RnoINT0125446 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002750 | Rc3h1
Description
ring finger and CCCH-type domains 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1563512]
Coordinates
chr13:78785238-78789266:+
Coord C1 exon
chr13:78785238-78785353
Coord A exon
chr13:78785354-78787355
Coord C2 exon
chr13:78787356-78789266
Length
2002 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TTTTTTCATGTAATTTACAGTGA
3' ss Score
6.98
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGAACCAGTGTTCTGTAGACATGAAAAGCAAACTGGGTACAAGTAAACAGGCAGAGAATGGACAGCCAGAGCCACAAAACAAGGTCCCTACTGAGGATCTTACGTTGACATTCAG
Seq A exon
GTAAAGAAAGCAACACGTCTAGAGTTGCTATAGTTTAACCAGAGAGAAATAATTTTATTATCTGACCATATGCAAAGTATGAATGTTTTAATTCTTATTCTTTTTTTTTCTTTTAAAATGTATTTATTTTATGTATATGAGTACATTGGTGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAACCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCATGTTTTGATTCTTAAAAGACCTATTTTTCCTAAAGAGAAGAGAATATGAATATATACATTGGTTTTTCAAGGCAGGGTTTCTCTGTCTGGCCCTGGGCCCTTGGAACTCTCGCTCTGTAGACCAGACTGGCCTTTAACTCAAGGCATATGTCATGACTGCTGAGCAGGAGAAAAGAATGTTTGTACTAAACCTAGAGGTGGAGTCATGAGCACTGGAGAGGCTGAGGTAGGAACAGAGGAATTTGAGGTCAGTCTGGGCTACAAAATGAGACTATCAAAACATACATCTAGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCCAAGTGCAAGGCCCTGGGTTTGGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAAAAATTTAAAAAAAAAATACATCTATACAGAAATTAGCACTTTATTGGGGCTCTATTATCTGTTAATTCCTAGTAAATATATTTCCTGGTTACATTTTCTTTTTCTCATTGCTTTAAGTATAGTCTGGTGCTTTTGAATTATAAAACATAACATATGCTTACTATAAAAATTAAAATTTAGACAATGATTAAAAGCCAACCTACTACCACCACCACCCCCCATTTTATTTACTGTTTTTATTTTGTTTTCATGCTGTCTATTGAACTTAGACCTCACAAATAAGCACATATTTTACCACTGAGCTGTAGTCCAGGGCCCACACACACCCCTATTTCACATATATACAAACACTTAGCCTGGCTACTGTTGTAGGGTTACATTAGGATTTGTTGGTCTTTTGAGATGGTGGGATTAGGCCATCTCCAGCCACGTTTTTATTTGATCTCTCCCATAATATAGTATTTAATTCATTTTTCTTTGGCATATTTGAAGACTTGAATCTATAATCCTGTGCTGACCTCCTCATTACCTATCAAAAATTTATAATGGAGGTGGACATGGTGGCACATGCCTCTAATCCTAGCACTCACTGTGTGTTTGAAGTCAGCCTGGTCTACATTGTAAGTTTCAGGATAACCAGGACTATGTAGAAATAACCTATCTCAAAAACAAAAAAGTCAAACAAAGAATTTCTAATTGTCTTGTTGATGTCTTCTTGGCTTTTGGCTAGTTTAAATCTATATGCTGGCCTAGGTTCAAAATAAACTTGGTAAATAGGAGGTTAGCACTTTTTCTTAGATGCCAGACAGCAAATATTTTCAGGGATGGGTCTTTTGGGATATGGGGGTTGTGGAGGTGGGGGGTGAGCTCACCACCTGTCCCTGCTTCCCAAGTGCTTGCCATTACCATGCCTGTTTGTTGTAACTTTTAGTTCAGTTTTCTAATATGTAAGTGGCAGTAGATACATAAGCAAATATGCAGGTTGTGCTGACAAAGCCTATGTGACTAGAATGTGTCAGTTTTAGTTTGTCAACTATATGTCATAATGTGGATGAGGAGTTATAATCAATATTTGGAAGCGAGTTATATAGTTATTTTTGTTTTGGCTTTTTGAGACAGTCTCATTGTGTAGCTGGCCTTGGTCGGCCTGGAACCAAGCTAACCTGAAACTGATAAAGGCCAGCCTGTCTCTGCTCTCTCTCTGCCTGGACTAAGGGCATGTGTTACCACTCCTGCCTCCCATTTCTCTACAGGCTAAAGAGTAAGCCCTATTGACTGGAATTTATTTAGAACAACTGCTTTTTTTCTTTCTAAAAAAAATGTGACTTTTTTCATGTAATTTACAG
