MmuINT0178808 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022526 | Zfp251
Description
zinc finger protein 251 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1918841]
Coordinates
chr15:76682574-76700350:-
Coord C1 exon
chr15:76700237-76700350
Coord A exon
chr15:76685045-76700236
Coord C2 exon
chr15:76682574-76685044
Length
15192 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TTGTGCTTTTTGTTTAACAGATT
3' ss Score
10.57
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022526-Zfp251:NM_001007568:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.172
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: