAGTACATGCCAGCTATCATAATGCCTCTTAAAAATAATTCTTCTGAGGTTAGAGAACAACCCTCTCTGATTTCAGTCAGTCCTTGAAATTTATCGCGACACATTTTTCTTATGACCCATGAAAAACCCTGACTTATTGAACACACCATAAATACCTATTGGACAGTTGTTAGATGTATTTATATTGATAGAGAGTAGGATATGGTAGTCAATTCGGATGAGACTCTGCATTTACTAATCTTGGCCAAGATTTATCAATTTCGAAGACCCTGTTCTCAAAACACACAAAAAGGTAATGTTGGGCCACTGAGCTAGCTCATCAGGGAAAGGCATTTACCACCAAGCCTGATGACCTGAATTCTGTACTCAGGTCTGACATGGTAAAAGGAGAGAGAGAACCAGCTCCCACAAGTTGTCTTCTGACCTCGACACAAATGTCATAACATTCACTTATGTGCACACATTAAATAAATGTAGCTTTAAAAAGAAGTAACCTAATTGGGGATGGATAAGGGTAAGACAAAGTAACTTGTACTAAATAAAAGCAAGCGATTTGATAGAAAAGTATGTTTTCAGGAAGGCATGTTGGTTTCAGGAACCAACTGAGATTTTATATTTAGTTAGGACTTATTACAAAGAAAATTGTTTTCAGAAACACCTTTCCTAGAATGTAAAGATTAACCATAAAGTTTAATGACCCACCAGTCAGCCAGCATGCATTGAGGTCTGGGTATCCAGTGGGGGCACTTCAGCTACACGCGTGACATTCTAAAATTGACTTTTAACTTGAGAGAGGAAGAGAAGATGTTTGAAGATTATATTATTAACTCAGATGTAAGATCTTAATTGTCTCTAGATTTTAATTAATTAATTTTTAAAAAGACAATTGTGATTTTAGATGACCTCTAATATTTTTATTTTCTAAATTATATTTCATGGTTATGTATGATTAATTTAATTGACTACCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTTCTTCTTTTCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTTTGAAGAAGTAGTCTCACTATATAGCTCTGGCTATCCTGGAACTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCACAGGGAAGGGCCTGCCTTTGCCTTTCAAGTACTGGGATTAAAAGTGTGTGCCCCTGCACCTGGACCGAGTGCCTTTCCTAATTTAATTTTTTTTTCTTTTTTTCAGAGCTGGGGACCGAAACCAGGGCCTTGCGCTTGCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCCTAATTTAATTTTTAAGGTGCATTAAGAGATGTTAAATCTTTTCATTTCTTTTGTATTTTACCTTCTCTGAGCACTTTCTTTTCTTCTTATGAATGAATCTTACAACATCTATTTTCTTGGTATCTTTCAG
Seq C2 exon
ATTGGGAGTATGTTTTCAAAAGCACTGAATTTATATCAAAGCAAGATATCTATAAAGCATCTGCCAAAGTCCTGACAATGGGGAGAAGCCATTTTAGTTCCAGATTTGACTGTTCCAATTTGAAAGAAAACCATGAAAGTAAAGACTGGTTTAAGAACAGGTTGGGAGGTCAGGAGGTGTGTTCCAGTCAATCACTTATCACTCATAAAGAAGTCCCTGAAAATCAAAGTAGTGTGTGCAATCCATCTTGTCAAGCCTTCCATCAGGATGCAATACTAGATACACCCCAAAGTTTCTCTACCAAAGAAAGAATAGATCAGAGTGAACCACAAAAGAGAAGTTACCGGAAAAAGCCCATTGAAATGAAACACAAGAAGGTCCACGTCGAAAAGAAAATCCTGAAGTGTACTGAATGTGAAAAAGTCTTTAATCAGAGCTCGTCCCTTACTCTCCATCAGAGAATTCATACCGGAGAGAAACCCTACGCATGCGTCGAATGCGGGAAAGCCTTCAGCCAAAGCGCCAACCTAGCGCAACACAAGAGAATACACACCGGGGAGAAGCCTTATGAATGTAAAGAGTGTAGGAAAGCCTTCAGCCAGAACGCACATCTTGCTCAGCATCAGAGAGTTCACACTGGAGAGAAGCCTTACCAGTGTAAAGAGTGTAAAAAAGCCTTCAGCCAGATCGCCCACCTGACTCAGCATCAACGGATTCATACGGGAGAGCGACCTTTTGAATGTATCGAGTGCGGAAAAGCGTTTAGTAACGGTTCATTTCTTGCTCAGCATCAGAGAATTCATACGGGCGAGAAACCGTATGTGTGCCATGTGTGTGGGAAAGCTTTTAGTCACCGTGGATACCTAATTGTACATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAGACCGTATGAATGTAAAGAATGTAGGAAGTCCTTCAGCCAGTACGCACACCTTTCTCAACATCAGCGAGTGCATACTGGAGAAAAGCCTTACGAATGTAAAGTGTGTAGGAAGGCGTTCAGCCAGATTGCTTACCTTGATCAACATCAGAGGGTTCACACTGGAGAGAAACCCTACGAATGTGCCGAATGTAGAAAAGCCTTCAGCAACAGTTCATCGCTCGCACAGCATCAGAGAAGCCACACCGGAGAGAAACCCTACATATGTAAGGAATGTAGGAAAACATTTAGCCAAAATGCAGGCCTTGCTCAACATCAAAGAATCCATACTGGAGAGAAACCTTACGAATGTAATATTTGTGGGAAAGCCTTTAGTTATAGTGGATCTCTTACCCTACATCAGAGAATTCATACCGGAGAGAGACCTTATGAATGTAAAGACTGCAGGAAATCTTTCAGGCAGCGTGCGCACCTTGCTCACCACGAGAAAGTCCATACTATGGAGTCACTCTTGTCCCTTTCTTCTCCATCACCCTCTATATCCAGTCAGTTGCCAAGGACTCTCAGTTTTATCTCCTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000034184:ENSRNOT00000039438:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.009 A=NA C2=0.108
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]