HsaINT0187749 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198440 | ZNF583
Description
zinc finger protein 583 [Source:HGNC Symbol;Acc:26427]
Coordinates
chr19:56925714-56936400:+
Coord C1 exon
chr19:56925714-56925809
Coord A exon
chr19:56925810-56934259
Coord C2 exon
chr19:56934260-56936400
Length
8450 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TGTTTCTTGATATCTTTTAGATT
3' ss Score
9.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTTTCTGTTTCTAAGCCAGATGTGATCTCATTATTGGAGCAAGGAAAAGAGCCCTGGATGGTGAAGAAGGAGGGAACAAGAGGCCCATGCCCTG
Seq A exon
GTGAGTGAGAGAGAAATAGGGAGACAGAAGCCATTGCCAGGAAAAGCTCAGCAATTCTGAAAGATTTCAGTTCATAATTGACGTTTCCTGGGTAGCTCTTCTTAAAGACTCAAAGCCTGGGAAGAAATATTGAGGCATCTTTAGTATGAGCTCCTCAATTTGTTCTCTCTGTCTATATTCTCTCACAAGTTACAGTCTTCTCTGACAGTAATCTTCTCTGATAACCCATTTTCCTATTGTTGGATCCAGATGTCACAGCATCTCCCTGTCCTTGCCTTTTAGTTTTATACAAGTTGCTTGGTTTCATTTTTTAAAAATCCAGGTGCCTGTAATCCCAGCTCTTTGGGAAACCAGAGTGGGTGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACATGGCAAAACTAAAAATACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCCAGGCCTGGTGGCACGCGCCTGTAATCCCATCTATGTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACCTGAGCCTGTGATCTGAGATCGCGCCCCTGCACTCCAGCCTAGGTAACAAAGCAAGAGCCTGTCTAAAAAAAAAAAAAGCCAGGTTATTTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTCCCTTTCTCAGTTACTCATTCCTTTTAGATTGAAGGATTGATGCATTTATTTATTTATTTATTCTTTTACCAAGCCTCATTGACTTTATGTTTTGAGAAGAGGATTCTGCTAAATTCTTGGGATTATTCAGAGGCTTATACACCAACAAAGAAAAAAGAAAGCCAATTTTATTTTCAATTCTGGGTAACTAGAAGATGATAACACTTAATAGAAACAATCAGAAGCAAAAGTTGATAGGAGGAAAGATGAAAAATTTGGCTGTGGACATAAGAGGGTTATATATATAAGATGAGGAGAGTTCCAAGCAAAGAAATGCAACATGCAACTGGTTTAGAAGATGGGGGCTCAGAAAAATAGAATGATTTAGAGATGTCAGTGTGAATGAATGAGATCACTGGTCTTAAGAGTTTGAGAGATAAAGCCTGATGCTGAGGCCTTTGTGGGGAAGTGAATCTTTGATAACTTTCTCAGTATCCTCCATGGTAAATGGCATCTCTATAATTTGTCTTTGGTTAATATATATATATTTTTAGATGAGGTCTTGACCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCACCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACTACGCCCAGCTAATTTTTCTGTATTTTAAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTTGTGACCTCAAATGATCTGCCCACCTGGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATCAGCCACTGCCCCCAGCCTGTCTTTGGTTAAATTTTATGCATTTTAATTTTTCTAGATAATTGTCCTTTTCATTTAGGTTATCAGATTTCATGAATTTGAGCAAAATAATCTACAATTAGTTTTCTTTTATATGTATAATGGTTTCCAATTTTAATTTTTTATTTTGTGTAACTATTCTTTTTTTAAAAGAATATATTGGTCGGGCGTGGTGGCTTACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCATGAAGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAAGATGGTGAAACCCTGCCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGCAGGCTCCTGTAATCCCAGCTACTTAGGAGGCTGAGGCAGAGAATCACTTGAACTCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGAACTTTAGCCTGGGAGACAGAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATACATTTATTAGGTTGCTCTACTCATAAATCAGTTTATTTTTAAAGAACTAGCTTATGGATTTATGTATTCATATTCTTTTCCAATTTTGTGTTTTTTTCTGTACTAATTCATAAAATATTTTCTCCTTACTAATTCTTTCCTTCTAATTTTCTTATTTATTTTGATTTCCATAGTGCTGAAATGAGAGCTTAATCTATTAATTTAATTCTTTTATTTAGTAATGAGATTATTAAGGACTACGAATTTTCCTCTAAGTTTATCTTTGTCTATCTCCTGTAGATTCTGATACTTAGTGTTTTTGTTACTGCTGTTCATACTAGATAATCTACCTTAAACATTTTTTTCTTTCACCCAGAGTTGTTTAAAAGAGAGTTTTCTGGTTTTATTGTATTTGATCAGACAGTGTGAAGGAATTATTTACATACAGTAAACTGGATACATATAAATTGTACAGTTTGATGACACTTGCATATACCCATGAAACTGTCACCACAATCAAGACACATTTAGTATTTCTATCACCCCAAAAGATTGCGTGTGTCTCTTTCCATCTATCCTACTCTCCACTCCCAGTTCCAAACAAACATGAATCTGATCTTTATTTTTTATTAATTTGCATCTAAAGTAAATGGAATCATTCAGTATGTATTTTGTTATGTCTGGCTTATTTCACTCAGGATAATCATCTTGAAATTTATCTGTATTGTTGCATGTATGAATGCAACATTTCATTTATCCATTCACCTGGTGATGGACATTTGGGTTGTTTCCAGTTTGGGGCTATTATAAATAAAGTTGCTATGCAGCTGTCATGTACAGGACTTTGTGTGAACATATATTTTTATTTTTGGGGGGTAAATACTTAAGATGGAAGAACTGAGTTATATGATAGGTATATGTTTAACTCTGTTAGAAACTGTCAGTTTTCTGAAGGAATTATACCATTCTTCTAGCAGTGTATGAGACTTCCAGTTAATCCACATTCTCACCAAATCTTGGTATCGTCAGTAGTATTTTTAATTTTAGTCATTCTAAAGGTTGTATTGTGGTTTTAATATGCATTTCTGGAATGACTAATAATGTTGAGCCTCTTTTCATATGTTTACTGGCCATGCATATAACTTTTATGAAAACTTTGTTCAAACATTTTTCCCATGTTTTATTGGATTGTTTATCTTATGATTTGTAAGAGTTCTGTATATAGTCTTAAAACAAGTTCTTTATCATTTATATGTATTGGCTTATATGTATGCCAATTATGGCTTGCCTTTTTGTTTTTCTGCTGCCACCTCTGTTGGAGGCAAAGTTTGCAGTTTTTGTAAAATCCAATTTATTAATTTGTCTTGGTTGGTGCTTCTTATATCTAAGAAATTCTTGCTACTCCCAGGTCACAGAGATATTTTTCTAGGAGTTTTAAGGTTTTAGCATTTATATTTAGCTCTGTGAATGATTTTGAGCTAATTTATGTGTCTTGTGTGAGGTAAAGGTTGAGGTTCATTTTTTTTTCCATATGGATATACAGTTGCCCCAAGACCCTTTGTCAGGAAAGACTTTCCCTTCCTAATTCTATCACCTATCACCTTGCTACTTTTCCTGATCATTACTTGACCACATATGTGTGGGTATGGTTCTGGAATGTCTTCTGTTCCATTGATCTATATGTCTATTGTCTCACCAGTTCCATACTGCCTTGATTACTGTAGCTTTGTAGTAAGTTTTGATACCAGATAGAGCAATTTGTAAAATTGCCTTGACTGTTTTAGATCATTTGCATTTCATATAAATTTTAGAATGAAGTTGAGAATTTCTGCTCAAAAAACTTAGATTTTTGTTGGGATTACATTGATTCTGTATGTCAATTGAAAAAAACTGACCTCTTAACATTGAGTCTTCTAATATAAGTATGGTTTATTAAGCCATTTATTAGTCTTTAAAAATGTCTTGAAGTTGGGTGTAATGGTGTGCGCTGGTAATCTCAGCTACTTGGGGGGCTGATTTGGAAGGATTGCTTGAGTCCAGAACTTGGAGACTAGCCTGGACAACATAGCAAGACTCTGTCTGAAAAAGAAAAAGGAAAAATAATAAAATTTATCTTAAGAATATTTTGCAGTATCCAGTGTAGTGGTACTCTGTTAAATTTTTTTTCCTAAGTCTGTAATAGTTTTTTGAGTGCTATAATAAATAGAATTTTTTTTAACAATTCAGTTTTCTAATAGTTTGCCACTAGTAGGCAGAAATGTAAATTGATTTTTATATTAGCTTTACATCTTATGACCTCGCTAGATTCATTTAATGGTTGCCCTCACAGTTATTTTGTAGGTCCATGAGGATTTTTTGGATGGACAATCATGCTATCTACAAATACAGTTTTTTTTTCCTTCTGATCCTTATACCTTATTTTTCTTGATATATTGCAATGGCTAGGACCTCCTATATAATGTGTAATTGAAGGGGTAAGAGGAAATGTACTTGTGCTGTTTCAATCTTAAGGGAAAACGTATTCTGTCTTTTACTATTAAGTCAGTGTAAGCTGTCAGTTTTTCTTAGATGTCCTTGATCAGTTTGAAAACGTTACTTTCTATTCCTGGTTTGCTGATAATTTTTATAATAAATGGATCAGATACTATTTCTACATCTGTTGAAATGATCATGTGATTTTTTTTCTCTTTAACCTTTTAATATGGTGAATTACATTGATTGATTTTCAAATGTGAAACCAATCTTGCATTTTTGGGATAAACTCTACTTGGTCAAGATCATGCTGTTAATATTTTCCTAGATTTCATTTGCACAGTTTTATTAAAGATTTTGCCTTATGTACATGTGCTACATTGGTCTGCAGGTTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCTCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTAGGACTACAGGCATGCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCATGATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATTCTTGTCCTCGTGATCCACCT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Seq C2 exon
