DreINT0009184 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000094282 | DNAH11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2942]
Coordinates
chr16:19375524-19379912:-
Coord C1 exon
chr16:19379772-19379912
Coord A exon
chr16:19377321-19379771
Coord C2 exon
chr16:19375524-19377320
Length
2451 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
CTGAATTGATCCATCCACAGGTG
3' ss Score
7.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CAATTATGCAGAGTATAGCTCGCAAAAACAAGTGGCCTTTAAATAAGATGAGCCTGTCTGTGGATGTCACTAAGAAAAGCAAGGATGATTATGGGCATCCACCTCGAGAGGGAGCCTACATACATGGACTCTACATAGAGG
Seq A exon
GTGAGTATAAACTCGAGTTTATGTATGTAGCTGGAGTATGTATCGAAATAAAATGTATAATTCAGGTATCCTGCAATGTTATTAAAGGGGTGGCCTTAATCAATTTCAAAGACTATTTTAGGCTTTTGTGGTACACTGAAATTTTTTTTTGTAAATTAGCAGTTTTTCAGAAAAAGGGTCTTCTCATAGGATAAGAAAACTCAGCTATGAGTAATAATGGGAATCCATAAGTCAACACTGGACAGGCAGATCGGCACTATGTCACAGATTTTCATCCCTTCCCAAAAATGATTTTAAACCAGGAAGATGAAATTAGCTGACAAAAGCTTACAATTATCTAGGTATATCTACAATTAAAGCTGATGGGTGCTAACGTTGTCTTAACTGATGCTCAACAGACACAAATCTACTAAAATTAAATTTTTAAAAAAGTACTCAAGAGTTTTCTGAATGTTTTCTTGTTCTCCCTAAAGGTTTAGTCCACCCAAAAATAAAAATTCTGCCATCATTTACTCACCCTTCACTTGTACCTAAACTGTTTGAGTTTCTTTCTTTTAATGAACTCAAAGGAAGATATTTTGAATAAAGTTAGAAACCTGTAACTATTGAATCCATAGTATTTGTTTTTCCTACCATGGAAGTCAATCATTTCCAGCTTTCTTCAAAATGCTGTCTTTTGTGTTTAACAGAAAGAGATTTAGAACAACTTAAGGCAGAGTAAACTGTGAGTAAATATTGATTTTGAGTGAACTATCCCGTTAAATACTTAGTCGAGTCCCTGGTTCTATAAAATCAGTTACTCTGAAATTCGTGAGCTCAAATTTGTTAGCTGGCTAGAGTGTTATCAATTCAGGTCAATTACAACTTAGTTCTTAAGTACCTTTGTAAAGTTATTCACAAACCAACAAGTGCCCTAAAACAACCAAACATGATCCCCGCCCCCTCAGTCGGGCGCTCATGGTGGTGGTGTTTGGGATTTCGCCAATTAAAGTCTTTGTAGTCCATAACAACTGTTTTGTTGTAGTCCTTAAAAGTGAATTCTGTGAAAGAAAGAAAATTCCATTTGCCTTGAATTTTGAGCATTGTAACTTTGCAGATGTTGCCTGTATACTATTTTAAACACTAAATAAAGTCAGTAAAAATTAGTTAAGTTCTTCTGTCTTAGAGAAGTAAAGAAGAAACCATTATCAAACCGATTCCCATACTCATGAATCTGTGAAAACAACTAAAAGCTTTTTTTTTATTAAACTATATTTCTATTGTTATGTTTTTCATGGCAAGCCAGTTTACTACCCGACAAAAGTCTTGTCACCTATTCAAGTTTAAGGAGCAACAAATAATAGTTAGACTTTTAGTTGAATATTTGGTATCAGAAGTGGCTTATATATAAGGCCTCTAGATTACACTTATTTCACCAAAATGAAATGCTCATGTCTTGATTATTAATTATTTTATTAGGACAGTAAGGTCTGACTTTGCTTAGACAAAATGCTTGTCACTAAACAGAAATAATGTACAGTATAGAATATGAAGTCATGGTGCAGTGGAAACAGAATTAATATTGTTTATGACTCCCATGAGTTTGGAGGACTGCATCCATACATCTCTGCAATGGCTCAAATAACTTATCAATAAAGTCATCTGGAATGGCAAAGAAAGCATTCTTGCAGGACTCCCAGAGTTCATCAAGATTCTTTGGATTCATCTTTAATGCCTCCTTACCCCAGACATCCTCATTAATGTTCATGTCTGGTGACTGGGCGGGTCCTGGAGCACATTTGCTTTCAGGAACTTTGATGTGGAGGCTGAAGTATGAGGTACAGCGCAATCGTGCTGAAAAATTTACCCTCTCTTGTGGTTTGTAATGTAATAGGCAACACAAATGTCTTGATACCTCAGGCTGTTGATGTTGCCATCCTCTCTGCAGATCTCACGCATGCCCTCATACTGAATATAATGTCAAACCATGATTTTTCCTTCACGAAATTTGCCTGATTTATGTGTCTATGTGGGTTCCAATAGGTTTTCTGCAGTATATGTGATGCAGTTCAAAAAATGATACATCAGAAAAATCTACCTTCTGCCACTTTTCCAAATGATTAATTAGAAGTTATTATTTGTTTCTCTTTTAACTGAGATCCAAAACTATTGTCAGGTAGTGTAGTTGGTAATGTCAGTATGCAAATAAACACTACAGTACATGTCTGAGCATGTGTGTTCAAGTAGATGTCCGTTGTTTTGGTTGTTAAATATTCTTGTGAATGACTGAACACATACTAAGCCTGCATGACTTCATTACTATGAACTGTATAGTTTTCCAAAACTTGAACATTTTTCTAAAGTTTGCATGTTGTGTAAATGAATAGACAAAAACATTTACATTTTAATTAGACTGGGTTAATGCCCACTTGGATTAAGATTAAACATCTTTCTGAATTGATCCATCCACAG
Seq C2 exon
GTGCACGCTGGGATTGCTCCTCAGGTCTGTTGTCAGAGGCTGTCCTGAAAGATTTGACTCCAGCAATGCCAGTGCTGTACATAAGAGCAGTGCCTGTCGACCAGCAGGATCTGAAGAACACGTATGAATGTCCAGTGTACCGCACAAAACAACGCGGCACCACATACATCTGGAGCTTCCCACTCAAAACACACCACCCTCCGGCAAAATGGGTTCTCGCTGGAACGGCCCTGCTTCTGACTGTATAAAACAAGCTCTAGCTCGATTTCGCTTGTATAGCATGCCTATCCATCTTTTTCCCTACCTGACTATACTTCGAAACAGTTGCTTTGTGCTTTATCGTTTACAGTCAAAATAATGTTACACTTGGTATTTTAACGTGACATTAATATCACAAGTCTATATGTGGCCAAAGCTCCTATGGTTATTTTCTATAGTACAGTAGTTCAACACATTTATAAAATAGGCTATGGAAATACTCTTTTTAAGCAGTTATTTATGGTCTATTGAAGGTAATTTACTTAAAACTGAAGTAGAATAATGGTACCTGATTTTACACAGTTTTTAAACATACACTTACAATTTAACAGAAGTTACTCATATAGACATCACAAAGTGGGATGAACAGCATTCTTACATTCATTCAATAATTTTCCTTTGGCTTAGTCCCTTATTTATCAGGGGTTACCACAGCAGCATGAGCCGCCAACTATTCCAACATAGGTTTTACAGCAGATGACCTTCCAGTCTACCAATTTCTGTAAAACACCCATTCACACACACACACACACACACACACACACACACGCACACGCAAACACACACACATACAACTGTCAATTTAGTTAATCCAATTTACCTATACCGGATGCCTTAGAACTGTAGGGGAGCCATAACCCGAACCAGTGACCTTCTTGCTGTGGGGCGACAATGCTAACCACTGAGCCAACATGACACCCTGGTATTGTAAGAGTATTATGTTAATTAAATCAGCATTTTTAGATGAAAAAATGAAAGGTTTTTATATTAGCCTGTAATCACATGCACATACACTGCATTTTGTTGCATGATTAATGCAATGGAGCATGTTTTGTGGCCTAGTGCAATAATCAAATAGAAAATGCTAGGATTTACTGGCGATACGCATCGTGTATTTCACGCATTACTGTACTTTTAACTCAGATTGTGTTTCACAGAAAATGCTGTATACTGTTGTAATTATGGGTCACTTACTGCAACTTGTGCCAAACATCTTTCCATGAGAACAGAAAGTCTTGTCAATGTATGTGATATAGTTCTTAAGTACCTTAGCAAAGATATATTTAAAACACTATTACTCGTGTATACTGTTATATTGTAAAATGTTACCTTACACATAGATATATGATTTAGTACATAATAAAGATATTATGAGCCATGTTTTTGTCTTCAAATCCACATGAAATTAAAACTTATAATGTTAATTTTGCTATTTCATATTGTTAGTTTTAAGTGAACAACAACTCCCTACAAATTAATACCCCCAAAACTTTTGGTATTTCAGTGTTCTTTAATCAAAATATGACAATTTGCTTTTACTTTGGAATGGCAGTACTTTGACGGCTTGGGTGAAATATACTTACCATGCCTTATCCAATAATTAGTGTATTGTGACTGAAAAATAAGAGGAGCACAATACTAATACTCCACACCTTGTATTTGTACTTTCAGTTGAAGACATGATATCAGACTGAAATAAAAGTATGCAGCAAATTCTGGTTTGCACTAAGGGTGCAATGGTTCTTGGTAAATAAAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000094282:ENSDART00000138744:28
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.014 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0302810=Dynein_heavy=FE(6.7=100)
A:
NA
C2:
PF0302810=Dynein_heavy=PD(11.7=96.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]