HsaINT0186594 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198169 | ZNF251
Description
zinc finger protein 251 [Source:HGNC Symbol;Acc:13045]
Coordinates
chr8:145946294-145979181:-
Coord C1 exon
chr8:145979068-145979181
Coord A exon
chr8:145948768-145979067
Coord C2 exon
chr8:145946294-145948767
Length
30300 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TTTATATTTTTCTTTAACAGATT
3' ss Score
11.07
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTCCCTGTCCCTAAGCCGGAGTTGATCTCCCAGCTGGAGCAGGGGAAGGAACTTTGGGTCCTGAATCTTCTGGGAGCTGAGGAACCAGATATCTTGAAAAGCTGCCAGAAAG
Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198169-ZNF251:NM_138367:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)