HsaINT0188047 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198046 | ZNF667
Description
zinc finger protein 667 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28854]
Coordinates
chr19:56439325-56458247:-
Coord C1 exon
chr19:56458155-56458247
Coord A exon
chr19:56442742-56458154
Coord C2 exon
chr19:56439325-56442741
Length
15413 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
AATTCCTTTATGTCTTTCAGACT
3' ss Score
8.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTCGGGGTCTAAATGTGAGACCAAGAAGTTACCTCCAAATCAATGCAACAAATCTGGGCAAAGCATCTGCCAGAAACTAGTTTCTGCACAACAAAAAGCTCCTACACGAAAGAGTGGCTGCAACAAAAATTCAGTCCTAGTAAAACCTAAGAAAGGGCATTCAGGGAAGAAACCTTTAAAATGTAATGACTGTGGTAAAACCTTTAGTCGAAGCTTCTCTCTTAAACTTCATCAGAACATTCATACAGGAGAGAAGCCTTTTGAATGCAGTAATTGTAGAAAAGCTTTCAGACAGATCTCATCCATCCTACTTCATCAGAGAATTCACAGTGGAAAGAAAAGCCATGAATGCAATAAATGTGGGGAAAGCTTCAATCAAAGAACAACCCTTATTCTACATATGAGAATTCATGATGGAAAGGAAATTCTTGACTGTGGGAAGGCCTTGAGTCAATGTCAGTCTTTCAATATACATCAGAAAATTCATGTTGTTGGGAATGTCTGCCAGTGCAGAAAGTGCGGAAAAGCCTTCAATCAGATGTCATCCCTTTTACTTCATAAGAAAATTCACAATGGAAAGAAAACACATAAATATAATAAATGTGGGAGAGGCTTCAAAAAGAAATCAGTCTTTGTTGTACATAAAAGAATTCATGCTGGAGAGAAAATCCCTGAAAATGCGAAGGCCTTAAGTCAGAGTCTACAGCAAAGAAGTCACCATTTAGAGAATCCTTTTAAATGCAGAAAATGTGGGAAATTATTTAATAGGATTTCACCCCTGATGCTTCACCAGAGAATTCACACTTCAGAGAAACCGTACAAATGTGATAAATGTGACAAGTTCTTCAGGCGGCTTTCAACCCTTATTCTGCATCTAAGAATTCATAATGGAGAAAAACTATACAGATGCAATAAATGTGAGAAGGTCTGCAATCGGCATTCATCCCTTATTCAACATCAGAAAGTTCATACAAAGAAAAAGAAACTATTTGAGTGTAAGGAATGTGGGAAGATGTTTTCTGGAACTGCAAACCTTAAAATACATCAGAATATTCATTCTGAAGAGAAACCTTTCAAATGCAATAAATGTAGTAAAGTTTTCGGCCGCCAATCATTTCTTATTGAACATCAAAGAATTCATACTGGAGAAAAACCCTACCAGTGTGAGGAATGTGGAAAAGCCTTCAGCCACCGAATATCTCTCACACGACATAAGAGAATTCATACTGAAGATAGACCCTATGAATGTGATCAGTGTGGGAAGGCCTTCAGCCAGAGTGCACACCTCGCCCAACATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAGCCATATACATGCAAAACATGTGGTAAGGCCTTTAGTCAGCGCACATCTCTTATTCTACATGAAAGAAGTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAATGAATGTGGGAAGGCATTTAGCAGTGGCTCAGACCTTATTCGACATCAGAGAAGTCATTCTTCAGAGAAACCCTATGAATGTAGTAAATGTGGGAAGGCATATAGTCGGAGTTCATCCCTGATTCGACATCAGAATACACATTCTGAAGAAAAAGCCTAAGGTTGTTTTAAATCTATAAAATCAACGAATGAGGCTATCAAACATATGGCAAATATGTATTTGTCTATAATGTAAATTTTGTGTATATGGGACCATTTGATGATATGTCCCACTTTGAAAGCCAAAGAGCAAAAGTCATTGGTGATTTTGACCTCAGGATTTGAAATTAACTGAAGGAAACTCAGAAGTTTGGTCAGTCATTGTGAATGAAGATCATTTTTCATTTGATAAGAATTACTGGCTGGGCGCAGTGGCTTACACCTGTAACCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGACAGGCGGATCACGAGGTCAAGAGTTTGAGACCACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAAATACAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGCGCACCTGTAATCTCAGCTACTGGAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGGGGTTGCACCGAGCAGAGATTGCACCACTGCACTCCAGTCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTGTCAAAAAAAAAAAAAATTACCGATATTTTACTTCCAGCATAGTTTTAAAGATAATTTATTGGTCACATACAACAAAATAGAATTGTGAAGTCCATTATAGGGCTCTGAGCCTGATTTAAGGTCACAGAAAAAAGAATTTGAGTCTGTTTCTCAGATCTAGAATTATCAAATATAAGGAACTTCTCGGCAAAACAGGGTGCCACTTTCAGCTGACAAACTTGTGGGTGAGAATAAAGAAAAGTGAGTCTTTAGGTAGATAAAGTTGTCACTCATAATGGTGTGTAACAGTAGAAACCTTACTTTACCATCTCCACGGATATGAGGATATATGATCTTCATGGTGTGAACGTCTAACTTGGCTGAGACAAGCTATCAGTAAAAGAACCAAGATATAGTGAAGAATGAGGATTTCAGAGCCAGGAGAAATCAGTATTGTTTTATTTGGAAATAAATCATCTATATTTATATGAGTAAACATTGGTATTTTCATGTAACAATACTGGTATGCAATAAGTGGTGTAATATGAGTTGTTATGGACTGAATGTTTATGTCCCTCCCAAAACTAATTATGTTAAAATCCTCACCATCAATGTGATGTTACTTGGAAATGAGGCATTTGGGAGGCAATTAGGATTAGATGAGGTCATGAGGGTGGAGCCCTCGTGATGGGATTAGTGCCTTTATAAGAAGAGACATCAGGCTGAGCCCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGAGTGGATCATGAGGTCAGGAGATTGAGACAATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCCACTGAAAAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCACAGTGGCATGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAAGGAGAAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAGGATCACGCCACTGTACTCCACCCTGGGCGACAGAGCGAGACTACGTCTCAAAAAGACATCAGAAAGCCTGCTTGCTCTCTGCACCATGTGAGGATGCAGGAAGAAGCCAGCTGTCTACAGAACAGGAAGAGAACCCTACGAGAACCTAACCATGCTGGCGACCTGTTCTCAGACTTCCAGACTTCAGAACTGTGAGAAGTAAATTGTTGTTTAAGCCACCCAGTCTATGATGTTTTGTTATGGCAGCCCCAGCTAATATATGGAGTGGAAAGCCTAGATTTATCTACTGGGTTCTTTTCCTGTCAGCAGTTCAACATGTGTAGTAGCTTTCAGTCTCTGCTGTTTGTGCCAAATATATAAGAAATAAAATCAGATAACTTTTTTGTAATTGGATCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198046:ENST00000292069:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.136 A=NA C2=0.118
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains