BtaINT0165726 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000031686 | ZNF566
Description
Bos taurus zinc finger protein 566 (ZNF566), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001077017]
Coordinates
chr18:47250645-47266289:+
Coord C1 exon
chr18:47250645-47250740
Coord A exon
chr18:47250741-47264489
Coord C2 exon
chr18:47264490-47266289
Length
13749 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
GCTTTCATATTTTCTTTCAGTCC
3' ss Score
9.5
Exon sequences
Seq C1 exon
GACATTCTATTTCTAAACCAGATGTGATCTCCTTCTTGGAGCAAGGGAAGGAGCCCTGGTTGGTTGACAGAGAACTAACAAGAGACCAGTGGCCAG
Seq A exon
GTAAGTGAGGCATGACAGGTGATGACCCAATCAGTCATTGGAGAGATTGCACCTTTGAAATGCAGTCTGGGAAGCTTCCCTTAAAAACTTTAGGCCTGTTGTGCAAAAAGTAAGCCTTTTCAGCATGACCTTTCAAAGGACCTTACCTTTTCCCCTTACTTAACACACTCCGCCTGCTCGTCTCCTCTTATGCTTCTGTCCCAATTCTAATGAGCCGATGCCCTCCTCCACCTTCTCTAATAATATTTCTTTCTATGCATAATTTGAATCTACTTCCTTATCAGCTTCTCATCCTCTTTTGTACTTAGTCTTCAAAGAGCATCACTGTCTCCTCAAATACTATTTTTTTCTACATTATTAAAGACTCACTTCCTCTAGAGCTTATAAGATACAGTAGATACACTCATTGGTTCATTCATACTTTTAATGAACATTTGCTGATTTTCTAATGTGTGTGAAGTACTCTGCTAGGTACAGAAAGATTAAAAAACGAGTTAAGTGGGAATTCCCTGGCAATCCAGTGGTTAGGACTCTGCACTTCCACTGTAGGGGGCACAGGTTCAATCCTTAGTCAGGGAACTAAGATCCCTCAAGCCGCTGGCACAGCCAGAAAAAAAAATAAAGAATAAGCAGTTTCAGAGTTTATAGCTTACTGTTTATAACTCGTAAAATGTAGAAGCATGAGAGAGGTTAAAATAGGGAGCTCAGCAGAAAGCGGGGGCTAAAGAGGTAGAAGAGGAGTTGATCCACATAGCTGTCATAAGAGGGAGATTTGAGCATACATGTCATTGAGTTTAGAGTGCTTGAAAAAAGAATCTGTGCTTCCATTGAGATCTTAGAGCTAACAAAGATAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAAAACAAGACAGCATATTCCTTCATTCAGTATATGTTTTGTGTGATTTTTAAGAAATTTTTCCAGTCAGAATGGCTGCGATCCAAAAGTCTACAAGCAGTAAATGCTGGAGAGGGTGTGGAGAAAAGGGAACCCTCTTACACTGCTGGTGGGAATGCAAACTAGTACAGCCACTATGGAGAACAGTGTGGAGATTCCTTAAAAAACTGGAAATAGAACTGCCTTATGACCCAGCAATCCCACTGCTGGGCATACACACTGAGGAAACCAGAAGGGAAAGAGACACGTGTACCCCAATGTTCATCGCAGCACTGTTTATAATAGCCAGGACATGGAAGCAACCTAGATGTCCATCAGCAGATGAATGGATAAGAAAGCTGTGGTACATATACACAATGGAGTATTACTCCGCCATTAAAAAGAATACATTTGAATCAGTTCTAATGAGATGGATGAAACTGGAACCTATTATACAGAGTGAAGTAAGCCAGAAAGAAAAACACCAATACAGTATACTAACGCATATATATGGAATTTAGAAAGATGGTAACAATAACCCTGTGTACAAGACAGCAAAAGAGACACTGATATATAGATCAGTCTTGTGGACTCTGTGGGAGAGGGAGAGGGTGGGGAGATTTGGGAGAATGGCATTGAAACATGTGTAATATCATGTATGAAACGAGTCGCCAGTCCAGGTTCGATGCACGATACTGGATGCTTGGGGCTGGTGCACTGGGACGACCCAGAGGGAGGGTATGGGGAGGGAGGAGGGAGGAGGGTTCAGGATGGGGAACACAGGTATACCTGTGGTGGATTCATTTTGATATTTGGGAAAACTAATACAATATTGTAAAGTCTAAAAAAAAAAAAAAGTTAAAATAAAAATTAAAAAAAAAATTTTTGTTTTACATTGAAGCATAGTTGATTAACAATGTTGTGTTAGTTTCATGTGTACAGCAAAGTGATTCCGTTATACATATATGTGTATCTATCTTTTTCAAATTCTTTTTCCATTTAGGTTATTACAGAATATTGAGCAGAGTTCCCTGTGCTGTATAGTAGGTCCTTGTTGGTTATCTGTTTTAAATATAGCAGGGTATACATGTCAATCCCAAACTCCCAGTCCATCGCCCCTTCCTATCCTTCCCCCCTGGTAATCATAAGTCATTCTCTAAGCCTGTGAGTCTGTTTCTGTTTTGTATATAAGTTCATTTGTATCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGATTCCACATATAAGCAATATTATAGGAAATTTTGTCTTTCTCTGTCTGACTTACTTCACTTGGTATGATAATCCTCAGGTCCAGCCATGATACTACAAATAGCATTATTTTGTTCTCTTTAATGGCTGAGTAATATTCCATTGTATGTATGTATCATATCTTTATCCATTTATCTGTTGATAGATCAGTATATGTATATTGAATACCTATTGCAGGCCCAGCACTACTCTCAACACTTGAAATTAGAGCAGTGAGTAGAATATGCAGAATGTCTATTCTCAGAGTTTACCCTCAGCTGCAGGGAGAGATACACAAATAAATGAATATATAATGGTAAGTGCTGAAAAGAGTAAGTGGAGAAGTGGAGATGCTATTTTATGTGAGAGGGTACAAGAAACTTTCCAATAAGCTGACATTGGGACAGAGACCTGAAGAAGTATAGCTGTAAATCATTGTATGTGATTACTGGGAAGAACATTCCAGAGGAAGCCAAACATTGAAGGGCCTCAGGCAGGTATGCATTGGCTGTGTGTGGGGAGCAGCCAGGAGGCCGGTGCTTCTTCTACCCCAGTTGTTATTCAAGTATTTTCAAATGCAAGATCTCTTGTTACTTCACCCTTACATAACCTCAATATGTAATTCTGAAAAACATGGACGTTGTCTCCCTTACATAACTTGACTGCTTTGTCATCCCCAATAACTTTTACACTGATTTCTTGGTACATTGGATTGTTTCAGTGTCATTCTACTGAGTACTAGTGAGAGGGGACATTTCCACCTTCATGGTGCTACTGTCTTTAACATGTTCACAACTATATTTTACACTTTTTATCTATTACTGCTCTAATTCTCCTCAGTCAGTTTTTATGGACTTTATAAAATAAAAACATTATATACCCATTTCCATGGGGTGTTTTGTACTTCATAAATTTTAATCTGGATTGGCATCTTTTAAAAAAATATTTATTTATTTATTTGGCTGCATCCAGTCTTAATTGCTGCACTCAGAATCTTGTTGCTTCCTGTGGAATCTTCCATTATGGCACACCAGCTCAGTAGTTCCGGCATGTGGGATCTTAGCTCCCCAACCAGGGTTCAAACCTGACTTCCCATGTACTGCAAGGCGGATGTTTAACCCCTGGACCGTCAGGGAAATCCCTGAATTGGCATCTTTAAGTGTATGCTCTAATGTGTTTGCAGTCATCTCTTTTGTGGTTATTACAGTTTCTGATTTTAGAAAATTAACTGACCTCTACAAATTTCATAGATATCTTGTTCTTTTAAAAAAGTTATTTTGCTATATTTTAAAATAATTTTATTTATTTATTTATTTTTGGCTATGCTGGGTCATCACTGCTGCTCGGGCTTTTCTCCAGTTGTGGCTAGCGGGGGCTACCCACTGGTTGCGGTGCTCAGGCCTCTCATTGCAGTGGCTTTTCTTGTAGAGCACAGGCTCCAGGGCTTGCAGGTTTCAGTGGTTGTGGCACACAGGCTTCGTTGCTCTGCAGCATTGTGGGCTCTTCCAGGATCAGGGATCAGACCTGTGTCTCCTGCTGTGGCAGACATTCTTTACCACTGAGCCACTAGGGAAGCCTCTCTGCTGTCTTTTTTTTTTTTTTGCTGAAGTGATTTTAATCTATAGATGAAAGACTCTTTAAATGATACTCAGAATACATTACAAACTTGGTTTTAAATTAGATTTGAGTCTAGAAGAGGACTCACAATGATTCCAGAACACAATGTGGAAGTGCAACAGTTAGGTGATGACTTCTTAATTGTTCAAGGGGATAAAGATCTTCAAATATGGATGGAAATTAATCTCTAAGAGTTATTCTCCTTTATAGACTACAATATTATTGTCGGTTTCATATACTTTTACTTTATAAAGAACTCCCACAGGAAGCAGATATATACGGCTACATTTTCTGTTGTGCTTACAATGTCTGCAAAATACGACACATCTAGATCCAGATCCTTATGATCAAGGAGCTTCATAATCGCCTCCTTTATAATTGTGCCCATGGCCATTTGGGTTGTTGCACTTCCCAAATAATTTCAAGTTTTCTTCATTTATGAGATTTGTTGTGGAGGCGGTGGGTCGCGCTGAAGGAGACGAGGCGCGACACGTGCCCGCCGGCGAGGGCCCGACCCTGCCCCGTTGATGGCATCCTCACCCCTCGGCCCACCGCCAGCCTGGATGGGCAGAGCCCCCTCTGCTGTTTTTAATAACATCTAAATCCATTTTAAAGTTCTTTTACAATAAACTATAAATTGAGAGTCCCACTCAATCCCCTCTCCCCTGCCCCTAATGGCTTATTTTAGCACCATTTATTCAACAGCTGCTTATGTCATCGTTGTTTTATCTGCCTGTTCGTTGGAAGTTCTGGTTTATGTTAATACTTTGTATTTCAGGGCCTCTTTCTATTTCTTTGCTCCAACTATACACTTGTACCTTCAGAGATAGATATGCCCAGCAGACAGTTTAATATATTTTAATTCTTTTTATTGAAAATTATCTTAAATACAGAAAGGTAACAAACCATAGGTGGACATTCAAACAGTTATAAAATGAATTCACATGGAAACATCACTCAGATTTTAAGAACTTACAACACTGTCAGCACATCTGTCTATGTCCATAGTATCTTTGTGTCCCTTTTTGCTTTTACCAAGTAAGAGAGCCACCACAACAATATAGTTCCGTTTTGAGTTTGAATTTTATATACATAGAATCGTACTATATATACTTTTATGTTGTTTTTTATTAATCATTTTGCTGTTAAGATTCATACATACATATTATTTCTTATAGTCAGAGTTGATTTATTCAATTATACCAATATACTACAGTTTATTTTTCAGTTCTACTTTTCATAGGGAGTTAG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000031686:ENSBTAT00000006397:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.082
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development