HsaINT1047358 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000137871 | ZNF280D
Description
zinc finger protein 280D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25953]
Coordinates
chr15:56693098-56701072:-
Coord C1 exon
chr15:56700933-56701072
Coord A exon
chr15:56693216-56700932
Coord C2 exon
chr15:56693098-56693215
Length
7717 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
TCCTTTGAACTATTTAACAGGGT
3' ss Score
7.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATTACTGCTGCATTCAAGCCTACAAGTCAACACTACACGAATCCAACATCAAATCCAGTGCCTGCCTCACCAATAAATTTTCATCCTGAGTCTAGATCTTCAGATAGTTCTGTTATTGTTCAGCCTTTTTCTAAACCT
Seq A exon
GTAAGTGTTTCTAAAACTATACGGCCAGCTCAGGGATCCATTGGATGTTGTTTATCAATATCAACAGTACCCAGTTACAATTCTGGACTGTCATAAGTAGTCATCCAGTAGAAGCATAGTTAGCATCAGAAAATGTCACCATATTTTCGCTAGCTCAAGCAGTACCCCAAGTAATAACTGAAGGAGCTAACTACCCAACCTGTTAATAACAGGCAGTATGCCTAAATAGGTACAGTAATGAAAACTATACTATCAAAATGTGAATAAAATTATAGTCAGCCATAAATATTGCATAATGACAAATATTTAAGATTGCAGACGGGACCAGGTATTCTTAATTGGGAAAACAGTCAAGTGACCATCATAGCTTTTTATTCTGAAAACATTCCTTCATAGTTCAGTTAGTTAAAAAAAAACAAACATTTTTTCCTATTACAAAAAACTCCCACTTTTTTTGTTACAAAAAGTAATAGAAAATGGTAATAGTTAACATTCATTGAGCTGTTAATATGTATAAGTGTTTGTGCTAAATGCTATAGGTAAATTCATTTCATTTAGTTCTTAAACATCCCCATGAAGTAAACACTATTATTATCCTCATTTTTTAGTTGAGGAAACTGAGGCTCATAGAGGTTGAAAGATTTATTCAAGATCCCAAAGCTGGCAGTTGATGGATCTGGGATTTCAATCCAGCCTAACCCATAGTTTATATGTATATGCACACATACATACATATATGTTGTGTATAAATGTACACTTTTTTAGACATGAAAGAATTGCCTTAGTTGAACAGTTCTCAGATTGTAGTTTGCAATCCCCTGGGGTTCCCCAAGACCCTTTCAGAGGTTTGAGGGTCAACAGTGTTGTCATTATAATCAAAGACTGTTTTCCTTTTCCACTGTGTTGGCATTTGCACTGGTGATGCTAAAGTAATGGTGGATAAGCTGCTGGTGCCTTAGTGTGAATCAAGGTAGTGCCACCAAAGTGTACTTGTAGTTTCTGTATTAGTCACCTGCCGTGCACTCACAGTAAACTACATTACTCAACTGAGTATTACCCAGTTATACCCAATCCCTGATGAAGTATTAAAATGTTATTAGTTTTATTAACTCTCTACACTTGAATGTGTGTTTTTTAAAATATTCTGTGTGATGACATGGGTAGTGTGCATAAAGTACCTCTGTGTCTGAAGTATGATAGTTGTCTTGAGGAAAAGCACTTGTGTGATTGAATTGTGAGGTAAACTACCTGATTTTTTTTTGTTGTTACATGAAAGAATGAGTGACAAATCTTTAAAGTATTTACAATATCACTCCAGAAAAGAAAACAAATCAAATAAATATTGACTCAAAACTCTCCAAGTACATATCAAAATCTCAGGAAGGGAAAAAAGAGTCTAAAGAACAAAATATAACACTATTTTATTTCAGTCATGTTAGTTCAGTTTCCACAGTTTGAACTGGGTATAGATTAATATCTAAAACCAAAAAATGAACATGTGTATAGTGATGCTGAAAAATGTGCATTATTTTTTATTTATATTTTAGGAATAATAAAGTTAGTTATTAAAGAATTTAGTGATTTTGATTGAGTGAGAGGTGTGAGCTATATTTGCTTCTTTCCTGTATGATATACATACATTGTTTCCAATCTCATTTCTATTAAATAACTATAGGAGAGCCCACAGCCTTGTTATTTTACATATCACTATTTAGATATTTGTTATTTATTTATTTGTGTTGGCCTGAAGTAAATGTTACTTTTGTACGATATTTGAAGGATAGATTTATTTTATAAATTAATAGTTTAAATAAGATTTTGCCAGCATTTGAAATGATATTTATTTCTGTGTATCAATATTACCACAAACTTACACAGCTTAAAACAACATACACTCTTTATCTCATGATCTCACAATTTCTGTGGGTCAGGAATCAGGTCATGGCTTAGGTGGGTTTTCTGCTTAAGGATCTCACAAGGCTGCATTCAAGATGTGGTGCCTGAAGTTGCAGTTTCATCTGAAATTCTGTTGGGGAAGTATTTGCTTCCAAGTTCACATGGTTGTTGGTAGCATTCAGTTCCTTAAGGGATGTTGGACTGAGAATCTCTGTATCTTGTTGGCTTTTGGCTGGCTCCTTGCCACGTAGGTCTTCCCAATAAGGCTGCTTGCTTCCTCAAAGCTAGCAGGTGAGAGTGAGTCCTTAGCAAGATGCCCTTACAGTCTTAGGTAACATAATCACGTACACAAAAATCATATATATCCTGTCACCTTTGTTGTGTTCTATTGGTTAAAAGCAAGTCAGAGGTCCTGCCCACACTCAATGGGAGGGAATTACACAGGACCTGAATACCAGGACCTGGGGATTATGGGTAATGACATTTACATGGAGGCCACTTTAGAGTCTGTCTGCCACACACGCTTAGTCAATCTTGATTGTTTGGCAAACATTTCCTCAAATCTGTCACTTCAGCAAAAATAATTGATAGTAATATTTCTTACCAATGGTAAAATTTGAACTTTTAAGCAAAAATTAGAATTTTGGAAAACTCATTTGCCACCGTGATCTTGGCAGCTTTTGAATAAGAGTTTTCTGATGGGTGGTGGTGTTCATAAATAATGATTTTTAAAATATTGTGTAATGAACTATGTCACCATTTGGAAGACCTGTGTAATTCAGTGAAACTAGTATTTTCCACATAACTAGTATATATACTACAAAAGTATGCATGGGTAAAACATACATTTAAAAGCTAAGATAGACCAATGATTTTAATGGAACGGGTGTTCTGGGATACGGTTTCAGATTTCACACTGCAACAAACCTTTAAGAAAGTACCAACTGTTCAGTTTTGGTATAGTATCAAAGTAGTATATCCACAGTTAATTAAAACCCTATTAAAACACTCCCTTTTCCAGTTATATATTCCTGTGAGGCAGAATTTAATAATACTCCTCAACCAAAACAACATGTCATAGTAGACTGAAGGCAGAAGCAGATAAGAGACTAAAACAATTTTTGATTAAGCTAGATATTTAAGAGCTTTGCAAAGATGTGAAACAATGCCACTTTTCACTAGTTTTTTTTGCGTTTGCAAGTCATTTTTCATTAAAATGTTATTTATGTTAATTTGTAATGAGTTTGTTATTTTAAAATGAATAAATAAATATTATAAAATATTCTCTGTTTTAATTTCTAATATGGAAAATATTGATAGATATAACCAATGTGAACAAAAAGTCTTTTTGGGTTCAACAATTTTTAAGTGCATAAGATGATTCTGAAGCCAAAGAGTTAGGGCACCACTGTCTCAGAAAAATAGTAGTACATTTTCCTAAAAATGTATATTGTTTAAATAATAAGAACAATAAGGGAGACTGCTGAGTCTCTATCTTCAATCATCTAAGGTTCTACAGGCTATTTCTAATGTTTTAAAAAATGTAACAGGTGGCTGGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAGTCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGAGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACAGGGCAAAACCCTGTCTCTACTAAAAATAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGTGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTAAGATCCTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAGTAATAGGTGTTCCTGAAGGTATAGCGGGAAAGGTACCCAGAATGTAAAAATTCTTTGCTATTAGTTGGAATCAAATTAACTTAGTGGTTTCTTTTATGCTTATTATAAGCTGTTTGGCATTTGAGGGAAAAAAATAGAAAAACAAAACATTATTTAATAGTTCGTTAGGTAAAAATCTTTCCAACGTTTGACCGAGGATGGGGAAAAAAAATAAAAGCAAGAGTTTGTACGTTTGGTGTTATAAGAGTTAGGAATTAGATTCCTTTCTGACTCAGAATGTTTTGGGCATAGTTTTTAAATCAAAGCACCTCAGCTGATGGTTCCCAGTACTTGGGTTCTTTTAAAAAATGAGAGGTTTTGCCAGTTGGTCTGGGTGGAACCCAGAAATGATAGCTGCTTAAAAACTCTTCAAGTGTGATTCTACTGTGCAGTCAAAGTTAAGAATGACAGAGGAGTATTCTGGAATGAATTGAGAATCCTGTTTAAGTGACTTTTCTCTGAATTTTGGAAGTCATTTTAATAAACTATAGTAGTTTTTTATTTTATGTCATATTTTGTGTGTGTGTTTTTACTTTTTCATGGAATGTGGTATCTCAACATCGCTTTCAGGTTGGCAGGGATGGGATATATTATTATGACCCAGAAAGTCAATGTGATATAGCTTAAGTGCATGGGCTTTGTAATCAGTCAGACCTGGATTCTATTTCCAGCTCCATCAGCAACAAGTGGGGCTGTACTGGGAGCCTTACTCGACCCCACCTAACCTTAGTTTACCTATTTATAAAATGAGGAATAATATTAGGTCCTTATTAGTATTGTTGTGATAGCTGCATGATATGATACGTGTACCATGAAGAGCAAGTACGTTTAAAACAAACAATTGTGATTATTATTTCAGTTTGAAAGGTGAGTAACTTGAAACTCAGAAGTAACTTTTCCATTTTTTCACAAATATTTGGAGAAAATGTTTACTTTGAAGTAAGATTATGTTTTATTACTGTTAAATCATAGGGCATGATAAAAAGAAAATACTACATGTTGAGGCCCAAATACCTACATCTGCCTACTAGGCCTCAAATTCTAGGATTAGTTTGAGTTACATCAATAGCTTGTTTCCGTAACTTCTTAACAAACCCATGTCAATAGAAAAGTTAGTAATAAAGCAAAATTCTTAAAACTTGAATATTCCTTAATTTATAATAATAAAACTTTTATGTTTCTCTTATGAAGTAATATGTATTTGGGGACAGAGTTTAG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Seq C2 exon
GGTTATATAACAAACTCATCACGAGTTGTGTCTAATAAGTCATCAGAGTTACTGTTTGACTTGACCCAGGATACAGGATTATCACATTACCAAGGGGGACCAACACTTTCTATGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137871:ENST00000559237:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.874 A=NA C2=0.577
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138361=DUF4195=FE(24.7=100)
A:
NA
C2:
PF138361=DUF4195=FE(21.0=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains