DreINT0024303 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100075 | abcg2a
Description
ATP-binding cassette, sub-family G (WHITE), member 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050517-35]
Coordinates
chr23:46061346-46065429:+
Coord C1 exon
chr23:46061346-46061379
Coord A exon
chr23:46061380-46065229
Coord C2 exon
chr23:46065230-46065429
Length
3850 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
ACTTATGTTGATGTGTGCAGATA
3' ss Score
6.98
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGCGGCGCGCTCTGCGGGTCCGCGCTGCTTCAG
Seq A exon
GTGAGTGAAAACAGCTTTATCAATCTTCTCCTCAAATCTTCCTCTAATAATCGATTCATTATTTTAATAACGCTTTTTGATCATAGACTCGATGTATCTTGATTTATGAAGTCCACCGCGAAACTCTGAAGGCTGTTGGAGGGAAATGTAAACAAAAGTTTTAAGAAATCAATGAACATGATGCGAGTGAGTTAGTTTATTATTATTAACTGGAAAGTTACCGATGTGTGTGTCCTGTAGCAGAAGTTAGCATATTTATCTTTAATATTCGATTGCTGGTAGACGTAAAAATACCACAGGCGATTATGTGAAATACGGAAAACCACGTAAATTTCTGCTCACTCATATCCGTTTAAATGATTTACAAATAAACAGAGAAAGTACCATTTAATAATTGTATTTTGTACATAATATTTGTAAACAGTTTGTTTGCTAGCGCTTTTAATGTAGTATAAGCTACTAGCTAATTTGCATTAACGTTACTGGAAGAGCTTGTTCCTAACATTCAGACAAATTTGCCTGAACATTATTATTCTACATTCGCTAATATAAAGATTGGTGATTGAGGTAAAATTGGTATTATATTCACATATTCGTACATTCTCCTTAATAATAGAATTTCTGAAAAATATTATTTGCAAATTCTCAATAGTCAAATCAGTCAATGACTATCAAAATACAGTCAATTAAATAGTGCTAATGTTGTTTTTTGAAGTCATATTTACATGTGATTTCATACCGAATATTCAAAGTACCATGGTAAACAGTGGGGAGCATGTCACTGAATGTGCCAGTTTAAAATCAACTTTATCTCAATAGATTGCTGATCTGCTGATAAGGAAGAGGGACAATCAGACACAAACTTTCGTGATTTTATTGAATCGTTGATTTCTATTGTTGGGGAAAGTTACTTTTAGAACTAAATATTCACAGTAAATGCCTTATTAGTTAACTAATTTTAATAAGAGAGTGTGTTACAGTTTTTATAGTGTCATTATATATATCCTATAACAGATTTAAGTTAATCTGAGGTCAAGAAAACGTGCATTTTTTCCGGAATAAGCATTTAATATTACGGTCATTTAGCAGTTATTTTGATATGGTTCATTTAAAGAAATTCTGAGATAAAAAAGAACACGAAATTTTAAAAACAAAGATGTATTTTTCAGCTCGTCTAGAGTTAAACATTTTAACTTGACCAATTTATTTTATGGTGGCTCAGTGGTGTTGCACTGTGGCCTCACAGCAAGATGGTCTCTGGTTCAGTTCCGGCTGGGTCAGTTGGTGTTTCTGAGTTTGCATGTTCTCCCCGAGTTGGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTTCAGTTTCCTCCACAGTCCAAACACATGCGCTATAGGGGAACTGATCAACTAAACTGGCTGCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATAAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGATGGGTTGCAGCTGAAAGAGCAATTACTGTGTAAAACATATGCTAGAATAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGTTACCCCTGATGAACAAAGGGACTAAGCCGAAAGATTAAGAATGAATGAATATTAGAATCATTTAGCAGTGATTCCAATATGATTCATTTGAATGAAGTCAGGGCTAATGCAAGGACTATTTATTTATTTATTTATTTACAGCCTTTTCTTTCTTTTAATAATTTTTTTTTTTACATTTTACAGCTCTTCTAGAGTTAAACAGTTTAGTTTTACTGTTTATTTTATGCATTCAGCCAAACTGCGGGTCTAGTGGGACCACTGTTAGCTTAGCATAAATCATTGAATGGGATTAGACCATTAGCATCTCACCCTTTACATTTTAATGAATTTTATCTGGCTGTTAGTGTTTTATTGTTTAATAGCTGAAAAAAAATCATATTCCAACTATATAATTTTTCTGCATCTTTTTTTGTTAAAGCTGTGATGTGAGCTCTGCTGTCGTTACATATTCAGAAAGGTTTTTACCACTCTGTCGTTATCTTTATTGTTATCATGGTGGGTGTGAATGGGTCTCTGGTCATTGTATGCAACAAACACATCGGCATTTACTCTGTAATGTCTCTCTAACAAATAACTCTGATATTTTCATAAAAATGGAAAAAGTTACTTGAAAAAGTGATTGACTTGATTTTACATATAAACATTATTCCTGGAAAGATTTTTTTGCATCACATTTTAGTTAACAATAACACATTTCTAGCTAAACTAAATTTATAACTAAATTCTTTTGTCTTTGCCATGATGACAACACATCATATTTTATTAGATACGTTGCAACATGCTAGTATTTAGCTTAAAGGGTTAATTAGGCAAGTCAGCGGACAACAGTTGTTTGTTTCGGCCTCATTTCACAATGAAACGTTACTATTTTACGTGTTGTCAGAAAATCTGCAAATTTTGTACAAATTCATACGATTTTATTTCTATGAAAATGTACGATTTGTAAAAGGAGGCAAGGCCCAAACCCCACCACTATCCCTTATTGAGGGATGAGCAAATCGCACTAAAATGTAAGAATGGTATCATACAAATAAGGATTGGCAACTAAATTAAAATGTTACCAATTGCGTTGTTTGCCATGTAGACAATAAAACATTTAGAAAAATAAAAGCTGCTTTCACCCAAACAGTAAAATAGCACTTTCTCCAGAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTATAATAATATTGATTATATTCATAATATATAAAATTATATACAAATATATATGATATACTGTGAAAATTGTCTTTGCTTCGTTAATTTACCCCTTAACGGTCATCATCCTGCCACCTTGATGCTTAGATTTACATCTCTTTTTTTTAGCATTTAAATTCGAATCAAATCATAACAAACTTTGTCGTGGGATAGTTTTAAGACTGCTGGATACATGTTTTACAACTGTTTTTTTTTGTTACGTATGAAGAGAATAGTTTAAAATATATTAACTCTCACTCTGCCACTCTGAGAGTGTGTATGTTTACATTTTTGATCCATAATATTCTAGTTTAACCATAAAGCAATCATGACACTCTATATATCATTTGAAAGCTTAAAAAGTCTACTTTCCATTTCTGGTGAGTAATTTTTTTTGATGCATTTTACTGAGCAACTGTCATTTCAGAATTTTTAACAAGGATACTCATCAGAGTCGTAAAGCATTACTTTGATACAGTAATCCACATTAAATTGTTTAGATGTTGTCTTAGAGGCTAAATTCAAAGACGTCCAGACTTTCCATACAACTTTAGAATTTGCTGTCTACTTTACAAATATTGTCAAAAAAGTAAAACAAAATACATTTAATATTTCTCAAAACATAGGGGGCGCCCTTCTATGGTCACCTGGTGGTCATAACTGGTACTGCAGCCAAACTAAATCTTACCGAAAGCTAATTTGAGATGTCAACTTCAAATTTAGAATATAAGTTGTTCAGATAATTAGTTTTTTTTTGGCTAAAATAATTTTATAAAATGCATGTTTTATGTAATATAATGAAATATGCGTTTATTGTTTCATTATTTTCATGAATATAAAGACACGTAATGTTTGTTTTATTGAACTTTTTGAAACATTTTCACTACAATCTGATATCTGTCTTATTTAAAATGACACCATGTGTAAATATACACAGCAAACTATTGAAAACTAACAACTATTTCAGTTTTATGTTCAAAAAGTGTGTGATTGTCATTTGTAATGCATTATTATATCAAACACTTATGTTGATGTGTGCAG
Seq C2 exon
ATACAGCAGAAGATGGCGGACACCAGAGTGGAGCTGACCGGAGTGCTGGATCTGCAGAATCATGTGAACACCGGCGTGTCCTCATCCCCGTCCCGCCGCGGCGCCACCGTCAGCTTCCACAACATCAACTACAGCCTGAAGATGAAGAGCGGCTTCTGCAAGAGCAAGAGCACCAAAAAAAACATCCTCATCGGACTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100075:ENSDART00000159939:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.159
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0000522=ABC_tran=PU(0.7=1.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]