DreINT0008912 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063578 | DGKI
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2855]
Coordinates
chr4:4632624-4634659:-
Coord C1 exon
chr4:4634577-4634659
Coord A exon
chr4:4632685-4634576
Coord C2 exon
chr4:4632624-4632684
Length
1892 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGCGTGAGT
5' ss Score
7.55
3' ss Seq
TGTCTCCATCTGTCCATCAGGTT
3' ss Score
8.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCACGAAGCTCCTGCAGATGTTCATGTGGATCCTGAACCCTCGGCAGGTGTTTGATTTGTCTCAGGGAGGCCCCAGAGATGC
Seq A exon
GTGAGTCTCCGTTTCAGATCATCTCTCCCTTCCGTAATGCGCTTTAACCCACCATTTGTCTCCAGCACGTTAATTATGTAGTCGTCGAATCTCTGAGAGAGTTCAGTGTTTCTAGAAGCTGCCCGCTGCCCACTGCTTCAGTTGTGTCAGTAATTGAGCTGTAAGGCCGTTCAACACACAGAAACACACAGAGAAAGAGAGTATTGAGACACAGCTGGACGACTGGGGGCTTTTCTTCAGATCTGACTGACAGAGCTGTGATTAAACTCCCTCTATTAAAGCAGAAAATCAACATTTGCGCACACACACAGGGGGTTTTAAAGACTCTCCATAGGCATAATGCATTTTATGTAAAAACTTGTGGCAAAATTTGAATGTGAAAAGCATGTGAAAATATTTTGTTTTTAAGGGGTTATACCCATCTCATTATACAATCAACTGTACTTGTAAACCACCTATACCAGTACACACACACACACACACACACTCCTTTAATCCACACTTAAAAATCTACCAGCAGGGGTCACTAGCAAATAATGACTATTAACGGTTTATATTTTTTATGTTTGTTTGTTTATTTATTTATTTACTGAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAAGGGGGTAGTTATTTGGGTTAGTTAGTTACTTAGTTAGTTGTCCAGTTAGTTTGTTAGTTAGTTGGTCAGTTAGTTAGGTATTTGGTCAGTTGGTTAGTCAGTCAGTCAGTTAGTCAGTTAATCTGTTAGTTAGTTAGTTTGTCAGTCAATCAGCCAGCCAGCCAGCCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTTAGTCAGTTAGTATTTCTGTCAGCCAGTTACTTAGTTGATTGGTCAGTTACTCATTTAGTTTCATTAGTTGGTGAATTAGTTAGTAAGTTAGTTAGTCAATTAATCTGTTAGTTAGTAGTTCAGCTAATCTGTTAGTTAGTTGGTCAGTTAGTCTGTAAGTTAGTTGGTCAGTTAGTTAGTTGGCCAGTTAGTCAGTTAGTTAGTTGGTCAGTTAGTCGATTATTTAGTTGGTCAGTGAGTCTGTTAGTTAGTTGGTCAGTTAGTTAGTTGGCCAGTTAGTCAGTTAGTTAGTTGTTCAGTTAATCTATTAGTTAGTTAGTTGGATGGTCAGTTAGTTAGTTGGTCAGTTAATCTATTAGTTATTTAGTCAGTTAGTCTGTTAGTTAGTTGGTCAGTTAATCTATTAGTTGGTAGGTCAATTATTCAGTCAGTTAGTTGGCCAGTTAGTCTGTTAGTTAGTTGTTCAGTTAATCTGTTATTTAGTTGGTCAGTAAATCTGTTTGTTGGTTGGTCAGTCAGTTGGTCAGTTAGTGTGTTAGTTAGTTGCTCAGTTAATCTGTCAGTTAGTTGCCCAGTTAGTCTGTTAGTCAGTCAGTCCATTCGTTAGTTGCTCAGTTAATCTGTTAGTTGGTTGGTCAGTTAGTTAGATAGTTAGTCATTTATTCTGATAGTTAGTCAGCCAGGCAGCCAGTTTGTTAGTTAGTTAGTTGGTCAGCTAGTCTGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTGGTTAGTTGGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTGGTTGACCAGCTTTTCAGTCAGTCAGTCAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTCGGTCAGTTAGTTAGATCAGCAGTTTCAGACATTACAAATTTCACATTTGTAATGCTAAGTGAAGTATTATATTCATTAGCATGCTAATCAGCTGTAAATGCATGAGTAGCAAATGTCTCTATTGTCTCCATCTGTCCATCAG
Seq C2 exon
GTTGGAGTTGTACAGGAAAGTGCCAAATCTTCGCATCCTGGCCTGTGGAGGAGATGGAACC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063578:ENSDART00000093005:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0078119=DAGK_cat=FE(21.6=100)
A:
NA
C2:
PF0078119=DAGK_cat=FE(16.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]