DreINT0018077 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000022185 | RGL3 (1 of 2)
Description
ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30282]
Coordinates
chr3:13865362-13868663:+
Coord C1 exon
chr3:13865362-13865476
Coord A exon
chr3:13865477-13868476
Coord C2 exon
chr3:13868477-13868663
Length
3000 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACTG
5' ss Score
7.67
3' ss Seq
TGTTGTTGTTGTTGTTGTAGAGT
3' ss Score
7.62
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGACCAGTCAGGATAAGACGGCACAGGTGATCCAGAGAGCGCTGCAAAAACACAACCTGGAGGATGTCGATGAGCAGGATTTCACCCTCATACAAATTCTGGCCCAAGGCAGAG
Seq A exon
GTACTGAATACTGATTCAAAGCAGGACAATTTATCTTTACCAACTCACCTACTTATACTATTTATTAACAAGCATTTATAAAGTATTTACTGTCAATATTACTAGCCCTCCTGTGATTTAATTACATTTTTTCCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAATTTTTTCACAGTATTTCCTATAATATTTAATCTTTTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGGCTAGTATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTGTAAAAAATATTTGAAGGTCAATATTATTAGCCCCCTTAAGCTATATTTATTCCAATTGTCTACAAAACAAACCGTCGTTATACAATAACTTGCCTAATTAACCTAGTTAAGCCTCTAAAGGTCACTTTAAGCTGAATAATAGTATCTTGAAAAATATCTAGTCAAATGTTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAACAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTAAAACTTATGTTTAGAAATGTGCTGAAAAAATTGTCTTTCTGTTAAACAGAAATTGGTGGATAATATACAGGGGGGCTAATAATTCAGGAGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATGAAAACTATGGATTAAAAGTGAGCGTTTATATGACTCATTCTAGAGTTGCGGGTACATTCCAGACCTTTCCATTCAGGCTGTTTTCCTTTCATTTTCCTGGAACTGGAATGACATGCAAGAACTGTATACAGTTTATACACTATATGTACAGTAAACGGAATCCATTAACGTAAAATGATGCAACATGGTTAAATAGGAAACATTTGATTCTGTTACTGGTGTTTAACTTATTGTTAAACCTTTTAGAACACTAACAGAGTTGATGGTAACAGATTTGACATTTATCACCATTTTGTGCTTTAGCTTAATCCAGATACCAAATGGCATGACTGAAACAGAATTGTATGTATTTTCATATTATACTATTATTATTATTATATTCATACTATTTTTAATATGACTGTTTTTAAGAAGTGAATAAAAAATTCACTAAAATTTGGCACATAATTAATCTGTTAATAAACAAATAAACAAATGAATGAGAGAAGACTGATTACACACTGCAATGACTTCCCAAGTTTCCCACTAGAGAAAATGACATCACTTGGAGCAAGTCACATGCTTTTTCTAAAAGTCCTTTAAGGGTTGTTATGCCTTTTTATAACCGATGTAACAGAGTTGACCAGAATGAGAGACATACACAAAATGTATTGCTCACACTTTATTTTGATGATCCATTTGTTAAATTTAAATTACACTGCAACTAATTCTCATTAGATTATAAGTAGACTTTTAGGTTAGGGTTGGGGTTTGTGTAAGTTGACATGTACTTGCAAAGTTTCATATAGTCAGATAAATGTCTGTTGAAGGAGCAGTATCAGCAGATATTAAGCAGACAGTCTACTAATTCTCAAATGGCCCATCAAAATAAAGTGTTACCCATGTATTTTTTACAAATGAAATTACAAATATTCACAAAAAATTGATATTTTATGCAAATACAAACACAATCAAAGATGAAAATTAAACTTCAGTGTAATTTCATAATAATAAAAGTTGAATGCAATATTCAGGAGATGGAGACAGTCAAAAGATAGCTACAGTATAAACCATTTTGAGGGATGTAAACAATGACAACATTCCTGACGTATTTCCTGTTTTACATTTTAAATTTCTATAACTTCTGAGAGTCCAAAAAGTTCCAAATATTAATAAATAATGTTACAAAAGCTGTTATAACATCTAGTTATGATTGAATCCCCTCTTGTTGCAGATATGAAATAGTTTGACAACAAGCAAAGTTCATGGGCCAATGATCTATAAAGCTTTGTTAACATTTTCAAGACATAACATCCCTAAATACATATACAAACATACATTATTTAGATATATCTTTATATATGTTGTATTATTATTCAAAACTGTTTCTGTAATGACTAATATTAATAATACTAATTATTGGTTTTACCAATAATAATGTCACTTGAGGTGCAATGGGGTGTTTCCGACATGGTAAGTCCAAACATTAAAGGTCGTCCTCCATAATACTGCTTTTCAATGTTTATTTATCATACAGTTCGTACAGTTCCATTTTCAACTCACAATTCATACACTTTATCATGCAGTCATGAACCACATAAGATTTTCCATGCTGCTTTACCACGGTCATGGTCAAAATATGTTTTGTGAATGTCTTCTCTTCCCATTTTGCCAACATATCCACTTGTTAAGTCGTGACATATAAAATACTGTTTCCGGGTCCAATCCGCTACTCATTTGAATTGAGAAAATTGTAATTTATGACCACTTTTTAGTCATATCACTTATTAAAGGGAATTTGATATAGAATCATGTTGTACATAACAGTCACAGACACCATTCATTTAACAATATATATCTATAAAAAATTAATCACTTTCTGGCCATCTGATATTAGGCATGGAAATATATATTGCGATCATTCTAAAGCAGGGGTGACCAAACTCAGTCCTGGAGAACCGGTGTCCTGCATAGTTTAGCTCCAACTTCCTTCAACACACCTGCCTGGAAGTTTCTAGTACACCTAGAAAGAGCTTGATTAGCTGGTTCATGTGTGTTTAGTTGGGGTTGGAACTAAAATATGCAGGACACCGGCCCTCCAGGACCAAATTTGGGCACCCCTGTTTTAAAGTATTACATCGCTTTGTAAATGTTTATTATTATCATTTGATGAGCCTCCCCATACAGTTTGATAAAAGCCGGAAGCCACTTCGCATGACGTCCCACTCAACAAGCGGATATGTTATTCAGAACTCTAGAGGTCAAACACAGAATTACAATACAAAAAAAGGCTCTTACAGTTTCATTAAAGCTTTTGTTTAAAAAAAATGTAAGTTTAATCTTGGAGAGTAAAATGTGCCTGCATTTCCAGAATACACGCTGCACAATCCTAATGTATATTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTAG
Seq C2 exon
AGTTGCTTATCCCCGAAAAGGCCAACGTCTTTTACGCCATGTCTACATCAGCCAACTATGACTTTGTTCTACGCAGATGCCCAAAAGATCAACGCAAACAACTCATACGCTCCATTTCGCTGTCATCAGGACGAGCAACAAAATAACAGCTTCCATTTCTGGAGAATTGACTTCATTCAGACACTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000022185:ENSDART00000001755:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.026 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0078818=RA=FE(42.7=100)
A:
NA
C2:
PF0078818=RA=PD(31.5=57.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]