DreINT0013150 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062687 | KCNH7
Description
potassium channel, voltage gated eag related subfamily H, member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18863]
Coordinates
chr6:10214573-10219241:+
Coord C1 exon
chr6:10214573-10214651
Coord A exon
chr6:10214652-10219010
Coord C2 exon
chr6:10219011-10219241
Length
4359 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
GTTTTGTTTGTTTTTTGCAGACA
3' ss Score
10.29
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCATGCCGGTGCGACGGGGTCACGTCGCGCCACAGAACACCTTTCTCGGGATAATTATCCGCAAATTCGAGGGTCAAA
Seq A exon
GTGAGTGACGCCTTCTTGATATGTTTTTTTTGTCATAGGAACAATAAGAGCGCCCCGTGTTTCGATTCTGTTGCTGTTTGTTGTTAGTGTGACCTCTGATAGTGTGAATTTATCTTCGCAGCCTGACTGTACGACTCATTTAAATCTGTCTAATCGTAGAATTGGATGCATTCATTTAATACTACTACCGTTTCGCGTTGATGTAAACATTGATTAGTTAAAGGGGCAGTTCACCTAAAAATGAAAATGCTGTCATCTTTTAGGCTACTCACCCTTTTCAACCCTTTGCTAAACACAAAAGACATTTTGAAGAAAGCTGTTAACTATTGAGTATTTGTTTTTTTCTAAGGTCAGTGTTTTTGAGTGCTTCAAAATATTTCTGTCTGTGCTCAACAGAATAAAGAAACTCATAAAGGTTTAGAACCACTTGAGGGCAAGTAAGTAGTGAGTGCATTTTCATTTTTGGGTGAACTGTCCCTTTAAGTGATGACAGTACCATGGATTTCAGTCTTTGGACTCTTTTTCCATTAGCCGTTTGGGTGGAAACTGGTTATTTGTGTTGTCCAGGGCTTGCTAACATCATGTCAGTGTCTTCAAAATTCACACTTTGTGATGTGTTTGAGTGTTAATGTGTTTACTCACACTACCGAAGGCACTCAGCTGAAGGGCCCGGTGTCTCCTGCCAAAATCTCACTCGTCCATGTGTTACTGTCTCTGCCGCCTTACCCCAAACATAACTGTTCAAAGAAAAGGGCATGTTGTGCTTGAACAATATGGATGTGTGCATAAATGTTTAATTTAGGTAAAAAATAGGCATGAGCCGGTGTTTGCTTGAGACATATTTGTTGACAATCATTTGTGCAAATGACATTTGCATTATTTTGGGTTTTTACTCTAAATCAAGGTACCACCATGTTTTTTTTACTTATCCTGTGTTTTGTTAAACATTGAATTTACAGTGAGGCTCCAAAAGGGAGTTCACCCATAAAATGTACATTTTATATTAACTTACCTATTTTCATTTAACCATTTTAGATGTAGGTCATTTTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTTTGCTGAAACTGGTCGTTAGTGATTTATAAAATGGCAAGTCAACAGCTACTAACATTTTCAGCCTAAAACATGTAGGCCTACAGAAAAAAAACTAAATTGTCTATGGCTTGTTAGGAATGGGATGATAACCGTTTTCAAAGGTGTACTGCGGTTTGAAAAAGTCAAGGTATTAAAACCAACAAAGTTTTCTGCTCTTCCGTTTCTACGGTATTTATAAGGTGTGTTTTTTAGTATCAACAGTGTCTTTAGCAGAAAATATTTTGAAGATGCCGTTTTAAATTTTAATGAAATCTAAGTTTTTTTATGGTGGACGAGAGAGCTTAATGCGCTGCAATTTAAGAAAACACCTGAAAATTAAGAAATGAGATGTTGCAAATTCTCACAACACAATTGAAGAAATGTGCTGCATTTTGTCACAACACAAACAACTGAAGAATGCGCTGCATTTATTAAACACACTGCATACTATTAAACTGCATTTCAGATTTAATCGTAAGTTTCTTTAGCCAAATAATTTACAAAAGACAATGAAATTGTGTAATCAGGATATCAAAATAATAATAAAAAACTCATTTTTAAAAGACCACCAACAACTTCACTAAGCAACAGTTACAGCACAACAACACATCCATATCTCAGCAGTGTCCGTCATGTTTTTAGCTCCCCTTTCTTAATTTGCTGGTGTTTTCGGTAATTGCTTAAATTGTCTTAAATAGCTGCGCATTTAGCTCTCTCGGCCACGGTAGGTTTTAGACCTAATGAAGAAAACAGAAGTCAATGATTAATTTGAGCTATTCAACCTGACATGTTTACTGCTCTAAAACATTTTAAACGTTTCTCAAAACAAAATATATTGTGTTCTAAGGGGAACATTTTTTTGTTTTTTACCCAGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTAAGCAGTAATCACTGCTTAATATCACACCGTGATATTTTTATCCAAGGTTATCATACACTCAGAATCTTACACCGGCCCATGCCTACTTGTTAAAATTGATGTGACATTTGATGAAGAAGCAATGATCGGAAACTGCACATTATTTCCAATGTTATTACCTTTAACCCACAGCCTCAGCAAATGGTTCTGAGCGTGTCCATGACAGTCAAGAGCACTTCCTGTCGCATAATGACAAATGCCTAAGCAAAAGCGCACACATTAGCTGTCGCTGTTTGTTTATAATGGAGAGAGAGGATGCGTGTTCATCTAAATGGAACTTACTTGATGCAGGGTCGCAATCAGAAAGATTCAATTTTCACTGATCGCTAGCTTTTAATATGTTATAATATGTCAGGACATTTGCTGACTCTGAAAGGAGGTGTCTTGCATTTTATGAATCGCCAAGGATCACGATTTCAGCTAAAATCCTTTTTAATGTTCTACTGAAAGTAAAAAGTTATACCTACAGTACATCTTGGAACAAATTAAAGGAAAATGTTAAATGAATTGTAAAAAAAATGTAAGCAGTTTGGACCAGTTGTTTAAATTAAGAGAAATATTATGCATGTTTACATAATTTTCATTAACAAACATTTGATCTTTAACCCTTATGTACTGTTGGGGACGTTTTCATCTACTCTGGGATTATTTTGTGTCGTAATTTAGCCATAACTTTTTCAGTGTTTTAGCTAGCAGAATGATTTTTAGTGATAAATCATATTTTGACACATATTTTGAGAAGATGCTTTGCATTTTGTTTTTAAACTTAACGATACACTTTGGGTAAACGTGCTACCCTTTTGTTATGTTCGGCATAAAAACATCCACTAAATTAACCATTTAAATGCATCAGATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTAAGTAGTTCTTTTTAAAATATTGTCTCGGTTGTTGTGGCTACTAAGCCATATTGACTTAAACAGAAATTAACTGATTCAGATTAGTGTCAGAAAACATGTTAAAGGCTACTATAAAAGGTGCGAATTCTATACAGTTTTACAACCGTAGAGGGGTCCATAGACTGCAAAAAAAAAAAAAAGTTCTATTGTTGCACAAACGGGTAAGCATTTTAGTGACTTTTCCACAACATTATCTATTGTAGATAAGACCGTTAATGACGATTCTACCGTTTACAAACTACAGTGGCACCTGCATCTGTATCACGATGCTACCATTGTACTTTTAAACCGTGCAATCCTAGTCCACAATTACTTTTAATGTTGAAAATACGTCATTTTATGTGTTTCTTTCATCAAATCAGGGACCTAATTTGTGAATTTACCAAATAAAGAGTTAAAATCCTGTACTTTTCTAAACAGTTTAGTAGTTTTGATTAGGACTCAGGTTGATAAACAGATTTATGCCAAAAGAGAAAGATTTTTTTTTTTATGCATTTTTACAGAAGTTTAATTCAGTGGATGTTTTAATCCTGAACATAACAAAAGGGTACATTTAAACAGTACACAAGTGCTGTAATGTAAACATTTTTATTTTTATTTTCATTGCCCTGTCATGGTGACAAAGTTGTGAAACTGGACTCAATGTTTCAGCACTAATAATATAAAACAATTCAGTTTTCACACTTAAATCATGCCAGTGTCTATCGTGGCTGCACTTTTAAGGTGTCTGTTTTGTTTTTATGTGTACAAATTGTTCATTACCATCCAAAATGTTCCAGTAAGATCATACAAATGCTTAACAACATAGTGCTACACATGATTTCCTCATGTATTGATAGAAGGTTTATGTTAAATGCATACAAATGCTAAAAGACAATGATGTATTTACTTGTATAAATACTGGTTTTAAAAGCAAAGACGTTCTCAGCAATCACAGTGTAACATTCAAAGCTTTTCCGGTTTAATGACTCAAATTTACAACCCCACATTGAGTAATCTAATGGAGCACACTGCCAAAAGCGCCAGTGCTCATATGGCAGGATAAGTAGCACTCTCATAAAAGCTTTGGGGATGATTTGCTGTATCCTTTAACCCTTGCACACCTTCTTTATCCTAATAACGGCTCCGTTTTGTTTGTTTTTTGCAG
Seq C2 exon
ACAAAAGATTTGTCATCGCCAACGCACGTGTCCAGAACTGTGCCATCATCTACTGCAATGATGCCTTCTGTGAGATGACAGGGTTTTCCCGGCCGGACGTCATGCAGAAGCCATGCACCTGTGACTTTCTGCACGGACAGCTGACCAAGCGGCACGCTATTGCACAGGTAGCGCAGGCTCTCATGGGCTCGGAGGAGCGTAAAGTGGAGATCACCTACCACCGCAAGGACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062687:ENSDART00000151288:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.115 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134261=PAS_9=PU(71.4=96.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]