HsaINT0187678 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000186017 | ZNF566
Description
zinc finger protein 566 [Source:HGNC Symbol;Acc:25919]
Coordinates
chr19:36936021-36963908:-
Coord C1 exon
chr19:36963813-36963908
Coord A exon
chr19:36940904-36963812
Coord C2 exon
chr19:36936021-36940903
Length
22909 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
ACTTTCATATTTTCTTTCAGTCC
3' ss Score
10.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCATTCTATTTCTAAACCAAATGTGATCTCCTACTTGGAGCAAGGGAAGGAGCCCTGGTTGGCTGACAGAGAGCTAACAAGAGGCCAGTGGCCAG
Seq A exon
GTAAGTGAGGCACAGCAGGTAATGCGTGATTTGGCTGGTAGAGAGACTGCATCTTTTAGATGCTATCTGGGAAACTCTCCTCACAGGCTTTTGGCCTGTTGTGCAAATGTAAGACCTTTTCTACATGAGCTTTCAAATGATCCTACCTTTCCCCTTTACCTAACACACTTTGCCTGCTTTTCTCCTCTTATCCTTCTCTCTCAGTTCTAACCAGCTGGTGCCCTCCTCCACCCTTTCTAGTGATATTCTTTTCTATCCATATTTTGGATCCATTTCCTTCCTAGCTTCTCATCCTCCTTTGTATTTAGTCTAATAAAAGCATCACTGTCTCCAGAAATAGATTTTTTCCTACACTGCCAAAGACTTATTTGCTTTTACTAAGTTTTTTGGGATAGGGGTTTATGCCCTCATTGATTCATTCATATTTTTTACCAACATTTACTGATTTTCTAACATGTATAAGGCACTCAGCTAGGTGCTGCAGAGTTTAAAAAAGGAATAAGCAATTTCAGAACTTACTGCCTAGTAGAAGTACTAGAACATGTCTACAAATAACACCACCATAAGCGAAGTTAAAATAGGGAGCTTAGCAGAAAGTGAGGGCTAACGAGGTAGAAGAGGGGTTGATCCACATAGAAGTCATAGGGGGAGATTTTTGGTGTAAGCATCATTGACTTTATATAGAGGGTTGGAAATAAAGGGCCTGTGTCTCCATGGAGAAGGTAAGAGCTGGCAAAGAGAGATTTGGTATGAAGGAGGAGGAACAGAACAGCACATTCATTCATTTAGTTTATGTCTCTGTAGTGACTATGGTATGCCCAGCACTATTCTCAACACTGAGGTTACAGTAATGAATAGAACATGCGTGATTGGGTGCAGTGGCTCACCCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCCTGAGATCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGATGAAACCCCATCTCTACTAAAAAATACAAAAATCAGCTGGGTGTGGTAGCATGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGTACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTACGCCACTGCACTCCAGCCTGAGTGACAGAGAGAGACTCTCTCAAAAAAAGAAAAAAAAGAACATGCATAATCTCTGTTCCCAGAACCTACCCCACAGTGTAGGGAGAGACATGAAAATAGATGAATATATAACATACCAGGTAATAGTAAATACTAAAAGAAATAAGAAGTAGAGGAAGGGGATAAAGGATGATATTTTATGTGAAGGGGCAAGAGAAATTTACCATATCTTACTAAATGATATGGTAACGTTTGGGCAGAGACCTGAAGAAGCACCATAGTAAGTTACTGTACTGGGCGGAGGACCACTCCAGATGGAGGAATGCAGACCTTCAAGGGCCTGAGGCAGCTGTGCGTTGGCTGTGTTTGAGGAGCAGCCCCAGAGGCCAGTGACTGGAGGAGTGAGAGCAGAGGGGTACGTGGGTGGGAGATGAGATCAAAGAGGCAGGAGTGGGAAAGAGTGGGTCAGTTTATGTACTGTCTGCCATACAGGCCATGGGAAATCTTTTCATTCTAAGACAAGAAGTCATCAGAAGGCTGTGCACCTAGAAATGGCTTGATGCAACTCATTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCTTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGTTGGGATTACAGGTGCGTGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTTTTTCAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGATCTCAATCTCCTGACCTTGTGATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACACCGGCCATGTTTTTGTTTTTGTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCGTGCCTCATCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTAGTAGAGACAGTGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAAATCCTGACCTCAGGTGATCCTCCCACCTCGGCCTCCCAACGTGCTGGGATAACAGGTGTGAGCCACTGCGCCTGTCCTTGATGCAACATATATTTTAAAAAGATTTCCCTGGCTGCTTTGTAGGTGGCAAGATTGGAAGCAGAGTGGCTGTTTAGCAGGTTTTTGTAGTAGTCTGGTTGAGATACAGTGATGGCTCAGAGACCATTGAAATGTTATCAGTGGCAGTGGAAGGAAGCGGTGGGTTTGAAATCTTTTCAAGGAAGAGTTAGCAGGATTCAGTCTTGGAGTGTAAGCGGAAAAAAAAGGATTCATGCTTTTTAGGGAGAGCCTGTGGAAGAATGGGCTTTGTAATTACTGAAATGGGGAAAGTAGATTTGGGGCTTGCAAAATCAAGGGTGGGTTTGCTTATGTTAAGCTTCAGGGCTTACTGGACGCAGCATAGATGCCATGCAGGCAGCTCAGTATAGAAGTCTGGAACTGGGAGGTCAGATCAGCATTGGAGGAAAATTTGGAGAGCCTTCAATGTAGAGATATAGAGTCTTGTGACTGGATGAAATCCCCTAGGGAATAAATATAGCAAGGACAGAAACCTGAAGCACCCTGATACCTAGAGGTTTACAGCAGGAGAAGGTATGGCAAGGAAATGTAGGTTGAACAACAGCAGGATAGAAGGTGAACTCAGGAACTCAGGAAGAAAAGTACCAAAAAGATCTGGCCATGAAGATTAGATAGGTATGTAATAGTTTCTACATGCATTTTCTCATATAATTCTGTTTTTTTTTTCTTTTAGTGCAGTTCGAGTACTTATACTTACATAGTTAAGCTGCTTTCTAATCAATGCTTGTTTGTAAAAGTACCATTCTTTATGCATATATGCATTCTTTATGTAAAAGCACACTTTACGCATATAGATTTTTCTGTATTTGCTTAGGATAGATTCTCAGAGACAAGATATTTCTGAAGCTTTCAGACACTCACAGTGTTTGGTAGTATTCATTTCATTGTACTCTTTAAGAATGGTTAATTTTTATTTTAAATAAATGTTTTCGCTCATTTATTTTACAAGTCGTAGAATGTTGCTTTTCATTGTGAAAATTTTCAAAAATACATGCCACTAATCTACCCCTATTGTCGCACAAATATTTTCTTTTTTTTCTTTGTTTTCGAGATGGAGTTTCGCTCTTGTTACCCAGGCTGGAGTGTAAAGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGGTGGGATTACAGGCACCCGCCACCATGCCTGGCAAATTTTTTTGTATTTTTCATAGAGATGGGGTTTCACCAGGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACTTGCCTTGGCCTCCCAAATTCTGGGATTGCAGGCGTAAGCCACCGCGTCCCACCACAAATAATTTCAAGTAAATCCAGGACTTCATGTCATTTCACCCTTGCATAATCTCATGTAATTCTAAAAAATACTGATACTTTCTCCCTTATATAACCTTAATGCAAAGTTATATAAATTTTACAGTGATTTCTTTGTATACTGGACTGCTTTATTGTCATTATATTGAATACTTGTAAGAGTGTACATTTTCACCATAGCATGATAATTACCTTGTTCATTTCTATATTTCATACTTTTAATCTATTACTGTGTTGATTTTTTCAGTTTTTATGGACTTTGCAAAATAATAACATTTACCTGTCTATTGGTTCCCAGAGGGTGCTTTTACTTTTTTTTTTGAAACAGGGTCCCACTCTTGCCCAGGCTGGAGGGCAGTGGCACTATCACGGCTCACTGCAGTCTTGACCACTTCCTGGGCTCACGTGATCCCCCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGATGGGACTACAGATGCATGCCACCACACCTGGTTAATTTTTTGTATTTTTTGTAGAGACGGGGTTTTGCCACGTTGCCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCCACCACTCAGGCTCCAGAAGGGCTGAGATTACAGGCATGAGCTACTGCTCCCAAACTAGCTGCCTAATTTTTTAGTTTTTTTGAGACAGAGTCTAGTCCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGAAATGGCGTGATCTGGGTTCACTGCAACTTCTGCCTCCAAGATTCAAGTGATTCTCATGCCTTAGCCTCCCGAATTGTGAGAATTACAGGCATGCAGCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTGCCATGTTGACCAGGCTGATCTCTAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAACCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGAGCAAGCCACTTCACCCAGCCGAGCTACCTAATTTTAACTTTTCTTCAACACTTGTATTTGTTTACAATTTCACCAGCAGTATATGAATGTTCCCATTGTTGCACATGCTTCCTAATGTACGGTATTGTCAAACTTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCAGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGACACGATCTCGGCTCACCGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCGAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCTCCCTGTTGGTCAGGCTGCTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCATG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Seq C2 exon
