DreINT0014401 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074808 | MEGF6 (1 of 2)
Description
multiple EGF-like-domains 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3232]
Coordinates
chr11:41134751-41136366:-
Coord C1 exon
chr11:41136238-41136366
Coord A exon
chr11:41134886-41136237
Coord C2 exon
chr11:41134751-41134885
Length
1352 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTCGTGAGT
5' ss Score
7.9
3' ss Seq
TTCCACACTTTTGTGTTCAGCGT
3' ss Score
6.87
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGTCCGAAGGGTCTCTATGGGAAGTTTTGCAATAAAAGGTGTAACTGCGCTAATAACGGACGTTGTCATCGCACTTATGGAGCGTGTTTGTGTGACCCGGGACTGTATGGACGATTCTGCCACCTTC
Seq A exon
GTGAGTACACTATGCTTGGTGTTCTATAATGCCTTCAACATGAAAATTCCTTTAGTTAGTGATGTTGCATTTTATTTATTTGTTTGTTTGTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGTGTTTATTTTTTATTTTTTTATTTATTTGTGTTTATTTATTTATTTGTGTTTATTTATTTATTTATGTGTGTTTATTTATTTATTTATTTTTTATATTAATGTGTGTTTATTTATTTATGTGTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTCATTTATTTATTTATGTGTGTTTATTTATTTATGTGTGTTTATTTATTTATTTATTTGTGTTTATTTATTTATTTATGTTTGTTTATTTTTTTAGTTTTTATATTAATGTGTGTTTGTTTATTTATTTATATGTGTTTATTTATTTATTTATTTATGTGTGTTTATTTGTTTATTCATTTATTTATTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATGTGTGTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATGTGTGTTTATTTATTTATTTATGTGTGTTTATTTATTTATTTATTTATGTATGTATGTATTTATATGTGTTTATTTATTTATTCATTCATTTATTTATTTATTAATTTTTGTGTGTTTATTTATTAATTTATGTGTGTATTTATTTATTTATGTATGTTTGTTTATTTATTTATTTATTTATATGTGTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATGTGTTTATTTATTTATTTATGTGTGTTTATTTATTTATATGTGTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATGTGAGTTTATTTATTTATGTGTGTTTATTTATTTATTTATTTATTTATGTGGGTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATGTGTGTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATGTGTGTGTATTTATATATGCATGTTAAATATTCACAGTACATGCACATACATTATGTAAATACATACTTTAATTTAGATTTTGTGTGCTAGTCTGCTTATGTTTGGAATACTTTTTATGCATGCTAATACTTTTTGTTTTATGCACCTGAAAATGCGTTAGCTTTTGTTTGTTTTGCGCACACACAATTCCTACTTAATGCTTTGGGTATTGGTCAATTTACTTTCTGCCATACACATTAAATGCTTGTTTTCTGCGCATGATTTCCACCTTTTATAACCTCTCATTTACAACCTTTCATTTTCCACACTTTTGTGTTCAG
Seq C2 exon
CGTGTCCGAAGTGGATGTTTGGTCCCGGTTGTTCAGAAGAGTGTCAGTGTGTCCAGCAGAACACTATAGAGTGTCACCGTCATCATGGAGACTGCATCTGCAAACCTGGATACAGAGGCCACACCTGCAAAGACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074808:ENSDART00000109204:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PU(65.3=69.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CGAAGGGTCTCTATGGGAAGT
R:
TTTGCAGGTGTGGCCTCTGTA
Band lengths:
254-1606
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]