HsaINT1047320 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000136870 | ZNF189
Description
zinc finger protein 189 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12980]
Coordinates
chr9:101399884-101410660:+
Coord C1 exon
chr9:101399884-101400010
Coord A exon
chr9:101400011-101407928
Coord C2 exon
chr9:101407929-101410660
Length
7918 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGA
5' ss Score
8.91
3' ss Seq
TTTCCTTTTTATTATTCCAGATG
3' ss Score
10.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGTTGCTGACATTTGAGGATGTGGCTGTGTTTTTTACCCAGGAGGAGTGGGATTATCTGGACCCAGCTCAGAGAAGCCTGTATAAAGATGTCATGATGGAGAATTATGGAAACCTGGTCTCACTGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGTTTTGAACAGAGATAAGGATGAGGAGCCAACTGTAAAACAAGAGATTGAAGAAATTGAGGAAGAAGTGGAACCACAGGGTGTAATAGTTACAAGAATCAAAAGTGAAATTGACCAGGATCCTATGGGTAGAGAAACATTTGAACTTGTTGGTAGGTTAGATAAACAAAGAGGGATCTTCCTATGGGAAATACCAAGGGAATCTTTGACCCAGGAACAGAGAATGTTCAGAGAAAACACTAACATTATCCGTAAAAGACCAAACTCAGAAGAGAAATGCCATAAATGTGAAGAATGTGGAAAGGGTTTTGTCCGCAAGGCCCATTTCATTCAACATCAAAGGGTCCATACTGGTGAGAAACCTTTTCAGTGCAATGAATGTGGGAAAAGTTTTAGTCGCAGTTCATTTGTTATTGAACATCAGAGAATTCACACTGGGGAAAGGCCCTATGAGTGTAATTACTGTGGAAAAACCTTTAGTGTGAGCTCAACCCTTATTAGACATCAGAGAATCCACACTGGAGAAAGACCCTATCAGTGTAATCAGTGTAAACAGAGCTTCAGCCAGAGAAGGAGCCTTGTTAAACATCAAAGGATTCATACAGGTGAGAAACCCCATAAATGTAGTGACTGTGGGAAAGCCTTCAGTTGGAAATCACACCTTATTGAGCATCAAAGAACTCACACTGGTGAGAAACCTTATCACTGTACCAAATGTAAGAAGAGCTTTAGTCGAAATTCATTGCTTGTTGAGCATCAAAGAATTCACACTGGGGAAAGACCCCATAAATGTGGTGAATGTGGGAAAGCCTTTCGATTAAGCACATACCTTATACAACACCAAAAAATTCACACTGGCGAGAAGCCTTTTCTTTGTATTGAGTGTGGAAAAAGTTTCAGTCGGAGCTCATTCCTTATTGAACATCAGAGGATCCATACTGGTGAAAGACCTTATCAGTGCAAAGAGTGTGGGAAAAGTTTCAGTCAGCTTTGCAACCTTACTCGTCATCAGAGAATTCACACAGGAGACAAGCCCCATAAATGTGAGGAATGTGGAAAAGCCTTTAGTAGAAGCTCAGGTCTTATTCAGCATCAGAGAATTCACACCAGGGAGAAGACTTATCCATACAATGAAACTAAGGAAAGTTTTGATCCAAATTGCAGTCTTGTTATACAGCAGGAAGTCTACCCTAAGGAGAAATCTTATAAATGTGATGAATGTGGGAAAACTTTTAGTGTTAGTGCTCATCTTGTACAACATCAAAGAATCCACACTGGTGAAAAGCCCTATCTATGTACTGTCTGTGGGAAAAGCTTCAGCCGGAGCTCATTTCTTATTGAACATCAGAGAATCCACACTGGTGAGAGACCCTATCTGTGCAGACAGTGTGGAAAAAGCTTTAGTCAGCTTTGTAATCTTATTCGACATCAGGGTGTTCACACAGGTAATAAACCCCATAAATGTGATGAATGTGGAAAGGCCTTTAGCCGGAACTCGGGTCTTATTCAGCATCAGAGAATACACACAGGAGAGAAACCTTATAAGTGTGAGAAGTGCGACAAAAGTTTCAGTCAACAGCGCAGTCTTGTCAACCATCAGAAGATCCATGCAGAGGTGAAAACCCAAGAAACCCATGAATGTGACGCTTGTGGTGAAGCCTTTAATTGCCGTATTTCTCTTATTCAGCATCAGAAATTGCACACAGCATGGATGCAATAAATGTAGAGCAATACATAAGCTCAATTTGATTTGAGACTAGTACCCAAGTGCAGTTTTAGTATGGCTCAACATGGGTCAGATTTAGTGATAAAGCAAATTCTCCTTGGCCTCAGGCAAATAGTTTCTAAAGATTCTGTGAATAGTGGACAACTGCCCATGAGCATTTGACTTCCCTTACTCTTTGATGATCGTAGAGAAAGACTTGGTAATTTATCTAAGTATCTTTAATAAATCTTTCAGCAGAGAGATTAAACCTAGGTTCAGAGCATGGGTGCTCTGAGGGACAAAGTTGGATTAGTATAAGGGAGCTGGAGCAGCTGATAGTGGAAAACAGAATAATGATTCAAAGAGTCTTCTGTCACCATGTCATATTGTGGTTCTTTCAGTTCCATGATATGTTTGGCTCTGCATGCCAAAGTCCAGTGATTAAGCATATATAAGTTGTCAAGGAAACAAAGCCCAAATGTTTTTAAAACAAGTATACAGTTTTTGTCATTGTTTAAGAAAGCCAGTTGTTTGGCATGTGAGTTAAAGGCAGTTCCAATGCCTGATGGTTCCCAGATCTATGAAATGAGTGGACCATTAACCTTACATGTAAAGATTATGTTAGTAATTAAGAAACCTAACAAAGGTGTTACCAAGGAACCTTTGGGAGTGCCTTTTTTGTTTTTCAAGATGGACCCAAAAAAGTGGAGGAAGATATTGTTCTTTTGTGCCCTCCTACCTGTGAGAGATATTTGTAGTCCTATGTGAATGAGCTTATCCCTCCACAACCAGGTGCATATGAAAGTGTACATATTATGACTGCCAAGTATTGGAAATGAAAAGACCTGGAGTCTATGCTAGGAAGCTGAGATATTTTGGTATTGCATTGGTTTTTATGGTAACTAGGTTTTGCATGCAATTAAAAATCCTTATTTCTTGTTCTAGGGCTTCCCTTAGTTAATGGTTATTATAAACCTATTAATTCATCTGTTTTAACCATTAAAACCTGTTTTGTTTTTAGCTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136870:ENST00000339664:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.070 A=NA C2=0.102
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains