DreINT0017634 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000098967 | RABGAP1
Description
RAB GTPase activating protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17155]
Coordinates
chr10:8730606-8735541:-
Coord C1 exon
chr10:8735413-8735541
Coord A exon
chr10:8730699-8735412
Coord C2 exon
chr10:8730606-8730698
Length
4714 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAACC
5' ss Score
9.24
3' ss Seq
TTGTGTTTTATATTTAACAGATC
3' ss Score
9.22
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATCTAAAGATGATCTGCTGCAGACGGATTTTGAGGGTGCACTGAAGTTTTTCCGAGTGCCTGTGCCCAAGCGCTATCGCTCTGAGGAAAATGCTAAGAAGCTCATGGAGTTAGCATGCAGTATGAAG
Seq A exon
GTAACCAAGCTGTCTGCAGGACATGTTTAGCGATGTGACCCAAATCAGATCTGTTCAACTCTCTGTGTTTTGTGTTTGATGTGATGATCATCAAATTTATTGACAGAAAGGAAAAGAGTACAATGAAAACACTTAATCATGTTATAATTGTTATTATTATTATTTATTTATTTTTTATTTTTATCAGTTGCTGTTAGTGTTCATTCATTCATTTTCCTTCGGCTTAGTCCCTTTATTTATCCGGGGTGGCCACAGCAGAATGACCACCAACTTATCCAACATATGTTTTACACAGTGGATGTCCTTCCAGCTGCAACCCATTACTGGGAAACACCCATACACACGCATTCACACACATACACACACATACACTCTATGGACAATTTAGTTTATTCAATTCACCTGTTGGGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCAGAGCACCCGGAGGAAACCCATGCCAACACAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACAGACCTTGAGACTCAAACCAGTGACCTTCTTGCTGTAAGCCGACAGTTACAGTCACCCTGTTAGTGTTTTTTTTTAAAAAAAAATTTTTTATTAGTATTATTTATAATTTTTCTGCAATCCTTATATAATGTATTCTCTTGTTCTGGGTATACATAATTCTTAGTTTATAACTTGAAAAAAATGCAATAATCATATTTATTTCAAACAAAACAATATCAAATCAACATAAATATAACCTTGATACATTTTTAGTTAAAATAGATTTATTTTATTTTCAAAAATTTTTATATTTAATGGAAAGAAAATGTGTTTTCCTTGGTTCAGTGGTTCATGCTTTGTATGTTTAACATTATTCAGTGCCAAAAGTGATTACATACACAGAAAAGACCAATTATATTTAGCAAAAATTATCATTTTATTTAGCAAAAATCTGAAAAACGACAAGCTCATGATTAAAATTGTCATTTTTTTTCAATTTTTACATTTAGTTTTTTTTAATCAGTATAAATTATTATTATTATTTTTTTAAATAAAATCAGTTCTCCTGATTGTCCAGCAGAGGACACTGCAGGAGTAAAAAAACTAAATCGCTCCTGGTTTTTTTAGTGCTTCTGTCCGAGTGTTGTTCAAATTAATTTGTTTTTAAATTGTTATTATTATTTTAGCATAAATGTAATTCAGCATAACGATGAATAGTGTAAATTGTTAGTTAAATTAAAATCAAAAGTTCAGTTAAAATTATAAATAAAAACAATAGTGAATTTGATAATGCTACTTATTACATTAACATTAATTCCTAAAACTTTTATTCGAAATTTTAAAGTAATAGATCATAGCATTATTTACTTATTCTTGAGTCCTTCCAAAACTTTAATTTTTGCTCATCTTTGAAAATACAAATTCCTTAGTTTTGTCCATCTATTGATTCATACAACCAAAACGCTAATAAATCCATTCTTATTAAGCACAACAGATATTTCAATGTAAAATAATGATATGATATACTTATCCTGTCCTGTCCATATCCCATCCGTATTAAATTTTATTATTTTTTATTTATTTTTAAAAAACTTCTTACTGACAAATGGTTTTAAATATAATGATTTGAAATATAGTGGTAGATATTTAAATAGTACTTTGGGTAGGCCTTTATCAATAATCAATATATAGACTTATCACACAACACATAAACATGAGCTCAATCATTTTGGTGATGCCATACATATAAACCAATTCTAGCAACATTTCAGCTGATTGTGCAACATCTCTATCTCTATTAGAGGTGGCAATGTCAGTATGTTAAAAAAACACTATAGTATTTACTATAAGTTACTATAGTATGGTCTCACATGGTTTCATAGCGAATGAAAATAGATCTGGTAGCAGATATCGTAGTCACTGTTACTTTTTCCTTTGCAATTTTTTAATTAACATTTATTATTATTTATTTGTTTAGGACATACATTTTCAGATTCTGATTCCAATGCCCAATTATTAAGTTTTAAAATGACTATAATTAAATGAAATTTTTCTAAGAATAAAACATAGTTTTCTTTGAAGAGTGTACTTGCGTTGCAATGCCATTACAGTTTCAGTTTGCTTTATTTATGTCATTCAAATCATCACAATAGAATTGTAATGCAGAACGAAATTACGTTCAACAGACCCAACAAGAACATAAAAAAACATCACTATAAAAACACTATAAAATCCTAACATGATAAATAAGCTTTTATAATTCCATAAAAATATAAAAAAATATAATTATATAAGATATCACCCATTTTTTTAAAATCTCTGAAGAGAATAACTCAATACTTAAATACCTATTTCACCATTTGTTGTAATATTAACAATTTATGCTAGTTTAACAAATTTATTTATTTTTAACACTAGCTATCAACAATGCTTAAGAAATGGTGTTATTCAAAAGTCTTATAATGACAGGATAAAAACTATCTCGAAACCGCACTGATTTGCTCCTCAGACTTCTGTAACGCCTGCCTGATGGCATGAGTGAGAGCAGGCTATGACCAGGGTGGGTTGAATCCCCTAAAATGTTATTTGCCCTAGACAGACAACGTCGTTGATAATTACATTGTCATTCTGCCATTATATAATGACTGGCATAAACTGGTCTTAAAACGACAATAATATTGTTGATTGTAATATATTTTGGTGCAATATATATATTTCACTGTGATCCTTAAATATTCTTTTATTGCGTCACAAGTTAAAAAATTTGCCTCAAAACCCTTTTATATAACACACTGATCTGCATATTTTAATTCAGTCTAATTTATTTATTTATTTATTTTTTAATTACCACTATTTCTGTCTGTCTGCATGTGTACTTAAAGTATGTTTGTTTTCTCTTTGGTTCCTCATTTCCATCAAAACACGATTGCTCATGTTTTTTTGCATCTCAGTCCTTTAACCCAAATACAAACCAGCCTTTACTTCTCTTCCTCCAAGTCTCAACATCCCATCACAACACTAAAAGCTCACTTTCACTGCTGTGTTTGTGTGCTATTTCAAAACGAGGGGCCCAGCGTTCAAAAATCTGATGCCTAAAACGGCCCCTTCCTCGGTTTCACTGTCACCACACACCGCAGTTTAACACCCTTCACGATCAAAAGAGCTTTTACACACACAGACACACTTCATTTCCCTACAGCCAAGTCTAATTGTTCCCATGAGTGTCGCCAAAAACACGCTGACTGATGAAGCCCTCGTGACATGGAGGGCTTTTATATGGATCTCATTTCATCTGTGGAAGCATTACGGATTAAATATGGAACAGACCCGGTTCTGTGTCCTACAGCTAGTCTAAATAGAGCTCATTTACAAACACGCACGTACCTGCGGCTCTCGGCGTTCTGTTGAAAAATGGCTGGTTCTCTGAGCACAAAACACACTCAGTCTCTCAGAAATTGGGTCATTGCATGAAAATAGGGTAGTCTTGGGCTGCAGGTGGATAAATGTGGCACGGCTCGTGTGTTTGTGTCCAGCGCGCAGGTAGAGCATGAACAGAAATCCTTTTAAATGCATTAGTCTGGTAACATTTTAAATGAGTGGGTTTGTTTGAGTCACAGCTTTATTTGGGTTGGCGGTGAGTCTGGCTAGTTTTAAAGTCAGAAAGGCTTAGCTGTAATTTATTCAAGTTGACTATCAACAAGTCTGGTGCACTTCAGGGCAGAGTCTGGGGAAGAGCTGATATGTATTTAATGTAGTGTTGAGTGTAATTAGTTACGAAGTAACTAACTAAATATATATATAAAGTGCGTTCGAAAAGTATTTATAGCCTTCACTTTTTCCTATTAAAAAAAAAACAAAAGCAGCTTTATTGGAATTTTTTTTCCTTCGGAAAATTCAGTTGATTGGACATTTGAAAAGGAATACACCTGTCTAAAAAAGGTCTATTAAAGGGGCTAATAATTTTGTCCTTAATGTTTTTAAAAAAATTAAAGGCTGCTTTTATTCTAACCGAAATAAAACAAACAAGACTTTTTTCAGAAGAAAAATATTATCAGACATACTGTAAAAAATTTCCTTGCTCTGGTAAACATCATTTTCTAAATAATTTAAAAAGAAAAAAAATGAAGGGGGCTAATAATTCTGACTTTAACTGTTTGGGCTAGAATAAAAGCAGTTATTAATTTTTTAAAAAACATTTTTGGGACAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTGATTTTTTCCCCCCGATAATCTACAGAACAAACCATTGTTATACAATAACTTGACTAATTACCCTAAACTGCCTTCTTCACCTTATTAACCTAGTTAAGCCTTTTAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTTGTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGAAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATAAGTTTTTAAAACTATTATCCTTAGAAATGTGCTGAAACAATCTTCCCAGAACAAAACAGAAATTGGGGAAAAAAAATAAACAGGGACGCTAATAATTCAGGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACCGTATGTGTGTGTGTGTATATATATGTATTTATTTCAATTTTTTAAAAGATTTATTTTCTCGCACTACCACATCTTTCACACATTAAAACCCAATGTTCCAGGGTTAGACTTTTTTGTTTTGGTCTGTCCACATTCAAATAATTTCTCATTTACTTGTGTTTTATATTTAACAG
Seq C2 exon
ATCAGCCAGAAGAAGCTGAAGAAGTACGAGAAGGAATATCACACCATTCGCGAGCAGCAAGAACAGCAGGAGGCGCCGATCGAGAGATATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000098967:ENSDART00000167821:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.516
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0056613=RabGAP-TBC=PD(2.9=14.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]