DreINT0001018 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099768 | ANKRD7
Description
ankyrin repeat domain 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18588]
Coordinates
chr25:3516103-3518937:-
Coord C1 exon
chr25:3518644-3518937
Coord A exon
chr25:3516218-3518643
Coord C2 exon
chr25:3516103-3516217
Length
2426 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATG
5' ss Score
9.43
3' ss Seq
TAATGTCTCTTTTCCTGCAGAAC
3' ss Score
10.28
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTTATTCTTAGAGAATGGGCGAGACATGCGAGGCGATCAGTACCTGAGCCTCAGGTGAACGACAGTCTGCGGATGGAGATGTGCCGTCAGCGACCATGAAGAAGATATTCAACTTTAAGAAGAAGAAGGGCTCCCCGAGCGCCTCTGAGACCGCGAGCGTACTGTCGGCCAGCTACGATGTCAAGGAGAAAGACCTCGGGAAGGTCCACAAGGCTGCGTTCAGCGGAGATGTGGTCAAACTCAGACAGCTGGCCAAAAAGAACGATTTAAACCAGCTGGATAAGGAAAACAG
Seq A exon
GTAATGGTGGATGTACAGTGTAAAAATTGTAATAAAAAAAAGTCAAGACACCAAATCTTTTTATGTGGCTTTTACTTATTTTAATAAGTGAATCAGGTATACCTAAGGCCAGGCGGAATCTGCAGGCATTTTTTGCTCTTTCTGCTTTGAATTTTGGTAAAAATCTGCGGATTTATGCGGAATGATTTTGGGAGCATCATAACTAAAACCTTAATTTATGAAATAAAAAGTAATACCTTTATAACTTGCATTTAATGTTTACAATGCAAATCCAATTAGATCCACATTATTTGGTAAAGTCTCTTATATAATATATCTACTAAAAGACAGGAAACATTACTTTACAAACTACATTGTTAATAATAAGTCATATAAATATTTCATATCAGTCAATAATATTACTGAAATGAATTTAAAAACTGAATAAATATGATTTTACACACATTTACACAAGCGATTAAACAGAACCAATGATGGGCTACAAATCTGCGGAATTCTGCGAGCACAGATTCTGTGTGGGCCTAGTTATACCTTAATATTTTTGATCAGTTTGATTAATGTAAATTCAGATGACTAAAAAGGTTAATTTGATTTAATTAAAATAAAATATTATTTAAATTATATTTTTTTACAGTATGCTGAAGCGTTTTTAAAGTCTACTTGTGTTTGTATTGTGATCAAAAATCAGAATTTTACCAACCAACCATCAGATCTTGTGATGGAAAGTTTATGGCTCCAGGTGTCTTCTTAACTTCTTAAGCTTAAGGGTTCAACAATAGGGATTTGGCCAGTAGTTGCTTTATTTTTAACTTGCTTCAAAGACAATGTTTTAGCCTATTCGCTGCTATCCATATAACATTATTTACATTAAGTCATTGCCATCCAGTATTACATATTTTAAACAAGAATCATTTAAATACTTTTTAAAGGGGACTTATTATGCCCTTTTTACAAGATGCAAAATAAGCCTTTTATTTCCCTACAGTGTGTATGTGAAGTTTCAGCTCAAAATACTACATAGATAATGTTTTATAACTCTTTGACACTGCCCCTTTTGATCCTAATTGGGTCGTTTTGGTGACTGTCGCTTTAAATTCAAATAAGATTGTGTTCTTTTTAAAAGAGCGCGGTGCCTGTGTGGCATACTTAACATCCTATGCTAATGAGGGAGAGATGGTCACTAATGGGCGGGGCTTTCCCATTCTGATGACACGTACAAAAGGAGAATGTCAATCAAAGTGTTGCTGCAGACTGTGTTTCAGTTTTTATGAAGCGTGATTGTAAATAATAAAATTAAAAAAATGCTTACCATTAAAAGCTGGTCATGCTTTTTATGATTACAAGTCACTTTTTATTTTTTGATTAAGAAAATAAAAAATATAAATAAAAAATTGATATGGACACCAAAATGGGATGTTCAGTCTTTATTCATATTAGCTAGACATAATTTTTCTTTTCGTGTGACATTTTTTACTATTAACTATTACTATTTTTTTTTTAAATGCAGGATATTTCGATTGTGTGAAGTGGGTGTTTTGAACTATAATGTTAACTTATAACTAGGCCCACACGGAATCTGCGCTCGCAGATTTTTGGCTCATCTTTGATTCTGTTTATTCACTTGTGTAAATGTGTGAACATTTAAATTTATTCCGTTTTTAAATTAATTTCAGTAATATTATTGACTAATGTGAAAATATTTAAATGATTTATTTACAATAAAGTTTGTAAAGTAATAATTTCTCTCTTTTAGTAGATAAATGAGAGATTTGCTTTGTTTACCAAATAAAGTGTATCTAATTAATATTACTTTTTATTTAATATTTTAAGGTTTTAGTTATGATACTCCCAAAATCATTCCACAAAAATCTGCAGATTTTTACCAAAATTCTGCACAGAAATAGCAAAAAATGTCCGCAGATTCCGTCTGGCCCTACTTATAACTAAACCAGTAACAATATGAAATTTTATCACAATAGTTTTTTTTTAATTATATCATAAACATTTGTCTTCAGTGTCACACTTTCCTTCAGAAGTCATTTTAATATACTAATTATGTGCTCATTGTTAACAAAATTGTTGTGCTTTTTCATGTTTAGCTGTGCCTTTACTGTATGAGCACTGTGCTACGTCCGACAGATTGCACTATTATGTTTTTTCGTTTTCTTTTTCATTCTTTTATAACCTATTTTAACGCATTTTAAATTGTTTTTATCTGTTTTTAATCATTTTTATTGTCTGCATTTTATGTCCTAAACTTTTTTATTCCTGTTTATGTGCTATATAAATAAACTTGCCTTGCCTTTATGTGGAAACTCTGGAACATTTTGGTTTAACTGAAATTTGTTTTGAAACTTTCACTTTTGATGTGATTTAATTTCAAATATTGTCACTTAATGAAAGTATTAATGTCTCTTTTCCTGCAG
Seq C2 exon
AACTGCGCTGCATATCGCTTGTGCCTGTGGACACACGGACGTGGTACAGTACTTGGTGGAGAGCAAAGTGAAGCTCAACTTATGTGACAATCAGAACCGCTCCGCCTTAATGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099768:ENSDART00000166363:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.030 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(31.5=43.9)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(41.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]