Special

HsaINT0186224 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000196387 | ZNF140
Description
zinc finger protein 140 [Source:HGNC Symbol;Acc:12925]
Coordinates
chr12:133660052-133684258:+
Coord C1 exon
chr12:133660052-133660147
Coord A exon
chr12:133660148-133682095
Coord C2 exon
chr12:133682096-133684258
Length
21948 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TTTTTTTTGGTATCTTTCAGTTT
3' ss Score
10.42
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTTTCCATTTCTAAGCCAGATGTGGTTTCCTTATTGGAGCAAGGGAAAGAACCCTGGCTGGGGAAAAGGGAAGTGAAAAGAGATCTGTTTTCAG
Seq A exon
GTGAGTGAGTTGGAAGCTGATGGGGAAATTTTTTAAAACCACTCAATTAGTCAATGAAAAAGGAATACTTTTTAATATGTTGATTGGAAAATTTTCCCTTAAAGATACTAGAGATACGCTAGGCACGGTGGCTCATGCCGGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGACGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGACACCCCATCTCTGCTAAAAATACAAAAAAATTTGCCGGGCTTGGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGCATGGCGTGAACCCGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGTCGAGATTGCGCCACTGCACTGCAGCCTGGGAGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAGATACCAGAGGTATAAAGACTGAAGTTTCACTTACAACTCCATAAAACACTACTTCATACCCAATTCTGTTTTTTCTATATTACCTAACAGCTGACATAGTCGACCAGTTCTCACCTTATACTTTCTTTTCTTTCTCACAGGTGTCTTTTTTGTTCCCATTGTTAGTTCTGTCTGGTCTCTGAATTTCATTTCTTTTTGTTTTTTCTTTCCTTTCTTTCTTCAAATGGACATACATTTCTATTGCCTGAATTCAACCTGAGAAAGAAAAAAAAAATTAAAAGTACATATTTTGCTGTTCTATTTAATCACCTTGAAAAGATTAATTCATTACTCTTTGATTAATTGATATTTATTTATTCCTTCACATACACTCTTAATATTTACAGAAATTTTAATCTTGTCAAATCTTTCTCAAGACTTTCTATTAAGTGCTACAGAGACTAGAGAGTGTGCAAAAGTGTAATAACTATCAAGGAATTCATGGCCTAGTGATGTGTCTAAATAGCTTGCATTAGATATCCTCAAATTAGCAGTACAGCAGTGAAAAAAGGAATTTCCAGTTGTCGTTTTAGGCTTGGGTAATTTGGATGCAGATAGTACTAGAGAAACAAAAGACAGAAAAAGGGTCAGTTTTGGAGAAAAGGTGATGAATTCTGTAAGTTCTGTAAATTCTATAGTTGCTTCTATAGCACATGTTTAATGGAGGTACACTGATTTTTAGAGAGAAAAGGAGGAATGCGTACTTTTTAGGAGGCAGCAGCTTAGGACTGATGAAACAGATGTCATGAAAACTGAGCTGTAGCTTTAAGGAAGAGTAGTGGTTCATATGAAATGCTGCGGAGTCCCTTAGGAGAATGTCCAGAAGGATTTGCAAAGGAGGTACTAATGTGGGCTGAAGCAGTGAGATGGAACAGGTGCAGGGAAACTTTGTTTAGTGGGAGCAAATGAGGAAAAATGTCCTTTTTGAATTAAAAAATAACAAAACTGATAAAAGCATGTACAAAGGAAGTGAGGAAAAAGGAAAACATGGAAGTTGCCTCTAATTCTACTACTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGAAGTCTCGCTCTTGCCCCCTAGGCTGGAGTGCGATGGCGCGATCTCAGCTTACTGCAACCTCCGCTGTCTGGGTTCAAGTGATTCTGCTGCTTCAGCCCCCTGAGTAACTGGGACTACAGGCACCTGCCACCATGCCTGGCTAAGTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTAACCTAGTGATCTGCCCGCCTAGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGCCTAATTCTACTACTTTAACACAGTTCTTGAAGTTTTTATGTATTCCTTCCAGGATCTTATTTTGAAAATTTTTTTCATTGTGAAATATCACACACAGACAGAAGTAATGCATGAACATACATGTACAGCTTAATAAATTATTATAAGGCAAACAGTCACGTGACCAAGGTCAATAAACACAATACTGCTAGGTTCCTTGAGAGCCTTCTGTGTGCTCATCCTAACCCTCCAATAAAGCTAATCATCTCTTTGCTTTTATGGTAAAGTAGCTTCCTTGGTTTTCTTTATTGTTCCATCAGCTCTTTGCATTTGTGTTCACTATAGTTGAGGTTCATGTGTTTGTTAACTTTATATAGAAAGATTTATAATGTATTTATTGATTTGCTTCTCAAAATTATTTTTAAAATGTTTTTGGCTGTGCATGGTGGCTCATGCCTATAATTCCAATACTTTGGGAGGCTGAGTTGGGAGAATCACTTGAGGCCAGGAGTTGAAGACAAGCCTGGGCAACATAGAGAGACCCTGTCTCCACAAAAAAATTTTAAAAGCTAGCTAGGCATGGTGGCATGTGCCCATAGTCCTAGCTACTTGAGAGGTTGAGGTAAGAGAACCACTTGAGCCTAGGAGTTTCAGGCTGCAGTGAACTATGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAATACAGCAAGACCCTATTTTTTTAAAAGTTAAAAGAATTTTTAACGTAATTGCTCTAATAGTTTTTTTCATTGTACGATAAGTATACCACAATTTATTCGTTCTACTATTGAGGGCTTCTTAAGTTTTTTGCACATTTAGAGATACTGCAAGCAATGCTGTTACTGTGCATGTATCCTGATACATATTGGCACAAGTTTCTCTGTGGTTTATATCTAGGACTGGAATTGCCAAGTTGGAGGATAATGCACCTCTTTATGTTATTAGATAATGCCAAAATGTTTTCCAAAGACCCTTGACTGACTTATACTCCCGCAAACCCAATAAGTGAATGCCTGTTGGGCATCGTAATTTTCATCTATCAGAAGGGTGTGCAGTGGTAGCTTGTGGTTTAAACTTGCATTTGTCAGGCCATTAATAAAGTTGAGCACCTTTTCGTATGTTTATTGAACATCTAGGTATCCCCATCTGCGAAGTGAATCTTGAAGATTTTTCTCTTGTATCTATTGGATTCTTTTATTGATTTGTAGAAGTTATATATTTTAGATAGAAATCCTTTGCTAATTGTATGTACTTCAAAATCTTTCACATGTGGCTTTTTTTTAACCTTCATAGCTTCTTTTGATGAACAGAAATTCTTAATTTTAGTGTAGTCAGATGTATCAATCTTTTCTTTTATGTTTAGTATTTTTTTAGCCTGTTTAAGAAATCTTTCCCTCCTAAGAGATTATGATGAAGACATCTTCCTATATTTTCTTTTAAAAAAGCCTACTTATTTTGCCATTCACATTTCGATCCATCGTTCACTTTATTTTGTCATGTGAGTTAGTAGTCAACTTTGCTATCTTCTGTATGGAGATCCAGTTATCATAGTACCATTTATTGATAGATCAACCATTTTCCTCACTGTTTTGAAATTAGTTAAATGTCAATTTTTGTGTTTGTATGTTTCTAGGTTCTCAATTCTCTTTCATTTTTCTCTTTGCTCAAATCTATACAGCCTTAGTTACAGATTTAATGATTAACATTTTATTGTATTTGTCTTACCCCTGCCCCTTTTTTTCTCTGAATTATTTTAAGTAAACAGGGCTACCATTTAAGAGTTGTTGCTGCAACCTAGTGTAGATCTAATCATTACCTGAACTATGTAGGCATCCAGGGAGCTAAGGGAGGTAGACAGATTGGAAATAAAGTGAAGAAGTAGACTCAAAAGGACCTGGCGATTGGCTAGATGACAGACATGAAGAAGACTGAGAAGTCGTGGTTGACATTAGTCTTTTTGGTGGTATGATTGTTTCCTTAGTTAAAAAAAAAAGGATCAGCAAGTTTGTAGGGGAGGGAAGATTATATTGAGACTTGTTGAGTTTGGGTCTCTGTGGGATACGAATATATAAATCCAGTAGGCAATTGAGTATCATAGTCAAGAGGCTTCAAATGCATATTCCTAGGCCCCACCCTGGAAATTCTAAATTGGTAGGTTTGGGGTGGAACCAAATAATTTGCATTTCTTTCTTTTTTTGGCTAGTCAAAAAAAAAAAGCGGGAGTGGAGGAGAAACAAAGAAATCTATAACTAGTTGTTATCAATGACTTATAAACTCCACTGCATTCAGACCAGCCAGAATTTGCATTTCTAACAAATGACCAGATGATGCTGATGCTGAACTAAAGTAGACATTTAGGAGTTACCTGCACAGCTTCTTAAAATTTTGAATTTTCTTTGTAGAATTGTTGCATACCTGTTATTTCTTCTTAAGCAACTTTCCCCAGTTTCTTTTCTATATTGCTTCTCTATAGGAATGCTAGTCAATTTGTATATTTATATCTCTTTATCTTTATTATACAAATAATACGGCTGAGTGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCTTGGCCAACATGGTGAAACCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGTGTGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTGGAAGAATCGCTGGAGCCCAGGAGGCAGAGGGTGCAGTAAGTTGAGATCATGCCATTGCACTCCGGCCTGGGCGACAGCAAGACTCTGTCTAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAAGGAAGGAAGAAAGAAGGGAGGAAGGAAGGAAGGCTCTAAATCTTTCTAGATTTTTTCCTGCAAATACCATTATTGTTTATAGAATAATTTCACTGCACTAAAAATTCTCTGTGTTCTGCCTAATCACCCATTCCCAACCCTTGGCATCCGCTGATTTTTGTTACTGTCTCCATAGTTTTGCCTGTTCCAGAATGTCAGAGAGTTGGAATTAACCTTTTCAAAATGGCTTCTTTCACATACTAATACATAGTAATATGCATTTTAGTTACATGTCTTTTCATGGCTTGATAGCTCTTTCTTTTTAGCACTGAATAATATTCCATTGTCTGCATGTACTGCAGTTTACTTATATGTTCACCTACTTAAGGACATTGTGGTTGCTTCCAAAGTTTTGACAATTTTGAATAAAGCAC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Alternative protein isoforms

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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
  • Autistic and control brains