DreINT0018621 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000098801 | SBNO2 (2 of 2)
Description
strawberry notch homolog 2 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29158]
Coordinates
chr2:57106297-57123216:-
Coord C1 exon
chr2:57123129-57123216
Coord A exon
chr2:57106465-57123128
Coord C2 exon
chr2:57106297-57106464
Length
16664 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CATTCTGTGGTTATTTTTAGGAG
3' ss Score
8.63
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGCTCCAGCCGACCCCGTCCTTTATGAATCTGGACCTGTCTGACATAGACTTTCATGAACTTGTGCGGAATGGAGACTTTTCCCAG
Seq A exon
GTAGGAGCAAGTCCCATCTATTTGCTTTCTGATGCATTTAGAAACAAATGCAAATATTAGTGTTTAATGTCATTTTCCTTTCCTTGTCTTGTACTTGATATCAAAGTGCTTAGGTGTATCCTACTGAGTCCACTGAGCATCTATGTGTTTGTCTGTAATATATGGGATTTTTGTGGCTTTTAATGCACCAGAATGTATAATAATCACAGGGCAGATTGAAATAGAGATCTGCGCGGGACTGAATTTTGAATCTCGCTCCCGCCCGCACCCGCCAGGTTTTAGCCCGAACCCGACTTATGTTCAGCATTCGTTGTCCCGCTACCTGACCAGCCCTGTTTTTTACCCGCCGTGCCCGTTCCTACTAATGGGCGGAGAATAGGAGAAGAACAAAACCGAAAACCACCCAGCTATACAGAGTCCCACGCTGTCTGTAAAAACACACACAGCACCAAGCCTGCCAAGCAAGTGACACACACAGACAGCAACATCAGGCTCTCTTATTCACACACATACGCGTGCTCGCTCGGGAGTCGGGAGCAATATTGTTAGACTGCCCGCTCCCGTCCAAAAATACTCCAGTTACCGACCGCTTTATTGGGAAATTCATTCCTCTCTAGATTGAAACCTGCATCTCAGGGTCACTAACATGTAAAATTAACCTTTTGTAAAGTGAATTAATCACAGTTCTTTTCTGATTTTATGTTAAAAAAAGTTGTTAACTCACTATTATGGAATTCAATTTCAGCCTCCATTAATTATTTGAAGACAATAATTCAAATAATTATTATTTTTTTGCATCATCATTTAGAAATGAATGCAAAAATGAGCATAAAATATGTAATTTTCCTCTCCTATTATTGTACTTGATATCTAAGTATTTGCTCGGGTGTATCCTACTGAAACCATTGCAGATCTGTATGTCTCTCTGTAATGTATGCTTTTTTTTGTGGCTTTCAATAGACCAGAAAGTATAACAGTGCTATACTATACATTACTAACATGCATCCTGCAGGAAAATGGATTAATCACAATCTCCCGGCTGAACATGAATGTGTCATTAACACAGCGATCCTTCACCTTGTCATTATTGCAGCAGCTGCATTTCCTCCGTCCAGGATAAAAGCGCAGGTCTGAATAGTTGAAAGCACAGCTTATGATTATTATAATGACGCAGTGGCAAAAATGCAAACCCATTATCTGAGACTTTCAGTTTAGCACAGCAGCAGAACTGAACTGAAAGCACAATCAAGCCAGTCCTTTTTTTTGTATTGTGATTTGGTGAAAACAAATGACAAAGCAATTTTTTTTGTAACCCTTTACATTAAAAGCTTCCACTTTGCAAAAAATAAATAAAATCATACATTAAAATGAATTAAAATAAAGCTCAATTGCAGAGTATAAAGTTTATATCTGGTGGAGGAAAAGGTCAAAATTACGTAATATTTTATATTGCTCATGAAATATATGTTTACATTAATTTATTTTATATATAAATGTATTAATTTATATTAATTTATTAATTAGACTATTTAATGTAATTTAAGTTTAGTTGTATTACATTTTTTACAGTAATTAGTGTTTCAAAGCAGCTTTACAAAAGGTGCACATTGTTGCATTACGATCAAATTAAGCTAAAGTTTACCGCAAAGAAAGAGGATGCATGAAACTTCCTGGATGCGTTCTTGATATCGAGGATGCTTGGATGCAGACTTGAGCGCAAAACTCAATATATATATATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTACTTATTTATTTACTTATTTATTTATTTATTTATACAACAGTTCTGTCTGGATCTCGAATCTGATTGGCTTATAGCCGTGATATATTTAAGTAATATCAGCACCCGTACAGCCTCTTTACCCTTTGTGCATTACTCCGCCCACATACAGCCAGCAACAAGCAGACACTACATTATATTGATTATTAGCCCCCCTGTATATTTTATTCCCCAATTTCTGTTTAAAGGAAAGAATGTTTTTTTCAGCACATTTCTAAACAACAGTTTTAATAACTAATTTCTAACAACTGATTTATTTTATATTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTAGATATTATTCAAGACACTACGTCACCTTAGAATTATAATATAGACATAATAATTGACATTCTTATTAAATGTCAACTTATTTACATTATGGGATTCGCATTCAATCTGCCCAGTTGGTGGAATGAACTCCCTAACTGCATCAGAACGGCAGAGTTACTTGCTGTCTTCAAGAAACGACTGAAAACTCAACTATTTAGTCTATACATCACTTCCTAATCTGCAATTACCTCTCTGGCTATACCACTAACTGTACTCAAAAAAAAAAAAACTCACATTACTAACGCTTTCCTTCTTACACTTTACACACCTGAAACTTGTCTACAGCACTTATTCATTGTTGCTCTTATAGTTGTGTAAATTGCTTACTTGTCCTCATTTATAAGTCGCTTTGGATAAAAGTGTCCGCTAAATGTAAATGTAAATGGGGTGTTTTTTTATAAGTTGTTTACATTTTAAGACTTTTTATTTAAAACACAAATATTACACACATACTGTTTGCTATGGAATGCAAAAAGCTCAACATCTCAAAATCATTCAGAACGCAGATAGAACCTTATAATTTTAAGTTGACGACTAGTATTCAGCTTAAAGTGGCATTTGAAGGCTTAACTAGGTTTATTACGGTAAAGTTAGGGTAACTAGGCAAGTCATTGTACAACAGTGGTTTGTTCTGGAGAAAATCCAAAACAAATATTGCTTAAGGGGGCTAATAATATTGACCTAAAATGGGTTTAAAAAATGTAAATCTGCATTTATTCTAGCTGAAATAAAACAAATAAGGCTTTCTCCAGAAGAAACATATTATAGGAAATACTGTGAAATATTCCTGAATTTGTTAAACATCATTTTAGAAATATTTGAAAATGGAAAAAAAAAATTCACCAGGGCGAATTATCTTGACTTTGACTGTAATTCTTTCACATTTTTGTTTGGGATCATTAGAGCTACGCATGGATTAATTTGCTCTTCAGTGTTTGGACTCTCAGTAATGATTTTAAAGCACACTGAACCGAGCTGAACTGAACTGAACTTAGGCCCCATTTACACTAATGCGTTTTAGTTTGAAAAGGCATAAGTTTTCCTACGGTTACGCCATCCGTCCACACTACGCCAGAGATTTCGAGCGCCGAAAATGGAGCATTTTGGAAACGCTGAAGAAGCCGTTTTCATTCTAAAACGCTGCTGCTCCGTCTCAGTGTGGATGGGGGAAAACGGAGACGTCTGAAAACGGAGGCGAGGCTGCCGAGATTCGCTAGCTGATTGGGGCTTTTGTGTCATTGCGTATCCTTCCCTTATTCGTCAAGCCCCTATCACATGACTATAACACATGGCTTTAGCGATACCGGAAGACAGAAGACCAGCCTTCACTGTAAACAACAACATGGACACAGAAATGGGAGCGTTGTTTGCATTATTGTCTGTTTTAAGCGCCATTGTGCAGTTAAACTCTGCCTTTTTTACTACAGCAGCGGCATATATTCGCTAAACGCGCATGCCCTGAGTGCGGGAATGGTCACGTGATATACGTTTTTGGTGGCGTAGAGTGGACGGAGATATGTTGAGAAACGCTAGGTGAAACGCTAGTGTGGACGTGGATCGTTTTTGATCTAATACACCGTTTTCAAACTAAAACGCACTAGTGTAAACGGGGCCTTAAACACTAAAAACTGAACTACTCTGTTCTAATTACTACGACCATTTATGTGCAGCTGCATTGACACAATCTACATTGTAAAAGCGCTATACGAATAAAGCTGAATTGAGTTTAATTGAATTTTCTTCAGAGTGAAATTGTAAATTCTAGCATCAGAATTACTTTATCTTTTTGAGTGGTGCAAAACAAATGCATGCACTTCAGAGTATGCATCAAATGGACCATCACTCTTTGACACATGGAAAGGTTTATTTTCTCTGTGTGCATGAGAACATGGAAACTAGCAAGCATAGGTTTGCCAGCTCAATGTTTCCTGCTCTAATCTTTGATTGTTCAGTCTTCTTTGTGAATGCTTGAATGCTTCTTATTGTGTTTCAGCCACTGTTTACTCTCTATTTGCATACTATCAAGAGCACACACACACACACACACTTGTCATCACTTCGCAAAGCAGATGTGATGAAATGTAGCTTGGCTGTCTGTAAATGTAGACCAAAAAAAAAAGCAGCATTTCCTGACAGGAGACCACCACACCCCAGAGCAAACACATGCTGGAGTGCGTTTGAGTGAATGCTATCTGAATTTCAGTGTATTTGCTGTCATACACACATCAGATCTGATGTTTTACCTGCGTTGTTAAGCTAATGCTTTTGCAGCTAAACAGTTTCAGAGCAGATAGGATTGTGCTTGATAAAGATACAGGTTTCATTATGTGTTCATGTTGGGCTGCTCAATAGATTCAAGCGCTTTTGGCTTTTGTGGTTGAGTTAGTTTGTAAAGCTTCACTTTAGAAAGTAGAGGTCTGTTGATTGTTATTTATTTTTTATATATTTGTTTAACTCCGAGAACTTAAACTTGGTTTTACATATTTTTGTATGTATTTAAAAAAATGTTTATACACTGTACAATAAATTCTGGTTGCCTTCAATTTTTAAGCTGAATCAAATCAAACCTTATGAGTCTATTGAACTTATATAATGTTAAACTGACTTAACCAGTTAAACTACCAGGTTTGTGACGTCATCGACTTTCGCTTTAAGATTTAAAGGGCCAGCATTCCACCTGACCCCCGTACGTGGTTTCATTTGTAAGTGTAGAATCTATATTTTATGCACATATGCATCACTTTGGTTTTTGTTCTACTGTATAAAAGTTATTTACACTTAAATACACAGTATTTTGGAGACCCGAGCTGGGTATTTTACATTGGTTCATTTTCATATTTTTCATATGACAC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Seq C2 exon
GAGCTGCCATGCACAGACGAGGTGGCATCGCTGTTCTCATCACCATCTGACTCTCTGCTGGAGTACCCAGAACCTTCAGGATTTGGCACTGATAGTCTGGCACAGTTAACTGGCGAGGGTCCTGCAGCACAGATGTACTGGGATATACCTGGACACAGTCAGAGACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000098801:ENSDART00000159719:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.696
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]