DreINT0010650 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000098237 | FBN3
Description
fibrillin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18794]
Coordinates
chr22:4079751-4083817:-
Coord C1 exon
chr22:4083692-4083817
Coord A exon
chr22:4079958-4083691
Coord C2 exon
chr22:4079751-4079957
Length
3734 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAAGA
5' ss Score
10.53
3' ss Seq
TTTTGGGTTGTGATTGCCAGATA
3' ss Score
5.57
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTGAACGAGTGCCGCAGTAAACCAGGAATCTGCAAGAATGGGCGCTGTGTGAATACGGTGGGCAGTTACCGCTGCGAGTGCAACGAGGGCTTCGAAGCCAGCGCAACAGGCACAGAGTGCATCG
Seq A exon
GTAAGAGAAAGCGGACAATTCGACTCACATTTGAAGACTCGAGTGTAAAACCAAAATAAAATATAGAGGCACAATACTGACCCGGCAGAAACCGGAAATACATTTAGTATTTTTAGTTTAACTCTGCTTTTACTGACGCACATTAGTCAGAAAGTTACAGTATCAAATCAGTAAAGACTCAGTAAAGACATCAATTGTTCCAATCTTTCAGCAGAAAGCAATATTAGTCCACATTTTCTTCCTCTAAATTTAAAGGTGACCTATTATGTCCCTTTTTACAAGATGAATAATAAGTCTCTGATGTCCCTAATGTGTCTATGTGAAGTTTCAGCTTAAATAACTACACAACTAACTCTCTGAAACCGACCCTTTTAGGCCCCTTTGATTCTAATTGCGGTGTTTTGGTGACTGTCGCTTTAAATGCAAAATAAGCTCTTTTCAAAAGAGGGCGGAGCTACAAATGCCTGTGTGTCAGCATAGTGGCAGATTCAAAAACAAGACTAATGTCCTATGCTAATGTGGGAGAGATGGTCACTAGTGGGTGGGGCTTTTCCCTTCAGATGACAAATGGGAAAATGCCAATTAGAGCGTTTCTGCAGACTGTTTTCATTAAGAGTGAACATAAAAAATACAATTATTACATTTTTACCATTAGTAGTGGATTATGTTCACACTGCAGCCACACAACTGTGTTTAAACGCCTTATAAAAGTGATTTTTGCATAAGTTCCCTTTAATCTCTTTTGCAGAGAAATCACTATATATTGAAGATCTAGGTTTAAAGCTAGTGTAATTATGTAAGGAATAGTTGAATACGGGCTGTCGAGATACTGGATGCATTATTTCCTGATAATTCAATAGCTGGGAGTGCATTATTCCGCTTATACTCCAGTTCCCACAGCTAAAGTCACTGTTCAGATGTTGTATTTGAGATATTTGTAAGGTTTTTGTTCTCAAAATGCTCCTGTGTGTAGCACTAGTTTTTTACACATCTCATCCAAAGCTATCAGTTGTGTTTTGATGGGATTTATGAGTGTAAAATAACTGGAAGCTGTCATGTGCACAAAACCTGCCGGAACTACTTTAGTCATGCAATTATCTGAAAATAACCACACACCTTAGAATAGAGGTCTGCACGGGACTGTTTTTTTTTTTGTCCCGCTCCCGCAAGGTTTTTTTCCGCACCTGATCGCTCCTGCTGTATGTTCAGACTTTGTTTACCCGCTGCCCGCTTAGAATAATTTTCTACCTGACCCGACCATTCCTGCTAAATTTAGATCTAGTTTCTAAAATCTCACGTTCATACTGGGTACTACCAAAAAGGGAGCGCTAACAGATAAAACTGTAGGTTGTGCAACGGTTGTAGGCTAAATAGCAGTTTTGTTTGCCCCTTTGTAATAAGACATGAGTGCCGCCTTAAACTTGAGGTTCCAGTCTTGTGACAGCACTGTAAAACCAAACAGTCAACTTTATCAAATGAGTGCTGTTAACTCAAAATTGACTGAAAGTTTATTCTACTCATTTGAAAAGAGTTTTAAACTCAGAGTTGAAGGTAATGAGTTCTTAAATACCTCATTACTTCAACCTAAATGGAGTAAGTTCAGAGTACTCATATAGATTAGTTTAACTCAAATGGTTTGTAGCAATCGGTTTGAGTTGCCTTAACGCATTGGGTTTTATAGTAGTTTTATAGTTTTTGAACTTAAATGGTTTGTTGCAATCGTTTTTTTCAAATGGTTTGAGTTTCTTTAACTTACAGTGTGCTAAAGGGTAAAACTTTGAGGTATCATCACATTGTGCTTAGGGGATTTTTTTTCTAGCATCGGTAACAGACGTGAGCACTGGCTGTTGCGGTTAGGGTTGTAACAATATACCGGTATGACGGTTTACCACGATTTGAACGTGCACGATTATCATACCATGAACAATTGCATATCAACGGTTTTAACCCTTAAAGACCGAGACAGCCGCCCGCGGCTAAAAATAAGTATTGCTCTTAAATGTTTAATAACTTTTGATCCGCTGATCCTATTCATACAATTCAAAGATTGGCATAAAGAAGAGAATCTCAGCTTTCCAGTGCTGTATCACATACCATAACGCGGACTTTCAGAGGCTCCGGAATCAGTGCGGTTACGTCATCAAAATTTGACAACGCTGATTTGACAAAGAAACGCTCGTCACTGTGTCTCCGGACAAACCAGACATGATACATTGATGCATCGTCCCTCCTCCATGCCCAGATTGGTTCAAACTCGCTATATCACAACCAATAAGCATAGGTTTCACTTTTGTTTGTGGACCAACACTGAGCTTTTTGAACAACACGGAATGAGAAATAGGCATACATTTCTGCGCGGCTAAATAAAACGCAAAAAAAAAAAAGTTTTGCATGAAATAATTCTCATACTAAGTACTTTTGCATGCACAGCAGCACAGAAACATGACAAAACAGTGACACAGCAAAGACGAACTGCTGCTCTTGCTGTTTTCAAAAGACACAAATGAAGGTGCAGCTGTTTGTCTGCATTGCAGACAACCATATCCAAATCCATATCCACAGACAACCATATCCATGCTGGCACATAAAACCTAAGGATGTTCCATATTGAATCTAGTTTCGTTATGTAACTATTTATAGTATAGTAAATATTTATATCTATTTTTTTACTGAGGATTTGCACCATGTTTATTTGGACTTTGACACATTATTTATTATTTTTTTATTTGTTCATTGTACAAGTGGACACATTCTCTCACCTCAGCGGTCAAGATTAAGTCCTGAAAATCTCAACATGCTTACATTTCTTCATCACAACCTAGACTGAAAAAAACAACGCTTTAAATACATGTTTACAGCCATAAACTTGGTATTGCACTTTTGGTCTCCCATTTATCCTGCTTATAAGGAAGGACAGTTTAAGTTTATTTTTGTCTAATCTTAAAAGACCTTGCTTGTTTATTCCTTCTAATTTAATTTATTAAAATGGGAGATTTTTCAGTTTATTTTTATAAAAGACTTCTATAGTTCTATTAAAATGGTTCTTTCAAAAGTTTGTTGAAATAAAACCTTTGTTCAGTCAGAAAACGTGTTCTTATTCTTTTCAGGGTCTTTGCTATGAGAATTACTATTTAATACCGTATACCGCGAAACCGTCAAACCGTGGTATTGTTTTAGACGATTATCATACGTAAAAAATTCATACCGTTACAACCCTAGTTGCGGTGCTCAATAAGAATGAGAAAGTCACAGATATGCTGTTCTAAATAATGTCAGGACTCGGGAATGCAATATAATGTTAGCCCGCTCGCTCCTGTTCAAAATTACGCCAGAGTTACTGATTGCTAGCGTGTTTTATTCGGAAATGTATCCTCATGCCGCGAGAAATCTGGTCGGGAATGCAGACCTTTACTTTAGAATGTCCATCAGCTAATCAAAATCAAGCATTCAACTGCTGTTCTCTAAATGCCACCTACTGGACGAAAGTGAATTAGCATTTTTCATTCAGCCTGTATCCTGTTTTTTTTTTCAGATGTTTAAAAGTAGCATAATTTTACAAAGCTAAAAGTCAAATTTTAAAATTTTACGTGCTTTTTAATTAGAAAAAGTTATCTTGAAATGGTAGTTGCCAATTTGTATTCTTAAAACAAGACCAATCAGAATCGACGATATAAAAAAACAAGCAAGATTTGTGCGTCACTGCTAAATCTGCTGTTTTGGGTTGTGATTGCCAG
Seq C2 exon
ATAACCGTAAGGGCTTCTGCTTCACGGAGGTCCTGCAGACAATGTGCCAGCAGTCGTCCACCAACAGAAACACCGTCACCAAGTCTGAGTGCTGCTGTAACGGAGGCCGCGGCTGGGGCTCGCTCTGTGAACTCTGTCCTCTGCCTGGAACCATCCAGTACAAGAAGATGTGTCCGCTCGGCCCCGGATACACCACTGACGGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000098237:ENSDART00000167748:35
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0764510=EGF_CA=WD(100=95.3)
A:
NA
C2:
PF0068312=TB=WD(100=62.9),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]