MmuINT0178915 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038535 | Zfp280d
Description
zinc finger protein 280D [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2384583]
Coordinates
chr9:72301867-72308068:+
Coord C1 exon
chr9:72301867-72302006
Coord A exon
chr9:72302007-72307950
Coord C2 exon
chr9:72307951-72308068
Length
5944 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
TATTTCTTCAATTTTAACAGGGT
3' ss Score
7.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTACTGCTTCATTCAAGCCTACAAGTCAACGCTGCCTGAATTCAGCATCAAATCCTGTGGCTGCCTTGCCAGTAAATTTTCATCCTGAATCTAGATCTTCAGATAGCTCTGTTATTGTTCAGCCATTTTCTAAACCT
Seq A exon
GTAAGTGTTTTTGAAATTACATAGTCAGCTCAGGGAATATTAACGATACTCAATTAAAATTCTACATTATCAACAAGTAGTTATCTAGTTATCAGAAAAGGTTACCATCTGTATGATAGCTTAATTAGTACCCACCCTTCAGTAAGTTGGGGATATGCTTAAACTGATTAGGTATAACTTTGAAAACTAAGGCTATCAAAATGTCAATAGAAGAATTGTAATGAGTATCACATGATAGCAAAATATTTATACTTTCAAACTGGGCCAGGTATTTTTAATTTGGAAATTATTAAGAAGCTTTGATAGTAGTGTTTTATTCTGAGAAATGTACCTTCACACTTTTTAAAAATCCTTAGTGAAAAGTAATATTGGTAATAATTACAATTTATTAAGCTAGTAATAGACATAAATATTTGTGCTAAATGCTCTACATAAATGAATCTCATTTAGTTTTTAAATATACCTATAATGTAGGCATTGCTACTTCTTCTATTTCATAGTTGAGTAAATACTGAGGTTTACAGGGATTAATTCACTCAGATCTATAGCTAGGTGGGTCTCAGATCTCAGTGTAGGCTAATCCGTAGTTTATATACATATATACACATATATATCTTGTATATGAGTATCTACTTTGAAAAATGGAAATACTGCCCCAGCTCAGCATTCTCAGGGTAGTGTATTTGGGATTCAACACCATTGTGAAAATAATTGAAAACACTTTCTTTTTCACTGGCCTTTGCATTGATGATATAAAACAATGCTGAAAAGGTAGCTGCTGGCTTTCTGTGAGTCGAGACAAGCACTCATCTGTACCAGAGTTTCAAGTAGCCACCCAGCTGTGCACTCCTAATGAAATACTCCAGTTATAGGCACTTCCTCAATGACATTTTGCAATGTATTAAACATAAACTTCCATTAATGTTATTTTGTTAACTGTACCCTTGACTATGTGTCTTATATGTTCTGTGTTGAAATAGGTAGTGTACATAAAGCACTTCTGTGTCTTAAATATCTTGATTGTGTTTAGGAAAAGCATGATTGGCAAGCAGAAATACCTGTTGCATTTTAATTGAACACATTTATGCTTGAAATAATGGCTGATAAGCTGTTTATTATTTTTTCTTATTATTGCCAAAAATTATGTGATTTGAAGCAATATACATTAAGTATCCTAAAGTCTTATAATTTCTGTTGGTAGGAGGCAGATCATAGATTAACTCGATCCTCTGTTTTAGGGTCTGATAGGATCACCATTTAAGATGTGATCCTCAAAGCAGTCTCATCTGAAGCACTATTGGGAAACATCTCCCAAGTCCAGGTAGTTGCTGGTACCCTTAGTTCCCTAAGGGTCAGACTGAGTCTCATTATCCTTTTGGCTTTTGACTTAATTCCTTGCCAATTGGGTCTTCCCAAAATGGCTGCTTGCCTCCTGAAAGTAAGGAGAGTTCTTTTTTTTCTTTTCTTTCTTTTTTCCCCCTTCTTTAAGGCAGAGTTTGTCTATGTAGCCCTGGCTGCCCTGGAACTCACTCTGTAGCCAAGCTGGCATCAAACTCAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCTCAAGTGCTAGGATTAATGGTGTGTGCCTCCATGCCTGGCTAAGGGAGAGTTCTTATTAGTCTCTTTTTGGGGTAGGGTGGTTCAAGACAGAGTTTCTCTGTAACAGCCTTGGCTGTCCTGGAACTTGATTTGTAGACCAGACTCACCTTGAACTCATCAGTTTCTCTGGCTCTGCCTCCCCAGTGCTAGGATTGAAGGTGTGTACCACCAAGACAGGCTTGATTTTATTACTTTCAGGCAACAGTCATGTCCATAAAATGATGTTATATACCTTGCCACCTTTACCATGTTGTGTTGTTAAGAATCAATTCAGCTGTCAGCCACATTAAAAGGAAGGGAATCACATAGGGTATGAATATTAGAAGATGGTATCATGGAATTCACTTTAGAATGCTATTATTCAGTCCTCAAATTTGGTACAGATTTCCTCAAAATTGAACAAAGTACACCTGCCCCTTCATCACTTAATGGAAAACAGCTGGTAGTAGTGTTCTTTCTTACCAATGATAAAATTTGATCTATCAAGCAAAAATCAAGATTTGGAAAGCTTTAATCTGCCATTTTGATCTTGGTTGCTTTATAATATTTCAAGACTTCATTGAATGGTAGTATAAATGAATTTTTAATGATATATTATGAATTATTTCAAAACCAATAGTTTGCAAATAACCAAAGTATATGTTACAGAAACGTCTGTGAATACTTAGTGTACTGTGGACTAATGATTTCAATGGGACAGGATACCAAAAGTTCAGATGAAAAAGTCTCAGATTTCATAGTGATACACCTTTAAGAAAGTACTGGCTTCTGAGTTTTGATAAGATCAGAGTAGTATATCCACAGTGGTTCATACTGCTAAAATGCTCCTTCTCTCAATTACATAGTCATGAGTCCTTATTCTCTTTTGAGAATTTAGTTTATTTGTTAGAGAAAAGAGCTTGCCTAGTACACACAGATTTCTGGATTCAGGCACATAGAGCTAATCCCAACACTTGGTGATACAGACGCAGCAGGATCAGGTGTTAGGGCAATATATATTATCCTTGGCCACATGGTGAGTTTGAGGCTAACTTGGGATACCTAAGACCCTGGCTCCCAAAATTAAAATAAAAAATGCAAAGATATAAAATAAGACTACTTTCATGCCGATCCATAATGGATTTAATATAATTTTAAAATAAAGTAATATTTAATGTTTTCTGCTTCATTTTCTGCTTCATTTTCTAGTTTGATAAATACTAATAGGTAAACAGCAACCAATGTAAAAAGTGGTTTGGGGTTTAGTCATTTTTAAATGTGTAAAATCATCTTGAAGCTGGAAAGTTAGGTTAGCACTGATTTAGTGAATAGTAAACTTCCTTAAACTAGTTTATTTTATTTCTGTGACCATTAAAAACGCCACAATTAATGGTTTGTAATCCTGAAACTTCGTTGTGTCAGTTGGGTTGTATGGGAGCTTAGGAATTATATATTTAAATCTCACTTACCTGTGTGGTCAAAGCTAAAATCACAGACTTTTAATCTGGAAGAAATTATCTTTTTTAAGAGGATTTCTCTCTAAATGTTGAATGTTACTGGTTTTAATAAAGTATCACTTTAATTGGTTTTAGTTTAACGCTTTATGTTATGTTTTGTGTGTTTAATTTTTTATGGAATATCTTTGTATCTCAACACATTTTTCAGGCAAGGATTGAATATATTCTCGTTAATATCATTGATTAAGTTACTATATGGGTAATGAGCATGAATTTTCATTATTATTTAGACTTGGATTATAGTTTCAACACCATCAGTAATAAAAGATGCTGTATTGAGAGCCTTCCTCAACCACCTAACCTTAGCCTACCAATCTATACAACTGGAAGAAATATTGTCTTTATTAATGCCACTGTGATAACTATTTGATACTCATTTACAGTGGAGAGCAAGTAAATTTACTATATACAATTTGGCTATTTTAGTTTGAAAGATGAATGACTTGAAGCTCAAAAGTGACTTGCCCCAGGTTAAATGGTTAAATAAGTGTAGGTCATCCTAATTCTGTTATAGTACCTACTTTACTCTTATTGTTGCATTGAACAAACCGTTCTCAGGTAGTTCATTTTTAGATTATTTTGAACTTGCATAAGGCATCAAAAATTGTCTATTTGAAAAGCTAGTTACTTGGTGACTACTGAGCTGCCTTTATGACACTCTGTGGGTGAGTTTAAGTTGCCTTTGGAGATGTGTTTAACAGGATTAGCTTTATTATAGTTTTGTTAAAGAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTAATTGGACACTGCTTCACTAAATAGCCTTTGAGGAACATGTCCTACTTTTCAAAAACTTTATAGTAATGGTTATATGATAGCTTGTAGGTTTAGCTCTTTATTATTGAAAATATAGGATTTAATTTTTGACTGTTATCAATAATTCTCCATTAAACTTTCTTTACCATAAAATTTTGAAAGTAGAATAAAGGATCTTTTAGATTTTGATAGCTACTGGTAAAGTTTTTATTCAAAGTCACACCAATATATAACCTAGAGTTTGCCAATAGTGAATGTTATCCTTCTTTTAATCTTATTAAAAAGTAGTATTAGTCTTATAGAAAAGAGAGTTCTGATATTTCCCATCTAGCTTACCTTATGTCTTACCTCTTATATAACAGTGTTAACCAAACTTTAGATTCATCATTAGAATTTGAACAGTTTTTCTACTGATTTTCTAGATCTTTTTTATGATTCCATCTTGCAGTTATTCTTAACTTCTTCATAGCTTTGCAGTTACATATATCTGTCATTCATGATCCTAGCAATAAAACATTGTGAGTAAATTAATTTGAAGTAGACACCATTTTTAAATAATGCCTGTTTAATTGTTAAATATTTTTCTTTGTATCTTTGTGTCCAGTAAGTTGAAAAAAGGGCATATCATTCATGTTTTAGATAGGGTTGTTCAGGTGGACTTTGAGCTTGCTATGTAGTTAAGGAAGATCTTTCTGTTTCCACCTCCTGAGTGCTAGGATCATAGACGTGTACTACTGTGCCTGGCTTTATTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTGTTTGTTTGGTTTGGCTTTTGGAGAAGAGGAGGGGATCAGTTTATTTTTAAGCACTGCTTAACTCAAAAATCCGTGGATTATGCATTTTAACAGGCTGAAGGTTCAGAAATCACTAAGAGCTTACTTTGCACCGTGGTTGTTCCTTATAAGTAATATTGGAGTTATTTATGTGTGTGTGCATATTAGTATACTTGTTATATAGTACTAGAACCCTTCAATTGTATTGACCACTTCGTAATGATACTGAATATGTATATGCATACAGTTACATAAAAACTTACTGCTCTGTTCTTGACCACATTACAGTCCATGTCATATTTTTCACTATGCTCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGATTTCTCTTTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGCAATCCGCCTGCCTCTACCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACGCCCGGCTTCACTATGCTCTTAAGATCTTCGTGCTAGCTTGGCTAAAAATTTCTTTGAGCTATAGTTCTCCTGGAGCAAGCCTATTGACTGAGGTATTTTATCAACAGCTTCTATCCTAGTCCCTTTCTGATTGGCGCTGTTAGTTCACTGCAAGGCCCAAGTTCCATTGTTTTTGCCTTATGACATTCCACATTCCTTAGCTTAGCATAGGTTTCTGTGGGACAATTAGAAAAGTCAAGAGTTCACTATTTTTCTTTTTGACTACATAGTTATAAAGTTCTCCAAAATAGATGGTTTAAAAATTCATTTTATATAAAAATATTCACTTTCAACATTTATTAGGATTTATTGTTTCACTGTGTTTCTGTTGTGCAATTTTTATTGATTTCTCTCACTTCTTGATGGTAATACTGCAATTTTAGAACTTCTAAGCATGTGTTGGCTTTACAGCTATAAATTAAATTTGCATTTCTTGTACTTTTAAAACATTGTATTAAAATTTGCCATCCACATTAGGTGATCAGTTTTAGTTGGGCAAATCGGAACAAACAAGCTCTATTTGCTTGCTTTCAGTTTTGATAGATGATAATTTTGTCCAACTAGTAATTACTTTTGTGTTTTTAACTTGTTAATGATTTAACCATCAAGCAATATTTATCTTAATAATACAGATATGCTGTTAAATTGCTCTCATACATGTGTGTAAAACAGTAGTTATAACTATGTCCAATAAATGTAATATTATTTCTTCAATTTTAACAG
Seq C2 exon
GGTTATGTAACAAATTCACCAAGAGTTCTGTCTAATAACTCTTCAGAGTTACTGTTTGACTTGACCCAGGATACAGGATTATCACATTACCAGGGGGGACCGACACTTTCTATTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038535:ENSMUST00000184036:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.295 A=NA C2=0.271
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138361=DUF4195=FE(24.7=100)
A:
NA
C2:
PF138361=DUF4195=PD(21.3=83.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types