BtaINT0165002 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015348 | ZNF189
Description
Bos taurus zinc finger protein 189 (ZNF189), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001099113]
Coordinates
chr8:92752418-92762917:+
Coord C1 exon
chr8:92752418-92752502
Coord A exon
chr8:92752503-92760208
Coord C2 exon
chr8:92760209-92762917
Length
7706 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGA
5' ss Score
8.91
3' ss Seq
CTGTTTTCCATTTATTCCAGATG
3' ss Score
10.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGAGTGGGATTATCTGGATCCAGCTCAGAGAAGCCTGTATAAAGATGTCATGATGGAGAATTATGGAAACCTGGTCTCACTGG
Seq A exon
GTAAGAATCTGCTGTTTCTTGGATCAAAATAGCTAAGAAACTGTAAGAAAGCAGAACACATGAACTAGTACCATACCAAATGGCTTTGTTCCAAGGCTCCAATTCAGACCTTTCAGCCATGAATTGTTTCCATGGCTCTCATCCCTACCGTCCTTACAGTGACCAAAATACAAGCTTTTCTGGCTTCCATCCTCTTAATCTCATTCCCATATTGCTCTGTACTTTGCCTCCTAGCTCATCTTCCCACTGCTTTCCTCCCACCCCTTTTCACTCTGCCTTCTGGAGCCCCTGTTTCTCTTCACATGGTGTTCCCTACCCCTCCTGGCCTTAACTGAAACCTGGCACTTTCCCAAGGACACTACTTCTCTGGCAGGGGCGGCTTATTCTCCCACATCCTCTTCCTTCCCCATCTTTTGTCTCAGGGCTGAAAGGGAAAAATAATTGTTCTAACTTTTTCAGTACTGTTCCCAAAGCATTAGTTTTCTACCTTCAAACGTAATTTCTCTTTTGAGGTCTCAGCTGTCTTGCTCTACCCTCTTAATTTCTTTTCACTATCATCTGTCAATTTATTTATTTTATTATTTTTTTTTTGGTGTCTCACACATAGATTTTGTCACATTTCGGAATCTTCTCTCTGTTAACCCACACCATCATGCAGTCATTACTTCTGTCTCACTATATCTTCAAGGACCCTGCTTTTCCATTCTTATTAAGCACTTCACATCAATGATCACACCCTCAATTTTGTTATAACAGGCAAATTTTAAACCCCAATATCTTGTATTTTGACTAATAACCTTAGTCTTTCTCAGGTAGTAGATGTTTATTGACTATAACTAAACAAGTCAACAAAACAGACATGATCTCTGCCCATGTGGAGCTTACTATAACTTCCTACCTGTCTACCTTTTCTCCTTTCCTACTGAACCTGTTTATTCTTAATCTTTCCTGTTCCTTGACTTCCTTTTTTCCTCCCAGGCTCTTAGTTCCCTCCTGCTTCACCTTCTCATCTAACCATAGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCATGTCCGACTCTGTGCAACCTCATAGATGGCAGCCCACCAGGCTCCCCTATCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCATTCCCCCCTCCAGTGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCACTCAGTCATGTCTGATTGCTAGCGACCCCATGGACTTCAGCCTACCAGGCTCCTCCATCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGTTGCCATTGCCATCTCTGCTAACCCATAGATCTATATATAAAATGATCACCAGCATGCTGTCTTGCCACTTTGTCATTATGTTCTACCCATTCTGCAAACTTGAAGTCCTGTACTGGTTATAAAATCTGCCTTTTTCTCTTACCTGATTTGCTGAACACAGCAAGAGAAGTTCTGTAACTGAAAGAATTGATGCCCTGCATATATACAGGTGGTTTCCTTCTGGATATAAAAACCCAGTGGTTTTATCAGCAAATTTTTTTATAATTGATTTGCTCCTACCCCTGCTTCTTTTAGTGACTGTTTCAGAAACTTTGAGTTTTCCTTGGGTTCATCACTCAGTGGTGGACCTCACCTTCTGTTTCACAGAGAAGATAGAGACCACCACACATGAACTCTCAAGTTTTCTACCCCTCATTGCACACATAAGGTTGCACATTCTCCAAGAATGTATCAGTCTTCCCCCGCCACCCCCCACCCGTGTAATTTGATGATAGGTATGTTCATGGCGCCAGAACAGTCTTTCTTGCTGCTCCTGTAACCTACTACTTATTTGCTTCACAGCCAGATTTTTGTAAGAGTGGTTAATGTGTATTCTCTACTTTTTTACTTCCCGTTATCTCTAAGCCTCTTTTTGTACCTCTGCCACTTACCTTCAGTTGTTTAACATTCATCAGTAATGACCCAGTTGTCAAATACAGTAGATTCTTTTGGGACTTCCATTTCTTTATAGATATTTGAAACTCTTTATTGCTTCCTTCTATTTCTTTGCATTCTCAGACTTTCAGTCTATAAACCTACCTTGGCAGATCTTAGTTACACTCAGGTAATCAAGTATGTCATGATAAGTCTCAAATCTTTATCTCTACTTAAGTAGAGAGAAAATATGGAGCCTAGCTGCCTAAATAAAAATCCCAATTCCACTACTTATAAGACTTGTGACCATGGGTGAATTACTTAACCTTTCTGTGCCTGTTTTCTTTTTTTATATAAAAATGGAAATAATAATAATCCTAATCTTAGGATTATTGTGAGCATTAACTCAGTTAATATATGTAAAGCATTTAGAACACTGACAGACACGTATTAAGTACAATGTATAAATGTCAATTGTTAGCTTCATCATCATTGTCATTATCTTCTCTGTTGAACTCCAACTTCTTAGTCATCTCCTTTTGAAGACCACATAAGTAACTCACATCTGGCAGATCTCAAATTATCTACCAAGATATAAGGGCCTCCTCTTCAGAATTCAGTACTCCATTCTCTGTGCTGTCTTTTATACACTTCCATTGTTGAATTTATTATAGTGTACCGTAATTATTATGTTATATCTCTATGCAGACTGATCTTCAAGAGGATAGTAACTGTATTCTTTCATTTGATTTCTCCAACACTTAGCACAGAGCCAGGCATATTATATGCTTCTTAAATATTTGGGTGACTGAGTGAGTATACTTAAGACTCAGTATCTTTTGACAAGATTATTGCACTAGCTTGTAATCTAGCCCCTTGCCTCCAGTCTCCCTTTCTTCTAATATATTCTCTTTATTGCTACCAAACTGATTTTGTGTTAGTTAACTGCTTACAACTTCTGGTGATTTCTGACACCTTAAAGGATTAAAAAACAAAAAAAAAATCTTAATTTCTTCTCCTGTATACTGGAACCACCTTATATAGCTCCTGTGTAGCTTTCTAGCCTCATCTGTTGTTTTCAGCATACGACTTCATTCTCCAGCCACATCAGATGCTAGGTTTTTTTTCCATTATGCTATGGTATCTCTGAGTCACTGACAGCTTTTTCCACCCATATAGTGTCCTGGTTGATAATATCAGGTGAATGCCCAGCCTTGCCTGTGCCTAGTATTGTAAAATAGCAGTGAGCCCATCTGTGATCTGCGTTCAGGCTCTCTTCTTTATTGTAGCTGAAATGCAGCTTTTCATGAGTTATTATTTCTTCCTCCACAATCTTTTCATCTTCCTGTATAAATTCTGTATCTACCCCCTTGATTTGTGCTCCCTTGATGAGAGATTATGGTTACTCAACTATTCCAGTGTAGTGTTTTCTGGCATTTCATCCTGTTACTCTACTTAACACAGCTTGTCTAGCTTGGTAATTTTGCCTCTTCAGTCATACCTATCCTTTCCATGCTGATTTTTCTTTAAAACCTGCAATAACTACATTGATGACAGCTTGATCTCTCACTTCTTGACCTTTCAGTTCTTTCAATTAATGTAGACTTCTTCAGTTTTGATAACTTCTCTCCAGACTGCTAGAGCCAGATTGGACCTTAGTCTCTTTCCAAATATTTATTCAACTGCTCATTCATTCAATAAATAAATATAAAGCATTGTGGTTGGCCTAAAAATGCAAGTCCTTCCCCATTCTCTTATTGTTTTGTTTTGTTTTTTTCCTAGAAAACTGAGAGAACTGCACTTTGAGGCACCTGTTTACTCTAGAAAAATTAGCTATGACCAGAGGATGGGAACATACAGTACAAGCATGGCAGGTACCTCAGAAGGTGGTTACAGCTACCAAGCCCAGGTCTAATTGCTAGTCATTCCCAGGCTGCTCTGTTTGGCAGCCTAGATTCACTTGTTTTACATGTCTCTCTATTTGACCTATTTGTTTTCATGCTAGTGCCTCTGTGTTTTATTTACTTTAGCAATATATTATATTTCATGTCTGGTAAGATAAAGTCACTCTTACATTCTCTTTGAGGTTATACAGTTGACCCTTGAACAATATGGGTTTGAAATGTGAGAGTCCGCTTGTTTGTGAATTTTTTTCACTAAATATGTACTACAGTACTATACAATCTGCAATTGACTGAATCTGTAGGTGCAGAACCATGGATATAGAGGGCCAACTTTAAAGTTATATGTACATCTTCAACAGAGTGGAGGATCAGTGCCCCTAACCTTCATGTTGTTCAAGGGTCAGTTGTACTTAACTAGTTTTCTGCATTCTTCCAGTTGAAATTTAGATTCATTGGGGTTTTTTAATTGGTTCATGGGATTTTGGATTGAATAGTTGTTAGTTGGTTTGGGAAGAAGTAAAAGCCTTGTAATATTGACTCTCTTTGGCAATTGGTTGATTCTAGTTAACTGTCTTATGTCCTTCAGAAAAATTGTATGGATTCTTTTATGGATCTTGCATTTCTTGTGAGATATATTCCTAGGCCTTATGGTTTTTAATATGAAGAGCATATTTCTTTTCCTATAATATTTATTAACTAGTTATTCTTGGTAGTAAGAACCAGTATTTGTTCTATATCTTAGTCCTTTCATAGCTATTATATTTCATTTAATTCTTTTAGGAATTTTGGGTAGGTGGTCATTGTTGTTCAGTTGCTAAGTTGTGTCTGACTCTGCAACCCTGTGGACTGCAGCATGCCAGGCTTCCCTGCCCTTCACTGTCTCCCAGAATTTGCTCAGATTCATGTCCATTGAGTTGGTGATGTCATCTAACCATTTCGTCCTCTGCCACCCATTTTCTCAGAATTCTCCACTGTGACTTGTCTGTCTTGGGTGGCACTGCATGGCATAGCTCAGAGATGCATTGAGTTATACAAACCCCTTTGCCACGACATAGCTGCATGAAAGGGAGGCAGTCATATCATCTGCAAATAATGTAATTTTGTATTACTACTTTGAGTAAAACCCTGGAACAATATCCACTGAGTAAATGTTATGAAAAGACATTAACACAAAGTCTCAGAAAG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Seq C2 exon
ATGTTTTAAACAGAGATAAGGATGAGGAGCCAACTGTGAAACAAGAAATTGAGGAAATTGAGGAAGAAATGGAACCACAGGGTATAATAGTTACAAGAATCAAAAGTGAAATTGACCAGGATCCCATGCATAGAGAAACCTTTGAACTTGTTGGTAGGTTAGATAAACAAAGAGGAATCTTCTTATGGGAAATACCAAGGGAATCTTTGACCCAGGAACAAAGAATGTTCAGAGGAAACACTAACATTATCCGTAAGAGACCAAATTCAGAAGAGAAATGTCATAAATGTGAAGAATGTGGAAAGGGTTTTGTCCGCAAGGCTCATTTCATTCAACATCAAAGGGTCCATACTGGAGAGAAACCTTTCCAATGTAATGAATGTGGGAAAAGTTTTAGTCGCAGTTCATTTGTTATTGAACATCAGAGAATTCACACCGGGGAAAGGCCCTATGAGTGTAATTATTGCGGAAAAACCTTTAGTGTGAGCTCAACCCTTATTAGACATCAGAGAATCCACACTGGAGAGAGACCCTATCAGTGTAATCACTGTAAACAGAGCTTCAGCCAGCGAAGAAGCCTTGTTAAACATCAGAGGATTCACACAGGTGAGAAACCCCATAAATGTAGTGACTGTGGGAAAGCTTTCAGTTGGAAGTCACACCTGATTGAACATCAGAGAACACACACTGGTGAGAAACCCTATCACTGTACCAAATGTAAGAAAAGCTTTAGTAGAAATTCGTTACTTGTTGAACATCAGAGAATTCACACTGGGGAAAGACCCCATAAATGTGGTGAATGTGGGAAGGCCTTTAGATTAAGTACATATCTTATACAACACCAAAAAATCCACACTGGTGAGAAACCTTTTCTTTGTATTGAATGTGGAAAAAGCTTCAGTCGGAGCTCATTCCTTATTGAACATCAGAGGATCCATACAGGTGAAAGACCTTATCAGTGCAAAGAGTGTGGGAAAAGCTTCAGTCAACTTTGCAACCTTACTCGTCATCAGAGAATTCACACAGGGGACAAACCCCATAAATGTGAGGAATGTGGAAAAGCCTTTAGTAGAAGCTCAGGTCTTATTCAGCACCAGAGAATCCACACCAGAGAGAAGACTTATTCATACAATGAAACCAAGGAAAGTTTTGACCCAAATGGAGGTCTTGTTATACAACAGGAAGTCTACCCTAAGGAAAAATCTTATAAATGTGATGAATGTGGGAAAACTTTCAGTGTCAGTGCTCATCTTGTGCAACATCAAAGAATCCATACTGGTGAAAAACCCTACCTATGTACTGTATGTGGGAAAAGCTTCAGTCGGAGCTCGTTTCTTATTGAACACCAGAGAATCCACACTGGTGAGAGACCCTATCTTTGCAGACAGTGTGGCAAAAGTTTTAGTCAACTTTGTAATCTTATTCGACATCAGGGCGTTCACACAGGTAATAAACCCCATAAATGTGATGAATGTGGGAAGGCCTTTAGCCGGAACTCCGGCCTGATTCAGCATCAGAGAATACATACAGGAGAAAAACCTTATAAGTGTGAGAAGTGCGACAAAAGTTTTAGTCAGCAGCGCAGCCTTGTCAACCATCAGAAAATCCATGCAGAGGTGAAAATTCAAGAAACCCATGAATGTGATGCTTGTGGTGAAGCCTTCAATTGCCGCATTTCTCTTATTCAGCATCAAAAATTGCATGCTACATGGATGCAGTAATGTGGAGAAATATTTAAGTTCAGTTTGACTTGAGACCAGGTACCCAAGTGCAGTTTCAGTATGGCTCAGTGTGAGTCACTCTTGGTGATCAAAGCAGATTCTCTTTGGCCTCAGGCACATGGTTTCTAAAGATTCTGTGAATAGTGGGCAGTGCCCACATGCAGTTGAAGACTTCACTACTCTTCATTTTGATCAGAGAAAGACTCAGTAATTTAAGCATCTTTTTTTTTTCCCCAGATCTCTCAGTGGAGAGGTTAAATCCAAGTTCAGAGCACTTAATTATAATTAATAAAAGGGAGAAGAACAAAGTTGCATATGCCTAGGGGAGCTGGAAGCAGCTGATGTTAGAAAACTTAGTCCTCTGGCACCGAAATATATGGTGGTTCTTTGAGTTCCACAATATGTTTGGCTGTGTGTGCCAAAGTTCAGTAGTTAAGCATATGTTTTATGTTTTCAAGGAAACAAAGCCCCCGTTTTTTTTTAAGAACTGACATCCAAAGCTGTTCTTGTTGAAGCCAGTTTGGCATGTGGCTTAAAGGCAGTTCCAATGCCATGTGGTTCCCAGATCTGTGAAATGAGTGGACCATTAATTTTACATGTAAAGATTATGTAACAAACCTAGCAAAGGTGTTACCAAGGAATCTTTGGTAGTGCCTTTTTTCCCCTAAGATGGGCCCAAAAAGGTGGAGGAAGACACTGTTCTTTGTGTGCACTCCATTCTGTGAAAGATATTTGTAGTCCTAGACAGACTAAATCTTATTCCTCTACTACCAGTAGCATGTGAAAGTGTAAATATTTTGATTACTGAGAGTTGGAAATAAGACCTGGAGTCTACGCTAGGAGACAGATATTTTGGTATGCCTTGGTTTTTATGGTAACTAGACTTTGCATGCAATCTTTATTTCTGGTTCTAGGGCTTCCCTTAGTTAATGGTTATTATAAACCTATTAATTCATTTGTTCTAGTCATTAAATCTGTTTTGTTTTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015348:ENSBTAT00000020403:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.328 A=NA C2=0.119
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=FE(93.3=100)
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF097235=Zn-ribbon_8=WD(100=7.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.5),PF139121=zf-C2H2_6=WD(100=4.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]