DreINT0023635 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013500 | abca2
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050517-1]
Coordinates
chr5:24639380-24644015:-
Coord C1 exon
chr5:24643794-24644015
Coord A exon
chr5:24639733-24643793
Coord C2 exon
chr5:24639380-24639732
Length
4061 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAG
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TCTTAAATCACTTCTTCCAGTTG
3' ss Score
6.27
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGTTCTGTTGACTGGTGCAGTGCTTGAAAGCCTTACCTGTGGGGAAGGAGGGAACAGTGAGATTGGCAAAATCCTATTGGTCCCTGAGAAACAACAGGCGGTTTTACAGGCTTACCGCACGACTGTTTGTGGTTTAGGGGCGGGGCAGAGGGCGGAGCTTTTCAGACAGTTGAGTGAAGAACTGAGAGATCAGATTGACACACAGAGAGTCTTTGATCAG
Seq A exon
GTACAGTATGTGCAAGAACAACACTTTTTTTTAAGCAAAATACTGTAATTTTGTTGAATTTGGCTAAATGTTCTTGTTTGTTAATTGTTTATTTTACCAAATCAGTCAAAATCAAATCAAATCCCTTTTATTGTCACATCATCAGCAGCATGTGTGCTATAATGAGTGAAAAACTTAGTGAAAAGCAAAATAAAACGACATACTCCAAAAAAAAAATTGTTTAATTTAAAATAAAATTGTTAATAGTATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTATATACTATTAACAATGTTGACAATAAATATGTAAAAGACAATAATTGCGTAAAAGAAAATACTTAAAAGAAAAAAAAACACTTTACACACATATGTAGACACAAATAGACAAGTACACCGTCGAAAAAGTGTGTCCATGTACACATAATTTGACTGTTGGTGGATAGTTATTGTAAGCAGTCATTTATTCCATTGTTGTATTGTTGTAAAATCTAATTTCCCCATCCATAACATCCTCCTCAGTGTCCTATTAAACACAATAAAGAATTTAAGACAAGTACACCGTCGAAAAAGTGTGTACATGTACACATAATTTGACTGTTGGTGGATAGTTATTGTGAGCAGTCATTTATTCCATTGTGGTATTGTAAAATCTAATTTCCACCTCCATAACATCCTCCTCAGTGTCCTATTAAACACAATAAAGAATTTAAGAAATGGAAATGGCACTGGAAATGACTGTGGAGGGGAGTTTCCATTATTTCTGGAAAATAAGTAATATAATGGGTGTAATGAAGTGACATTACTGTACAGCAATCATAAAAATATTAAAAAAGGCATTCAAAAGTATAAAGGCATGATTAAATTGTCCTCAACATACCACGAATGACCCCAAAATCTTGATTCGTTTTGGATGCAGCAATATTGCGGACGTTAAATAGGGCTGATGTACTGTTTGGCTGCACAGTATGTGCTGTACCAGTGTCTTAATCAATAATGCTCATTAACTTGAACATTGAGTGATAATATTTCATAATCTAATAATTAATTTTCATCTTTTCATAAAAAAGTTTTTTTTTTAAAGTTAGAAAAAAGTAATTACTACAAATAGAATTAAAATGAAGAGAAAATTATGTTTAAGTATCCATGCAAAAAGGAAGGGAGAAAAATATAAGAATCAAATGTATTATTTATAGAATATATCGAAAATGGAGAGTATGCATCGTCTATTCATATTGTTTCAGTGATAAAAAAAAAAGTAATAATCAAGAAAAAAGAATGCAGCGGGCTGAAAAGATGTGTTGCCATAGATAAATTGTTGTATAATTGTAAAATCTAATTTCCACCTCTATTTTATTATCCTCAGTGTCCTATTAAACACTGTAAAGAATTAAAGACATGGAAATGGCACTGGAAATGAGGTGAATTTGCATTATTTTAGGAAAATAAATAATATAATGGGTGTAATGAGGTGACATTATTGTACTGCAACCATTAAATATTTAAAGTGACATTTGAAAGTATAAATGCATGATGAAATTGCCTTTAAAACACTATGATTCTCGATTAATTTTGGTTGCAGCAATATTGCAGATGTTAAATAGTGTTGTAGTACTGTATGGCTGTACAGTATGTGCTGTGTCTTAATCAATAATGCTCATTAACTTGAACATTGAGTGATAATATTTCATAATCTAAAGATTTCACTTTTTTATAAAAAAGAACAATTACTTTATTTACCTGCTTTACACAAAAGTAATCACTGCAAATCAAAGGTATCAATGCTAAAACAGCCCTGGAAGAAGATTTGTGGAGAAAAATATAAGAATCAAGTGAATTATTTATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATCAGGCGATGTGGTGGCGCAGTATGTAGTGGTCGCCTCACAATAAGAAGGTCGCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGCGTTTGTGTGGTTTTCCTCCGGGTGCTCTGGTTTCCGCCACAGTCCAAAAAAATGCGGTATAGTTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTATAAGTGTGAATGAGTGTGTATGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGTATAAAACATTTGCTGGATAAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCTAGATTAATAAAGGGGCTAAGCTGAAAATATAAAACTAAGGAACTAAGCTGAAAAAATATAAGGTGTAAGTTATAAAGTGCAATTATAGAAAAAACTATGGTGATATATTTATAGAATAAAAATGGAGAGTATGCATTGTCTATTTACATTGTTTCTGTGATAAAAGTGAATAATCAAGAAGAAAAGAATGCAGCGGGCTGAAAAGATCTGTTGCCATAGATTTACTTGTTGCACCATGTCGCATTATGGATACAGATTAGCATAAGAATGTAAAAAGATTATAGTACAACCTTTTCATTTTAAATCATTTATTTTAGCCTTCTCAAGAGGAACTTCCCCAAACATCCCATAATCTAAAACACAGTCAGCTCATTAGGAAGAAGATGGATAGTTACAGTATGTAACATCAGTATGTAACATTGACCTTATCATTTTAAATATTTTGTTTCAGCCTTTTTGAGAGGAACTACCTCAAACCTCCCATAATCTAAAACACAGTTGGTTCAATAGGAAAGACATGGATAGTTACAGCATGTGACATTAGTGAGCATATTGAAGGTGCCATTTACTGCATAAATTTAGTAAGGTAAAGTGTTCTCTGATATCTAAATAGTATGTTATGGCTTTGGTAAGTTAAAAAAAAAAATTAGAAACGGTTTTATAAGCTAATTCATTACTCCATAAAATACCCCTATAATCATAAGGTCCATGATTGACCATATATGGTTCGTGTCGTGAATATTAATAAGCTCTGCTCTGACATGCCGCTCTTACAGACACATACACACAGAACATGATGTACACTGAACACAGACAAATATAAACCCAATCAGAGTAACGTTAACCTATTTTGCTCAACAGATCTGTTGTGGATAAAGGTTAAATTTTAAAGTTGACAAAAGAGAGTGCTAGAGGTGTATCGTGTTGTATTTTGAAGCTATAGTCACAGCCAAGAAATAATATCAACCTCTGCATGAACAGATGACAGTTGAGCTGAGCGATTTGACATGATTCAGCAGTCCACGTGTGTTTGTTAAAACATATTCAACAAATTTCACAATAAACACTATACATTAACAAAATATGTAACTAAACATGCCTTAATGCCTCTTCAGAGCGAAGATGGATAAATTGTAATCTGCAAATCTTGCATTTTGCATCCTGAGGGGAGTTTAAAGCAAGTCTCATACTCACAGTAAACAATTTGGGGCTCGCGTTTTCAAAATAAAAGTCCTAGATACATAATAAGTGAACTAAACCCTTAAAACAATTAAGGGAGCAAAATGATTACTGTTGTATCAGTATAAAATGTTTGGCTTATCAAACGCAGCCTGAGGCATGCATATTAATGATTTCAGAGCTTTTTTATGATCTCAGAGCTGCATATGAGTCGTGTTCTCTTGATGACGTAGCTGTTCGTCAGTTCTGGATGAATGACCTAAAGTAGGCATGCATGCAAAAGCTGAGGGCATGGCCAGTGAGTCTAATCACAGTCTGTTTTGTCCTCTGATGGGCCCATTGCGATTGATAAAAAGGGAACAGTGATATCTGAGGCTTGCGGTATTCTTATTTCCATTTACTGATTTTTTTTTATAATTTTACTATGCCTTGTTACACCCAGATTTTCATTATAAGGCACCTTTAAAACTCTTGAGAACTCTACAAAAACTGTGTTTATGAAGGTTTACAACACTTCAAAGCCAAAAGTGTCATACAGTAGTTGAAAAAACACCTTGACTTTCATATTTACAGTGCATATTTTTTTTCTCCTCTCTAATTCCTCTTAAATCACTTCTTCCAG
Seq C2 exon
TTGCGTCTTGAGCAGTCTAATATGTCTGGTCTGCTGGATCAGTCCCGTCTCGGGGCTCTCCTGAAGAACCTGGCTGATGTGGAGCGGCTGCTGAGGGACGTGGATCTACTGTCAGGTCTGGCCAGACTGCTGCCGAAAGGGGCCTGTGCGGGTCACCAGCCTCCTCCTCAGGCCAACACCACCTCCTGGAGCTCCAACTCTACCACATGGGGTCCCAATACAACTGACAGTTCTGTGGAGGAAGGAGAAGGAGCTTCTGAGAGCGAGGCAGAGGCTGAAAACCCCAAATCACAGTTTTCTGCATTTGTTCAGCTGTGGGCAGGACTTCAACCCATACTTTGTGGGAATAATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013500:ENSDART00000141554:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.007 A=NA C2=0.407
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]