DreINT0015023 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044441 | MYO7B (1 of 2)
Description
myosin VIIB [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7607]
Coordinates
chr6:28066074-28072548:+
Coord C1 exon
chr6:28066074-28066258
Coord A exon
chr6:28066259-28072426
Coord C2 exon
chr6:28072427-28072548
Length
6168 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTACTT
5' ss Score
5.6
3' ss Seq
GCATGTGTTGTGTTTTTCAGTGG
3' ss Score
9.09
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATATACAGGGTCCATTCTGGTGGCAGTGAACCCTTACCAGCTGCTGCCAATCTACACTCCGGAGCAGGTGGAGCAGTACACAGACCGGCGGTTGGGTGATCTCCCTCCACATGTCTTCGCCATCGCTGACAGCTGCTTCTTCAACATGCGCCGCAACCGCAAAGACCAGTGCTGCATCATTAG
Seq A exon
GTACTTCACTTGTTCATTGTTGGTTTCAACTGACATTTTGTACAGTGTATATACACACATACTGCTAGAGGCTTAGGGACCCCATCCAAATAGTTGCATTTTTTTCCAGTCACTTGTGTATAAACCACAGGTGTATAAAATCAAGAATGCAGATTGAGTCTGAAATTGCATACTTCTATACCATAAACTATGTTAAAAACAGTATGTGAGCGGAGTAGTATGTCCGAATTAATAGAATTTGAAAAACAGCATGTGAAAAGTACCCGAAAGACTTACTACTTCTGGCGAAACTCTTAAGTGTGTATCCTGTGGATACTATGGAGGATGCCAAGCTAGTGATTTCATGAATGGGAGTGACTTACAGGCGCAGGTAGGTCACAAGATAATGACAAATCTTGGATGTAGTACGTCTGAGTTTCAGTCATACTGCTCACATTCATACTATATAGAACATACTTTTGTGTAGTAAATTGGAATTTAAATGTAGTACATACTAAGTAGTAGGTGATTTCAGATGCAGCCTTTGTGATTTTAAGCGTGTTGCAGAGATATGTTGCCACCCGTGCACTAAGTCCATTTGTGAAATTTCCTCAATACTACATATTCCATGGTCAACTGTTAGTCGTATTATTACAAAGTGGAAGCAGTTGGGAACAGCAACAAGTCAGCCACAATGTGGTAGGGCATGTAAAATCACAGAGCATGGTCCTTAAATCAATAAGAATTATTTATAAAGCTCAATGAAAATGTACCCAGCAAACAATAATGTGTTTAATAGACGTCTGATAGACATCTAAACGTAGACAGCTAGCCTTGTTTTAGCCAAGACAACTATGTTTAGATGTCTACTAGACATCTATTAGGCCTCTTTTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTTGCTGGGTAGTTACTTCACTTGACCTGCTTTATTTTTCAGTGGTCATCTACTCTTCCCTGTTACTGACCCCGACCTATTTTCTGAATTTTACAATCTGAATTTCTGGTTTTGAATTTTAAAATATTGAATTCAAAACTGTTTAACTCCATATAACATTCAGATTTATTCAATTACAGTCGTCAATAATTTATTTAAAATGAACACAGTTCAAATTCAGATTGTTTTGCTGTTTTTAAGCTCCATAATATGAAAAGTAAATGATCCATTGTTGTTCTCATGATACATATAAAATTCATGCAAAATGATTTAAGCTCAAACTATTTAATATTGTAAAAGCAATTTTATAATAATTGAAGTTAATTCAGATTTGTATTCAAAAGTCAGCAAAAAGCCAGACAATTTGACCTTGACTGTTTTCTGCAAATGTGTTTCATGTAGCATAATTTCACAAAGCCAAACCGTTACATTTTTAACTCATCTGTTGAAGTTCTACAATCTAATAAACAGTTGCTCAAGCTAGCTACTTTACTGTAGGTAGCCTTTTTGCATGTATCACTATGCAGTGGTCGTCTCTAATTTTATTGGAAGAGTTTACTACAGCCTGTGATTAAAGCACATAAACACATGCATCCATTTTTTCCCCGTGGTTTTAGCTTAATAAAGGAAACAAATTCAGCATCAAAATCACTTATAAAAAAATCTCAATAGCTACATAACGATCACACTATCCGTCACTCCAAATATATTAAAGAATTTGAATTCTACATATGAGGTTCATGAACTTATCAGTTAAAGTGTGCAGCCTTCTCAATGGTTTTATATGCTTATTAATGTTTTGTTTTGAATCCTTAGCTAAATCTACACTTGCCTGTAGTTAGTTGTGTTGTCGAGGAATATTTTTGCTTTCACATATTGAAACTGAAAGGTCTGAATAATTACATGAATGATTTAGGACTTTGGACTTATTTCTGCATTCATTCATTTCTTCATTAATTAATTATTTTTATTTATTTATTTATTTATAAATTAATCTCAGCTCACACCTTGCTAAATCATTTATGATATAAATCGGGGATGATAAGAAACTAGTTATTAAATGCTTATTTTCAGTGTAGGCAATTGGGATGTACCGACTCACATTTCGATATGATTCACGATAAAAGATGAAAGTAAAACTAAAGAAGGCTCTTAATATAAACAAACTAAGACTGTGCTGGGGTTTTACATTATTTAAATGAAATATCAGCATATCTGTGTTTTCTGGAATAAGCTGAGATCTTTGCACATTTATAACTTTTCCTGTTGAAAAAAAAAAAATCTTTCACTGGGGACTGAGATGACTGGTGTGGTGAGGTAAGCCTTTCCTAAACCAGAGAGCAGTGCGTCCAGAGGTGGTCAATAGGCCCTCTGATCCAGTGGACTGGCCACTGGCGTAAAAAAACTGAATGTAAAATTACTAATTGTAATAACTAATTGGTATAGAGATGGGAATTGAACAAGATTATGAAGGTGAATAATTAATATTACTTGTATAATTAATCTATAAATACCATTGTGATAAAATTAAGAAGAGACGATCTTGAACATTTGTAAATATTCAATAATAAGCAAAATGTTAAAATATACATAAAATAATTTGAAAAGGAGAGGATAAAATTATTTAATACCTGCTTCTGTAAGAGAACAACTTTCTCTTTCAGCCTAAAAAACATCTTCACACTTTTGCTATGAAAACAATGATGCACCTTGTGATCGCACTAGCACTCGTCAGAGTAAGTGGAGCTACAAGTTATCCGGTCCTCTGGGTTTGGCTTATTAATAGTTTTTTTGCGTATAGTTGTCTTTGACAGTTTTTGACTGTGCTGACGGTTTTTGTGCATCATAGTCGTTGTTCTGTTAGTGTAAGTAAACGTCTGTTTGCAGTATTTGTACACAGTTTGTGTCTGGCGCACTTTGGCGCTGTCATTTTACTCTGCCGCCCGGCCTCTTGCTCACCGCTGATGTGCAGGTAAAGCAAGTTTGCGCCTGTAAACACAGCGCACCCTCTGTTCAAAAAACGTTACGCGATTCGTTCAACACTTCTACCAGTTTGATAGTCACATATTTTAATTGATTTTTAACCGGCCCATGAATCATTACATCCCTAGTAGGCACTGTCCTAGGTCCATTCACTTTAAGATTTCTGGCTTTGCCACTGCATGCATTTTCAAAATATTATATTAGGTGTGTGTTATTTGTAATTAACATAATAAACTAAAAATAAAGTGTTAATGAACATTCATTTTAGGGTGAACTGTTTAAAGACAGTGAAAATTCTACCAGCTTTTACCCACTCTTTCTTTTCCTTCCTAACCTGTTTGATTTCTTTTGTTGAACAGAAAAGAAGATAAAAGAATATATGTCAAATTTCAGTGAGCTTTTCCTTAAAACAAGCTAAAAAATCTTCCAATGGAGAAAACAATAAAAATCTTGTTTCAAAGCAAAAACAAGATTATTTTGCTTACCCCACACTGTAAAAAATGCAAGGTTTCACACAATTCAGGTTGTCGCAACACTAATTAAGTTAACTTAAAAAAGTGGCTGAAATATAAAACAATTAAATTGTCTTCAAAAAAACCTCAAGAATTGTTACAGCTTTTCTCGATTTTTGAAACACAATTTCTGAACCCCTGCTCCATTTCCTTACACCATTAAACACAGAACCTCATCTTCAAGCACTATTAACAAAATCCTTGACTTCTTTTGCAAAACAAAACTTTTGCCTCAAAACTGTTTTACCGGTGTTCAAATAAAACGCTGCTCTCAACTAATAAACAAAGTGATCAAAAAGATATACTCTATCAAGCAGTCAGTAAACCATACGGCACAAAACAGAAAACGCGTTGTCCAAAACGTATAGTTCTCAGGGAGAAGTACAATTTCATTCTCAATATTCAGGGCCATGCATTTTTTTCATTGTACAGTATAGAGTCTACCATGCACTATACTACAGTATACAATACTAAAAGGGACAAAAATCAAAGGTGGAAACAGGATCAATTAGCTTCTTCTTGTCTTTTGGCTGGGTCAGGCCAGAACACTTTTTCGACATCCCACACAATATTGTCTCTCCTGAAGCAATGGTGGAAGAAGCCTCTTGTGTGCCGTATCTAGCACTGAAATGATTCCTCACCTATGTCACCACATGCTAAATCCATGACTTGGGTGATTCCTCACCTATATCACTGCATGCTAAATCCATGACTTGGGTGATTCCTCACCTATATCACAGCATGCTAAATCTATGACTTGCAACAGGTCTACTCTGGTGTAGGGTCATACACTTTCCATAAAACTCCTCAATTGGAGACAGGAAAGGCTGGTATGGAGGGAGGTACAAGTTCATAAACTGCCCATTGTACTCATCCTCTCACATTGTTCTTCTAACCATGCTCTCCTTCCCACCTTTAACAGCCTGTTTGCTTATATCGGTTGTGTCACATCATTTGAAAAACGTGACATCAATTTTGAGTGGTTGTGTGTAATCAATGACATCTTTTCTCTGTTTGTATTTGACTGTTGCTACTTGTGTTTACCAGTATGGATGATGTGCATTAGAGTGCAGAATGTGTTTTGAGAATGTGTTTAAAGTTATGTTGAAATGTTTAAGTATGGTCTGCACCTTGTGTTTTAGCATGTGAAATGGTTTAAGGAATTGACAACAGACTGCGCATTTAGCTAAATAAGTTCAGGTGACTGAGAACTTGGTTCAGTTAGTGGATTTTAGTGTTTTAGCAATTGAGAAAATGTGAGCTAATGTTACATAATTTGTTGAGAAGCAGCAAAATATATATTTTTTTGGTGTGCATTAGTAGACTATTTTGCTTGTTTTAAAGAAAAACACTTAGGGCTCTATTTTAATTATCTATGCACAAAGTCTGAAGTACAAGGCTGAAAAGCATTGAGGTCGTGTCCGAATCCCCTTTTGCTATTTTAAGGATGGAAAAATACGCTCTGCTCTGCGGCGCATGGTCTAACAGGCTTGAGCTTATTCTCTTAATGAGTTATAGGTGTGTTTTAAGAATAAACCAATCAGAGTCTCATCTCACATTCCCTTTAAGAGTCA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Seq C2 exon
TGGGGAGTCTGGAGCAGGGAAAACAGAGAGTACCAAACTCATGCTGCAGTTTCTTGCAGCCGTGAGTGGTCAGCGCTCCTGGATTGAGCAGCAAGTTCTAGAGGCCAACCCTATCTTAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044441:ENSDART00000143218:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(11.1=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(6.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]