DreINT0024705 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000019207 | abo
Description
ABO blood group (transferase A, alpha 1-3-N-acetylgalactosaminyltransferase; transferase B, alpha 1-3-galactosyltransferase) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-23]
Coordinates
chr5:24522476-24528806:-
Coord C1 exon
chr5:24528771-24528806
Coord A exon
chr5:24522611-24528770
Coord C2 exon
chr5:24522476-24522610
Length
6160 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTGAGT
5' ss Score
6.43
3' ss Seq
TTATTTTATTTTTTTAACAGCCC
3' ss Score
8.97
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTCCTTTATCTGGGCTTCACCTCTGGATGGATTAA
Seq A exon
GTGAGTAAAACTTTCCACTTTTGAAAATAACATGTATAGAAATCTCAGGGCTTTTTTGGGGGCCTACCAAAGTCTTTAAACGCCTTCATTTTTTTAACATTACATTTTAAGGCATTAAATTTCAGACATTAAATAACTTGGTTTTGACACCCGAGTTTCACTGAAAACAATCTTAGCTTACTTTGCTTCTCAGAAACCCCAGTGACTTTTAGATATATGCGCACCAAAAATGAGTACAATTGGAGAACCAGGCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTATTTTTTTTGCTTTTTTTTTCGTTTTTTGCAGTGTAATCAGACGGTGTGGTAAAAATCCATTTTTTTGTGCGTGTTTGTGAGCACAGTTATTCAAACTTTAAACTTTGCTGTTTTTCTTTGGTAAAGCAAATTCAAAAGTAAGTTACAGTATCAATACAAAGTGGTATTCTCAGATTTCAGTATGACATTGTGTGCTTAATATAAATATACATTTAGAAAGCACATTAATATTTTTGTTTCCAAAATTATTCATTAATTATTTATAGTCTTAAAAATCCCTCAAAAAACTTTTAATTTACTTTCATAAAATGTGCAGAAACCCATGACTAAATTAGCTTGCAATACGTTCATATTTCATCGAAAATGGGTTTCAATAGCGTTTTGAGTGGATTGATGTTTTTGTGACACACATCTTTGAAAGATGTGTGTTAAAGCCGTTATAAACTGTCAGATGTGGTTCAAGCGCGAAAAACGTTCTCCTAGTTCATCATGTCTGTCGTCAGGTATACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGCGTGCGTGCGTGTGCATGTTTCCCCGGTCTGTCAGCTGTAAGCTCAGCGGCTCATCAGCTACATGTGTGTCAAACATTCTGGTGAATTACATTTGTTTGGGTTGGTTATACATAAGAAAGAGAAAATGTTGACTTTAGCTATGACTAGGCTCAATTTAAACGGCAGAAGATGCCATCTGACAACGAGGGGAAAATGCCTCACACAGCAGTTATATTCCATCCTACTAGATCGCATTTTTATCTAATCAGTTCAGGAGGTGGTGCTGTTTGACAACAGTATTAGTTCAAAGATGTAAAAGCAGGTAAAATAGATTAAAACTTTATAGTTTCAAAGCTGTCCAAACGTGACTGTTTATACACATCAGCTGCCGACCGGATGTTCTTTGCATTCTCCTTGCACATACACACAAAGCATAATGGTGTTCTGAGAAAAGGGTCTTGAAGAGCAGTGACTACTGGGCAAATAAACTGCAAGCCTTATAATGTATTAAGCATTTTGGGAAAAACCGAGTCTAACTTAAATCTAACTGAATGAAGTGTTTCTGCATTATAACCGGTTTCAAATATAAAGTGAAAACAAAGTAATATTAAATGTCGAAAGCAAAGCATTTTTTTAATTTGTTGCCTGCTACAGAATGGTTTTCAAAATTTTGGGAAGGGTCTGTAAACGGTAGACAACAAAAAATCTACTGCAGTGACAATCAAAAGTATCTACATTTATACCTGATTAAATTGAAAATAAAAATGTAGTAAAAATGTGTTTTAGGCTCACAAGGGAAAAGTAAAAGAGCCAATAGTACCTTGCTGCAGACTTCCACATGCAAGCTGAGACACGCACTCTCATGCACTTAATTGAGTTAGTGACATTACTGTGAGGGGTATGGTAAGGGGCGGGGTTAGATGTACACATTAAAAGCATAGACTGTAAAAGATATGGATGTAGTATCCGTGACGTCACCCATAGGTTTCTAACGAATGCAAAAGAAGCTACAAGTAGGCGTGGCCAACCATCACCATTTTGTTTGTACGTCATCGCACCGAACACTATATCAATAAAGCATTTTAGTCTTTTAAAAACACTGTTGTAATAAATTGAGCCCCTAAACATTGTTCTTATGATGCTTTTCTACCAGAGAAAAACTTAAATTACTTCTAAACACTTCACATATAGTCTGTTAGTAAACGCAAGGCTAGTTATGAAATCCAGGCATAAAACTGTATTACAGTGCTTCAGATGACTGTTCTAGAGCCTACAGCTAATCAATCTATCAGATTCTGGAGTGCATTACAGGTCTAAAGAAAATTATAAATGAGAATTTATCTTAAATAAAATAAATACATTTATAGATATGATATATAAATATAAAATAACTCACCTGGGAAATGGATACCACGTGAATGGTTTGTGAGCACAATTAAGTGTACACAGCATGCCATTTAATCTGACAATTGTAGGAAATAATTACAAAAGACGATTGACTGTATAAAGGCACATAAAACAAAACAAGAATATGATGTATATGTCGAGTTCAGTGGCTAATCAGCCGGAATCTGCTAAGGTGAAGTGAAGGCAACCAGCTAGACCAAGCTGTCATTCAAATGGCCACACCCTTAATTGTGCAGACTTAATATAACTTAATATAAACTAAATGGATGAGTTATAATTAAAATCCACCGCCCTCACAGTTTTTATGAAGGGTAATATTAGCTATATGCACCAAAATCGTTCTTTGTACCAGGCTGTAAACACCTTTTTTTTCTGCTGAAATTTGGCCTGTGGGCTCAATAGAAATCTGCTCTATTATAGAGCCAGGACTAGCAGAATTTCGATGAATTGCAGTTTACTTCCGTGCTTGGTTCATGGTTGCCGCTTGATTAAAAGCTGCATGCAGTCTCAACTTACATGTGCACCTGGTCTCCAGCCCCTGTTTTCTGGCTTTAACTGCCAGGTATCTCCAGCTGCTGTAAACTCCAGTGTATTGCTATACTGGTATGGTTGCTATTATCGGTAGAGACAAAGGTTGCATTGTATTGTTCATTTATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTTATTATCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCTAACTTATCCAGCAAGTTTTTATGCAGCGGATGCCCTTCCAGCCGCAACCCATCTCTGGGAAACATTCACACACACACTCATACACTACGGACAATTTAGCCTACTCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGAAGGAAACCCACGCGAAGGCAGGCAGAAAATGCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGAGCCGAGGTTCGAACCAGCGACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCACCACTGCCTTGCCCGCATTGTATTGTATTTTATTTTATTGAACCACAGATTGCACTATAATGTATTTCTTTTCTTTTTCATTATTTAAAACCTATTTAACACATTTTAATCAGTTTTTATTTGTTTTTATTTTCTTGTCTCTTTTATTCATATTTATGTGAAGCACTTTGAATTACCGTTGTGAATGAAATGTGCTATATAAATATACTTGCCTTGCCTTGAATTGTATCTTTGGAGCCTTGAAGGACACTCCAGGAAAGGTCTTTTTGACTGTCTGAAATGGGCTCTCACACAGAGAACTCAGCAAAATCAATGGTGATGGATGGTTTTCTCTGTATAAAAGTCTCTAATTGCATTAGTTGATGCAGCAACAGAATTTAGGTAACTGTTGTTTTCTTGAGACCTTCTGAGTCTGTGTAGCCATTTATTACCACAATAGGACTTGCAATGTCATCCCTATAAATTTATCAGCGAAAAAAAGTCAATCTTTTCATTGCCCTTTTTTTCAGTGGAAGGGCAGTAAAAATTTAAAGGAGTTAAATGGTTACAATTTATAGATTTCACTGGATTTTACAAGTTGTCCAGACTTGTGTGGAATAACGATGGTATTTTATAAACCTCATTCTACAGGTATATTTTTGTAACAAATATTTAATATCCCCGCATTGATTCTGTGGCTCAGCCTGACCACCTGCAGGTGCCCTAGCTACTCACACCTGCAGCTCTCCACGATGGATGTCCAGCCTCCGGCGCCTAGACTGCAGCTCCAGATAGGACGTTTGGCGGAAGAATAATCGTGCCCATCACAGCCTGGTTTTTCTCTAGGTTTTTTTCCCGCTTCACTTCCTCAGTTGGTGAATTTTTTTCTTCACCACTGTTGCCACTGGCTTGCTCTGATCGGAACTGCACATTTATGGATTTGCTCTACAGTGTTTGAACTTACAGCAGTGAAATTTAAACCACACTGAACTGAACTAATCTGAACTCCAACTCTGAAATCTGGACTTTACTAGAACTATGTTAAGCTGCTTTGACACATACATTGTAAAAGCGCTATAGAAATAAACATGAATTGAATTGAGTTTAATAATATATTCCTGACATCTTTGTAATATTCCAGCTGAACATAACAAACAATTATTTTCCTTTTGTTCCCATTGTTCCCTTCACAAGTCCTTTTGACAAAATGCACAGTGGTGTAGCGGACAGGCCCATGCGATCTTAAGCCTCCCCCAATTATAATGTGATTATAATTTGTATAGATTTACATTCATGTATTATGTCAGACTTGACTTTAGTAAGTGTCTGTCATCTGTGTGTGAAGCCGCTGCAGCATTCTTGAAGTAAAGTCCAGATTTCTCTGGGAGTAGGGTACATCTCAATCAGGATCATGGTTCAGTCAGGGCAATGATCAGTAAATCAAAAGGTTTGTCTCAATCACTTACATTTTCCAGTGCACTGCACTAAAATGATTGCTCTCTGAAAATTCCCACAATGCACTGAAATCCAGAGAGCATCAATGCTCACTATAGAGGTGCGGCTCAAATTGCATTCTTATGCACTATTCTACGCCATTTTTTAGTAAGTAGTGCGATCACACTGAAAACTCTAAAAAGTATGAGTGCACTGTTAATACCGCATGATGCACTTATGTGCACTTATATGCACTTATATATGCACTTATACTATAGAATACACAAGACATGTCATTCGTATACTTTTGAATGGGGAGAAGTGTAACTTTCAATATGGCAATTGAAGCCCCGACTTCTAATACAGGAGCCAATCAGCGATCGCTATAT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Seq C2 exon
CCCATATAGCCAAGCTGAATTGACACCATGGTTAGCCCCAATTGTATGGGAGGGAACGTTTGATCCCAAACTGATTGATTCAATCTACAAAAAACAGAACATCACAGTAGCGACTACAGTCTTCGCTCTTGGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000019207:ENSDART00000027237:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF034148=Glyco_transf_6=PU(1.8=38.5)
A:
NA
C2:
PF034148=Glyco_transf_6=FE(16.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]