HsaINT0136385 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000011454 | RABGAP1
Description
RAB GTPase activating protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17155]
Coordinates
chr9:123076634-123089850:+
Coord C1 exon
chr9:123076634-123076762
Coord A exon
chr9:123076763-123089757
Coord C2 exon
chr9:123089758-123089850
Length
12995 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
CCCTATGATTTATCCTACAGATT
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTTCGAAAGATGACCTGCTGTTGACAGACTTTGAAGGTGCCTTGAAGTTCTTTAGGGTTCAGCTTCCTAAGAGATACCGCTCAGAAGAAAATGCAAAAAAACTAATGGAATTAGCCTGCAACATGAAG
Seq A exon
GTAAAATAATTTTGCATTAGTTAAGATTCTGTTTTTCACTTAGTGTCTCACTATTCCTGATCATTTATAATACATAATTATTTATGTATTATATTTATAACATTTATAATACATATTAGTGTTAACATTTATAATATATAAATAATATTAATGATGTTTTCTTCTGTATTATATAACTCTTAACCTTTTTTTCCCCAAAATACTTTCCTATATATTATAATCCTACGAATGAAATCTCGTTGTCCCCCCAACCGCCAAACTATAGAAGAGTATTAATATCCCTGTTTTGAGACAAATCAAAACAAAAAGAGGTTGTAGTTCCCTAGTTGTACACCTGGTTAGTGGCAGAATTCAGGTTTCAGGTTTCATGATTTCTTCTACTGTGCTGGTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGACAAGGCTAGAGTGCAGTGGCACAATCATAGCTCATTGCAGCCTGGACCTCCCAGGCTCAAGCGGTCCTCTCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTATGTGCCACTACACCCAGCTAATTTTTAACTTTTTTTTGTAGATTTGGGTTCTCACTATGTTGCCAAGGCTAGTCTCAAACTCCTAGGCTCAAGTGATCCTCCCACATTGGCCTCCTAAAGTGCTGGAATTACAGGAGTGAGCCACCACGCCTGGCCTTAACTTTCAACATTTGTTCTGGTCAGAAGTTCCCTAAAACAAAGCTAATAATACATGAAGAAAACTCAGTTTTATCACTTCAAGTGGCATTTGTGATTCGCACAATTTTTTTAAAAGTAAAAAGGTATAGGATCTTCTTGTGTTCATGTTATCATAACATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTTATTTTCTGTGGGGCTTTTTTTGAGACAGGGTCTCACTCTTGTTACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCACAGCTCACTGTAGCCTCAACCTCCCTGGACTCACTTATTTAGGGCTCAGTTTCTGCTTTTGTAAAATAATATTTTACTTCTCATTCTGGTTATGTGTCAGACTGAGCTAACTCAGATTACCCTTCTTTTAACACATAGAGAGGCTAAATAAAATATACCCCAAGAAATGTTTAAATGCCTGGAAGAACTTGAAATAGAAATGCACAGGTATTTAAAACAAAGTAGCTCAACTAGTGTGTGTAAACTGATATAACACATCTCAGGGGAGTATGGAACTATGTGTAGCTATTAGGGGTTTAATGCTCACACAGACATAGTGGATATGATTTTGGGCCTTTAGGAGGCAGCTGAAAAAGTGAGGCCTTTGCATAAAGTTAAGACCTCTGAATGGCTCCCCTATCTGTTAAAGGAGGAATACAAAAACTACCTATTAGCCTGAGAAACAGTAGAAATCATAATATAAAATGAATAGTGGATTAGAAAAAAAAAAGGAAATAGAACTTCTGGTAATTAAAATAATCATCAGAGTTTACATTCTATTTAAAATGTTACATACTTCATAGGTATTACGGCTAACAGTTAATGATAGTTTACCATGTGCTTGGTACTATGGTTAAGTGCTTTTATATGTGGGGATTAGCGACGATATCGTATGTACAGTGTTTAACATAGTGCCTGGTAGTTAGTAAGGGTCCAAGAAATGATGGCTACGACTATAATTATTTCCTCCCTGATCGTTAAGTAGATAACAAACATTTTACAGTAATATTTTCAAAGAAAATAGGTTTGCACAAAGCATAGATAGAACCAAGTGAGTTCTGAGATTCTTTGAGTCACTCTTCCCACCTCAGCCTGGTTCAGCACACAAGAGGATGCTGCCTCTTTTTTGTTCATGATTTCTTTGCCTCCAAAATCCCCTTTCTCAGTGTCCCCATCTCAATTAGGGGTACCTGGTTGCTCAGGCCAAAAACCTTGCTGTCCTCTTGACTCCTCTCTTTCTCACACTCCACATCTATGCTCGTCGTCAGAATATATCCTGACTCTGATCACCGCCACCTTCATTATTAACATCCTAATCTAACCATCATCATCCTTTCCTGTTTCCACAGTGGCTCCCTCCCTGGCTCTTCTCTATCGCATGTCTCCTTTGCTGAAAACTCACGTTTCCACCATCCAGAGGCATCCTGCATTCAATTTTGCTCCTTTTCTTTCCAAATGTTTTTTATGCATTCTTAAATAATTGAGTTCATACAGTCAGTATCATTTTTCTTCCTGTTTCATGCAATTATACGGATTTTCCTCACTGAGATATTGTGTGTAAATAATCAGTTGTAAATGGTTATATAATTCCTCTGCTTGAATTTGCCTCACTGTGCTACAGTTTATTTAACTGTGCCCCCTTGTTTGTTTCTTTTTTAAATTTGTTTGCTTTTGTTGTTGTTGTTTGTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCGCTTTGTCACCCAGGCCGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTCCTGTTTCAACCTCCCAAGTAACTGAGATTACAGGTGCACCACCATGCCCAGCCACTTTTTTGTATTTTTGGTAGAGACAGCGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAACTTCCTGACCTCAAGTGGTCCACCCCCCTCAGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACACCCGGCCCGCCACTCTTGTTTAAATTTTTGTTGTTGTGATGTGAACGGTTTTATACATAAAGATTCATTGGATTTTAGAGTTTTTCCTTAAACTCTGATTCTTTCTCCTACTACGTTTCCCCCTTCTCCTTCCAATTCAGACACGCTGGCCTCCTTGCTGTTCTCAGACCTTTGCACTGGTCAGTCTCTCTGCTTGTAATGTTCTCCTGAATGTCTGCATGGCTTCACTGTCCCCTCATCCAGTCTTCGGCTCATATATCCACAGCTTCTCAAATTGCAGTATCTAAAGTAGCAGCTCCCCCAACCTTTATGCCATTACGTCCTTATCCTATCTTATTTTTCCCTACTGGAATGGAGGCTGTGCAGCAGAAGAGACAATCTCTTTGGCTTACTGCTGAATCCACAGTACCAGGAACAGGATCTCGCTTATAAATATCGATTGAATAAGTGAATGAATAAATACACTGTTGAGTGTCTACCATGTGTTTTACAAAGAAGAGTTAACATGGATTTGGGCAAAGCTTAATAGTTTCCAGCCAGAAGTTTTACCTTTTGGATTCCCATTAGCTTGAAACACTTTAATAATATATGGATCCTTTATTTCCATATATGGAAAGGTGGGGAAAGTCCAGATAGGAGGTATCTAATGTCTTTTTTTTTCTTGCCTATGCCTTCAATGAGTTAAGTCTGACAAGGCTGCCTTCAGTGTGTCTGCACAGCACATATATTTTGTGCTTAGATATATAATTCCTTCTAGACCTGGAGAACTTTGCATGTTTGGGGTACACTTTGGATGTTTCCCCCTATTTGCACATGATTTCAGGTGAGATAGTAGTTTTTCTTGAAATCGGCTCATAGCCTGAAAAGAGTACAGATTCACCAGAACATAAGAGAATGGGATTTTTCTGCCAGAAGGTGAGCTATGGTATGTACAGTTTAGTTAGTGATGATTTGTTGTCTTCTGGCAGCTATACTTAATACCAAAAAATTTTAAGAGAGATACACACAATAGTTGAACCTGTTATGGGCAAAGTGATAATTCAGTGGTAACTTGCCAGTTCAAAATTAGGAAGTCATTGGCAAGTGCATCCTGAGCCCTGCATTCTGTGGCTTGCGTGAGGTATGAGTACACATGAGGATCTGTGGTTTGAGTCCATTAGACCTCGAAAGGGCGGTTCATGATATGTGGTTCCAAAAGCTTGTTTGGAAACAAGCTTTTGAACTTTTTCATGTGGAATTTACAAAGGTAACTTTTGCTCTGCAACTCACTGAAATCTCTTTCCATTATTTTTTAAATGTTTGTAAATTGTGGCTTGGTTTACTCAGTTGTACAGTTGACCTTTGAACAACATGGTATGAACCGCATGGGTCCACTTATACGTGGATTTTTTTCAATAAAAGTTATACCAACTATGCCTCCTGTCTCCCCTTCTACCTCTGCCTCCTCCACTTCTGCCTCTGCTACCTTTGAGACAGAAAGACCAACCCCTCTTCCTCCTCCTCCTCAGCCTACCCATCATGAGGACAACCAGGATGAAGACCTTTATGATGATCCACTTCCACTTAGTGAATAGTAAATATATTTTCTCTTCCTTACGATTTTCTTAATATTTTCTCTAGCTTGTTATATTGTAGGAATTCAGTACATAATACCTATAATGTACAAAATATGTATTAATTGACTTTATGTTTTCATTATGGCTTCTGGTAAATAGTAAGCCATTAGTAAGTAAATTCTGGGGGAGTCAGAAGTTACACGTGGATTTTCAGGTGCGCAGGGCGTCAGTGCCCCTAACTCGTGTTGTTCAAGGGTTAACTGTACTTCCTGATAATCAAGGTGAGAATTGGAAATATTTTGCCTCACATGCCAGTCTAGGAAAAAGATAGCTACTTTTGTTGTCATTGTTGTGATATTTGGTCTTTTGAGAAGGGTCTTGCTCTGTCACCCTGGCTGGAATGTAGTGGCACAGTCATGGCTCACTGCAGCCTCAACCTCCCAGACTCAAACGATCCTCCCATGTCAGCCTCTCAAGTAGCTGCGAGTACAGGCATGCACCACCATTTCCTGGCTAATTTTTTTTTTTTATTTTGTGTAGAGACAAGGTCTCTTTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGACTCAAGTGATCAACCCACCTCTCCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGCGCCACTGCGCCGACCATTGTTGTGTTTTAATATTAT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Seq C2 exon
ATTAGTCAGAAGAAGTTGAAAAAATACGAGAAAGAATATCACACCATGAGGGAACAGCAGGCCCAGCAAGAAGACCCCATCGAGCGATTTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000011454:ENST00000373647:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.581
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0056613=RabGAP-TBC=PD(2.9=14.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development