RnoINT0167988 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000055631 | Zfp280d
Description
zinc finger protein 280D [Source:RGD Symbol;Acc:1560796]
Coordinates
chr8:78879110-78888937:+
Coord C1 exon
chr8:78879110-78879249
Coord A exon
chr8:78879250-78888819
Coord C2 exon
chr8:78888820-78888937
Length
9570 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
TCTTTCTTCAAATTTAACAGGGT
3' ss Score
8.4
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTACTGCTTCATTCAAGCCTACAAGTCAACGCTGCCCGAATTCAGCATCAAATCCTGTGGCTGCCTTGCCAGTAAATTTTCATCCTGAATCTAGATCTTCTGATAGCTCTGTTATTGTTCAGCCATTTTCTAAACCT
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTTATGTAACAAATTCACCACGAGTTCTATCTAGTAACCCTTCAGAGTTACTGTTTGACTTGACCCAGGATACAGGATTGTCACATTACCAAGGGGGACCAACACTTTCTATTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000055631:ENSRNOT00000089335:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.691 A=NA C2=0.417
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138361=DUF4195=FE(24.7=100)
A:
NA
C2:
PF138361=DUF4195=FE(21.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]