HsaINT0188047 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198046 | ZNF667
Description
zinc finger protein 667 [Source:HGNC Symbol;Acc:28854]
Coordinates
chr19:56950693-56969616:-
Coord C1 exon
chr19:56969524-56969616
Coord A exon
chr19:56954111-56969523
Coord C2 exon
chr19:56950693-56954110
Length
15413 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
AATTCCTTTATGTCTTTCAGACT
3' ss Score
8.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTCGGGGTCTAAATGTGAGACCAAGAAGTTACCTCCAAATCAATGCAACAAATCTGGGCAAAGCATCTGCCAGAAACTAGTTTCTGCACAACAAAAAGCTCCTACACGAAAGAGTGGCTGCAACAAAAATTCAGTCCTAGTAAAACCTAAGAAAGGGCATTCAGGGAAGAAACCTTTAAAATGTAATGACTGTGGTAAAACCTTTAGTCGAAGCTTCTCTCTTAAACTTCATCAGAACATTCATACAGGAGAGAAGCCTTTTGAATGCAGTAATTGTAGAAAAGCTTTCAGACAGATCTCATCCATCCTACTTCATCAGAGAATTCACAGTGGAAAGAAAAGCCATGAATGCAATAAATGTGGGGAAAGCTTCAATCAAAGAACAACCCTTATTCTACATATGAGAATTCATGATGGAAAGGAAATTCTTGACTGTGGGAAGGCCTTGAGTCAATGTCAGTCTTTCAATATACATCAGAAAATTCATGTTGTTGGGAATGTCTGCCAGTGCAGAAAGTGCGGAAAAGCCTTCAATCAGATGTCATCCCTTTTACTTCATAAGAAAATTCACAATGGAAAGAAAACACATAAATATAATAAATGTGGGAGAGGCTTCAAAAAGAAATCAGTCTTTGTTGTACATAAAAGAATTCATGCTGGAGAGAAAATCCCTGAAAATGCGAAGGCCTTAAGTCAGAGTCTACAGCAAAGAAGTCACCATTTAGAGAATCCTTTTAAATGCAGAAAATGTGGGAAATTATTTAATAGGATTTCACCCCTGATGCTTCACCAGAGAATTCACACTTCAGAGAAACCGTACAAATGTGATAAATGTGACAAGTTCTTCAGGCGGCTTTCAACCCTTATTCTGCATCTAAGAATTCATAATGGAGAAAAACTATACAGATGCAATAAATGTGAGAAGGTCTGCAATCGGCATTCATCCCTTATTCAACATCAGAAAGTTCATACAAAGAAAAAGAAACTATTTGAGTGTAAGGAATGTGGGAAGATGTTTTCTGGAACTGCAAACCTTAAAATACATCAGAATATTCATTCTGAAGAGAAACCTTTCAAATGCAATAAATGTAGTAAAGTTTTCGGCCGCCAATCATTTCTTATTGAACATCAAAGAATTCATACTGGAGAAAAACCCTACCAGTGTGAGGAATGTGGAAAAGCCTTCAGCCACCGAATATCTCTCACACGACATAAGAGAATTCATACTGAAGATAGACCCTATGAATGTGATCAGTGTGGGAAGGCCTTCAGCCAGAGTGCACACCTCGCCCAACATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAGCCATATACATGCAAAACATGTGGTAAGGCCTTTAGTCAGCGCACATCTCTTATTCTACATGAAAGAAGTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAATGAATGTGGGAAGGCATTTAGCAGTGGCTCAGACCTTATTCGACATCAGAGAAGTCATTCTTCAGAGAAACCCTATGAATGTAGTAAATGTGGGAAGGCATATAGTCGGAGTTCATCCCTGATTCGACATCAGAATACACATTCTGAAGAAAAAGCCTAAGGTTGTTTTAAATCTATAAAATCAACGAATGAGGCTATCAAACATATGGCAAATATGTATTTGTCTATAATGTAAATTTTGTGTATATGGGACCATTTGATGATATGTCCCACTTTGAAAGCCAAAGAGCAAAAGTCATTGGTGATTTTGACCTCAGGATTTGAAATTAACTGAAGGAAACTCAGAAGTTTGGTCAGTCATTGTGAATGAAGATCATTTTTCATTTGATAAGAATTACTGGCTGGGCGCAGTGGCTTACACCTGTAACCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGACAGGCGGATCACGAGGTCAAGAGTTTGAGACCACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAAATACAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGCGCACCTGTAATCTCAGCTACTGGAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGGGGTTGCACCGAGCAGAGATTGCACCACTGCACTCCAGTCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTGTCAAAAAAAAAAAAAATTACCGATATTTTACTTCCAGCATAGTTTTAAAGATAATTTATTGGTCACATACAACAAAATAGAATTGTGAAGTCCATTATAGGGCTCTGAGCCTGATTTAAGGTCACAGAAAAAAGAATTTGAGTCTGTTTCTCAGATCTAGAATTATCAAATATAAGGAACTTCTCGGCAAAACAGGGTGCCACTTTCAGCTGACAAACTTGTGGGTGAGAATAAAGAAAAGTGAGTCTTTAGGTAGATAAAGTTGTCACTCATAATGGTGTGTAACAGTAGAAACCTTACTTTACCATCTCCACGGATATGAGGATATATGATCTTCATGGTGTGAACGTCTAACTTGGCTGAGACAAGCTATCAGTAAAAGAACCAAGATATAGTGAAGAATGAGGATTTCAGAGCCAGGAGAAATCAGTATTGTTTTATTTGGAAATAAATCATCTATATTTATATGAGTAAACATTGGTATTTTCATGTAACAATACTGGTATGCAATAAGTGGTGTAATATGAGTTGTTATGGACTGAATGTTTATGTCCCTCCCAAAACTAATTATGTTAAAATCCTCACCATCAATGTGATGTTACTTGGAAATGAGGCATTTGGGAGGCAATTAGGATTAGATGAGGTCATGAGGGTGGAGCCCTCGTGATGGGATTAGTGCCTTTATAAGAAGAGACATCAGGCTGAGCCCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGAGTGGATCATGAGGTCAGGAGATTGAGACAATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCCACTGAAAAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCACAGTGGCATGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAAGGAGAAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAGGATCACGCCACTGTACTCCACCCTGGGCGACAGAGCGAGACTACGTCTCAAAAAGACATCAGAAAGCCTGCTTGCTCTCTGCACCATGTGAGGATGCAGGAAGAAGCCAGCTGTCTACAGAACAGGAAGAGAACCCTACGAGAACCTAACCATGCTGGCGACCTGTTCTCAGACTTCCAGACTTCAGAACTGTGAGAAGTAAATTGTTGTTTAAGCCACCCAGTCTATGATGTTTTGTTATGGCAGCCCCAGCTAATATATGGAGTGGAAAGCCTAGATTTATCTACTGGGTTCTTTTCCTGTCAGCAGTTCAACATGTGTAGTAGCTTTCAGTCTCTGCTGTTTGTGCCAAATATATAAGAAATAAAATCAGATAACTTTTTTGTAATTGGATCATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198046-ZNF667:NM_022103:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.188 A=NA C2=0.102
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)