BtaINT0165450 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002113 | ZNF41
Description
zinc finger protein 41 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13107]
Coordinates
chrX:91031761-91043908:-
Coord C1 exon
chrX:91043813-91043908
Coord A exon
chrX:91033794-91043812
Coord C2 exon
chrX:91031761-91033793
Length
10019 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CATTTTTTTCTTCTTTTTAGATG
3' ss Score
11.24
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTACCAAGTTCCCAAACCAGAGGTCATCTTCAGACTGGAGCAAGGAGAGGGGTCATGGACATTGGACAAAGAAACTCCACATCACAGCTGCTCAG
Seq A exon
GTGAGTGAGTGTAACCTGAGAAAATGGGGGATGTGGAGTAGATCTGATTTTCTAGGAGAGGCTGATACCTTGGAAAGGCTCTGAAGATAACCTGTCTTGAAGGCTCTAAACTTTTGCAGTCACTTGGAAGAGTTGACAGAAGCCCCTTTAATACCCGAGGGCCAAGTATGACCCAAGTATGACCCTCGCCAATATCCACTGTCTTCTTTGCTTTTTGATAAAAGAGCTGTCTCTAACCTCTGTACCCTCTGTACCAGCACATATATAGCACCGTATCTTATTGAAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCTGGGGGATCTTCCCGACCCAGGGATTGAACCTGTGTCTCTTATGTCTCCTGCACTGCAGGTGGATTCTTTATCACTAGTGCTACCTGGGAAACTATTTTACCTGGAAACTTTTATTCTTCCTACTCCACTCCCACCCTCTTATCTTAGGTTCTTTCCTTGTACATTTAGGTATTTTAATTTTTCTTCCCTTTTATTCTAATTCCTCATATCCATCCCTTATGCCTCCTCCCACTGGTAACAGATCTAAGGTATTTGATCTTTGAATTTGTGTGGTATTCTCTTAAAGCCTAAAGTATGAGTTTACTTGTGGTTGTTGCTCAGCCACTAAGTCGTGTCTAACTCTTTGCGACCCCATAGACTGCAGCATGCCAGGCTCTCCTGTCCTTTACTATCTCCTGGAGTTTGCTCAGATTCATGTCCATTGAGTTGGTGATGCTATCTAACCATCTCATCCTCTGCCACCCCTTTTTCCTTTTGCCTTCAATCTTTTCCAGCATCTGGGTCTTTTATAGTAGAATACTATGCTGCATAGTATTCCACAGTGTGCCAGTACCACATCTTATTGAACCATTCATCCAGTGGTGGAACCTAGGTTTTCATTAACGCCCATCTAAGACAAACAATTCTACAATACATTTCTACACAAATGTTCCTTTATAGAGTGTGAGATTTTCTCAGGGATGTATAGAAAAGAGGGTTTGCCTGAGATCATTGTATATTCTCATCCTGAATGTTTCTCATTTTTTGGCCAACAATGGGTATAAAGTGGAATCTCATTTTTTATTTCTCATTTCTCCAGTATTTAGTTTGAGCATTTCATCACTGACCTGTTGCGGTCTCTTGAGTTTCGCTCCTTTGAGTGACCTTGCTCATCTTCCCCTTGTTTTGATTAAATTTACTCTGGTTCATACTGATTTGCATCCAGTTTTTTTATTTTCCTGCTTTTCCAGGCATTTCCTCATTATCCTCATAAATGAGATTTCCCTATAGACTGTGTACTGTTCACCAGTCTTATATATATGCAAAGATTCATCCATCCTGAAATTCTGATGACTCTGCTTTTGACATCTCAAGTCTTTTTTTCCCTAGTACTTTTTAGCACTATATTTAGCTACTCAGAAAGTTCCCTTGAGATGTTTCTCTTACTATTCAGTATATCAGAAATTGAGATCATTACCTCATATATCAGAAGCCCTTCTCACCTTCCAACTTTTGTCATATTCTGTCAATGTTTCTTAAATCTTTCAGTCATTTTAAATTAATCACTCTGCAGTTCCTATTGCTTTTTCATTTTTGCAAATATCATTTTTAGTTCTCAATCCATCTTCTTAATTCCCATCTTCTTAGTTCTGAAAGGTTGTTGCTTCTTAGTTCTGAAAGGTTGAGCCGTTAAAGATGCCAAGATTCTTGGCCTCCGGAGGAGAGGAATTTGATCCAGGGCCAGTGATGAGGCTTGATCGCTCAGAGCTTTTGTGTGATAAAGTTTTATTAAAGTATAAAAGAGATAGAGACAGCTTCTAGTCTTTAGCCAGAAGTTATATAGCTACTAGCAAAGAGTCGGAACACGACTGAGAGACTGAACTGAACTGAGCAGGCTGCTAATTAGAGAAAGGAAATGTCTCCAAACTCAGAGACTGGCACCAGGCCCCTCACCCACAACATGCATTTTGAGATAATATTGGCACAAGGTGAGTTGTCCTGGGCCATAAAACAATTGACATGAATCTTGAAGAAAGGCAGGTTTCCAAGCAAAGACATAGTCTCATTAACATAGCTTAAGAGAACATTTGCATGAATAAAGCATATTGGTTTGTCAAGTTGGTTCTGAGTCTTAGGCAGAACTGACTTGAAGAAACACAGAGTCTAGGGTAAATACATTCATTAACATAGCTTAAGAAAAATATTTCCATAAGTTCGTTTGAGAAAAGTTAAGTTCAGGTGGAACCAGGTGTTGTCATGGCAGCACAGAATTTTAAAAGAAACCCCCTTTTAAATTTGCATGTGTGTTAGTCACTCAATTGTGCCTGACTCTTTGCGACCCCATGGACTGCAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCCATGAGATTTTCCAGGCAAGGATACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGGGGATCTTCCCAACCTAGGGATCGAACCCGGGTCTCCTGCACTGCAGGCAGATTTAAATTTGTATAGAAAGGGGAAAAAAACCTGACACTTGTAGTTTGTTTCCTCTTGCAGCTTAAGACAGAGATAAAAAATGTCTGACACTTGCAGCCTATTTCCTGTTTGGAGACCCCTAGCCTTCCTGCCTGTTACCCTTTCAGTTCCATCCAAAACCAGCTCCATATTTTCTTATGCCTGGATTATAATTTTTCTATTACTGATTATAGTTGCTGATTCCATTCTTTTTATTAGTTCACTTCAAATACTAATGACAGATTTCATTGCCTAAAATGTTTCTATTTATTTTGACATTAGCTTTATGAAAAAAAAACCTAGTATTATTCACATATCAGTGTTCATTCAAAAAGACAAAAAACATGGCCATGTATTTCCAATTCAAACGTGTGTCTGAATGTTTTGTATAACCTTTGTGCAACTCCACTTTTAACATGTCTTATGATTCTATGAGGTTTATTTTTATTAATAATTCTATGAGTTTTGGGGAATTCCCTGACAGTTCAGTGGCTAGGACCCAGTGCTTTCACTGCTGAAGGCCTGATTCCTAGTCAGGGAATAAAAATTCCACAAGCCTCAGAGTGTGGACAAAATAAAATAATAATAATAATAATTCTATGAGTTTTGACAAATGCATACAGTCATGTAACCACCATGATAATCAAGATATAGAACAAAAATTACCTCAGGTCCTTTATTGTGTCACTCCTTCCCACTGTTTACAGACCTGGAAAATACTAATCTCTTTTCTGTCTCTGTAGTTTTGCCTTTTTCAGAATGTCATATAAATGGAATCATACAGTATGAAGCTTTTTGAGCCTGGCTGCTTTTACTTAGCATGATGCTTTCAAAACTTACTCCTACTGTTGTGTTTTCCATAGCTTGATTCCTTTTTATTGCTGAGTAGTATTCCATAGCATGGATGTACCACAGTTCATCCATTCACCAACTGAAGGGTATTTGTCAGTTTGATTATTATGTGTCTTGGTGTGTTCCTCCTTGGGTTTATCCTGCTTGGGATTCTCTGTGCTTCCTGGACTTGGTTAACTATTTCCTTTCCCATGTTAGGGAAGTTTTCAGTTATTATCTCTTCAAATATTTTTGTGGGTTCTTTCTCTCTCTTCTTTCTGGGACTCTGTGTTGTGAATGTTGGTGTGTTTAATGTTGTACCAGAGGTCTCTTAGGCTGTCTTCATTTCTTTTCATTCTTTTTCTGTATTCTTTTTCTATATTTCTATATTTGTGGCAGTGATTTCCATCATTCTGTCTTCCAGCTCACTTATCCATTCTTCTGTCCCAGTTATTCTATATTGATTCCTTCTAATGTATTGTTCATCTCTGTTTGTTCTTTAGTTCTTCTAGGTCTTTGGTAAACATTTATTGCATCTTCTCCATTCTTTTTCCAAAATCCTGGATGATCCTGGATCATCTTTACTATCATTATTCTGAATTCGTTTTCTGGAAGGTTGCCTATCTCCACTTTGTTTAGTTGTTTTTCTGGGGTTTTATCTTGTCCCTTCATCTGGGAGATAATACTCTGCCTTTTCATTTTTGATTAACTTTCTGTGATTGTGGTTTTCATTCTGGAGGCTTCAGTACTGTAGTTCTGTTTCTTCTGTCTGCCTTCCAGTGGATGAGGCTAAGAGGCTTGTGCAAGCTTCCTGATGGGAAGGACTGGTGGTGGGAAAAACTGGGTCTTGCTCTGGTGGGCAGGCTGTGCTCAGTAAAACTTTAATCCGATTGCCTGCTGATGGGTGGGGGCTGTGCTCCCCTCCTGGTAGTTGTTTGGCCTTTGGCAACCCAGCCCTAGAGTCTACAGGCTCTATGGTAGGGTGAATGCCAAACTCCCAAGAGGGTTCACACCAAGGGGCAACTCCCAGGACTGCTACTTCCAGTGCACCCATCCCCATAGAAAGCCACTGCCAACCCACACCTCCAGAGGAGATCCCCCAACACTAGCAGGTATGTCTGGTTCAGTCTCCTGTGGGGTCACTGCTCCTTTCCCCTGAGTCCTGCTGGGTACAGGATTTTGTGTGTGCCTTCCAAGAATGGAATCTGTTTCCCCCAGTCCTGTGGAAATCCTGTAATCAAATCCCACTGCCCTTCAATGTGAGATTCCCTGGGGATTCCTAGTCCCTTGCCAGATCCCCAGGCTAGAAAGCCTGACATGGGGCTCAGAACCTTCACAACAGTGGGAGAGCTTCTTTGGTATTGTTCTCCAGTTTTTGAGTTGCTCACTTGGTGGGTATAAGATTTGATTTTTATCATGATTGCAATCCCTCTACCATCTTCTTGTGGCTTCTTTGTTTTTGGACATGGAGTATCTTTTTTGGTGGGTTCCAGTGTCCTCCTGTTGATGATTGTTTAACAGCTAGTTGTGATTTCAGTGCTCCCACAGGAGGAGATGAGTGTACACCCTTCTACTCTGCCATCTTCAATGATCTCAAGGGTGTTTGGATAGTTTCCAGTTTGGGTGATAATGAATAAAGGTGCTATAAATATGTTTACATATTTTAT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ATTTTTTTCTTCTTTTTAG
Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002113:ENSBTAT00000002726:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.109
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]