BtaINT0165171 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019885 | ZNF280C
Description
zinc finger protein 280C [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25955]
Coordinates
chrX:14035977-14039619:-
Coord C1 exon
chrX:14039557-14039619
Coord A exon
chrX:14036099-14039556
Coord C2 exon
chrX:14035977-14036098
Length
3458 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TGTCTTTTTTTTTTTTTTAATAG
3' ss Score
-0.08
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTCATACCAGCCAGCCAGCTAAACGAGTCTCTATTTTTAAGAAGCGTTGTAGAACTCTCAG
Seq A exon
GTAAGTAATTTTTTTTTTAATTCTCTCTATAGTAACTTTTTAACCTGATGCTAGAGTGCCTAGTTTGGAAAATGATTGCTACTGGACATAATAGAGTTCTATTCATTATATCCTTAGATCAAAGAGGGGATTACCTAATATTCTCCAGCTAAACTTTGTTTCAGTGATATTAGGCATTAAGATGAAACTTTCATGAATTTGCATTATAAGATTTAAAAATAAGGCTCTCCAGCAATATTTGAATATTTAAAAGACTTTTAAGATAGTTGACAAAGTGACTAACACACTTTTATTTTTGAAATAAAAATACACAACTTGTTTACTATTCCGAGGAATTGTGAACATTTCTGAAAGGATTTATCATTAATGTTGGTGCTACTACACACAATTAGCTCAGAATTCACTAGGGACCATTTTTTCACATTCTTCTAATTCCTTTTCACTCCATTTTCCTTTGGTTAATTATTTTGTTATTGCTGTCATTGCTATTTGAGATACCAGTGTCAAGGTCTTTATATTGATAGCATCAGGCTAAGACATAGACTTAAGTTTAGCCAACACTTGTTTTAATGCTTTGGGTTAGTGGAAAAGGAGAAGAGGGGATGCTGTGACTCAGGATCTTGTATTTTGATCTCTTCTGCCTCATTTGCTCTTCCCCAGATACCTGCATGGGTAGCTAGCTCTGTCGCCTCCTTTAGATCTCTCCTTGACCACCCCATTTAAAATACCATCCTTTCCCCAGGCCCACTCCTGACACTCCCTATCTCCCTTTCTTGCTTTGTTTTTACTTCATGGCAACTTTTTACTGTTCAATAGATTGTATATTTCATCCACTTGTTTACTGTCTGTATCTTCTCACTAGAATGTGTATGAGTTGGGTATTTGGCTATGCCAGACATTTGCTGGGCATTCAGTAGTGGCCTGGCATATGGTAGGCTTCTGTGAATATTTACTGAGTAAATTAATATTGAAAGTGACATATGTGGAGTGTGTAGATGATAGACCAATAATAGCTCATAGGAAGAGGAAAGTTTTATTCCATTTTTTAAAAATATATCAGTGAAATTTTAAAACTATTGCTAAATTCAAGGAATTAGGAAATACCAATTAACTTTATCTAGATGTTAACATTTACTAAAAAATTTTTATAATAATGAAAAGGATTTATTAATTCTAAAGATGAGAATTTAATTTGATTTTTATCTCACTATTGTCAAACTGAGTTGTGTGCTTGGTTCTTAGATTTAATTGTACGACTTTTTTTCTCACATAGGGTGGGTCTCAAATTTAAATAGAAAATTGGTGATTTTCTGTGTATGGAAATTTTCATACTTAAAATTTTAAGAATAGTAAATTTATAATTGTTATTTTATTAAAATTCAGTGTGTGTTTTTAAATTCATTGTACATCTATCATGTATAACACAAGGTAGCAAATTCTGTGAAGATGACAGTGATGAAGTAGGCTTGGTACCAACCTTCAAGGAATGTACAATTTATAAGATGTGAACATAAGTAACTACAAAAATTAATACAGGGAGGTTTGTAATAAGTGTAATGAGAGTTACTGATTTGAAGAGAAAGAGACGTTTCCACTTTTAAGAACAGGCACAGGGGCATTTTGGTTGGAAAAACAGCATGAATGAGATTTAAGAAAGGAAAAAAGCAAATGATAAGCACAGTGAATGACAAGTAGTGCAGTTGGGATGAAGCATGAAGTTCATATAACATAGTACTAAGTTCAGAGTCTGGGAATAGATCCAGACTGTGGAATCCTTGAAAAAGCCTAGGGAATTTGGACTTAATTTGAAGATGTTGGGAAAGCCATTGGTGCTTCGTGTGGAATCAAGGATACTAAAGGAAGATCAATTTGGAGGGGTATACAAGGTGAGTTGTAGCTACATGAGGCATGTGCATTCTTAGTCGCTCAGTCATGTCCAACTCTTTACAACCCCATTGGCCTGCCAGGCTCCTCTGTCCACGGAATTTTCCAGGCAGGAGTACTGGAGTGGGTTGCCATTCCCTTCTCCATGGATCTTCCCCACCCAGGGATCAAACCCAAGTCTCCTGTGTCTCCTGCCTTGCCAGGCAGATTCTTTACCACTAAGCCACCTGGGAAGCCCACATGAGGTACATAGACTGATTAAGACTGATTTAATAAGATAATCTGGGTTGAAGTGGTATCACACCACATTTAAGAATATGGGCTCTAGAATCAAAAGGTTCAGTTTCAGACCTGGTCCTGACCTTGGTAAGTTATTAAACCTGAACCTGTCCTCTCTTAAAAAAAGTTAAAATTATAGCACCTACCTCTTTGGGTTGTTACACAATATAGGTGAGATGATATATCTAAAACTTCAGCCTACACAGAGTAAGTGCTCAATAAATTGCTAATATTGAATATTATAAAATTTTTCAAATAGTGACTGTCTTAAGGGAAAAAGAGTCAGAAATAGCTACAGTTCTGAGCATTTATGTCAGGGGCATGGCATCGTTAAGGAGACCAGTCAGGAGGAATGACTTTTCCCAGGTAAGGAGGAAAGTACACGACTTGAGTTTCATGAAGATCATTTCTAATGTGACAACTCAGTGTAAATATCCAACAGGCTGTTAAGAGTAAAGCTGCAAGGGAGAAGTTAGTCTAAACTATGCTATGAATTTATTCCTATACAGGTAAAGTACTTAATTTTAAAGTATTTAAAATTTAAAGTATTTAATTTTAAAATGAACTGCAAAAGTATATTTATGCTTTGTTAATAAGCTGATAATTGCATGATTTATGTTTACATAATTTATTTTTAAGACCTCATTTCTTCTCTGATTTTATCATCATTTAAATAGGACATTAGATTGTAGGCTTCACAGAGTATCCTTTTTTGTTCACTCTTATACTTGTAACACAAATACATTCTAGTAGTACAGAGTATGTAAAGAAGGTTCTCAGTGAATATAGTGAATGGATGAATCTTGCTTTGCTGATGGGCAAAGGCAGAGAAAGATTGTGCCTTGCACAAGTTATACAAGTTGTTAGTGGAGTCCTGACTGGGTTTTAGTTCTCTCTTCACTCATAGCTTTTAGAAACCACATGAGAGGGAACTAGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTACTCTTGGCTGGGAGATCCCATGGACAGAGGAGCCTGGCGGGCTACAGTCCATAGGGTTGCAAAGAGTTGGACACAACAGAGCGACTAAACAACAGCGAGGAGAGGGAACAGCATATACAGCATTAAATGTTCACATAATATAGACATGACTATGCCATTTTCTAGAGACATATTTATACCCTTTCATATATATTGGGCTTATATAACAAAATTTGGAAATGGTGGTCACAACACACACACAAAAAAGTTATTATGTGGAAAAATAATAATTGAATTTGTGTATGGATTTTTTTTTAAAACAAAAACCTTTTCTGTCTTTTTTTTTTTTTTAA
Seq C2 exon
TAGGGGCATTACTCTAGTGTGCCTTAAATGTGATTTCCTGGCTGATTCTTCTACTCTGGATCGTATGGCTAAACACTTAAGTCAACGTAAAACTCACACTTGCCAAGTTATTATAGAGACTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019885:ENSBTAT00000026492:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]