GgaINT0048438 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012444 | AVR2A_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:36163131-36174310:+
Coord C1 exon
chr7:36163131-36163285
Coord A exon
chr7:36163286-36174166
Coord C2 exon
chr7:36174167-36174310
Length
10881 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGT
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
TGGTGTTTACCTAATTTCAGGAT
3' ss Score
7.74
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATCCTGGACCACCACCGCCTTCACCATTGATGGGTTTGAAGCCACTGCAGTTGCTAGAGATCAAAGCCAGGGGACGATTTGGGTGTGTGTGGAAAGCTCAGCTGCTGAATGAGTATGTTGCAGTCAAAATATTCCCTATCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012444:ENSGALT00000020344:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.048 A=NA C2=0.028
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PU(11.1=66.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]