BtaINT0165941 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000000803 | ZNF667
Description
Bos taurus zinc finger protein 667 (ZNF667), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001102078]
Coordinates
chr18:63887228-63894090:+
Coord C1 exon
chr18:63887228-63887320
Coord A exon
chr18:63887321-63891768
Coord C2 exon
chr18:63891769-63894090
Length
4448 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
AATTTCTTGATGTCTTTCAGACT
3' ss Score
7.78
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTTTCCTTTCGGAGACCAAACGTGATCACCTTATTGGAGAAAGGGAAAGCGCCCTGGATGGTGGACCCAGTGAAAAGACGCCGGGGCTTGG
Seq A exon
GTGAGTGCCTTCCATCATAAAAGGGCAACATCTTTAAGATAATAGTTGAGAGCCACTTTCTCCACCTCAAAGACCCCAAGGTTGTGCAGAAAACTCAAGTCTCTTCAGTATGTGTCCCCAGAGGGAGAATAATTAATATTCAACAAGCCTCTCACTAGGTATCTGATATTCTTTAAAAAAATAAATTATTTATTTGGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCAACTCTGTGTGACCCCATAGACGGCAGCCCAGCAGGCTCCCTTGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGGGAAAAGTCAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTATTAGCGACCTCATGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGCACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCCTGTTTGGCTGTGTCTGGTCTTGGTTGTATCATGCTGGATTGCCAAACAGACTCCCTAGTTATGACACACGGGCTCCAGAGCTCACAGGCTTTGTTGCCCCGTGGCATGTGGAATCTTAGTTCCCTGACTGTGGGTTGAACCTGCGTATCCTGCATAACAAAGTGAATTCATAACCACTGGACCACCAGGGAAGTCCTTGATACTCAGGTTCCTCCCAACAGCTCTATAAGGTCGATCCTCTTCTTATTCCGATTTTATAGATGAAGAAACTGAGGGCCAAAGAAGTTTAGTGACTTGCCCAAGTTCACCTAGCTGGGAAGTAGCACCAGAGTTGGGATTTGAACCCCAGCTTCTGGTCTCAGAAGCTCAGGTTTTAATAGCCTCATCCCCATCCTGCTTTGGTTTTCATATTTCCCTTCAGAGAAAGTGTGTGTATTCTGACTTCTCTAGTGATTGTATTTATAATGACCTGACTTGCATCATTGTCTTCATTCATTAAAAAAAAATTAAAAATCTTTCCCATAAGCGTTTATTTTGACTGCTTTTCAAGAACTCATTTCCTTCTCTAGTATTAATAGATTCTTCTTTGATTGGTTAAATTATGGGTTTTTAAATTTTGTTTTGTTTTTAGTTCATTTTTACAGCTATGAGTTTAATTTTTTAATTGTAAAAAGCACATAACATTAAATTTACCATCTTAACCATTTAAATTTAGTTTTTATTTATTTTTTGACTGTGCTGCTTGGCTTGTGGGATCTTAGTTTTCTGAGCAGGAATTGAACCTGTGCCCTTGGGAGTGAGAGCATAGAGTCCTAACCACTGGATTGCCAGGGAATTCCCATCTTAACCGTTTTTAAATGTACAATTAAGTATATTTGCATTGTTGAACAAGAGGTATCCAGAACTTTTTAAGTATTGCAATACTGAAACTCCATACCCACTAAATACTAATTCTTTCCACCTCACCACTCAGCCCTTGGTATGATTTTGACTACTATGGATACTTCATATGAATGGAATCATGCAGTATTTGACCTTCTGTTACTAGCTTTTTTCCACTTAGCATAATGTCATCACGGTTCATCCGTGTTGTAGTACATGACAGGATTTTCTTTTTTAAGGTTACATCATATTCCACTGTGTGTATATACCACGTTTTCTTTCTTTATTCATCTGTTAGTGGACATACGGGTTGCTTCCACATCTTAGCTACTGTGATTCATGCTGCAGTGAATACGGGTGTACAGATAAATCTCTTCACGATCCTGATTTCAATTCCTTTGGATATATACCCAGTGTTAGTATTGTTGAATCATATGGTAGTTCTGTTTTTAAGTTTCTAAGGAACCACCATACCATTTTCCACAGTGGCTACACCATTTTTCATTTCCACCAGTAGCACACAAGGGTTCCGGGTTCTGCTAATCCTTACAGCACATGTTTTCTGTTTTTTAATATATATATAGGCTGTTTTTATGTTGTAAGATGATATTGTGGATTTAATTTACATTTCTCTAATGATTAATGATGTTGAACATCTTTTAATATGTTTATTGGCTACTTGTCTGTCTTCCTTGGAGAAATACCTATTCAAGTCCTTTGCCCATTTTTTTAATAGGGTAATTTGTCTTTAAGTTGTGGAAGTTCTGTATGTATTCTGCACGTTAGCCCTTTATCGTATGTGTGATCTGCAGTATCTGTAGGTTGCGTTTCCCTGTACGTTTGATGTGGCCTCATCCTCTTCTTTCCTTTGTTGCCTGTGCTTTTGGTGCCAAAGCCAGTGTCCTGAAGCTTTCCCCTGTGTTTTCTGCCGAGGAGCGTAATAATTTTTGGTCTTACGTTTTAGGTCTTTAGTCTATTTTTGACTTAGTTTTTGTACATAGTGTAACTAAGGGGTCCATGTGCATTCTTTTGCAAGTAGGTACCCAGTTTTCCCAACACCATTTGTGGAAGAAACTGTTCTTTCCCCTTTGTGACAGTCTTGGCACCCTTGTTGAAAATCATTTGACCAGATATATGAGACTTTATTTCTGGGCTGTCTGTTCTCTTCCATTGGTCTGTATATGTCACTGCCACACCATCTTAATTATTAGGAAGTCTAAGCATCCTTCTTCATTTCTCTCTTTCAAGAGTGTGTTGGTTATTCAGGGTCCCTTGAGATTCTATATGAATTTTAGGACTTTTTTCTACTTCAAAAAATTTTACTGGGATTTTGATAGGGATTGCAATGAATGTGTAGATAACTTTGAGTGGTATGGGCAGTTTTACAATATTAAGTCTTTCAATCCACAAGCATAGGATGTCTTTCCATTTATTTATAGCTTTGACTTCTTTTAGCAATGTTTGTAGTTTTCAGTGTCTTTCATCTCTTTGGTTAAACTTACTCCTAAATATTTTATCCTTTTTGATGTTATAGTAAATGGGATTGTTTTCTCAATCTCCTTTATGGAGTGGTCATTGGTAGTATATAGAAACAAAACTGATTTTTGAGTGTTGATTTTATATCCTGCCACTTTACTGAATTAATTCACTTATTAATTCAAATTAATTAATAAATGTTCAAACTGTTTTTGGTGTGAAATTGAGGTAGTTCCTTCTGTTCCTGGCTCACTGAGTGTTTTTTATCATGAAAGAGTGATGAATTTTGTCAAAAGCTTTTTCTGCATCAGTTGAGATGATCATGTGGTTTTGTCCTTTAATTTGGTGATTGTGATATATTACATTTATTTTCCTACGTTGAACTATCCTTGTATTCCAGGTATAAATCCAACTTGCTCATGTGTATGATCCTTTTAACGTACTGTTGAATTTGGCTTGCTAGTATTTTGTTTAGGATTTTTGCATAAGTATTTAACAGGGATATTGGTCTGTACTTTGATTTTCTTATGGTGTGTCTTGTTTCGGTGTTAAGGTAATGATGACCTCATACAATGAGGTAGTAAGTATTCCCTCTGCTTTTGTCCTCTGAAAGAGATCATGGAGAATTGGAATGATGTCTTCCTTAAATGTTTTGTATATTTCACTAGCAAACACACATGGGCCTGGTACTTTCTGTTTGGGAAGGTTATTAATTACTGAGTCAGTGTTTAAACAGATGTGTGCCTATTCAGATCATCTTTTTCTTATGTTTTGAGTTTTGGCAAATTGTGTCTGTCTATAGTTTACCTTCTGCCTTTCCCGGACATTTCCTACAATAAAACCACATGTATCTATTGAACAGTTTGTGGAGTTTAATGTGGTATATGTTGTTGTTGTTCAGTTGCTAAGTCTTGCCCAACTCTGTGACCCCGTGGACTGCAGCATGCCAGGCTTCTCTGTCCTTCACTGTTTGCTGGAGTTTGCTCAGGCTCATGTCCATTGTATTGAGTCAGTGATGCCGTCCAACTGTCTTATCCTCTGTCACCCCCTTCTCCTCCTGCCTTCAGTCTTTTCCAGCATCAGGGTATTTTCCAATGAGTCAGCTCTTCGCACCAGATAGCCAAAGTACTGGAGCTTCAGCTTCAGCATTTTCTTTAGGGGTTGACTAGTTTGATCTTGCGGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTCCAAAAACATCAATTCTTCAGCATTCAGCCTTATTCATGGTCCAACTCTCATATCCATACATGACTACTGGAAAAACCATAGCTTTGACTATATGAACCTTTGTCAGCAAAGTGATGTCTCTGCTTTTTAATAGACTGTTTAGGATTGTCATAGCTTTTCTTCCAAAGTATATGGTATATATTTATTCAATAATAAAACCTTTATTCATTTCAAATTGCACTTCCGTGAATTTGTTATTAAGTATTTCTATGAAGTCCTTACTATGTTAAAACTATAATAAAACACTCAAAGAGTTGTTACTCTAATTATCATCATTGTTATTATTTTGACTGATAATTATTGCAAACAGCTTCATTTTTTTAGCACAGGAAAACAAACTGAATTTCTTGATGTCTTTCAG
Seq C2 exon
ACTTAGGGTCTAAATGTGAGACCAAGAAGTTACCTCCAAATCAGTGCAACAAATCTGGGCAAAGCATCTATCAGAAACCAGTTTCCACGCCACAAAAAGTTCCCACAGGAAAGAGAGGCTGCAGGAAAAATTCAGTCCTAATAAAACGCAAGAAAGTACACTCAGAGAAGAAATCTTTAAAATGTAACGACTGTGGGAAGTTCTTTAGTCAAAGTTTATCTCTTAAATTCCATCAGAACTCTCATGCTGGGGAGAAGCCTTATGAATGCAGTAGTTGTAGAAAAGCTTTCAGACAGATCTCATCCCTCATTCTTCATCAGAAAATCCACAATGGAAGGAAAAGCTTTGAATGTAATAAATGTGGGGAAAGCTTCATTCAGAGAACATCCCTGCTCCTACATGGGAAGATTCATGGTGAAAAGGAAGTCTTTGACTGTGGGAAGGCCTTGAGTCAGTGCTCATCTCTCAGTATACATCAGAAAATCCACTTTGTTGAAAATGTCTACCAGTGCAGAAAATGTAAGAAAGCCTTCATTCGCATGTCATCTTTTTTACTTCATAAGAAAATTCACAGTGGAAAGAAAATACACAAATGCAATAAATGTAGGAGAGTCTTCAGTAAGAAATCAGTCCTTGTTATACATAAAAGAATTCATACTGGAGAGAAAACTTGTGAAAGTGAGAAGGCCTTAAGTCACAGTCTACAGCAGAGAAGTCACCATTTAGAGAATCCTTATAAATGCAGAAAATGTGGGAAATTCTTTAGTAGAATTTCATCCATTATGCTTCATCAGAGAATTCATAATTCAGAGAAACCCCACAAATGCAATAAATGTGAGAAGATATTCAGGCGGCTTTCAACCCTTATTCTACATCTAAGAATTCATAATAAAGAGAAACTATACCAGTGTAATAAATGTGCGAAGGTCTGCAATCGGCATTCATCCCTTATCCAACACCAGAAAGTCCATACGAAGAAAAAGAAACTGTTTGAATGTAAAGAGTGTGGGAAGATGTTTTCTGGAACTGCCAACCTTAAAATACATCAGAACATTCATTCTGAAGAGAAACCCTTCAAATGCAATAAGTGTAGTAAAGTTTTTGGCCGCCAGTCATTTCTTATTGAACATCAGAGAATTCATACTGGAGAAAAACCCTATCAGTGTGAGGAGTGTGGAAAAGCCTTCAGTCACCGCATCTCTCTTACGAGACATAAGAGAATTCATAGTGAAGACAGACCCTATGAATGCGATCAGTGTGGGAAGGCCTTCAGTCAGAGTGCACACCTCGCCCAACATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACCATACACATGCAAAACATGTGGGAAGGCCTTTAGCCAGCGGACATCCCTCATCCTCCATGAAAGAAGTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAATGAATGTGGGAAGGCATTTAGCAGCGGCTCTGATCTTATTCGGCATCAGAGAAGTCATTCCTCGGAGAAACCCTATGAATGTAGTAAATGTGGGAAGGCATACAGTCGGAGCTCATCCTTGATTCGACATCAGAATACACATTCTGAGGAAAAGGCTTAAGATCGTTTTAAATATGTAAAAGCAGAGAGGGAGGCCAGCCAAGTAGCAGAGACAGAGGCGTGGGAAAATGCATGTCTGTAACACAAACTGTAAAAATGGGGCAGTTTGATTTTGTGTCCCACTTTGAAAGCCAAAGAACAAAAGTCATTGGTGATTTGACTGGAGGATCTGAAATCAACTGAAGCAGTGACTTTATCATGTATGTTAGTTTCAAAATAACAAGCTCAGATGATTGGGTCAGTCATTTTTAATGAAGAGCATTCTTCATTTGATAAAAATAACTGATACTTTATTTCCATCGTAACTTTAAAGCCATTTCATTGGTCATGTACAACAAAGTAAATTGTAAATCCATTTTTCTGGATGGATCTGTGAGCCTGACTTAAGGTCATGTGAAGAAAGAGTTTGAGTTTGTCCTTTAGAAGTATCACAGAAGGAATTTTCTCACAAACCAGGGTGCCATTTTTAGCTAACAGTAACTTGTGGGTGAGAATAAAGAAGACTGAGTAAAGAGATAATAGCACTCACAATTGTGTGGAGCGATAGAATCATTACCATACTGTCTCTGTCGATATGAAGATATATGATCTTCATGGTGTGAAAAATCTAACAAGCCTGGGACAAGCTAATGGGGAAAAAACAGGATGTACTGAAGAATGAGGAACTTCAGAATGGGGAGAAATTATTGTTTTGTTTGTATATGAATTTATATTTATATGAATAAACATTGGTATTTTTATGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000000803:ENSBTAT00000001064:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.082
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development