RnoINT0167837 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006972 | Zfp189
Description
zinc finger protein 189 [Source:RGD Symbol;Acc:1306510]
Coordinates
chr5:64790588-64800810:+
Coord C1 exon
chr5:64790588-64790672
Coord A exon
chr5:64790673-64798333
Coord C2 exon
chr5:64798334-64800810
Length
7661 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGA
5' ss Score
8.91
3' ss Seq
TTTATTTACAAATATTTCAGATG
3' ss Score
7.72
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGAGTGGGGTTATCTGGATGCAGCTCCGAGAAGCCTGTATAAAGATGTCGTGATGGACAGTTATGGAAAGCTGGTCTCGCTGG
Seq A exon
GTAAGAATGTGCTGTTTCCCTAACTAAGATACCTAATAAGGTGCTAACACTTAGACCCAGAATGTTTCCAGCAGTATTACTAACACCAGTACTGTTTTGTCCCAACATTCTGATTCAGATCTTTCTACGACTCTGGTATCCCTAGCTTCCTTGTCAGCAAAAGCCAGCTTTGGCAGCTTTCTAATCTCATTCCCGTACCACTCTGTTCTTCCCTTCCCGGTTCATCTTCCCACGGCTTTCCTCCCACCCTCTTTCACTCTGAGTTCTGGAGCCTGGGTTGCTGCTGTGTGATGAACACAGTGTTCCGTACGTCGCGCTTCTGCCTACCCTGAAACCTGGCGGGCTGCCGAGGACACCACTTCTCTGGCAGGCCTTCAAGTGGGGGCTGCTCATTCTTCCAGGTCCTCCTTCCTCTTGCCTTGTCTGAAGACATGGAGGCAGAAATCAGTTGTTCTCCCAGCTCTCCAGTGCTCTTCCCAAAGTTTTCCACCTTCTAAGAGCATGTCCTTGTGTGGTGTCAGCAGTTCTGTTCTACCCACTCTTCCTGTTTATCATCATCTGTCACCTTTTTTAAGTCTTTGCTGCTTAACCCAGTCATTGAATGAGCCGCAGTGGGTCTTGGTCGTGTAGACTTCAGGAACTCTACTTTCCGTACCTAATAACTACTCATGTCGTTGGTTGGGTCTTAACTTTGTTATAACAAGCAAGTCTGAAAACACAGTATCCTGGTCTCTGACCACTGTCGACCATAACTAAGCGAAGAGCCAAAACAGGCTTGCTTCTTGCCCTGTGTGGAACTTAACTGCAGCTTACATTCCTGTCTCTCCTTCGGCTTTCCACCTGAACCAATTCATTTGTAAGATGTTTTCTGTCCCCTGATGTGTCCACGCCGCTCTATGGTTTCAATCCTTTCCCAACTTGTGAAGATCTCCTCTAATTACCAGCATGTTGTCTGGTCACTTTAATACTATGCTATACTTGCTCTACAAATTTCAAATTGTGTACCTTTTATAAGATCTGTCCCCTTTGTCCCTGTCTACCTAATTCCCAAGCACTGTAGGAAAAATTCTCCAATTAAAAGGATCAGTCTCATATACGTATCTAGTGAGGAGGGTTTGCGTTTGTTTGGTTTTGGTTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTTTCTTTTTTGACACAGGTTCTTCACTGTGTAGCCCTGGTTAATATGGAGCTCAGTATGTAGACAAGGCTGGGCTGGAGGTCACAGAGCTTCACTCATCTCTGCTTACTAAGTGCTGGGATTAAAGGCATTCCCACCATAGTGTGTGTATGTGTTTCCTGATTTATACATTGGGTTTATATCTGTGATATTTCATTACGTCACATCTTTCTCTCTTAATTTTAGTAACAGATTCAGAATTTAGAATTCTCCCACCACTCTCTGGGCTTCATCTTCTGTCTCTCACAAACCAAATCGTGGTCACTAACATGAACTCTGTGCACACCCTTAAAGCAGCTTCTGTCATTTCAGAAGCTAAGTCTCCGTTCTTTCTCCCTTGTTACTTATAAACATTGGAGAAGGTTGCTAGGGACCAAGCAAACCTAGGGCCTAGTTTATGCTAAGCATCTTTTCTACCAACAAAGTACATCCCAGCTCTTTACCCTTAGTAACCCTTATTCTAATAATTAGTTTAAATCATGGTCTTCCCAACTTGTGGCAGGGAAGGAAACTTAACTGGACCAATGGCTCCCTCTTGCTGTTTTCTGTGATTTGCTACTTTTTTTTTTTTCCTTTTGGGCCAGCCAAGGTTTTATTAGTTCATGTATATTTTATAAAACTCTACCTTCTCCTGTCTGTGATTTTTGTCTTGTTTCCTCAGTCTTCTCAGACACATTTCGGATCATATTCTACCTCTTTATGAATGTTTATGACTTTGTTTTGTTTCGAGACAGGTTTTTGCTCTATAGTTCAGGCTGGCTTCAAATTCACAATCTTCCTGCTCCAGTCATCCAGACTACTGAGACTCCAGGCATGCCCCACTACACATCGGCTTAAAACTCTGTATGTTTCTTTCTGTGTCCTTGTGTTCCTTACTTGTATATCTCCTCTGCTCAGAGGACCTTACCTATACTCAGATCATTGGCTGCCAGCACTCGATGGTAAATCTCACCTAAGAGAGACGGTGTGGCACCCACCTACCTCGTATGTGTGAATCTGATTTCTTCCAGTGCCAGTTTTATGACTGTGGGGAGGTTCTTTTATTTTTCTTCAGTAAGTGGAAATCATAGCAACATGTACTTCTTAAGTTGTTCTTTCTATAACTGGGTTAATATATGGATAAAGTACTTAAAATGCTGGTCAACAGATAATAATAGTAATGAATGTCTCAGTTGATACCCCCCCCCTTGATTGGTATTTTTCCTTGTCACCTCTGTTGAATTCCACATTTACAGTTTTCTTCTTTTGGAAACAATGTAAGTTATGTCTGACAAGTCTTAAGGTAGTCCACGGAGCTCTCAGGAATCTTGTCTGCACAGTGAAGTCCCTTCTCTTTGTTACTTTGTCTTGACTGCCATTTCTGTCATTCTGCAAATCATTTTTTATGTTCATTCTATTGACACACTGGTGAGCCTTGAGGACAGTAACCATCTTTTTCATTGCATGTTTTCAACACTTACCGTAAAGCTAGGCCTGAATAGTCGTGTTTCTGAGTAAGTATACACGCTAATTTAAGAACTGTTTCTCCTAGTTGGATTATTGCCTTAGCACTAAACTCCTTAGCACTACTCTAAGTTCTTGCCACCAAGATGATTTTGTACTAGTATATGTCTAAAACTTTTGATGGTTTCTAATGCTATAAGAATAAAAGAAAATCTTAATTTTTGATCACACTAGAAGCTGAACAAACTCACTGACAAATTGCTGGCATTTGAGGCTGAGTTGCTTACCCAGGAGGAGTGCAGTTATTTGGATCCAGCTCCAAGAAGCTTGTATAAAAATGTCTTTATTTAATATTAAGAATAGCTTTTCACTGTTCATTATTTCTCCTTCCACAGTCTCTTCAATAGGTGCTTACTTTCTTTCGCTTGATGGTGCTCCCTTCCCTGATGGATGCTCCCTTCCTTGATGGATGCTCCCTTCTCGGATGGATGCTCCCTTCCCTGATGAGTGCTCCCTTCCCTAGTGAGTGCTCCCTTCCCTAATGAGTGCTCCCTTCCCTAATGAGTGCTCCCTTCCCTAGTGAGTGCTCCCTTCCCTAGTGAGTGCTCCCTTCCCTAATGAGTGCTCCCTTCCCTAGTGAGTGCTCCCGTCCCTAATGAGTGCTCCCGTCCCTGATGAGTGCTCCCTTCCCTAGTGAGTGCTCCCTTCCCTAATGAGTGCTCCCTTCCCTAATGAGTGCTCCCTTCCCTGATGGATGCTCCTTTCCCTAGTGAGTGCTCCCTTCCCTAATGAGTGCTCTCTTCCCTTGATGATACTCCCTTAACCCCAGATCACTGTGCTCTGTTGGTCCAATGTGTTATTTTCCATTTCATCTGATATTTTTTCAAAACATACCTCTTTATATTATTGGCTCTTCATACCTTTTCATGTCCATTTTTTTTCTTTAAAATTTTAATAGCTAAATTGATGATATAGGTAATAGCTAATCACTTAGTTCTTTGGTTTTTATTTCAATGACTCATATTGGAACTTAGAAGAACTGAGAGTCATTGAGCCTACAAAACCTTGAGCTCAACTTTTTCCTTCCCTTTGATCATGTTCTCCCCTCAGTTAAAGTACTCATTAAATTAACAGTTATTAAACACTGTGCTAGGCCCTACCGTTCCAGTTCTTCATTCTCCCATTTAGTTAACCAAAAGAAATGTCCATTGTATAATCTGTTAGATAGCACAATTATCAACTGCGGCCAACAGGTCAATCTGTCCCACAGCCCATGTTCATAAATCAATTTTTATTCAAACAGGCAAACCCACTCCTTGATGTAATGTCTGTAATACTTTTGAGCTATAATGTCAGGGACTATATAACGAGAGTGGAAATAATGTCTGATCCTTTATAGAAAAAGTATAACAACTACAGCTCTAAATTTGATTGAGATTCATGTTACCATCAATATCTTCTTAGCTATCAGATTATTTGTCGTACTATGTTAAAGATATTGATTCAGGCTAGTATGAGCCAGTAAGGGGATTTTTTTTAATAGGACCATATTTCTTATAGAATATGCAGGCATGGTCAGAGCTGATGCAAATAGTTCTGGAAGGAGAAGTTGAATCAGTCTCAAGAAGTAAGGAATTGTGGTTTTTGGTTTTTGTTTCTTTAGTCAAATTGAACTGCTATAACAAAAGGCGGCAACCTCCATGCTGTAAGCACAGTTGTCTCTGCTCCCCTGGATCTGTGACGCACCCCTACACTCCAGACTGCCTCCTCATATTTTGCATAATGAAAAATTATATATTTTCGAACTTATGTTTAGAATTTCTTCCCACAGTTCTGGCAGGCTGCCCTAAAGTTCACAGAATTGACCTTTTGCTGAGGCATAAGCCACACCTTCGCTCCCAGACTCATGCTGTCTCTAGTTATCATGGAGTCATCAATCTTGGCAGAGAGGACATTCCTTTGAAGGTGGAGCATGAAATCCTTCCACCACAGCAGCCATCAACACTGGTGGAGGCCCATGCCCTGCTAGCTCTGTTCTGGGTGTAGGAGGGACCATGTCATTCCGTCCCTTACATGGCCAAGCAGGACTCAGCATTTATTTAAGTAGTCCGTATTATCTTTATTAGAATATTAATAGCTATGGATTAGTTTGTGGAGAATTGTGGTCTTTAGAATATCATTAACCATTTGGTTGGCTCTGTTTAACTGTTCTTTTTTCTTTGGGATTTGGTTTTGGTTTCTTTGTTTGGTTTGGTTTGGTTGGGTTTTTGTTTTTTTGTTTGTTTTTTTTTTTAATCTATTAGGAGTTAGGAAGTCTCACTTTGTGACCCTGGCTGGTCTCACACACAGCAGGACTTAAGT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Seq C2 exon
ATGTTTTAAACAGAAATGAAGATGAAGAGCCAACTGTGAAAGAAGAAATTGAGAAAGACATCGAACCACAGGGTATAATAGTTACAAGAATCAAAAGTGAACTTGATCAGGATCCTATGGGTAGCGAAACCTTTGAACTTGTTGGTAGGTTAGATAAACAAAGAGGAATCTTCTTATGGGAAATACCACGTGATTCTTTGACTGAGGAACAGAAAATGTTCAGAGGACACACTAATGTTCGTAAGAGACCAAACTCTGAAGAGAAATGTCATAAATGTGAAGAATGTGGAAAACGTTTTGTCCGCAAGGCCCATTTCATTCAGCATCAAAGGGTCCACACTGGTGAGAAACCTTTTCAGTGCAACGAGTGTGGAAAAAGCTTTAGTCGCAGTTCATTTGTTATTGAGCATCAGAGAATTCACACTGGGGAACGGCCCTATGAGTGTAATTACTGTGGGAAAACCTTTAGTGTGAGCTCTACCCTTATTAGGCACCAGAGAATCCACACTGGGGAGAGGCCTTACCAGTGTAATCAGTGTAAACAGAGCTTCAGCCAGAGAAGGAGTCTTGTTAAACATCAAAGAATTCACACTGGTGAGAAACCCCATAAATGTAGTGACTGTGGAAAAGCCTTCAGTTGGAAATCGCATCTTATTGAGCATCAGAGAACACACACTGGTGAGAAACCCTATCACTGTACCAAATGCAAGAAAAGCTTTAGTCGAAACTCACTGCTTGTTGAACACCAGAGAATTCATACTGGGGAAAGACCTCATAAGTGTGGTGAATGTGGGAAAGCTTTTAGATTAAGTACATACCTTATACAACACCAAAAAATACACACTGGTGAGAAGCCCTTTCTTTGTATTGAATGTGGCAAGAGTTTCAGTCGGAGCTCATTCCTTATTGAACATCAAAGGATTCATACTGGTGAACGCCCTTATCAGTGCCAAGAGTGTGGGAAAAGTTTCAGTCAACTTTGCAACCTTACTCGTCATCAGAGAATTCACACAGGAGACAAACCCCACAAGTGTGAGGAATGTGGAAAAGCCTTCAGTAGAAGCTCAGGTCTCATTCAGCATCAGAGAATACACATCAGGGAAAAGACTTCTCCATTCAAGGAAACTAAGGGAAGTTTTGATCCAAACTGTGGTCTTGTTATTCAGCAGGAAGTCTACCCTAAAGAAAAATCTTACAAATGTGATGACTGCGGGAAAACGTTTAGTGTTAGTGCTCATCTTGTACAACATCAGAGGATCCACACTGGTGAGAAGCCTTACCTGTGCACCGTCTGCGGGAAAAGCTTTAGTCGGAGCTCATTTCTTATTGAGCACCAGAGAATCCACACTGGTGAGAGACCTTATTTGTGCAGACAATGTGGCAAAAGTTTTAGTCAACTTTGTAATCTCATCCGACATCAGGGTGTTCACACTGGTAATAAACCCCATAAATGTGAAGAGTGTGGGAAAGCCTTTAGTAGGAACTCAGGTCTCATTCAGCACCAGAGAATACACACAGGAGAGAAACCTTATAGGTGTGAAAAATGTGACAAAAGTTTCAGTCAACAGCGAAGCCTTGTCAACCATCAGAAGATCCATGCGGAAGTGAAAACCCAAGAAATTTATGAATGTGACGCTTGCGGCGAAGCCTTCACTTGTCAGATTTCTCTAATTCAGCATCAAAAGTTACATATTATGTGGATGCAGTAAAATTAGAGATATTTTAATGCTCAAATTTGAGACTAGCTACCGAAGTGCAGTTTTAGTATGGCCCAACATGGGTCAAATATAGTGATAAAGCAAATACTTGTTGGCCTCATGAAAAATGGTTTCTAAAGATCTATGGATAGTGGACAATGCCTGGGGGAAACTGACTTGCGATTACTAGTTGCTTTCATAGCCACAGAGATCTGTTGTTGATTTAGCTAACCTTTCAGTAGAGCTGACTGGGCAAAGCATATGGGAACGGTTCTGAAGGACACAGTGAAATCAGTGTACGGGAACTGGGAGCAACTGATCCTGGGAAGCTAGGGCTAATTCAGAAGTCTTCTATTAGCACCTCCTGCAGTTGCTCTTCAGTACCATGAAGTTAGGCTAGACACGTCAAACCTCAGTGATTGGGCAATGTAATCTGTGGAAGCCCAGATACTCTCAAAGTCATCAAACAGTGTTTATAACTGTCAAAGAAATTTGTGTGGAAAATTTCTCCAGGGCTTCCCAGGTTGATAAAAGGCATGAATTATTAAGTTGTAAAGGTACTTGTTAGTGTTAACAACCAATTAAGGTGTTACCAAGGAATCTTTGGGAGTGCCTTCCCCTGAGCCCCAAAATGGGCCCCAAAAGATAATTACTGATTTATTTTGTGCTGTCTCATCTGTGAAACCTCTTTGTAATACTGTATCAACATTACTTTATTATTCCCACATAATCAGGAACATGTAAACATGTACGTATTTTAATTACCAAGAATTGGAAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006972:ENSRNOT00000009584:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.052 A=NA C2=0.092
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]