DreINT0017914 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063182 | RC3H1 (2 of 2)
Description
ring finger and CCCH-type domains 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29434]
Coordinates
chr2:7313412-7317988:-
Coord C1 exon
chr2:7317738-7317988
Coord A exon
chr2:7313855-7317737
Coord C2 exon
chr2:7313412-7313854
Length
3883 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTGAGT
5' ss Score
7.68
3' ss Seq
GATTCTCCCTTTTGTTTCAGGTT
3' ss Score
11.43
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTTCATGTTTTCTCCCATGGTTATGAGTGTTTTCAGGTTGAGCCCGGATGCATCGCGCTGCTCGGACAGAGGGGGCGCCGCTACTATCTCGGTTCATCTCTCCCTCGGTTAACTCGAGCGCTGCCGTTTGCTGGCAGTTTTACGCGAGGAACTCCCGAGCTACTTCGGCAACCCGTTATAACGGTCGACATGGCGACCAAGGAAATTATCAAGCGTTTTCTTAAGGAAAGATGAAGATAGTCGATACTCA
Seq A exon
GTGAGTATGAACGGGTGAGTGTGCAATTGTTGTCTCGTGGTCTGTGGCTTGCAGAATAGCGCATTTTCATTGCATTATGTGTTGGCTTCTGGGTGTGGACCGCACACTGTTGGCTAACGGCTAATCTGATAGCACGTTTGCAGAATTTAGCCGCCCGGCTAGCCTTTGCCGTGATCTTTATAGTATTTTCAGTCAGCTCTGAGACATATCGGATGGTTAATTCGTGAGACGCGAAGTTTTAGGTGCTGTCTTTGTCAGCGAAAAGGATCTCGGTTGTATATTGGACTGAAATGGCTATCTCGTTAGCCAGTGTATCATGTTAGCTTCGGCAATAGCCGAACTGAACGGTGTGTTTACACGGGCCTCCGTTTACAAAAATAGCTATTTACAGTAATTCACGTGACCGCGTATTTGCATCTATTCTTATCACATGTCATGTTTCCGCTACAATGTGTCGATGGTGGAGTGAACAATAATCGAGTGTTTTGGTCAGGTTCAGCGGTTGCTATGTTACATAATCGCGGGATCTCTTGAGGTTTAGCTCAGACATCTCTCGTACGATCGTGTGTTTCTCACGTCTTATTTCACCTCACCTAAGGAAGTTTGCAACAATCACATCCTGTAGTACATTTTTTATCTTGCTAACAGTCTGTGAAAAGAACTGAAGTGTAGCAAATTACTGAGATACAGGATTCAGTGGACGTTGTGTTAGCTTGGCAGCTAATGAAGAGAGACGAAATGTTCGAAGTTAAATTCTTTTCTTTTGTGAATTGGCTTGATTTTAACATGTAGCTATCAAACTTGTGCGTAGAAGTTACAGTGCTTAAAATCTACAAAGTTAAGTTTATTGACATTAGTTTGCTGTAGGGAAACCTTCACACTTTAAAGGATGCAAATGTAATAGTAAATTAAAAACATAACTTGATCTGTCAGGTTAATCGTTGGACGTTAGGACAGCTATTTTGTAGAGCACATTTATCTTTAAACATGCTAATCAGTCATTTAATATAATGTTCACACATTTGCATGACTTTATTAGAACAGACATCTACACCCTGTGTGAGGGCAAGTTTAATACTTTGTGCTGTAATTGGAGTCAGTGGTATAGTTTTTATATTTGTTCATTTCACATTTTCTTAATTTGTCGATGAGGATAAAAGAAGCCCGTCAGATTATAAAAGATTATGTAGAAAGCAGCAGTATAAATGCTGTAACGATAATTAATAGTTCATTCAATCATTTTAGTTTACTTTTTGAAGCCTCAAGTGGTTTCAAACAAAACAAAAGAAGATATTATGAGAATGTTGGAAACTGGTAACCATTAATTTTCATATATTTTTAGTGCTGGGCAAAATAGCATGCAAAATAAAAGTTTGTTTTGACATAATTTAAGTATGTGTACTGCTTATATTTATTGTATACATATACACATGGATGGATGTGTATACACATACATTTATACAGTTGTAGTCAGAATTATTAGCCCCCTTTTGAATTTTTCACATTTTCTGATAATATTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTTGTTTTTTTCCCTACTAGAATAAAAGCTGTTTTTAATTTTTTAAACACAATTTTAAGGACAAAATTATTAGCCCCTTTAATCTTTTTTTCTTTTTTTGGATAGTCTACAGAACAAACCATGGTTGTACAATAACTTGCCTAATTACCCTGTCCTGCCTAGTTAACCTTATTAACGTAGTTAACCTTTAAATTTTACATTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTAAAATATTCTGTACTGTCATTATAGCAAAGAATGTTCAGATTATATTTGCTGAGGTGTTCATAATATCGAGACTTAATTGGTCATTTATCATAATTGTCTAAACATTTACATAATCTGGCCTACTACACTACTATACTACACTACTACTAGGTTATATATAGGTATATTGTACATTAAGGCTTTAATAGTTAACATTAGGTAATTTAATTTAAGTCACAATGTAGGGTTGTAACGGTATGAATTTTTCACGGTATGATAATCGTCTAAAACAATACCACGGTTTGACGGTTTCGCGGTATACGGTATGTTACAAATGTTACAAAATAATAGAACAGTGAAGCAAATTTGACCTTTTCCAAATAATATATTTTTAGTTACTATAAACACCACTTACAATGAACAAATAAAAATAAGAAAATAATAAAAAATGTGTCAAAGTCCAAATAAAGTCCAAATAAACATGGTGCAAATCCTCAGTAAAAAATAGATATAAATATTTACTATACTATAAATAGTTACATAACGAAACTAGATTCAATATGGAACATCCTTAGGTTTTATGTGCCAGCATGGATATGGTTGTCTATCGATATGGATTTGGATATGGTTGTCTGCAATGCAGACAAACAGCTGCATCTTCATTTGCGTCTTTTGAAAACAGCAAGAGCAGCAGTTCGTCTTTGCTGTGTCACTGTTTTGTCATGTTTCTGTGCTGCTGTGCATGCAAAAGTACTTAGTATGAGAATTATTTCATGCAAAACTTTTTTTTTTTTTGCGTTTTATTTAGCCGCGCATAAATGTATGCCTATCTCTCATTCCGTGTTGTTCAAAAAGCTTGGTTCACAAACAAAAGCGAAACCTATGCTTATTGGTTGTGATATAGCGAGTTTGAACCAATCTGGGCATGGAGGAGGGACAATGTATCAATGTATCATGTCTGATTTGTCCGGAGACACAGTGACGAGCGTTTCTTTGTCAAATCAGCGTTGTCAAATGTTGATGACGTAACCGCACTGATTCCGGAGCCTCTGGAGGTCCGCGAATGTTATGTGATACAGCACTGGAAAGCTGAGATTCTCTTCTTTATGCCAATCTTTGAATTGTATGAATCGGATCAGCGGATCAAAAGTTATTAAACATTTAAGAGCAATACTTATTTTTAGCCGCGGGCGGCTGTCTCGGTCTTTAAGGGTTAAAACCGTTGATATGCAATTGTTCATGGTATGATAATCGTGCACGTTCAAATCGTGGTAAACCGTCATACCGGTATATTGTTACAACCCTATCACAATGACAGCTTTTATTAATTTTAACTAATGTTCATTTCTTAGTTAATGCCTAATAACTTGGTAAAATTGTAGTCAAAATGAGATCAATTGGAATCATTTTATTAAATAAAGTAAATAATAATAATAAAAAAATGAGATAATATTTACCCAGTAGTTGTAATCAATCAGTTTGATTTAATCCGTTTACTAACATTTACTAATAAGACTTTAGTGTAAAGTGTTACATCAGTTTTTTTGGCATTTCATTTGTTTGAATCTTTTGTTTACTCTGATCATGCATAAACTAAGCAACATACTAAGTATTTTTTGGTTGTTATACCTGTTAAAGTAACCTTTTTTGCAGCTATGGTCAATATTGTGATAATAACGTATATTGATAAAAGCCTTACTTAATCTTAACAAGAAAATATGAGATTATCATCAGTCTAGATGCAAAGCTGGCCAAAATTAACCAGTGCACATATAAAACATACACACACACACACACACACACACACACACACAGTGGTTGCCAAAGCAATGTGTTTGTAATCGCCGTCAGTTGTAATATTGTATTGGCACAATTCTTTTCTGAAAAGAAGAAATGTTTCTGCTTCAGGAGGATTTAAAGATTTGTTAATAAATATTTAAACTGTATTCTTTTGTTTGCGTTTCTAGTTTGTTTGTGTAGCAACAGCTGTCTGATGTGGTCTGTCTAAAATTAGCCAGTTCCTGTTTTTATGCTCTAATTGTGTTGCTTGATAATGTGCCTCATGAGTCCACCATATCAGTGCATTTATTGTTTCATTTCCATATTTGACTGATTCTCCCTTTTGTTTCAG
Seq C2 exon
GTTTCAGGTTTCACACCATGTGATGATCACCCGGGACGTGTGAACTTATTTAAGAACTCCTGTGTTCAGAAGATTTTTTGATTCCAGTGGAATCTTTCATTCCCCCCTCCATCTATTATTTCCTTTTTTGTTAAATGAAACAACACCCAGTCACACACACACCCAGGAGAATCCCCCCCACCCTTGTTTACATGTAGAACAACCCCGCTACGATGCCTGTACAAGCTCCACAATGGACAGAGTTTTTGCTGTGTCCGATATGCACCCAGACGTTCGAGGAGACGGTGCGTCGGCCCATCAGTCTGGGCTGTGGCCACACCGTTTGCAAGATGTGCCTCAACAAGCTGCACCGCAAGGCCTGCCCCTTTGACCAGACGGCCATCAATACTGACATTGAACAGCTGCCCGTCAACTCGGCCTTGCTACAGCTGGTCGGGGGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063182:ENSDART00000139703:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0136316=FYVE=PU(68.9=92.2),PF052906=Baculo_IE-1=WD(100=74.0),PF134451=zf-RING_UBOX=WD(100=54.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]