BtaINT0165200 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001486 | ZNF280D
Description
zinc finger protein 280D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25953]
Coordinates
chr10:53743032-53755840:+
Coord C1 exon
chr10:53743032-53743171
Coord A exon
chr10:53743172-53755722
Coord C2 exon
chr10:53755723-53755840
Length
12551 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
CCTTTGAAATATTTTAACAGGGT
3' ss Score
6.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATTACTCCTGCATTCAAGCCTACAAGTCAACATTACACGAATCCAGCATCAAATCCAGTGGTTGCCTCGCCAGTAAATTTTCATCCTGAATCTAGATCTTCAGATAGTTCTGTTATTGTTCAGCCTTTGTCTAAACCT
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTTATGTAACGAACTCATCACGAGTTGTTTCTAATAATTCTTCAGAGTTACTGTTTGACTTGACCCAAGATTCAGGATTACCACATTACCAAGCAGGACCAGCACTTTCTATAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001486:ENSBTAT00000001949:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.617 A=NA C2=0.350
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138361=DUF4195=FE(24.7=100)
A:
NA
C2:
PF138361=DUF4195=FE(21.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development