HsaINT0187749 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198440 | ZNF583
Description
zinc finger protein 583 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26427]
Coordinates
chr19:56414345-56427364:+
Coord C1 exon
chr19:56414345-56414440
Coord A exon
chr19:56414441-56422890
Coord C2 exon
chr19:56422891-56427364
Length
8450 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TGTTTCTTGATATCTTTTAGATT
3' ss Score
9.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTTTCTGTTTCTAAGCCAGATGTGATCTCATTATTGGAGCAAGGAAAAGAGCCCTGGATGGTGAAGAAGGAGGGAACAAGAGGCCCATGCCCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTGGGAGTATGTATTTAAAAACAGTGAATTTTCATCAAAGCAAGAGACATATGAAGAATCATCCAAAGTTGTGACAGTGGGAGCAAGACATCTTAGTTATAGCCTTGACTATCCCAGTTTGAGAGAAGACTGTCAAAGTGAGGACTGGTATAAGAACCAGCTGGGAAGTCAAGAGGTACATCTTAGTCAATTAATCATCACTCATAAAGAAATCCTTCCAGAAGTTCAAAATAAAGAATATAACAAATCTTGGCAAACATTCCACCAGGATACAATCTTTGATATACAACAGAGTTTTCCCACCAAAGAAAAAGCACATAAGCATGAACCACAAAAGAAAAGTTACCGAAAAAAATCTGTTGAAATGAAACATAGGAAAGTCTATGTAGAAAAGAAACTTTTGAAATGTAATGATTGTGAGAAAGTCTTCAACCAGAGCTCATCCCTTACTCTTCATCAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATGCATGTGTTGAATGTGGGAAAACGTTCAGCCAGAGTGCAAACTTGGCGCAACATAAGAGAATACATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAAGAATGTAGGAAAGCCTTCAGCCAGAATGCACACCTGGCCCAACATCAGAGAGTTCATACTGGAGAGAAACCTTATCAGTGTAAAGAATGTAAAAAAGCCTTCAGCCAGATTGCACACCTGACTCAGCATCAGAGAGTTCATACTGGAGAGAGACCTTTCGAATGTATTGAATGTGGAAAGGCCTTTAGTAATGGTTCATTTCTTGCTCAGCATCAGAGAATTCATACAGGAGAGAAACCTTATGTGTGTAATGTGTGTGGGAAAGCCTTTAGCCATCGTGGATACCTAATTGTACATCAGAGAATTCATACTGGAGAGAGACCCTACGAATGTAAGGAATGTAGGAAAGCCTTCAGCCAGTATGCACACCTTGCTCAACATCAGAGAGTTCATACTGGAGAAAAACCTTATGAATGTAAAGTATGTAGGAAAGCCTTCAGCCAAATTGCATACCTTGATCAACATCAGAGGGTTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTATTGAATGTGGGAAGGCCTTTAGCAATAGTTCATCACTTGCACAACATCAGAGAAGTCATACTGGAGAAAAACCCTATATGTGTAAGGAATGTAGGAAAACATTTAGCCAGAATGCAGGCCTTGCTCAACATCAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTATGAATGTAATGTTTGTGGGAAAGCATTTAGCTATAGTGGATCTCTTACTCTACATCAGAGAATTCATACTGGAGAAAGACCCTATGAATGTAAAGATTGCAGGAAATCTTTCAGGCAGCGTGCACATCTTGCTCATCATGAGAGAATTCATACTATGGAGTCATTCTTGACTCTTTCCTCTCCCTCACCCTCCACATCAAATCAGTTGCCAAGACCTGTAGGTTTCATCTCCTGAATATTTCTGGAATCCACCTCTTGAATCCATTTCCATCCCATCATCCTTGTCCAATGCACATTAATATATTTGACATGGGATACTCGAGTAGCTTTCTAATTGGTCTCCTTGTACTCACCATTGTCTCTGTCAGATGTCCACATTGCAACCAAATTTGTATTTTTAAAAATATGTTTAATCTCATTTCTCCCTCATTAAAATCCCTCAGTGGCATCCCATGGTTTTTAAGTTAAAGCACACATTCTTCAAAATAGCCTAAAAACCTAGCCTCTAACACCTTGTTCCAGGTTACCTTCCAAAGTTTCTATCTTGTGTCACTATCCATCTCATTCTCTGAATACTTATCCAGGATTAAGATACATATTCCAGGATCAAAAAGACCTGGGTTCCAATCTTTGCACTTCCATTTCCTGCCCTCTAATTTGGGGGCAGCAGTTTGTGCTTTGTAAGCTTCAGTCTTATTTATAGTGTGGGAATAATAATGGTTCTACCTCAGAAGTTAATAGAAGAATGAAATAATGCATGTAAATTGCTCAGCAGCGTGCCTAGCATAAAGTAATTACTCAAACCATAATGTAAAGTAAAAAGATAACCATACTATACATAGAAAGCCAATCATCTCAGCCATGATTATCTCAGAAATAAAAAGAGATGCAGCAGCTCAGGACTGAGAGATTGTGAAGTTTTTTTTTTTTTAGGAATGGTAGGCATTTTTCTAAAAGTAGGTGAGGAGGGTATCTAACAGTAGGATTTACATTAGAGTCCATGATATAGGGTAAGATGGTGGCTTGTATCAGCATTCACTGGATATTTAACAGTTCTAAGATGCTAATGTCTTATTTTAAAAGTCTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTTGCTCAGGCTTGAGTGCAGTAGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGTGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCCTGCACCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGAGGGTTTTGACATGTCGGCCAGGCTTTTCTCTAACTCCTGACGTCCGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACATGCGTGAGCTACCGTGCCTGGCCTAAAAAGTCATTTTTAATAAGACAGTTTACTGAGATGTATTCATCATTTACATGTAAACAAAGGCAAAATCGAAATTAAAAAGAAATCTTGAAACAAGTCAGTAACCAATGATGAGTAGAAAATAAAGTATAAGTTTGAACCCCTGTTCTAAATCTGGGTGAATGAATTATATCAAATCTATGTCATTTAAAATAATAAAGGTTGTTAAATTACTAAAATTTCAAAACTAGTGAAGAAAAGAAACCAAAACTGTAGGTCAGTTCTCATAAACTGGCCCACAAACATGTTTGATTCTGTATGCATTAAGTTTAAAATACATATGAATACCTTCAGCAGACCATGTGTTTTCCCTTTCTCCAACATTCAAACCACTCCCTGATTCTTTACATCTGACCTCTTTTAATATTACTTCCTGACCCCAGAATTCTTTTGGCATATAATCAATGCAGTGATCAATTCACATGTGACTATAGATACAAACAGAATGACGAAAGTTTAATGGAGGATGAAAAAGAAGACAAATAAATATTTTATCCTTTATATGGTAAGACAGATTCACTATCATACTGATGTCAGTAGCCCATGAATTAATTTACAGATTCTACCTAACAAAATTCTAATAAATTTTGTAAGGTTTTAACATGTATGTGTGAACATACATATTCATGCTGTTACACATATAAAGAAAATTATAACAAAAGTGACCTATACCATCAGTGGTTTAACAGTTTTGGAAAAATTTATCGTGCTCTATACAACAATTCATTCCATATGTGAAAGTTACTTTCAAGTGCTTTATCTAAATGTGGAACAAACAGTGATTAGAGGAGTCTGTGACACACTCTAATCATGGAATGAGACTGGCCTTCCTAAACATGAGATTCAGAAGCCTCCCCACCTCCTGTCAACAAGTCATAGATTTGACTGTATAAGAACTTTATAAAGCTTTTATATGATCAAAGATAGTAAAAGATACAATATTTTTTAAACCTAAGAATGGGAGAAAATTATTGCAGCACATATAAACTATGGAATTCATATCCTTAACATAAAATTGCTCATAAAAATCCCTTAGGAAATGACGCTTTTCTCCAGCTCATAGTCAAAGGATATGAAGAGGCAACAGGTGACCAATAAATATGTGGTAAGTACTAAATCTCCCTAGGATCAGAAGAAATACAGTTTAGGCCAATGAAATACTATTTTTTTCAATATCAGATTAATAAAACTGCATTGAAAGCATACAAAAAGAGATACTATGCACTAATTTAAAAGAGCATGAGTTTGTACAAACTCTGGTAGGCAATTTGTCAACTTCAGAATTTTAATTGGGAAAAGTAGAATTTTATTTTGAAGTTCAAAAACTCGGCACACAATGTCTTTCCCTCCAGATTCTATTATACACATAGAACAATGTAAATGATTCTTAAAAAAAAAAAAAAGGTGAGGCTTTTGAGTGGATGAAATAATTTTGTAAAAGGCAAAACAGGGAAGAGTGTTCATGAATTGTAGCAGAAGATGCTGCATGTTATATGCGAATGACCGAAGGGTTTTAAAAATGGAATCTAGTCTGCCCAAAGGATCCCTAGAGAAGTTCAGGCTTGGAGTTGGCTTATGTACAGGCTGTGGCTTCTAAGAAGACATGATGAAAAGCCTCTTGAAGCCTTTGTATGTGAAAGTTATGTCAGTAGCCCTTGCCAAAAGCCTCCTCACTCTCCCCTCTCTTGTATAAGTAAATTGAATGGGATCCTTATTTCACACCATTAACAAGTATAAGTTCTAACTGAATAAAAATCTAAATGTAAATTACTAAAGCAAAAGTATTAGAAAAAATATAGTGGGATATGTTAACGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198440:ENST00000333201:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.091 A=NA C2=0.110
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains