HsaINT0136385 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000011454 | RABGAP1
Description
RAB GTPase activating protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:17155]
Coordinates
chr9:125838913-125852129:+
Coord C1 exon
chr9:125838913-125839041
Coord A exon
chr9:125839042-125852036
Coord C2 exon
chr9:125852037-125852129
Length
12995 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
CCCTATGATTTATCCTACAGATT
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTTCGAAAGATGACCTGCTGTTGACAGACTTTGAAGGTGCCTTGAAGTTCTTTAGGGTTCAGCTTCCTAAGAGATACCGCTCAGAAGAAAATGCAAAAAAACTAATGGAATTAGCCTGCAACATGAAG
Seq A exon
GTAAAATAATTTTGCATTAGTTAAGATTCTGTTTTTCACTTAGTGTCTCACTATTCCTGATCATTTATAATACATAATTATTTATGTATTATATTTATAACATTTATAATACATATTAGTGTTAACATTTATAATATATAAATAATATTAATGATGTTTTCTTCTGTATTATATAACTCTTAACCTTTTTTTCCCCAAAATACTTTCCTATATATTATAATCCTACGAATGAAATCTCGTTGTCCCCCCAACCGCCAAACTATAGAAGAGTATTAATATCCCTGTTTTGAGACAAATCAAAACAAAAAGAGGTTGTAGTTCCCTAGTTGTACACCTGGTTAGTGGCAGAATTCAGGTTTCAGGTTTCATGATTTCTTCTACTGTGCTGGTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGACAAGGCTAGAGTGCAGTGGCACAATCATAGCTCATTGCAGCCTGGACCTCCCAGGCTCAAGCGGTCCTCTCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTATGTGCCACTACACCCAGCTAATTTTTAACTTTTTTTTGTAGATTTGGGTTCTCACTATGTTGCCAAGGCTAGTCTCAAACTCCTAGGCTCAAGTGATCCTCCCACATTGGCCTCCTAAAGTGCTGGAATTACAGGAGTGAGCCACCACGCCTGGCCTTAACTTTCAACATTTGTTCTGGTCAGAAGTTCCCTAAAACAAAGCTAATAATACATGAAGAAAACTCAGTTTTATCACTTCAAGTGGCATTTGTGATTCGCACAATTTTTTTAAAAGTAAAAAGGTATAGGATCTTCTTGTGTTCATGTTATCATAACATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTTATTTTCTGTGGGGCTTTTTTTGAGACAGGGTCTCACTCTTGTTACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCACAGCTCACTGTAGCCTCAACCTCCCTGGACTCACTTATTTAGGGCTCAGTTTCTGCTTTTGTAAAATAATATTTTACTTCTCATTCTGGTTATGTGTCAGACTGAGCTAACTCAGATTACCCTTCTTTTAACACATAGAGAGGCTAAATAAAATATACCCCAAGAAATGTTTAAATGCCTGGAAGAACTTGAAATAGAAATGCACAGGTATTTAAAACAAAGTAGCTCAACTAGTGTGTGTAAACTGATATAACACATCTCAGGGGAGTATGGAACTATGTGTAGCTATTAGGGGTTTAATGCTCACACAGACATAGTGGATATGATTTTGGGCCTTTAGGAGGCAGCTGAAAAAGTGAGGCCTTTGCATAAAGTTAAGACCTCTGAATGGCTCCCCTATCTGTTAAAGGAGGAATACAAAAACTACCTATTAGCCTGAGAAACAGTAGAAATCATAATATAAAATGAATAGTGGATTAGAAAAAAAAAAGGAAATAGAACTTCTGGTAATTAAAATAATCATCAGAGTTTACATTCTATTTAAAATGTTACATACTTCATAGGTATTACGGCTAACAGTTAATGATAGTTTACCATGTGCTTGGTACTATGGTTAAGTGCTTTTATATGTGGGGATTAGCGACGATATCGTATGTACAGTGTTTAACATAGTGCCTGGTAGTTAGTAAGGGTCCAAGAAATGATGGCTACGACTATAATTATTTCCTCCCTGATCGTTAAGTAGATAACAAACATTTTACAGTAATATTTTCAAAGAAAATAGGTTTGCACAAAGCATAGATAGAACCAAGTGAGTTCTGAGATTCTTTGAGTCACTCTTCCCACCTCAGCCTGGTTCAGCACACAAGAGGATGCTGCCTCTTTTTTGTTCATGATTTCTTTGCCTCCAAAATCCCCTTTCTCAGTGTCCCCATCTCAATTAGGGGTACCTGGTTGCTCAGGCCAAAAACCTTGCTGTCCTCTTGACTCCTCTCTTTCTCACACTCCACATCTATGCTCGTCGTCAGAATATATCCTGACTCTGATCACCGCCACCTTCATTATTAACATCCTAATCTAACCATCATCATCCTTTCCTGTTTCCACAGTGGCTCCCTCCCTGGCTCTTCTCTATCGCATGTCTCCTTTGCTGAAAACTCACGTTTCCACCATCCAGAGGCATCCTGCATTCAATTTTGCTCCTTTTCTTTCCAAATGTTTTTTATGCATTCTTAAATAATTGAGTTCATACAGTCAGTATCATTTTTCTTCCTGTTTCATGCAATTATACGGATTTTCCTCACTGAGATATTGTGTGTAAATAATCAGTTGTAAATGGTTATATAATTCCTCTGCTTGAATTTGCCTCACTGTGCTACAGTTTATTTAACTGTGCCCCCTTGTTTGTTTCTTTTTTAAATTTGTTTGCTTTTGTTGTTGTTGTTTGTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCGCTTTGTCACCCAGGCCGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTCCTGTTTCAACCTCCCAAGTAACTGAGATTACAGGTGCACCACCATGCCCAGCCACTTTTTTGTATTTTTGGTAGAGACAGCGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAACTTCCTGACCTCAAGTGGTCCACCCCCCTCAGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACACCCGGCCCGCCACTCTTGTTTAAATTTTTGTTGTTGTGATGTGAACGGTTTTATACATAAAGATTCATTGGATTTTAGAGTTTTTCCTTAAACTCTGATTCTTTCTCCTACTACGTTTCCCCCTTCTCCTTCCAATTCAGACACGCTGGCCTCCTTGCTGTTCTCAGACCTTTGCACTGGTCAGTCTCTCTGCTTGTAATGTTCTCCTGAATGTCTGCATGGCTTCACTGTCCCCTCATCCAGTCTTCGGCTCATATATCCACAGCTTCTCAAATTGCAGTATCTAAAGTAGCAGCTCCCCCAACCTTTATGCCATTACGTCCTTATCCTATCTTATTTTTCCCTACTGGAATGGAGGCTGTGCAGCAGAAGAGACAATCTCTTTGGCTTACTGCTGAATCCACAGTACCAGGAACAGGATCTCGCTTATAAATATCGATTGAATAAGTGAATGAATAAATACACTGTTGAGTGTCTACCATGTGTTTTACAAAGAAGAGTTAACATGGATTTGGGCAAAGCTTAATAGTTTCCAGCCAGAAGTTTTACCTTTTGGATTCCCATTAGCTTGAAACACTTTAATAATATATGGATCCTTTATTTCCATATATGGAAAGGTGGGGAAAGTCCAGATAGGAGGTATCTAATGTCTTTTTTTTTCTTGCCTATGCCTTCAATGAGTTAAGTCTGACAAGGCTGCCTTCAGTGTGTCTGCACAGCACATATATTTTGTGCTTAGATATATAATTCCTTCTAGACCTGGAGAACTTTGCATGTTTGGGGTACACTTTGGATGTTTCCCCCTATTTGCACATGATTTCAGGTGAGATAGTAGTTTTTCTTGAAATCGGCTCATAGCCTGAAAAGAGTACAGATTCACCAGAACATAAGAGAATGGGATTTTTCTGCCAGAAGGTGAGCTATGGTATGTACAGTTTAGTTAGTGATGATTTGTTGTCTTCTGGCAGCTATACTTAATACCAAAAAATTTTAAGAGAGATACACACAATAGTTGAACCTGTTATGGGCAAAGTGATAATTCAGTGGTAACTTGCCAGTTCAAAATTAGGAAGTCATTGGCAAGTGCATCCTGAGCCCTGCATTCTGTGGCTTGCGTGAGGTATGAGTACACATGAGGATCTGTGGTTTGAGTCCATTAGACCTCGAAAGGGCGGTTCATGATATGTGGTTCCAAAAGCTTGTTTGGAAACAAGCTTTTGAACTTTTTCATGTGGAATTTACAAAGGTAACTTTTGCTCTGCAACTCACTGAAATCTCTTTCCATTATTTTTTAAATGTTTGTAAATTGTGGCTTGGTTTACTCAGTTGTACAGTTGACCTTTGAACAACATGGTATGAACCGCATGGGTCCACTTATACGTGGATTTTTTTCAATAAAAGTTATACCAACTATGCCTCCTGTCTCCCCTTCTACCTCTGCCTCCTCCACTTCTGCCTCTGCTACCTTTGAGACAGAAAGACCAACCCCTCTTCCTCCTCCTCCTCAGCCTACCCATCATGAGGACAACCAGGATGAAGACCTTTATGATGATCCACTTCCACTTAGTGAATAGTAAATATATTTTCTCTTCCTTACGATTTTCTTAATATTTTCTCTAGCTTGTTATATTGTAGGAATTCAGTACATAATACCTATAATGTACAAAATATGTATTAATTGACTTTATGTTTTCATTATGGCTTCTGGTAAATAGTAAGCCATTAGTAAGTAAATTCTGGGGGAGTCAGAAGTTACACGTGGATTTTCAGGTGCGCAGGGCGTCAGTGCCCCTAACTCGTGTTGTTCAAGGGTTAACTGTACTTCCTGATAATCAAGGTGAGAATTGGAAATATTTTGCCTCACATGCCAGTCTAGGAAAAAGATAGCTACTTTTGTTGTCATTGTTGTGATATTTGGTCTTTTGAGAAGGGTCTTGCTCTGTCACCCTGGCTGGAATGTAGTGGCACAGTCATGGCTCACTGCAGCCTCAACCTCCCAGACTCAAACGATCCTCCCATGTCAGCCTCTCAAGTAGCTGCGAGTACAGGCATGCACCACCATTTCCTGGCTAATTTTTTTTTTTTATTTTGTGTAGAGACAAGGTCTCTTTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGACTCAAGTGATCAACCCACCTCTCCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGCGCCACTGCGCCGACCATTGTTGTGTTTTAATATTAT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Seq C2 exon
ATTAGTCAGAAGAAGTTGAAAAAATACGAGAAAGAATATCACACCATGAGGGAACAGCAGGCCCAGCAAGAAGACCCCATCGAGCGATTTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000011454-RABGAP1:NM_012197:19
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.619
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0056613=RabGAP-TBC=PD(2.9=14.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)