Seq C2 exon
TGATGTACCAAATGGATCAGCCTTGACACAAGAGAATCTCAGCCTCCTGTCAAACAAGACCAGCTCTTTGCACCTGTCAGAGGACCCTGAGGGAGGAGGAGATGACAGCGACTCCCAGAGATCAGGAGTGGTTTCCAGTTCTGCTCCCTAGAATATGGCGCCTGCTTCTACCTTCTGCTCCTAATCAGTTGGTGGGGCACAGGGATAGAAAAATGGATAACGTCTAACCTTTTTCTCTGAGTGGTCAGTGAGGTCCAGGGAAAGCACCGGAGGCAATGTGCACCAACACCACTACTAAGCAAACCTGCACATAGTTCACATTGACGCATTTTTTAATTTTAAGAAAAAGAAAATTAGCAGTATCTGCAAGCAATTCAGATTAAATTTGTTTTTGTTCTGTGAATGAACTTTATTTTAATAACTTTGGACGCCTTGGATCCGGGGCTTTAAAACAAAAGAAGATATTATATATACACTCTGTTTGATTAATTGTATGATCTTAATGAAGTAGGTTTTTCTTGTATTTTGGTATTATTACATACCCAGTGTATAATTCCTTTTTCCCAGTCCTTTCCAATTCTCACAACCCTGTAAACCAAAATAGGCAAAATGCACCGTTTCCAAGAATTCTGTGGTAATAGATTGGATTATTAGAAACTGTGCAGCAAACTAATTTTCCTAGAGCTATTCTTTAACCCACCCCACAGCAGCCCTGTCCTGGGTCACTAGCTTTGTGGGTAGATACTTGTTTTTTACAACATTAAAACTTTATTTGAGTAGGGTAAGGTTTTAGTTTCAACTTTTCAGAGATATCAACATGCAGTTGATTGTTTGGGCCACACATTTTCATGGTAAGGATTCCTTGCATTCTCGCCATAAGATCTGAAAGCCTATTTAGTGTTTACAATGTTTAGTTTTAAGTGAAGATTATTTTATTTTAAGAATGAACTCTAAATTGGACATAATGGCTCATTCCTGTATTCCCCGGACTCAAGACGTTGAGGCAAGAGAAAACTGGAATAAGAAAAAAACAAAGGAGCTTCAACTTGTTAATAGTGCAAATACCTGATTCCTAGTCTATGTTGAGCTCATATTGGAAAACTGAAGCTGTGCTTACAAATTAAACTTCTCTTGAAACCCTAGAATGGGAGAACCAGGACAATGAACCATATTCTAAAACTTGGAGATGGCTCAGCAGAAAAGCACTAGCTACTCTCCCAGGTTCTTCCCAGCACCGGCAAGGTGGCTCACAATTGCTGGTAACTCCGCTTCTAAGGGAATGGATACTCTTTTCTGGCCCTTGTGGACACCAGACACACATGGCAAAACACACATGAAGAAAACTTTTAAAATAAAACTTAACACTTGATTTCAACTTGAGTAAACAAGGGCACATTATTTCAATGGAATTTTTCTTTTCTTTTCAAAAGCTCAGATTTGGCAGATAGACACTGAGTCTTCAGGGCAGTTCATGCACTGATCACTTGTCAGTATTCAGAATTATTAGCATAACTGAGTAACGAAGTGGGCTTTTATAGATGTGGCTTTCTGACACTAAAAACATTTATGAAAATGTTGAAGAGTGAGAATTTTTATTTAGTTCTGCTGCACATATTCTAATGCTACCACTGTATGCTTAATTTACAAAGCCCCTATAAAATGAATTCAGCGGGGCACCATTTCATAGAATCACTCCATCCCTCTGATTTATTGATGTCAGTTTCCCTTTCTCGATGATTCTACTAAACAAGAAAGCACTGGTTATGTAATAAGTTACTGCATTGCTTTGGTTGGGTAAAGCAAAAGTTTATATTTTTCTTATTTCTCATATTCTTAACCCTTAACTCTTGCTGAGGTCAGAGCCATCTCAGTCTAAGCTCTGTGTCCATCATCTTGTTAACTGAAACAAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002750:ENSRNOT00000003689:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]