DreINT0017923 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063182 | RC3H1 (2 of 2)
Description
ring finger and CCCH-type domains 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29434]
Coordinates
chr2:7277982-7286232:-
Coord C1 exon
chr2:7286138-7286232
Coord A exon
chr2:7283685-7286137
Coord C2 exon
chr2:7277982-7283684
Length
2453 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTGAGG
5' ss Score
5.5
3' ss Seq
CTGTCTGTTCTCTCCATCAGTGA
3' ss Score
9.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGAACCAGGTGGCTCACGAATACAAGCTGAAGGCCATTGAGAACGGGCAGCCTGACCATAAAGCCCAACTGGAGGAACTCTCCTTAGCACTGGG
Seq A exon
GTGAGGGACTTTACAAATAATATTCTGAAGATCTTTAATTGGACTAATTGTCATCTAGAAAAGTCTCAACTTGCTGTCTGTAGTTAACTAAACCAGAGTATATTTTTGACAATAGCTCAAAATAGATTTTATGGGTCAAAATTAGGCCCATCTATATCCCAAAATCATCGTTATCTCGATAATAGTATATGCATAACCTGTGATGAATTACATTAATTTTATTCATTGGTTGTTTGTCTAAATTTGACCAATCGGATGGGGCCTTGATATCTTTATCATCACCTCCCCGGTAGTTGCTGTTCTGCTATTGGCTGTTGAAGATAAACACTAATGGTGGGAGTCGAGGCGAGAGAGAAAAATGACAACAGCCAATCAGGCTGAGGTTTTCACTCATTCGCAGTGTTTTAGGGTGCTTTCACACCTGTAGACCAATTGTTTTGTTCTGAAACAGGGATTAAAGTTGTTACAATGTTGCTCTTTGTTCTTGGTGCAGTTCGCTTTCACACTGCAATGTTTCTAAGCGGACCAAAAAAGCTAAAACAAGTCATGTGCGAGTAAACTCTCCTCACATTGGTCATTTATTTTTCAGTCCCGCTCAGCTGTCATGCATTTTTATTTTAATTTATGACGAAGAGTGATGAGACATTATAAGCAAAAAGCTGTGCTTTAATTTTGAATGGTCACACCCACAGACATTGTCAAAAAATATAAATCAGACTTTTTTTTTTTATCCAGAGCCGTTGGCTAGAATTATGCTTTATAGGCTTTACATTATAGAGAGAAATAACAGATAAACCAAGACTGCAGTTCGGTTAATTTTCCTAACAAATAAACAGCTCTGGGTACACATAAGTCTCTGTAACACATTGACCCACTAAGCATTGGATGAGACGTTAAACCGAGGTCCTGACTCTCTGTGGTCATTAAAAATCCCATGGCACTTTTCGTGAAAGTGCAGGGATGTAACCCCGGTGTCCTGGCCAAAGTCCCTCTATCGGCCCTTACGACCATGGGCTCCCAATCATCCCCTTCCACTGAATTGGCTCTATCACTGTCTCTCCACTCCACCAATAGCTGGTGTGTGGTGAGCGCACTGGCGCCGTTGTCCTGTGGCTGCCGTCGCATCATCCAAGTGGATGCTACACACTGGTGGTGGTGTCGAGAGACCCCCCTCATAATTGTGAAGCGCTTTGGGTGTATGGCCATACACAATAAATGCGCTATATAAATACAAATTACATTACATTGTTCTTAAGACATTTTTCTACAGGAGGAAAATGCAAATTACTCCCAAATACTTCAAATATAGTCTGTGTTAGTAGATGCAAGACTTAATGAAATCCAGGCATAAAACTGTATGACAACGCTTCAGATGACTAGATGACTCTAGAGCCTACAGCTAATCAATCTGTCAGATTCTGGAGTGCTTTACAGATCTAAAGAACATTATAAATGGTAAATAATCTTAAATAAGATCAATGCATTTATAGAGATCGTATAAAAGTATATAATTTCAATCACATGGGAAACGGAGGCCACGTGAATGGTTTGTGAGCACAATTAAGTGCACACAGCATGCCATATCATCTGACAATTGTAAGAAATAAGTCCAAAAAGCAACTGACTGTGCAAAGCCACATAAAACAACACAGAAATATGATGTATATGCCGAGTTCAGCAGCTAATCAGCCGGAATCAGCTGAGGTAAAGTGACAGTGACCAGTGAGACCTAATTGTCACTTAAGTGGCCATGCCCTTAATTATGCAGACTTAATATACCCTAATATAAAGCAAACGGATGAGTTCTAAAAAATTCACCCCATCACAGTTGTCATGAGGGTAATATTAGCTATATGAACCAAAATCGTTCTTTGTAACAGGCTGTAAACACTCTTTTTTTGTGCTGTAAAGTTGGCCATTCTAACAGTGGGCTCAATTGAAATTTGCTCAATATGGGGCCAGGACTAGCAGACTTTTGATGAATTGCAGTTTCGGTTACTTCCGTATTAGCTTCCCGAGGGAGAGCGGGAGGTTGCCGCTTGCAAATTACTGATAAAATTAGTTCCTAATTAACAACTCACGCCCAGAAGTTAAGTGCTAAACTGTGATAAATGTCAGTTGTGCTGTTTAACATGACGATCTGTGTAATTTAGTTATAATAGATGGATATTTCATCTGACAAATATTCTGTTTATGTAAGGACCGGAATGGGGAGCCGCTGGATTAAATGAAGAAACAAACAGCAGATTAATGTGTAATCAAACATGTTGAAAACCACAGCCCTAAACCGTGCTCTGTGTGTTATTCATTTGTTTCCTGTTAATCATCTCAGTTTAGCTTCTCTGAGGGTTAATTTGACCTGATTTCATGTTGCTCTGCTTTGCCTTCATAAGCGTTTGAATTGTGTTTCCACTCATACTCGTTCTCTCTCTCCTGTCTGTTCTCTCCATCAG
Seq C2 exon
TGAGGTGTCTAACGGATCCAGTGGCATGAAGCCAGCCAGTAGTATGGGCGGATCTATGCTCTCACTGACCAATAAGACGTCTTCTCTCAGCCTTTGTTCTGCTGACCAAGCAGCGAGTAGCGCAGACCTTCAAAAGAATGGTGTTGTTCACTCTTGCTCTTAAGAGTGTATGTATACACACACACACACGCGCGCACACACAGACAGACAACCTCTCCAGAGGTCAATACTCCTCCTCGGAGGGCTTTGAAATCCATCTCTTGACCAATTGGAGCCTTTCAAGAGATTTTTTTTAATATTCAGATGAAGTTGATATGAGGGACACACACACTTACACACACACACACCTGCATGCTGCTTCGTGCATGCACCGACACGAACTTCTCTGTTGTTTTATTTAGAAAAATGAGCAGTATCTGCCGTGATATACATTTTCTTTCTTTTTGTTCTGTGAATGAGCTTTTCGTTTTAATGACTTCTGATTGCCTGGAAACCAGGGCATCTGAATAATGCTTACTTTGTTGTTTTCTCCCCCCCGAGTATTTCAAGAAAGAACAGTCAACCCAAAGCTAGCACAGAACGACCCGAACCAGTTGAATCTAGTGTGGTCAAAAGTATCGAGTTTAAAATCATCAATTGCCCGCAAACATTTGAGGGCATTCTTAAACACTACTGATTGGTCATTGTGTTCACGTGCTCAGCAGAAATGACTGTGATTGGCTGTGAAGGTCATCAGTTCATCGCTATTCACCGAGTCGAAACTGGACCAACACTGGAGCGTCGATCCATTAGCAGATCGCTCGTATGTCAGCTCATGGACAGATCAGCTGATAGACGCGACTTTGAAACATTCCAGTGTCTGTGTATCTGCATCTGCACCTTTTACAGCCAATCACAATCATTTTCTGAGCACGTAAACACACTGGCCAATTAGCAGTGTTTAAGAACACGGCAAAATGTTTGTGGAAAATGGACGTTTTTAAAATTTCAGTATCGAATTCAATACTTTTTGAATCTAGTGAAACGAATTGAGTTTGGTACTGAAATTTTAAAAACATTAATTTCGCGCAATCATTTGAGCACATTTCTAAACACAGCTAATTGGACACTGACATTTTAAAAACATCCATTTCCAGCAGAATTTAATTGGTCATTGTGTTCACGTGCTCAACAGAAATTACTATGATTGGCTGTGAAGGTCATCGGTTAACCAGTCTTCATCACTGTTTACTCATATGCACATATACTGACACTGGAGCGTTTTAAAGTTGGGTCGATCAGTCGATCCATCAGCGGATTGCTCATATGTCAGCTCATATGTTGTTACCCATATACACAGATTCTGACACTGGAGCGTTTTAAAGTCACATCAATCAGTCGATCCATCAGTGGATTGCTCATATGTCAGCTCATAGACAGATCAGCTGATAGACGCGACTTTGAAATCTCCAGTGTTCTTGTATCTGTGTTTGCACTATGTGAACTGATGATCTTCATTTCCAATCACAGTCATTTCTGTTGAACACGTGAGCACAATGACCAATCAACAATGTTTAAGAACACACTCAAATATTTGCAGGAAATGAACTCTTTAAAAATGTCAGTACTGAATTCGATACTTTCGACAACACTAGGGCAATCAAAACCAGAATTGAGCGCAGTCATTTTTTAGTGGCGGCGGTGCTGTCCAAACGTTTGACTCCCTGGATCTCTGCAGCCTTGAATATGATCTGACTCACCAGGTTTAAAGTAGCACGGAGAACCTTTTATGAATCCATTTTTATGGACCGTTAACGCGGCTCTCCCCACACGACGCTCGACCGTGGCAGTGTGTTGCTGTAAGGTTATTTCGATTGGGCTCTGGAAGACACAAGGGGGAAAAGTCATGCCTACCTCTCTCTCTCTTGATATATATAAATACAAATACATATAATCAGCTGCGAGGTTTTCTTTAATTTATGGTTTGGCTGTATAACTGTTAAGGAATTTGTAAATGTTTGGTCACACGTGTCTGAAGCGTTCTGTTTTATAGAATGCTAACAGACGTCTTTAAATAAATGAAGAGCACTTTTTTCCATGTTTTCCATGAGTGTGTGCTTTTTTTTTAGTAGAGGAGTAGCGACACTTGACTTCCCTTGTGTTCTCCAGAGCTCAGTGGTTGTTTGAGAGGATTTTCTGCCTCTCAGAGCCACAGTCGAGTTTTTTTTTTTTGTAGGATTACAGCTTATTAGGAAAATATTTCATCATTTTTCCCTAACTTCTGTGAAGTTGCATATTTGGCTCTCCTGGTTGAGTTTGCATATTCGGGTCTTGCCACTAAATCGCTGCATGGAAATATTCCAGGGAGTGTAGTTTCAGTGCAGGGTACCGTAGCGCCGAACAATTGCGTTGCAGTTGTGACACTCTGAAAAAACGTTTTCGTCAATCTGCTTAAAAGGATTGTTCACTTGAAGTTAAAAATCTCATCGTTTACTCACTCTTGGCTTGTCACAAACCTGTTCAATTGGCTTTCTTCTATTGAACACAAAAGAAGATTGTTTGAAGAAGGCTGAAAACTTCCGTAGTTTTTCTGGAAGTCAGTGGTTCTTCAATATATCGTCTTTTGTGTTGGACAGAAAAAGGAAACTCATAAAGGTTTGGAACCACTTGAAGACTAAATAGTGAGTAAATTTTCATTTTTGGGTGAACTATTGCTTTTAATGTGACACTATTGGGTTACTTTGTAAATGAAATCTTATCATTCACTCGCCATCACATTGCTACAAATTTGGATGAAATAAAGTAAAATTTCCATTGTGTGGACAGAAGTAGTTCATAGAAGCAAGCAGGTTTGTAACAACATGATGGGAGCAAATGACGACAAAATTCATTTAGAGTTAAAACGATTCCTTTTACGTAAAACCCAAATGATCATTTGTTTCATTTTGTCTTTCTAAACTCGAAATGAGTTGGGCATCACTTCTTCAGAGACCATTACGAGTTCAGCAGGAATGAGAAAAGCAGAAAGTCTACTGCTACTCGGATGTTCTAGAAGTTGCGTTTACGCCCTATTGAATGGATCTCTCCATCGCCCTGCTTTTACTCGAGCGTGTTTAAACACGACATATTCGACGCCTGTTTCCGGACGAGGCCCCATAAACGAAGAGAACAAGATTATTTGAAGTCTGAAGTCTTCCTATAGTGATGACATTCTTCACGTGTGACATTTTGTTCTAGTCTCTTGAGACCGACTATGATATACAGCTCCAATTTTGGGTGCAACCTCTTAACGTGTATTCTCTTGTGGGTTTTATTTTGTGCTATAGCCGTGGTGATCTAGTTGATTTCTCTTATTATGATGACTTGTAGTCAGTCATTTGATGTTTTTTGCTCGTGAATGAGCACACGCAGCCTTTTCATGCAGTCGCCGAGATGGGAACTCCAGCCGTGCCGACAAGCAGAGATGACGTCAGTCTTTGCTATTGAGGTTTAAACGTACTTATTACACGATGTCCATCGCACTCGCTGAGAAAAAGCTCCAGGGTGTCGCCTTTCTTAACGCTAAATTTATTCCGATGATTGTTTGATTTCTCAGTTTGCTTTTGACTTGTTACTAAATTTTCAAGATTGTTTCAATTTGTGTGGTTTAATTATCGCTGTTGTAGCCCGATAATTAAAGCGAAACTCATAACGACATGTCCAGGCCACATTTCAGCAAACAATTTGAAGAAAAACTGTATATGATCATTATTATTTATTTTTTGTATTGTAACATTTTCATCCTCTCAATTTTTCTTTATTTGCGTCATTACTTAAATAGTATTTTTTGTTCATTTCGTAAACGACAAAACTTAACACAAATAGAAACATGACCAGTCAGCTGCGCCAGTTACAAGACTGAATGTGCGCACTCCAGTACGCACAGCTAATGAATGAACAGCCCAATGCAGTAAATTATTACCAAATAAATCATGTTCGTTAGTTTTTAGTTCGTATTTTGACTAAATTTTAGTCTCGTCTTTTTTCCGTCACCAATAATGCATTGTTTGTTGGTTAGATGAGTTGATCGTAGAGGGCGCATTGTTAGTTTTCAGTCATGTTACTAGCGCAGAAGGCCTGTGACGTTTCTGTGACTCGCGCTATAGGCAACTAACATTTTTGGCTTATATTTACGTTGACGGAATTAACTTATTTTTCATCTAAGGTATCGTATTGTAGTAATTTAAAGTCACAGCAAGTACTTGCAGCTTTTTTGTATATGACAGATATATTAAATGGAATTGTACTTGATTTTGATGAACTTGTCAATGCAAAAAAAAAAACATAAAAACAACTAAATATAAAATAATTGTTAGCTAAACTCATTTTTTATGTGAAATATGCCCTGGTCATGTTCTTGTCAGGTTTCCTCAAATTGACCAAGATGTTTGCGACACTACCCATGATTATGTGCCACCTCAAAATTTGAGGATGCTACACTGGGATTGAAGCGAATCGGTTTTATATTCGGAAAAGGATTGCCCGCTTCTTAAAAAACTGCACAGGACAAGTTTTAATCCTGCAGCTTATCTTGATGTTTCTTTGAGACAGACATACAAACATGGCTAAATATAAAACACTGCTTTTATGTGGAGCTGTTTCCAGAAGCTCCGCTAACACGCGTTGCTCACCATTAGCATTGAGTTTTTCTTCAGTTGTTAGGCGCGAATGCTAGCATGGTGTTCTGCTTTGCGATGCATAGCGAGCGCTTGACACGTGTGCTGAGATAATTTTTCCACTTTCGTTTGGCTTTCACAGAGTGCCCAAAGCTGTACTATGTTAGCATTCTCGAGTGACGCACTGCCAGGACGCTGCTTTTCTTTGAATCTTTGGATTGAATGGGAACGTGCTGTCTTGTATTTAATATTTGGCAGTTGCTGTTGGACGTTTTCTTCTTCTTCCCTCTAATGAATCAGTGATCTCACTGAGCTAATTACTTCTGCGTGGATCTATTTCTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTACAAA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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063182:ENSDART00000139703:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.719 A=NA C2=0.426
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]