DreINT0025824 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011188 | acvr2aa
Description
activin A receptor, type IIAa [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-980526-227]
Coordinates
chr9:25582074-25597879:-
Coord C1 exon
chr9:25597725-25597879
Coord A exon
chr9:25582218-25597724
Coord C2 exon
chr9:25582074-25582217
Length
15507 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
TTTTTTGTTATTTTTTGCAGGAC
3' ss Score
10.92
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GACCCTGGACCAATGCCACCATCTCCCACCCTGGTCCAAAAGCCATTGCAATTGTTGGAAATCAAAGCTAGGGGGCGCTTTGGCTGTGTGTGGAAGGCTCAGCTGCTCAATGACTATGTGGCAGTGAAGATTTTCCCCATTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011188:ENSDART00000129522:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.087 A=NA C2=0.078
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PU(11.1=66.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]