ATTGGGAGTATGTATTTAAAAACAGTGAATTTTCATCAAAGCAAGAGACATATGAAGAATCATCCAAAGTTGTGACAGTGGGAGCAAGACATCTTAGTTATAGCCTTGACTATCCCAGTTTGAGAGAAGACTGTCAAAGTGAGGACTGGTATAAGAACCAGCTGGGAAGTCAAGAGGTACATCTTAGTCAATTAATCATCACTCATAAAGAAATCCTTCCAGAAGTTCAAAATAAAGAATATAACAAATCTTGGCAAACATTCCACCAGGATACAATCTTTGATATACAACAGAGTTTTCCCACCAAAGAAAAAGCACATAAGCATGAACCACAAAAGAAAAGTTACCGAAAAAAATCTGTTGAAATGAAACATAGGAAAGTCTATGTAGAAAAGAAACTTTTGAAATGTAATGATTGTGAGAAAGTCTTCAACCAGAGCTCATCCCTTACTCTTCATCAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATGCATGTGTTGAATGTGGGAAAACGTTCAGCCAGAGTGCAAACTTGGCGCAACATAAGAGAATACATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAAGAATGTAGGAAAGCCTTCAGCCAGAATGCACACCTGGCCCAACATCAGAGAGTTCATACTGGAGAGAAACCTTATCAGTGTAAAGAATGTAAAAAAGCCTTCAGCCAGATTGCACACCTGACTCAGCATCAGAGAGTTCATACTGGAGAGAGACCTTTCGAATGTATTGAATGTGGAAAGGCCTTTAGTAATGGTTCATTTCTTGCTCAGCATCAGAGAATTCATACAGGAGAGAAACCTTATGTGTGTAATGTGTGTGGGAAAGCCTTTAGCCATCGTGGATACCTAATTGTACATCAGAGAATTCATACTGGAGAGAGACCCTACGAATGTAAGGAATGTAGGAAAGCCTTCAGCCAGTATGCACACCTTGCTCAACATCAGAGAGTTCATACTGGAGAAAAACCTTATGAATGTAAAGTATGTAGGAAAGCCTTCAGCCAAATTGCATACCTTGATCAACATCAGAGGGTTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTATTGAATGTGGGAAGGCCTTTAGCAATAGTTCATCACTTGCACAACATCAGAGAAGTCATACTGGAGAAAAACCCTATATGTGTAAGGAATGTAGGAAAACATTTAGCCAGAATGCAGGCCTTGCTCAACATCAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTATGAATGTAATGTTTGTGGGAAAGCATTTAGCTATAGTGGATCTCTTACTCTACATCAGAGAATTCATACTGGAGAAAGACCCTATGAATGTAAAGATTGCAGGAAATCTTTCAGGCAGCGTGCACATCTTGCTCATCATGAGAGAATTCATACTATGGAGTCATTCTTGACTCTTTCCTCTCCCTCACCCTCCACATCAAATCAGTTGCCAAGACCTGTAGGTTTCATCTCCTGAATATTTCTGGAATCCACCTCTTGAATCCATTTCCATCCCATCATCCTTGTCCAATGCACATTAATATATTTGACATGGGATACTCGAGTAGCTTTCTAATTGGTCTCCTTGTACTCACCATTGTCTCTGTCAGATGTCCACATTGCAACCAAATTTGTATTTTTAAAAATATGTTTAATCTCATTTCTCCCTCATTAAAATCCCTCAGTGGCATCCCATGGTTTTTAAGTTAAAGCACACATTCTTCAAAATAGCCTAAAAACCTAGCCTCTAACACCTTGTTCCAGGTTACCTTCCAAAGTTTCTATCTTGTGTCACTATCCATCTCATTCTCTGAATACTTATCCAGGATTAAGATACATATTCCAGGATCAAAAAGACCTGGGTTCCAATCTTTGCACTTCCATTTCCTGCCCTCTAATTTGGGGGCAGCAGTTTGTGCTTTGTAAGCTTCAGTCTTATTTATAGTGTGGGAATAATAATGGTTCTACCTCAGAAGTTAATAGAAGAATGAAATAATGCATGTAAATTGCTCAGCAGCGTGCCTAGCATAAAGTAATTACTCAAACCATAATGTAAAGTAAAAAGATAACCATACTATACATAGAAAGCCAATCATCTCAGCCATGATTATCTCAGAAATAAAAAGAGATGCAGCAGCTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198440-ZNF583:NM_152478:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.121 A=NA C2=0.116
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)