DreINT0014953 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000036863 | MYO1D
Description
myosin ID [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7598]
Coordinates
chr12:28262843-28334193:-
Coord C1 exon
chr12:28334039-28334193
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr12:28262843-28266242
Length
67796 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAACA
5' ss Score
8.92
3' ss Seq
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3' ss Score
10.97
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGAGAAGAGGAAGCTACAGGTGAACACTGTGAGCCCCATTCACTGCAGTATGAATGGAAGGAAGTGCACTGTGGTCGTGGAAACCAAGATCAGCCAATCACAGCCAGACTTCACCAAAAGCCGATCGGGATACATTCTCTCGGTGCCAGGCAACTAGAGGACCAGGATCCCATTTTCCAGGACATTTACAGCTGGGTAGTCAAAATGAAGCCATACCAAATTTGCCTGATTACAGGGCAAGGAGGAACGTTTAATTTAGAGAAGTTTGTCCCTGAATTCCAAACTTTAGCTTTGATTATTTACAACGTGACAAGGTGGTATTAGGATAGATTTACCTGACTCGATTCTATTTATTAAACATCACAACCAAATGAAGGGTGATCATGAATGTAATGTTTATGATTAACAGGATATGCAGAGTTTTTAAAGTATCCAACTTGAGATTCAAAGGGAATATATTGGTTTTTGATCACCGCTTCATGTGGGATGAAAAATAGCTCTGCTTAATTCCTGATGTATTGCACAGATCAGAACAGAAGCAGTCCTGAGGTTGCTGCTCGGATGTTTTTTTTTCTTTTTGGATGTGTTGATCATATCCGTAAACTCATTCACTGCTCAGAGAGGAGCATTAAACTCTCTCGTAATTTAAACTTCTCTTTTTCTGCATATAGCTGGTCATTTATAGCATATATTGTATACAGAAACTGTCATATAGTTGGATATAGTTTGTATCATGTACTGTATACGCAATATATACAGCATAGGTAGGATGAAAACTCATTTATTCACATATCCCGTGACCTTGGAGTAGATTTTTTATGCCCTTTTGTCCTTCAATATATATATATATATATATGAAAGAATTATAAATAAAACAAAAACAAACCACTTCTGTAATGTTAAAGCCATTAAGTGAACATTTATATGACGATAAACTAAAAATGGAACTGTTCCATCTATAGATGTTAATGTTAGCAAAATGATACCCATTCAAAACTCTGTATTTCGAGATTCACATTGTGTTTCATTTATTTATGATTTTAAAGGGATAGTTCACCCACACATTTAGATGCACTCAACCTGGTTCTATAGCTTTATGAGTTTTCTTTTTCTGTCACACACAAAAGAAGATATTTTACAAAAAAAGTTAAAACATGAAGCAACTGGCTTCCATAGATCCATAGTTAATTCTTCCATGTAAATACAAATACTGTGGAGGTCAATAATTACATGTTTTCAAAACATTTCAGCTGCTCAAGTGTGACAAGTGATGATTGAGTAAATGATGACAGAATTTTCAGTTTTTGGTGAACTATCCCTTTAAGGTCCCTTAATACAATTCAGAAGCGTAAATAAATGGAAAACAGCCATAAATCAATGAAAATGTTAATAAAGGGGCGTTTATTCACTTGAAACAGCAAAAAGGACAAAATAATATTGTAACATGCAAAACAGGATCGCTAGAAACCCTACACATCAGTGCGCATGTACAGTCTTCAACATATAAACACATCAATGTCTGGTCGTCTGCCATTGTTGTTTCACAAATTAACAGTGCAATCAAAGTGGATAACAGTTTTAAACAGCAAAAATCAGTCCAAGGCACTCGAGAAATGTGGAAAAAAAAATGTAAAAGCCTTTATTGACTTGGCTATTGCTTAAAACGGTAAACCTGCAACTATTCCTTTTGGCAAACAACTGCCTTCACCAGGGTAGCGTTTTTAATATTTTTTCCAGATTTTTTGTGTGCCTTGGACTATTTTTTTTCTGTTTATTCTGATGAATCTCTTACCCTAAGAGCAAAGACACATTACATAAGCTGTCCCCTGAGCATTTTTTTTTTGTTTGATTTTGGATAAACAAGCCTGAAATGCTGTTATCATATAAAGGAACAGCCAAAACACAATAAGTTTTCTATTTTTAGTTGAAGCTATGCTATGTAAATGTACCCAAACAATGTTTACAAAGAGTGAATCCAAAGTAGTCGCTATTTTTACTTGAGCCAAAAATCTACCACCAAAAAACAAAACAAAGAAAAGTTTGAAAAATAAAACCTATTTAGTTAGGGTAGGGTCTAATTTATTTCTGTCAGCTATAGTTCTATTAACACAGCAAACAGCGGGTGTTAATATTACCAGCTTTGCACATCTGTCTGAGTAAATGTGTTCAAATAAGAGAGAGACAGAGAACAGTATTGATTCATAGAACAAAATCAACAGAGTTCTGAGTGGAAACTCCCAAGATGTCTGACCCAGTTTGAAGCTTTCGCAACTGATGAAAAAAAAAAAAGTGCCAAGCCGAAAACTGACTGTTGATCTTCCTTCCAAAGCAGATGTTTGCATAAATCTGTTTTCCTGTAATTGTTTTCTTTTGTTTGTGGTTTGCATTTCGAAAGATATTGTTTATCAGTTAATTAGGATCATTGCTTGTGGCCAAAAATAAGCTTTCTCCAATGTGTGTATATGTGCGTGTGGACTCGATATCAAGCTTTAAGCCACGGATGCTGATCTGTCGCTGACAGACTTTGAGCTCTAAGAAGTGATCTGAAATGAAGCTCAGTCAATGTTGTTCAAATCATTTCATTTAAGATGTGTTTTTTCATAGAAAACAATATTCAAGTCTTTCTCTCTCGTCCACTTCTTCAGTCCCTGCTTTCTATTAGCCTGGATTTGGTAAAGTATGTCAGTAAAAGCAAGAACAAAGTAGTCTAGATGGATAAAATCAGACGCTCTGCCCTATTTTATTCTCTCGTAGTTGTGAAAAGTAAAATCCGAACACTAAACATCTATTATCTTCAATCGAACTGGCCTTTAGGTGGAATATATTAAAAATGTGTGCGCTGATAATAGGAGTTATGTGATTGTTCAATTGCATAAAATAGATTGAGAAGCTAGTTTCATTCTGGCATATATTGTTAGGGTTGTTATATGATATATAATTATTTATTTCTTTCCTGTGGTGATTGGATTTAAGTGCCGAATACTTTCAGCTCCCAGATAAACATCCGTAATTTCTATTGTTGTAATTATAGCTTGGTTGATATTGAAGATTTAGTCTGATCCGATCAAACCATGTGCCTACTTTTATACTTCTCTTATTTAATTAATATATATGTATTAAAGTGATGTTGAAATTGTTAAAAATGTGGACCAAACCGAAAAGGGAATCCGGCTTATACTGTGTGTTTTCTTGTTTACGTATATATTAATGCGATAATTAACATGCATTGTCAGAAATTAGAAACCAAACAACTAGACCTTCAAATCAATGTATTGAGTAGAATCCGTATTACTGATTTATGATAGTCGGTTTTGTTAATCAAGTAAACGCTGTATCTGATATTTTCTCTTGAAAATAAACGTGCCCTTGAAGTGTCTGCTCCGAGGCTCTTGCTCCATCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000036863:ENSDART00000067762:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF060178=Myosin_TH1=FE(25.2=100)
A:
NA
C2:
PF060178=Myosin_TH1=PD(24.8=94.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]