DreINT0019522 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104005 | SLC4A3
Description
solute carrier family 4 (anion exchanger), member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11029]
Coordinates
chr9:46797506-46803619:+
Coord C1 exon
chr9:46797506-46797662
Coord A exon
chr9:46797663-46803371
Coord C2 exon
chr9:46803372-46803619
Length
5709 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGTGTGAGT
5' ss Score
6.96
3' ss Seq
ACCTGTCTTTGTTTTCTCAGATC
3' ss Score
11.25
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTGACAGAGGAAGAGAAGGACTCCACAGCAGGACAGGAAGATGAGGAATGGGAGAAGGCCTTGTCTGTGGAGAGGTTCGGGGACATCATTACTGAGTCTGCCGTCAATGGCGCAGACAAAATGGGCCGCAGTTACAATGAGAAAGATTTTGAGT
Seq A exon
GTGAGTACTGCTTGGTGTATAACTCAACAATACTGCAGTAAATGTGCTTTCTGTTTTAACTAATATCTTGGTGTCAAACCTTCATGCAATGTTGGTTTGGCAAAAACCATCACAAACAGTAGAAAGTAAAATTATTAACCCTCCTGTGAAATTTAGATTCTTTATCAAACATTTTCCAAGATGTTTAATAGAGCAAGAATATTTTTCACAGTATTTCCATCATGTTTTATTTTCATTGTCTGGACCAAATGCTGTTTCAGTTTAAGTAATATTTAAACACTATTTTATTTTGTTTTATTTTATTTGTCAACATTTTTGGAAATATTTTTTTCGATTGACTAACCGTACGTTCACACCGAAAGCGGCGAGAGCGTCAAAGTAGCCGGAAGTCATTCATTTTCAATGAGAGCCGGCGGCGATAGGCGACGATAAGCTGCGAGGAGCAGTGCGGCGCGTCTTCCGGCGTGAGCGTCGAGGAGAGTTGAAATGAAGTCAACTTTATGGTAATGAGCTATGACGCGGTTCGGCGGCAAGCAATCAGAATGAAGACGTCCACCGCTTGATAGCAGTTCAGGGAACACAGACCTGTGAACTTTGGTTCCGACCACAGTTGTTCCCAAGGGTTTGATTATTGCGGTCGCCGGATTTCCAATTATTTAAAATGTTTTCTTACAGGAACATACATTAAATAAGTTACTGGCAAGTTACTGATGTTCATTAATGTAATATAAATTTATCTTTAAAAAGCGGGAATCTCACGCGATGTGACAGTACAAAACAGTACTGCTGCTTCAGGATATTTCAGACATATGGACACATATTGGATAAATAGAGCAAACAACACCACACGCAACTTGATCTTCCATTGTTGTATGAATTTGATAAGAAGTGCGCAACATTTTCACGCTAAAAACATGTCTTATGCAGGAATGTAACTGATGTGCTGCAACGGCTCCTTTAAATATGAGATCAATGTAGCGAGTTTTGACGCTCTCGCCGCCGGAGCTGAAGGCAGACAGCGTTGTCGCCAGGGCGGCCAGAGCGACCTTGGACGCTCTCGCCGCTTTCGGTGTGAACGTACGGTAAGGATCAAAACATTTATATGATCACATTATAACTGTTAACTTCATTTAGAAGTGAAACTCATTCATTCATTCATTTTCTTTTTGGCTTAGTCTTTTTATTAATCTGGGGTCGCCAAAGCAGAATAAACCGCCAACTTATCCAGGATATGTTTTATACAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCTATCTCTGAGAAACACCCATTCACACTCATTCACACTCATGCACTGCGGACAATTTAGCCTACCTAATTCACCTGAACATCATGTCTTTGGATTGTGGGGGAAACCAGTGCACCCGGAGGAAACCCATGCGAACACAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGACCCAGCAGAGGCTCGAACCAGTAACCTTCCTGCTGTGAGGCAACAGCACTACTTACTGCACCACCGTTCCGCCTCTAAAAGTGAAACTATTACAGTTTTTTTATTGAAATTTGAAAAAAAAGATTGCATAAAAGTCAAACAGAATTTGTTTGTCACGTAACATTTAAACAATTTAAAGAAAGCTGAAAAAAAATGCAAATGCTAATAACATAGTCGAAACACTTTAACAGAAATGTCTGAAAAAGTTAAAACACTGTAACTACAATATTAATACATGTAGGTGCTAAAATGAATTAAGCTAAAACTAAGTTAAGCTTAATTCAAGTATAAAATTACAAATGCATAAACACAACTACAATTAAAATGATAACTAAAAATATAAAAATAAAAGCCTATTAAAAAAAATCAGACATTATAAGGATAACCATTATGATTAAGTCCATGTTTACTGTATTTTTCAGGAATGAACCTGCCCCAGTTTAAGAACTATATTAAGAACTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGCATTCATACATAAATAAATACATACACACACACACTGTATAAAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGCTAAAATAAATCAGTTATTAGTTATCAGTTATCAGTTAATGCATGAGTTATTAAAACTATTATGTTAAGAAATGTGTTGGAAAAAAATCTGCTCTCTTTTAAACAGAAATTGGAAAAAAAAATAAGGGGGCTAATAATTCTGACTTATAATTCTGACTTCAACTGTGTACACACACACACACACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAATATCACATTAGTTTTCACATATTTTTAGACTACTTAGAACTGCATTCAGTGCTTACTACAGACAGATGTAATATAAGGTGTAAATGAGGTCAAAGATCAGTCAATTAACACATCGTTATTTTAAAAGGATTTTTAGATTAAAACCGTCAGAGTGTCAGACTGCTATAAGATTCAGATTCTTTGTTCCAGATTAGGAGCTTTAGAAGTACAGAGAGGACTTTTTAATGGCTGTCTCACATTCTCTGGACTCCTGTGGAGCTGCGTTTGTGCCAGTCACTTTCCAGACCCTGTTAAATCGAGGCCTGCATTTCCATGTACATGTAGCGACAGCGGTGGGAGGTGTAAACTAGTCTGTGATTCATTCACAGCAGAGCCGTGAGGCATCATGAACAGAGCTGATGCACAGGACAAATTACACATTCGCGGCTGCATTGCTCAATCTACAACCACAAATTTGCTAAATATTGATGTTTTTGGATTATTTTGGTTTGTAACTCCCAATTTTTAAATTTCAAAATTGAATTAAGCATAATATTTAATACAGAGGCCGAGAGAGCTTAACCTTCATTTTTTCCCCAAAAAACTGAAGTATTGTGCTGGTTCAACTTATATTAAATAAGTAGTTTAAAAGTAGTAGTTTAAAGTACATTCTTGGAGTAAAGTTAGAAAGTTGTATTTGTAATATGTTGTATTAAATAGGTACTATAGGCTATTAAAAGGGCCTGGACAGTTTTAAAAATATTATTCTTATTCCAACTATTTATTTTGACCTGGTTTTAACAACAAATCATTGCAAATGTAATTTCATCTAACTTTAAATTATATTTAGTTAAGGATAATGAGAATAATAATATCTTAAATTTCTAATCAGTCAATCCTATGGCAGCAGCTCAATGCATTTATGCATGTAGTCAAGACGATCTGCTGCAGTTCAAACCAAGCATCAGAATGGGGAAGAAAGGTGATTTAAGGGACTTTGAACGTGTCTTGGTTGTTGGTGCCAGACGGACTGGTCTGAGTATTTAAGAAACTGCTGATCTACTGGGATTTCAGGCACAACCATCTTTAGGGTGTACAGAGAAAGGTCCAACAAAGAGAAAATATCCAGAGAGTGGCAGTTCTTTGGGCGCAAATGCCTTGTTGATACCAGAGGTCAGAGAAGAATGACCAGAGTGGATTGAGCTGATAGAAATGCAACAGTAAATTAAATAACTACTCGTTACAACTGAGGTCTGTAGAAGAGCATCTATGAACACGCATGTCCAACCTCGAGGCGGATGGGCTACAGCAGCAGAAGACCACACCGGGTGGCACTCCTGTCAGCTAAGTACAGGAAATCAAGGCTACAATTCACACAGGCTCACCAAAATTGGACAATAGAAGATTGGAAAAAATGTTGCCTCGTATGATGACTCTCGCTTTCTGCTGCGACATTCGGATGGTAGGGTCAAGATTTAGTGTCAACAACATGAAAGCATGGATCCATCCTGCCTGGTAGTGGTGTAACAGTGTGGGGGATATTTTCTTGGCACATTTTGGGCCCATTAGTACCAATTGAGCATCATGTCAACATCACAGCCTACCTGAATATTGTTGCTGACCATGTCCATCCCTTTATGACCACAGTGTACCCATCTTCTGATGACTACTTCTAGCAGGACAAACTGCCATGTCATAAAGCACCAATCTTCTCAGACTGGTTTCTTGAACATGCCAATGAATTCACTGCACTCAAATGGCCTCCACAGTCACCAGATCTCAATCCAATAGAGCACCTTTGGGATTGTGGTGGAATGGGAGATTCGCAACATGGATGCGCAGCCGACACATTTGCAGCATCTGAATGATGCTATCATGTCAGTAAGGACCAAACTCCCAGAGGAACATTTCCAGTACCTTGTTGAATCTATGCCATGAAGGATTAAGGCAGTTCTGAAGGTAAAAGTGCAGTCCAACCTGGTACTAGTAAGGTGTACCTAATAAAGTGGCCGACGTGTGTGTTCATTTTGAAATTACAAATAATACAGAAACTTAATAGGCACACACAAAAAATTATAAAAGCAATTACACTTTATTATTTAATAACAATTAAAGCTGAATGTGGATTGCTGAATGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGGTACAGGTAAATTGGGTAAGCTAACTTGTCCACAGTGTATGTGTGTGAATGAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGATGGGTTGCAGCTGAAAGGGCATCTTCTGCGTAAAACATATGCTGGATGAGTTGGCTGTTCATTCCATTAATAAAGAGACTAAGCCAAAAAAAGAAAATGAATGAATGAAGCTGAATGTGTGAGACAACCAAAAATAGAAGATAACCTACAGTATAGTAAGAGTCTTTAAGTACATTTTTTAAGACAAAATGTTCCTAAATACATATGTAAACATTGTCATTTTTAGTGGTAGGTTGATCTAATTAGTTTTATCATCTGAAACTGTTTCCATGTCGCTATTGAAAGATAGTAGAAGACACATCATGTAGAAGCTAAATGTACCCACAATAGTAGAATGATTGAATAAAAAGAGCAATAAAAGGACATTTTGATGTATCAGTTCACAACCTTTTTTAACAAATGC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Seq C2 exon
ATCACCGGCACACCTTCCACCATACCCACCACCCCCTGTCCACACATCTTCCACCGCAGCGTTTCCGAAAAAGGGTGCTCAGTATGGACCGCCGGCGGAAGAGAAAGAGGAAGAAAAAGAAGACGTCTATGCCTCCGTCAGATGTCACACCCACTATTCATGAAGTGGATGAGGAGGAGGCGGAGTCTGAAATCGAGGGGCAGTGTCAAGCAGCCACACCTACTGAGCCATCTGAAGAGCTGCCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104005:ENSDART00000160285:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.925 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]