TCCTGGAATCAAGATGTGAGACCAAGAAATTATTTCTGAAGAAAGAAATTTATGAAATAGAATCAACCCAGTGGGAAATAATGGAAAAACTCACAAGACGTGATTTTCAGTGCTCCAGTTTCAGAGATGATTGGGAATGTAATCGGCAGTTTAAGAAAGAACTCGGCTCTCAGGGGGGACATTTCAATCAATTGGTATTCACTCATGAAGATCTGCCCACTTTGAGTCACCATCCATCCTTCACATTACAGCAAATCATTAACAGTAAAAAGAAATTCTGTGCATCTAAAGAATATAGGAAAACCTTTAGACATGGCTCACAGTTTGCTACACATGAGATAATTCATACCATTGAGAAGCCTTATGAATGTAAGGAATGTGGAAAGTCCTTTAGACATCCCTCAAGACTCACTCATCATCAGAAAATTCATACTGGCAAGAAACCCTTTGAATGTAAGGAATGTGGAAAAACCTTTATTTGTGGCTCAGACCTTACTCGACATCACAGAATTCACACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTAGTGGTTCAAACTTCACTCGACATCAGAGAATTCACACAGGTGAGAAGCCTTATGAATGCAAAGAATGCGGGAAGGCCTTTAGTAGTGGCTCAAACTTTACTCAACATCAGAGAATTCATACTGGGGAAAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGCAATGCCTTTAGTCAGAGCTCACAACTTATTAAACATCAAAGAATCCATACAGGTGAGAAACCTTACGAATGTAAGGAATGTGAAAAGGCTTTTCGTTCTGGCTCAGACCTTACTAGACATCAGAGAATTCATACTGGGGAGAAACCCTATGAATGTAAGATATGTGGGAAGGCTTATTCTCAGAGTTCACAGCTTATTAGTCATCATAGAATTCATACTAGTGAGAAACCCTATGAATATAGGGAATGTGGAAAGAACTTTAATTATGACCCACAACTTATTCAGCATCAAAATTTGTACTGGTGATGAAACAGAATATATGAAATGTGTAGGGAGGCTTTTAATTATGGCTCAAAACAGAATTTATCTTGTTAATAATTCCTCTAGATAGAATAATGTAGAAACATTTTATTTGTGGACTACAGCTTATTCAGCCTGGGAAAAATAATGTTGGAGAAATACTCTATGAATAGAATATACTTTGGAAGCCCTTAACTAAACGCTTACTTCTCTTGACATCAGATAATTCAGTCTAGCAATATGATAGATAATTCAGTCTGTCATACTGAAAATGACAGCACTTTTAACACCTTTCTAACCTTCTTAACGTCAGAGAATTTTTGTAGAAATGTAGTCCTGTGATTGTCATTTTTTCCCCTAATTTCTCTAATTGTTACATTCTTAGTATTTTAATCCATATTAAATTTATATGGCTATAAATTTCATCTGTTTACATCCTGATTTGTATACTATTTTAAAAATACCTTTAGTACCTGGGAGAAGTGACCTCTTTATTTTTGAAGATGGCTTATTCTTTTTGTTCTTTATAACATTAAGGCTTTCTTATTGTAAAAATGTTCATGAACGACATTTTACTCAATAGAGATTCTTCATTATCTTCATGGTGTTTTGTTGTGTTACTGTAATATCACTTATGAAATCCTATTGGTGGATATCGTAGTCTCCTCTAGATATTTTGCCATAATACATGCCAAAATACAAGTCCCTGCTGGACATTCTCCCTAAGCACATCTTTGTATCATATCTTTTAATTGCAGAAGTAATGTGTGAATATATTTTCCTTATAAAAGATGCAAACATTACAAAAAGGCAAATGTACCCTTTGACCATATCCCAAAGGATAGTCTTTATCAGTTCATTATTTATTGCTGATCATTTTTCTGTTCATATATACATGCGTGTCTCAGTAAAAATTATAAAATGGGGGATAATTATAATACCTACCTCATAATGCTTTGTGAGGATTAAATGAATTAAGATCGATAAAGTGCTTAGAATTGTGCCTGACATGATAAATACATACTCACTGAATGTTAGTCATCGTTATTATATTCATCATCATCAGTATTATTATTTGTAGAAAGGCTTTTTAACTTCTGCAGAACTTAGTCACCATTAGGCAGGGTGTTTGACTGAAGAAAGACCCTTTGAAGGTAACAAGTTAAGAAAATTTCCCATCATCATGTACTTACTATTGAACATGAAATAATCCTAGGTGTTGGGGGGGAAAGTACTGTGAATAATGTGTGTGAAGGACTTTATTCCGACTAATACTCTTTTTGTCGCATTATATACCCAGTAAAAAAGAAAAGAGAACATAAGCAAAATATTGGTGCACTAATGAGGAAAAAAAGTATGAAAAGAGAAACAGCATCATATTTAAAAAATGGACAGAGATAGAAACATAGTTACAGATTTAAAAGGTTCTGTTGAATATTATGCTTTTTTCTAATATGTTTGAAAATTTAAACAAAATGGTTTTTAAGGAAAATATACATCAATATTGACTCCAAGAAAATTAGGACTCTTCAAAGACTCTCATAAACACAGAGAACAGGGAAAAATTAGCATGTGATCAGTTAACTATTACTAATGAAGCACCAAATCCAGTTTCTTTCTAAGGAAAACTTTATCAAATGTTCAAGGAACTATTTCAGTTATATAGAAGTACACATCTTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGATGGAAGGATCATTTGAGGCCAGGAGCTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGTTGAAACCCCATTTTTACTCAAAAATACAAAACTTAGCCAGGCATGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAATGCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCATGGCACTTCAGCCTGAGCGACAGAATGAGACTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCCACAGTGTAGCTTTGTTTGGGGTTAAGTTAGTGTTTTGAAATGGGCCTTCCCTGTGCTCAAAACATGCTCAGCAAGCAGCTCCCCACGCTGGACAGATCGCATATGTGGAAGGATGAAGTTTATGTCTGTAGAACTGTTATTTTATGCCCCACTTCCTTTTTTCTTAGATCCTGTGTAGACGGGTCTCTCTGAACATTGTGTTACTTTACTTTACTGGCATAAGGAAGTAAAATATTTCATAATAAATTTGAGAAAAGTAGAGTGAGCAAAAATACCTGCAAATGAGAGAATTACTAAAAATGGACTGTTGTAATGTTTTGCGTTATCAAAATGAAAACTGCCAAATGAGATTTTGTTTACTTTCTTTTCTTGTGTGCTTATGTCTTTTATAAAGTTCTTCATCTAAAATTATAGAGATAGTGCATTTGCACCCAAATTAATGAAACAATACCATTAAAGAGAAAGAAAAGGGGCTGGGCACAGTGGCTTACGCCTGTAATCCCAGTGCTTTGGGAGGCCAAGGCAGGGGGCAGCCTGGCCAATATAGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCATGTGCCTGTAGTCCCAGCTGCTCGGAAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCCTGACTGCACTCCAGCCTGCATGACAGAGTCTCAAAAAATCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAAATGATTATCTTTGCCCTTCTCCGTTCCTCATTCCCTCCCCTCTGTCAATTTTCTTCTGAATAATATTTAAAGGTTGTGTATATTACCCATATATTTCTTCATGCTAAAACATTAACACACAATTATTTTATTATGTTTTTACAGAAAAATGGATAACTATACATTTCCCTGAAATTTGCTTTTTTACATTCAACTGTACATTTTGGATTTTCCTTCAATAGATGATGATCTAACAGTCTTTCTGATGGTTACAGTATGTTCCACAGTGTTATTTACCAATGCCTTTTCAACCACTTTCCCAATTGTGATATTATGGATTGTTTGCGCTTTTTTGCCATCTAAAAGTAATGCTGCAACAAACACTTTGTATTCTTGTCTGTTTTATTTCTATAAAATAAGCTTCCCAAGTCATTTCCAGTGTTTTTGCTTTGTTTTGTTTTGAGACAGAGTTTCACTCTTGTTTCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTTGGCTTACTGCAATCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGAGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGGTTACAGGTATATGCCACTACGCCTGGAAAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGCATTTTTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCTCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGCATTATAGGCATGAGCCACCGCACCCGGCGTCATTTCCAGTGTTTTCTATGTTTCCTAGGAAGGTTTTGCTTCTGGAAGATTTCAGAGGGCAAGAGAATAAAGGAGTGGAGTGCAGTTTTTCATATATGTGATTCTGTGAGTGTGTATACACAGAGATTTAATATTTTAATACATCAGGAATTGATTATACGATCTAATGCAGGATGTCAGACTTGTTTCTATCCAGGAATAAAACCAGTTATGCCAGAAGTAACTATTATTCACCTTTCTCCTACTGAATTAAAATACTATCAGTTGTATATTAAATGCTCACATCTATTTCTGTTCTCCATATTCTAGCAATCCTTGACACTTTTCAATAGCTTTTATTACTTGGAAATAAAGATGTATGTATATATTATTAATATATAGTTTATTATTTGGAAATAAAGATGTTTCTTCATGAGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000186017-ZNF566:NM_001145344:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.070
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=7.3),PF0013017=C1_1=WD(100=14.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=7.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=7.6),PF097235=Zn-ribbon_8=WD(100=12.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=7.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=7.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=7.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=7.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=7.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)