MmuINT0178915 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038535 | Zfp280d
Description
zinc finger protein 280D [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2384583]
Coordinates
chr9:72149674-72155875:+
Coord C1 exon
chr9:72149674-72149813
Coord A exon
chr9:72149814-72155757
Coord C2 exon
chr9:72155758-72155875
Length
5944 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
TATTTCTTCAATTTTAACAGGGT
3' ss Score
7.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTACTGCTTCATTCAAGCCTACAAGTCAACGCTGCCTGAATTCAGCATCAAATCCTGTGGCTGCCTTGCCAGTAAATTTTCATCCTGAATCTAGATCTTCAGATAGCTCTGTTATTGTTCAGCCATTTTCTAAACCT
Seq A exon
GTAAGTGTTTTTGAAATTACATAGTCAGCTCAGGGAATATTAACGATACTCAATTAAAATTCTACATTATCAACAAGTAGTTATCTAGTTATCAGAAAAGGTTACCATCTGTATGATAGCTTAATTAGTACCCACCCTTCAGTAAGTTGGGGATATGCTTAAACTGATTAGGTATAACTTTGAAAACTAAGGCTATCAAAATGTCAATAGAAGAATTGTAATGAGTATCACATGATAGCAAAATATTTATACTTTCAAACTGGGCCAGGTATTTTTAATTTGGAAATTATTAAGAAGCTTTGATAGTAGTGTTTTATTCTGAGAAATGTACCTTCACACTTTTTAAAAATCCTTAGTGAAAAGTAATATTGGTAATAATTACAATTTATTAAGCTAGTAATAGACATAAATATTTGTGCTAAATGCTCTACATAAATGAATCTCATTTAGTTTTTAAATATACCTATAATGTAGGCATTGCTACTTCTTCTATTTCATAGTTGAGTAAATACTGAGGTTTACAGGGATTAATTCACTCAGATCTATAGCTAGGTGGGTCTCAGATCTCAGTGTAGGCTAATCCGTAGTTTATATACATATATACACATATATATCTTGTATATGAGTATCTACTTTGAAAAATGGAAATACTGCCCCAGCTCAGCATTCTCAGGGTAGTGTATTTGGGATTCAACACCATTGTGAAAATAATTGAAAACACTTTCTTTTTCACTGGCCTTTGCATTGATGATATAAAACAATGCTGAAAAGGTAGCTGCTGGCTTTCTGTGAGTCGAGACAAGCACTCATCTGTACCAGAGTTTCAAGTAGCCACCCAGCTGTGCACTCCTAATGAAATACTCCAGTTATAGGCACTTCCTCAATGACATTTTGCAATGTATTAAACATAAACTTCCATTAATGTTATTTTGTTAACTGTACCCTTGACTATGTGTCTTATATGTTCTGTGTTGAAATAGGTAGTGTACATAAAGCACTTCTGTGTCTTAAATATCTTGATTGTGTTTAGGAAAAGCATGATTGGCAAGCAGAAATACCTGTTGCATTTTAATTGAACACATTTATGCTTGAAATAATGGCTGATAAGCTGTTTATTATTTTTTCTTATTATTGCCAAAAATTATGTGATTTGAAGCAATATACATTAAGTATCCTAAAGTCTTATAATTTCTGTTGGTAGGAGGCAGATCATAGATTAACTCGATCCTCTGTTTTAGGGTCTGATAGGATCACCATTTAAGATGTGATCCTCAAAGCAGTCTCATCTGAAGCACTATTGGGAAACATCTCCCAAGTCCAGGTAGTTGCTGGTACCCTTAGTTCCCTAAGGGTCAGACTGAGTCTCATTATCCTTTTGGCTTTTGACTTAATTCCTTGCCAATTGGGTCTTCCCAAAATGGCTGCTTGCCTCCTGAAAGTAAGGAGAGTTCTTTTTTTTCTTTTCTTTCTTTTTTCCCCCTTCTTTAAGGCAGAGTTTGTCTATGTAGCCCTGGCTGCCCTGGAACTCACTCTGTAGCCAAGCTGGCATCAAACTCAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCTCAAGTGCTAGGATTAATGGTGTGTGCCTCCATGCCTGGCTAAGGGAGAGTTCTTATTAGTCTCTTTTTGGGGTAGGGTGGTTCAAGACAGAGTTTCTCTGTAACAGCCTTGGCTGTCCTGGAACTTGATTTGTAGACCAGACTCACCTTGAACTCATCAGTTTCTCTGGCTCTGCCTCCCCAGTGCTAGGATTGAAGGTGTGTACCACCAAGACAGGCTTGATTTTATTACTTTCAGGCAACAGTCATGTCCATAAAATGATGTTATATACCTTGCCACCTTTACCATGTTGTGTTGTTAAGAATCAATTCAGCTGTCAGCCACATTAAAAGGAAGGGAATCACATAGGGTATGAATATTAGAAGATGGTATCATGGAATTCACTTTAGAATGCTATTATTCAGTCCTCAAATTTGGTACAGATTTCCTCAAAATTGAACAAAGTACACCTGCCCCTTCATCACTTAATGGAAAACAGCTGGTAGTAGTGTTCTTTCTTACCAATGATAAAATTTGATCTATCAAGCAAAAATCAAGATTTGGAAAGCTTTAATCTGCCATTTTGATCTTGGTTGCTTTATAATATTTCAAGACTTCATTGAATGGTAGTATAAATGAATTTTTAATGATATATTATGAATTATTTCAAAACCAATAGTTTGCAAATAACCAAAGTATATGTTACAGAAACGTCTGTGAATACTTAGTGTACTGTGGACTAATGATTTCAATGGGACAGGATACCAAAAGTTCAGATGAAAAAGTCTCAGATTTCATAGTGATACACCTTTAAGAAAGTACTGGCTTCTGAGTTTTGATAAGATCAGAGTAGTATATCCACAGTGGTTCATACTGCTAAAATGCTCCTTCTCTCAATTACATAGTCATGAGTCCTTATTCTCTTTTGAGAATTTAGTTTATTTGTTAGAGAAAAGAGCTTGCCTAGTACACACAGATTTCTGGATTCAGGCACATAGAGCTAATCCCAACACTTGGTGATACAGACGCAGCAGGATCAGGTGTTAGGGCAATATATATTATCCTTGGCCACATGGTGAGTTTGAGGCTAACTTGGGATACCTAAGACCCTGGCTCCCAAAATTAAAATAAAAAATGCAAAGATATAAAATAAGACTACTTTCATGCCGATCCATAATGGATTTAATATAATTTTAAAATAAAGTAATATTTAATGTTTTCTGCTTCATTTTCTGCTTCATTTTCTAGTTTGATAAATACTAATAGGTAAACAGCAACCAATGTAAAAAGTGGTTTGGGGTTTAGTCATTTTTAAATGTGTAAAATCATCTTGAAGCTGGAAAGTTAGGTTAGCACTGATTTAGTGAATAGTAAACTTCCTTAAACTAGTTTATTTTATTTCTGTGACCATTAAAAACGCCACAATTAATGGTTTGTAATCCTGAAACTTCGTTGTGTCAGTTGGGTTGTATGGGAGCTTAGGAATTATATATTTAAATCTCACTTACCTGTGTGGTCAAAGCTAAAATCACAGACTTTTAATCTGGAAGAAATTATCTTTTTTAAGAGGATTTCTCTCTAAATGTTGAATGTTACTGGTTTTAATAAAGTATCACTTTAATTGGTTTTAGTTTAACGCTTTATGTTATGTTTTGTGTGTTTAATTTTTTATGGAATATCTTTGTATCTCAACACATTTTTCAGGCAAGGATTGAATATATTCTCGTTAATATCATTGATTAAGTTACTATATGGGTAATGAGCATGAATTTTCATTATTATTTAGACTTGGATTATAGTTTCAACACCATCAGTAATAAAAGATGCTGTATTGAGAGCCTTCCTCAACCACCTAACCTTAGCCTACCAATCTATACAACTGGAAGAAATATTGTCTTTATTAATGCCACTGTGATAACTATTTGATACTCATTTACAGTGGAGAGCAAGTAAATTTACTATATACAATTTGGCTATTTTAGTTTGAAAGATGAATGACTTGAAGCTCAAAAGTGACTTGCCCCAGGTTAAATGGTTAAATAAGTGTAGGTCATCCTAATTCTGTTATAGTACCTACTTTACTCTTATTGTTGCATTGAACAAACCGTTCTCAGGTAGTTCATTTTTAGATTATTTTGAACTTGCATAAGGCATCAAAAATTGTCTATTTGAAAAGCTAGTTACTTGGTGACTACTGAGCTGCCTTTATGACACTCTGTGGGTGAGTTTAAGTTGCCTTTGGAGATGTGTTTAACAGGATTAGCTTTATTATAGTTTTGTTAAAGAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTAATTGGACACTGCTTCACTAAATAGCCTTTGAGGAACATGTCCTACTTTTCAAAAACTTTATAGTAATGGTTATATGATAGCTTGTAGGTTTAGCTCTTTATTATTGAAAATATAGGATTTAATTTTTGACTGTTATCAATAATTCTCCATTAAACTTTCTTTACCATAAAATTTTGAAAGTAGAATAAAGGATCTTTTAGATTTTGATAGCTACTGGTAAAGTTTTTATTCAAAGTCACACCAATATATAACCTAGAGTTTGCCAATAGTGAATGTTATCCTTCTTTTAATCTTATTAAAAAGTAGTATTAGTCTTATAGAAAAGAGAGTTCTGATATTTCCCATCTAGCTTACCTTATGTCTTACCTCTTATATAACAGTGTTAACCAAACTTTAGATTCATCATTAGAATTTGAACAGTTTTTCTACTGATTTTCTAGATCTTTTTTATGATTCCATCTTGCAGTTATTCTTAACTTCTTCATAGCTTTGCAGTTACATATATCTGTCATTCATGATCCTAGCAATAAAACATTGTGAGTAAATTAATTTGAAGTAGACACCATTTTTAAATAATGCCTGTTTAATTGTTAAATATTTTTCTTTGTATCTTTGTGTCCAGTAAGTTGAAAAAAGGGCATATCATTCATGTTTTAGATAGGGTTGTTCAGGTGGACTTTGAGCTTGCTATGTAGTTAAGGAAGATCTTTCTGTTTCCACCTCCTGAGTGCTAGGATCATAGACGTGTACTACTGTGCCTGGCTTTATTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTGTTTGTTTGGTTTGGCTTTTGGAGAAGAGGAGGGGATCAGTTTATTTTTAAGCACTGCTTAACTCAAAAATCCGTGGATTATGCATTTTAACAGGCTGAAGGTTCAGAAATCACTAAGAGCTTACTTTGCACCGTGGTTGTTCCTTATAAGTAATATTGGAGTTATTTATGTGTGTGTGCATATTAGTATACTTGTTATATAGTACTAGAACCCTTCAATTGTATTGACCACTTCGTAATGATACTGAATATGTATATGCATACAGTTACATAAAAACTTACTGCTCTGTTCTTGACCACATTACAGTCCATGTCATATTTTTCACTATGCTCTTTTT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Seq C2 exon
GGTTATGTAACAAATTCACCAAGAGTTCTGTCTAATAACTCTTCAGAGTTACTGTTTGACTTGACCCAGGATACAGGATTATCACATTACCAGGGGGGACCGACACTTTCTATTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038535-Zfp280d:NM_146224:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.298 A=NA C2=0.268
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138361=DUF4195=FE(24.7=100)
A:
NA
C2:
PF138361=DUF4195=FE(36.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: